BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093F04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,837,804 - 93,982,515
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi1
Upstream geneLOC384461, LOC100043253, LOC665831
Downstream geneLOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093F04.bB6Ng01-093F04.g
ACCDH904843DH904844
length1,1111,023
definitionDH904843|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093F04, 5' end.DH904844|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,837,804 - 93,838,927)(93,981,480 - 93,982,515)
sequence
gaattcaatccatacacaatgttctgtaagagctgaaattgtaaaatcac
tttagatgttctttatgtcgcttataatcaatttctaaagtcaagaacag
aaccagaccacaagggaagcaaaggatcttgactctccaaagtaaaaaac
aaaggcagaaaactttagtaatttcacgtaagagcaggttatacaatata
ttaaccagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagaagaaactaggctagtgcaagaaacctttgatgaag
ttatgtcttagttacctttcaaatgaaatcggaagagacaggatgattag
ctagacatttatagaagaaagtgtttaactggggcttaccggaagagaat
gagttcaagaccattatggtagggaacacagaagaaggcacacatgacct
cagaagtatctgagagcttacttcttgattcacacaagtgttagagggtg
gtggcacacgcctttaatcccagcactctggaggtataggcaggcagatc
tctgagttcaagtcagcctggtctacagagcaagttccaggactgtcagg
gttacataaagaagccctgtcttgaaaaataacaaagcaaaacagaacaa
aattgatccacacaaacaaggggcaaagaaaaacattggaaatggtgagg
gcttttgaagcctcaaagcccatccccagtgacagaactcctccaataag
accatacccccaatccttccaaactagttctaccaactggagaccaagta
cctaaatatatgagctaatgagggtgatgctctttcaaactaaaacatgt
aagagtgatatgaaggaaatatcagtaccagagccatgcctatattcaaa
gacattctaggataaaagaaaagcatgattctcatctatctctacttaaa
tactgtattttattttttacattgatgtgtttgtttgcctgcgcaattgt
ctgtgcaccactgatgtgctggggctacagaggcagagaggtactggact
ctctggaactataattataatgtatagagtatgcagaggctacaaatcaa
actaagtcctc
gaattcaaaaggaggggctctcattgtgaaatattaagctaaggtgtttt
atgtaaaaagcattgaattatcttattctccaggtggcatagtttaaata
agatggaagtgtaaatctaatcaactatgtgactatgtctattttatact
gcatagcttctgtagaacacactaattcatatgcagcagtatatttcatt
taatctcaaaagcctatgcataattttatattcccattctatacttttgt
ttttttgtttttttttttttttttttgccaagtgtatgttcatgtaaatt
tctttttgcctgctatactggctccagaatagatttgaggagcagtggaa
ccagcaacccttcacgtactagtctttctctgtcttctgtttttattgct
aattggattacttgaaattgggcttttaaatattcattttatttctaatt
atgtgtatgttggtatacatgaattaagtgcaagtgcccattgggcgtgt
aaaatcccctggagttggagttacaggcagttgtgagttacccaacctga
gtgctaggaactatagttgggtcctttgaaagcacagtacatgctcttaa
ttgctaacaagaacttgccatttgattgtttctgacaaagaacttgtgat
ggtctgttatatgtcaatatgacacaagccagagtcactggagaggaagg
gaccccaattgtaggaaattttcttaattggtaatgaatgggtaattaat
tgtggggtggtgccacccctgggatgatggtgctgatttctatatgggtg
agcaagccatgaagagcaagccataagcagcattcttccatagtgcctgc
atcagctcctaccttctggttcctaccatgtttgagtactgtcttgagca
ctttacagatgaacagtgatgaggaagcaaagcttaccaactcttcttcc
taagtgcatttagtcatggcggtttgtctagcgagaaccctaagagaaga
aagatagggtattttgttccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93837804_93838927
seq2: B6Ng01-093F04.b_45_1155

seq1  GAATTCAATCCATACACAATGTTCTGTAAGAGCTGAAATTGTAAAATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCCATACACAATGTTCTGTAAGAGCTGAAATTGTAAAATCAC  50

seq1  TTTAGATGTTCTTTATGTCGCTTATAATCAATTTCTAAAGTCAAGAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATGTTCTTTATGTCGCTTATAATCAATTTCTAAAGTCAAGAACAG  100

seq1  AACCAGACCACAAGGGAAGCAAAGGATCTTGACTCTCCAAAGTAAAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGACCACAAGGGAAGCAAAGGATCTTGACTCTCCAAAGTAAAAAAC  150

