BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093B09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 49,746,308 - 49,876,692
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpy
Upstream geneTmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210
Downstream geneLOC100041653, LOC624524, Mpp6, Dfna5h, LOC100041681, Osbpl3, Cycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf, LOC100040877
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093B09.bB6Ng01-093B09.g
ACCDH904668DH904669
length1,0001,005
definitionDH904668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093B09, 5' end.DH904669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,746,308 - 49,747,303)(49,875,683 - 49,876,692)
sequence
gaattcttcctggtgcctcaaacactacctgtacactctcgttttgctgt
catctgttaagcagacgtctctgctcaatgtcccttgttcacacctattg
cacagatatgactggtgggtttggaggagattctgtacatcttcatgggt
acttgattaacctatttaacaaagtccaaataggactgagaattatctta
gggctgaaataattccttcttgtttgagtctaaattctttagaaactgga
aatccaagtataaaacatacacggtagctttcttaaaagctgctccattt
cagaaagggcctgtccaaccagcttattgcctagacacaggtacttaagc
taaggtcataattgcaataaaaaagatcacgttacagaggagttgggaag
aaattctcaatccttgtgttccattttctttatactttttaagattgagt
gtcttggacccaatttcaaacttgctggaggatggccttgaactcccgat
ccctctgctgggattgcaggctgagccaccacaccaggcttaattcatga
acattcaaaggtttccttgttttccatcttctcaaggtaaaataggtgaa
actcattataactgagagcctggagactctgagcacattgggcaaaactg
tgggatctgaggctgatgtgtagtctggagcttcatctatctgccccagt
gagtgggcattgtgttggtttgcatatgaactgataaagagatacttagc
catgacacagctcatggcaggaatgctgccttcttatcgaatgcagatac
taactgtgaaccgtatatggtaaggtggaggattgggtgtggggagctaa
gacttcactgccaaaggaaactaaagggcaactgcaggcctttcggggtc
taggaggacaccctttgcttccacactggaagaataatgggtgtcaaaag
aatcagattcttcaattccatttacttctacctggtatttccggtctagt

gaattcattggtttgatttgaattgattcgattgatttaatgaaatggcc
ccataggctcatagaaagtggtactattaggatgtatggctttattagaa
taggtataggcttgttggaagaactatgtcactggaggtgagctttgaga
tttcaagcactcaagccaggtaccgtgttgctttctcttccgaactctca
actaccttgtcagcatcatgcctgcctgcatgctgctgtgcttcccacaa
tgatgacaatggactgaacctctgaattaaatgtttccttagaagaattg
ccatagtcataatgtttcttcatagcaatatgaacctaagaaaagtgtct
gtctctgtgtgtatatgtgtctctgtgcatgtgtgtctctgtgtgtctgt
tcgtgtgcacacgtagaagcagagacttatgctaatatcttccttaagct
ttatttttttgaaacaggatctcactgagtgttacactgggctgctgtcc
aacacatccctgggatttacttctcgccataccacactcaccccgcacac
caagctgcagggttatagatgcattctgtgcctctgattttatgcgagtg
atagggttttgaactcagacggtaccacctcctcatctccagatccaact
tttatggtcctgtttacaacaatgctgattagcaccgttgtgtgtgttcc
ctcagcttgcttaaccaattgctgggtggtggtgagaagtgagtcgaggg
cttaatgtaatcaggtttgcatttttccaggaataaaacagtgagtacaa
agacgaaccctagaatgtaagccagcagagaaagaaactgaagctatcat
aagccaggtgggctgtaagtaggtaggtagtcaagggcacagtggtctga
tgggatagatgacctcggaggagatagaatctaagagatgtagttcaagt
gtatgaatgaaattgagatggatgataagagtgttttccatggccacagc
aatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_49746308_49747303
seq2: B6Ng01-093B09.b_46_1045

seq1  GAATTCTTCCTGGTGCCTCAAACACTACCTGTACACTCTCGTTTTGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGGTGCCTCAAACACTACCTGTACACTCTCGTTTTGCTGT  50

seq1  CATCTGTTAAGCAGACGTCTCTGCTCAATGTCCCTTGTTCACACCTATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTAAGCAGACGTCTCTGCTCAATGTCCCTTGTTCACACCTATTG  100

seq1  CACAGATATGACTGGTGGGTTTGGAGGAGATTCTGTACATCTTCATGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATATGACTGGTGGGTTTGGAGGAGATTCTGTACATCTTCATGGGT  150