seq1  AAAGGCAGAAAACTTTAGTAATTTCACGTAAGAGCAGGTTATACAATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAGAAAACTTTAGTAATTTCACGTAAGAGCAGGTTATACAATATA  200

seq1  TTAACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  250

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAAGAAACTAGGCTAGTGCAAGAAACCTTTGATGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAAGAAACTAGGCTAGTGCAAGAAACCTTTGATGAAG  300

seq1  TTATGTCTTAGTTACCTTTCAAATGAAATCGGAAGAGACAGGATGATTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTTAGTTACCTTTCAAATGAAATCGGAAGAGACAGGATGATTAG  350

seq1  CTAGACATTTATAGAAGAAAGTGTTTAACTGGGGCTTACCGGAAGAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACATTTATAGAAGAAAGTGTTTAACTGGGGCTTACCGGAAGAGAAT  400

seq1  GAGTTCAAGACCATTATGGTAGGGAACACAGAAGAAGGCACACATGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAAGACCATTATGGTAGGGAACACAGAAGAAGGCACACATGACCT  450

seq1  CAGAAGTATCTGAGAGCTTACTTCTTGATTCACACAAGTGTTAGAGGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTATCTGAGAGCTTACTTCTTGATTCACACAAGTGTTAGAGGGTG  500

seq1  GTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTCTGGAGGTATAGGCAGGCAGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTCTGGAGGTATAGGCAGGCAGATC  550

seq1  TCTGAGTTCAAGTCAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTCCAGGACTGTCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCAAGTCAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTCCAGGACTGTCAGG  600

seq1  GTTACATAAAGAAGCCCTGTCTTGAAAAATAACAAAGCAAAACAGAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATAAAGAAGCCCTGTCTTGAAAAATAACAAAGCAAAACAGAACAA  650

seq1  AATTGATCCACACAAACAAGGGGCAAAGAAAAACATTGGAAATGGTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATCCACACAAACAAGGGGCAAAGAAAAACATTGGAAATGGTGAGG  700

seq1  GCTTTTGAAGCCTCAAAGCCCATCCCCAGTGACAGAACTCCTCCAATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGAAGCCTCAAAGCCCATCCCCAGTGACAGAACTCCTCCAATAAG  750

seq1  ACCATACCCCCAATCCTTCCAAACTAGTTCTACCAACTGGAGACCAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACCCCCAATCCTTCCAAACTAGTTCTACCAACTGGAGACCAAGTA  800

seq1  CCTAAATATATGAGCTAATGAGGGTGATGCTCTTTCAAACTAAAACATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATATATGAGCTAATGAGGGTGATGCTCTTTCAAACTAAAACATGT  850

seq1  AAGAGTGATATGAAGGAAATATCAGTACCAGAGCCATGCCTATATTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGATATGAAGGAAATATCAGTACCAGAGCCATGCCTATATTCAAA  900

seq1  GACATTCTAGGATAAAAGAAAAAGCATGAATTCTCATCTATCTCTACTTA  950
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GACATTCTAGGATAAAAG-AAAAGCATG-ATTCTCATCTATCTCTACTT-  947

seq1  AAATACTGTATTTTACTTTTTTACATTGTATGTGTTTGTTTGCCTGCGCA  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTGTATTTTA-TTTTTTACATTG-ATGTGTTTGTTTGCCTGCGCA  995

seq1  TATGTCTGTGCACCACTGAGTGGCTGGTGCTTACAGAGGCCAGGAGAG-G  1049
        |||||||||||||||||   ||||| || |||||||||    |||| |
seq2  ATTGTCTGTGCACCACTGATGTGCTGGGGC-TACAGAGGC----AGAGAG  1040

seq1  GTACTGGAC-CCCTGGAACTATAATTATAAAGTGTAATAGAGTCATGCAA  1098
      ||||||||| | |||||||||||||||||| ||   ||||||| ||||| 
seq2  GTACTGGACTCTCTGGAACTATAATTATAATGT---ATAGAGT-ATGCAG  1086

seq1  AGGCTACAAATCAAATCAGAGTCCTC  1124
      ||||||||||||||| |  |||||||
seq2  AGGCTACAAATCAAA-CTAAGTCCTC  1111

seq1: chr6_93981480_93982515
seq2: B6Ng01-093F04.g_69_1091 (reverse)

seq1  AATGGAACAAAATACCCTTACTTTCTGTCTTACTTAGGGTTTCTACTGCT  50
      ||||||||||||||||||  |||||| |||  ||||||| ||||   |||
seq2  AATGGAACAAAATACCCTATCTTTCT-TCT--CTTAGGG-TTCT--CGCT  44

seq1  AGGACAAAACCGCCATGACCAAATGCACTTTAGGGAGGAAAGAGTTGGTT  100
      | ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||| |
seq2  A-GAC-AAACCGCCATGACTAAATGCAC-TTAGGAAG--AAGAGTTGG-T  88

seq1  TAGCTTTTGCTTCCTCATCACTGTTCATCTTGTAAGGTGCTCAAGACAGG  150
       ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
seq2  AAGC-TTTGCTTCCTCATCACTGTTCATC-TGTAAAGTGCTCAAGACA-G  135

seq1  TACTCAAACATGGTAGGGACCAGAAGGTAGGAGCTGATGCAGGCACTATG  200
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAAACATGGTAGGAACCAGAAGGTAGGAGCTGATGCAGGCACTATG  185

seq1  GAAGAATGCTGCTTATGGCTTGCTCTTCATGGCTTGCTCAACCATATAG-  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GAAGAATGCTGCTTATGGCTTGCTCTTCATGGCTTGCTCACCCATATAGA  235

seq1  AATCAGCACCATCATCCCAGGGGTGGCACCA-CCCACAATTAATTACCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCACCATCATCCCAGGGGTGGCACCACCCCACAATTAATTACCCA  285

seq1  TTCATTACCAATTAAGAAAATTTCCTACAATTGGGGTCCCTTCCTCTCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTACCAATTAAGAAAATTTCCTACAATTGGGGTCCCTTCCTCTCCA  335

seq1  GTGACTCTGGCTTGTGTCATATTGACATATAACAGACCATCACAAGTTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCTGGCTTGTGTCATATTGACATATAACAGACCATCACAAGTTCT  385

seq1  TTGTCAGAAACAATCAAATGGCAAGTTCTTGTTAGCAATTAAGAGCATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGAAACAATCAAATGGCAAGTTCTTGTTAGCAATTAAGAGCATGT  435

seq1  ACTGTGCTTTCAAAGGACCCAACTATAGTTCCTAGCACTCAGGTTGGGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCTTTCAAAGGACCCAACTATAGTTCCTAGCACTCAGGTTGGGTA  485

seq1  ACTCACAACTGCCTGTAACTCCAACTCCAGGGGATTTTACACGCCCAATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAACTGCCTGTAACTCCAACTCCAGGGGATTTTACACGCCCAATG  535

seq1  GGCACTTGCACTTAATTCATGTATACCAACATACACATAATTAGAAATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTGCACTTAATTCATGTATACCAACATACACATAATTAGAAATAA  585

seq1  AATGAATATTTAAAAGCCCAATTTCAAGTAATCCAATTAGCAATAAAAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATATTTAAAAGCCCAATTTCAAGTAATCCAATTAGCAATAAAAAC  635

seq1  AGAAGACAGAGAAAGACTAGTACGTGAAGGGTTGCTGGTTCCACTGCTCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAGAGAAAGACTAGTACGTGAAGGGTTGCTGGTTCCACTGCTCC  685

seq1  TCAAATCTATTCTGGAGCCAGTATAGCAGGCAAAAAGAAATTTACATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCTATTCTGGAGCCAGTATAGCAGGCAAAAAGAAATTTACATGAA  735

seq1  CATACACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAGTATAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAGTATAG  785

seq1  AATGGGAATATAAAATTATGCATAGGCTTTTGAGATTAAATGAAATATAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAATATAAAATTATGCATAGGCTTTTGAGATTAAATGAAATATAC  835

seq1  TGCTGCATATGAATTAGTGTGTTCTACAGAAGCTATGCAGTATAAAATAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCATATGAATTAGTGTGTTCTACAGAAGCTATGCAGTATAAAATAG  885

seq1  ACATAGTCACATAGTTGATTAGATTTACACTTCCATCTTATTTAAACTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTCACATAGTTGATTAGATTTACACTTCCATCTTATTTAAACTAT  935

seq1  GCCACCTGGAGAATAAGATAATTCAATGCTTTTTACATAAAACACCTTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTGGAGAATAAGATAATTCAATGCTTTTTACATAAAACACCTTAG  985

seq1  CTTAATATTTCACAATGAGAGCCCCTCCTTTTGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATTTCACAATGAGAGCCCCTCCTTTTGAATTC  1023