seq1  ACTTGATTAACCTATTTAACAAAGTCCAAATAGGACTGAGAATTATCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATTAACCTATTTAACAAAGTCCAAATAGGACTGAGAATTATCTTA  200

seq1  GGGCTGAAATAATTCCTTCTTGTTTGAGTCTAAATTCTTTAGAAACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAAATAATTCCTTCTTGTTTGAGTCTAAATTCTTTAGAAACTGGA  250

seq1  AATCCAAGTATAAAACATACACGGTAGCTTTCTTAAAAGCTGCTCCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAGTATAAAACATACACGGTAGCTTTCTTAAAAGCTGCTCCATTT  300

seq1  CAGAAAGGGCCTGTCCAACCAGCTTATTGCCTAGACACAGGTACTTAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGGCCTGTCCAACCAGCTTATTGCCTAGACACAGGTACTTAAGC  350

seq1  TAAGGTCATAATTGCAATAAAAAAGATCACGTTACAGAGGAGTTGGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCATAATTGCAATAAAAAAGATCACGTTACAGAGGAGTTGGGAAG  400

seq1  AAATTCTCAATCCTTGTGTTCCATTTTCTTTATACTTTTTAAGATTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCAATCCTTGTGTTCCATTTTCTTTATACTTTTTAAGATTGAGT  450

seq1  GTCTTGGACCCAATTTCAAACTTGCTGGAGGATGGCCTTGAACTCCCGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGACCCAATTTCAAACTTGCTGGAGGATGGCCTTGAACTCCCGAT  500

seq1  CCCTCTGCTGGGATTGCAGGCTGAGCCACCACACCAGGCTTAATTCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGCTGGGATTGCAGGCTGAGCCACCACACCAGGCTTAATTCATGA  550

seq1  ACATTCAAAGGTTTCCTTGTTTTCCATCTTCTCAAGGTAAAATAGGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAAAGGTTTCCTTGTTTTCCATCTTCTCAAGGTAAAATAGGTGAA  600

seq1  ACTCATTATAACTGAGAGCCTGGAGACTCTGAGCACATTGGGCAAAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTATAACTGAGAGCCTGGAGACTCTGAGCACATTGGGCAAAACTG  650

seq1  TGGGATCTGAGGCTGATGTGTAGTCTGGAGCTTCATCTATCTGCCCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCTGAGGCTGATGTGTAGTCTGGAGCTTCATCTATCTGCCCCAGT  700

seq1  GAGTGGGCATTGTGTTGGTTTGCATATGAACTGATAAAGAGATACTTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGCATTGTGTTGGTTTGCATATGAACTGATAAAGAGATACTTAGC  750

seq1  CATGACACAGCTCATGGCAGGAATGCTGCCTTCTTATCGAATGCAGATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACACAGCTCATGGCAGGAATGCTGCCTTCTTATCGAATGCAGATAC  800

seq1  TAACTGTGAACCGTATATGGTAAGGTGGAGGATT-GGTGT-GGGAGCTAT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| 
seq2  TAACTGTGAACCGTATATGGTAAGGTGGAGGATTGGGTGTGGGGAGCTAA  850

seq1  GACTTCACTGCCAAAGGAGACTAAAGGGCAGCTGCATGCCTTTCGGGGTC  898
      |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GACTTCACTGCCAAAGGAAACTAAAGGGCAACTGCAGGCCTTTCGGGGTC  900

seq1  TAGGAGGACACCC-TTGCTTCCACACTGG-AGAATAAATGGGTG-CAATA  945
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |
seq2  TAGGAGGACACCCTTTGCTTCCACACTGGAAGAAT-AATGGGTGTCAAAA  949

seq1  AGATCAGTTGCTTCAATT-CATTTGACTCCACCTGGTATTTCCAGGTCTA  994
        ||||| | |||||||| |||||   || ||||||||||||| ||||||
seq2  GAATCAGATTCTTCAATTCCATTTACTTCTACCTGGTATTTCC-GGTCTA  998

seq1  GT  996
      ||
seq2  GT  1000

seq1: chr6_49875683_49876692
seq2: B6Ng01-093B09.g_68_1072 (reverse)

seq1  CCATTGCTGTGGCCATGGAAAACACTCTTATCAT-CATCTCAATTTCATT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCATTGCTGTGGCCATGGAAAACACTCTTATCATCCATCTCAATTTCATT  50

seq1  CATACCACTTGAACTATCATCTCTTAGATTTCTATCTCCTCCGAGGTCAT  99
      |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATA-CACTTGAACTA-CATCTCTTAGA-TTCTATCTCCTCCGAGGTCAT  97

seq1  CTATTCCCATCAGACCACTGTGCCCTTGACTACCTACCTACTTACAGCCC  149
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTA-TCCCATCAGACCACTGTGCCCTTGACTACCTACCTACTTACAGCCC  146

seq1  ACCTGGCCTTATGATAGCTTCAGTTTCTTTCTCTGCTGGCTTTACATTCT  199
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACCTGG-CTTATGATAGCTTCAGTTTCTTTCTCTGCTGGC-TTACATTCT  194

seq1  TGGGTTCGTCTTTGTACTCACTGTTTTATTCCTGGAAAAATGCAAACCTG  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCGTCTTTGTACTCACTGTTTTATTCCTGGAAAAATGCAAACCTG  244

seq1  ATTACATTAAGCCCTCGACTCACTTCTCACCACCACCCAGCAATTGGTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTAAGCCCTCGACTCACTTCTCACCACCACCCAGCAATTGGTTA  294

seq1  AGCAAGCTGAGGGAACACACACAACGGTGCTAATCAGCATTGTTGTAAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTGAGGGAACACACACAACGGTGCTAATCAGCATTGTTGTAAAC  344

seq1  AGGACCATAAAAGTTGGATCTGGAGATGAGGAGGTGGTACCGTCTGAGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATAAAAGTTGGATCTGGAGATGAGGAGGTGGTACCGTCTGAGTT  394

seq1  CAAAACCCTATCACTCGCATAAAATCAGAGGCACAGAATGCATCTATAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCTATCACTCGCATAAAATCAGAGGCACAGAATGCATCTATAAC  444

seq1  CCTGCAGCTTGGTGTGCGGGGTGAGTGTGGTATGGCGAGAAGTAAATCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCTTGGTGTGCGGGGTGAGTGTGGTATGGCGAGAAGTAAATCCC  494

seq1  AGGGATGTGTTGGACAGCAGCCCAGTGTAACACTCAGTGAGATCCTGTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGTGTTGGACAGCAGCCCAGTGTAACACTCAGTGAGATCCTGTTT  544

seq1  CAAAAAAATAAAGCTTAAGGAAGATATTAGCATAAGTCTCTGCTTCTACG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAATAAAGCTTAAGGAAGATATTAGCATAAGTCTCTGCTTCTACG  594

seq1  TGTGCACACGAACAGACACACAGAGACACACATGCACAGAGACACATATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACACGAACAGACACACAGAGACACACATGCACAGAGACACATATA  644

seq1  CACACAGAGACAGACACTTTTCTTAGGTTCATATTGCTATGAAGAAACAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGAGACAGACACTTTTCTTAGGTTCATATTGCTATGAAGAAACAT  694

seq1  TATGACTATGGCAATTCTTCTAAGGAAACATTTAATTCAGAGGTTCAGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTATGGCAATTCTTCTAAGGAAACATTTAATTCAGAGGTTCAGTC  744

seq1  CATTGTCATCATTGTGGGAAGCACAGCAGCATGCAGGCAGGCATGATGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCATCATTGTGGGAAGCACAGCAGCATGCAGGCAGGCATGATGCT  794

seq1  GACAAGGTAGTTGAGAGTTCGGAAGAGAAAGCAACACGGTACCTGGCTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGTAGTTGAGAGTTCGGAAGAGAAAGCAACACGGTACCTGGCTTG  844

seq1  AGTGCTTGAAATCTCAAAGCTCACCTCCAGTGACATAGTTCTTCCAACAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGAAATCTCAAAGCTCACCTCCAGTGACATAGTTCTTCCAACAA  894

seq1  GCCTATACCTATTCTAATAAAGCCATACATCCTAATAGTACCACTTTCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATACCTATTCTAATAAAGCCATACATCCTAATAGTACCACTTTCTA  944

seq1  TGAGCCTATGGGGCCATTTCATTAAATCAATCGAATCAATTCAAATCAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTATGGGGCCATTTCATTAAATCAATCGAATCAATTCAAATCAAA  994

seq1  CCAATGAATTC  1010
      |||||||||||
seq2  CCAATGAATTC  1005