BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094J06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 5,329,917 - 5,453,249
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAsb4, Pdk4
Upstream geneLOC100039965, Col1a2, Casd1, Sgce, Peg10, LOC100040018, Ppp1r9a, Pon1, Pon3, Pon2
Downstream geneDync1i1, Slc25a13, EG667462, EG667468, LOC667471, LOC100040096
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094J06.bB6Ng01-094J06.g
ACCDH905759DH905760
length1,1791,096
definitionDH905759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094J06, 5' end.DH905760|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094J06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,452,046 - 5,453,249)(5,329,917 - 5,331,041)
sequence
gaattctataaatctatggtgtacagtgtacactcaatgttgtgaatata
catattgtggaacagctgagtggaacaaattaacatatttgcatacaatt
gttatgtggttagaacacaaagtctactcagcaattttcaagtatatgta
caccttattatttacaatagccaccatgctgcatatgaaattcatttgat
gttgtaatactggaattttgtggttttgaacaatatcttctcagacgcca
agctctgggagctagaaagtgcaggcttaggttgccagcaactttgttct
ctgataatggctgctcattggtaagttttgatggggtgaacacacaagca
agatcacatagagttatgacaggaatttcttatgttttaagtttgaacac
tcttccattgtgcatgtgtgacatattctctttatctagtcaccatctac
tgcatttactggccacctaagtgtttccatttcttgcctcttacgagaag
tgctagaataaacctgggagtgaggctgtctctcacgtactaacaatcac
ttcttgtctgaagccatacctacttcaatcagactgatgttaacgttttt
aaggaatctgcatactgttttccataatggcagttgccagttattatgct
ctaactagaacactgtgtccagtataggaactttggcttctctgcaggag
tagttagggttgttactgcaaaggtttgtggtcatgtacagtttttccac
aaagggccacccaggtaccacaaaagaatccatatgcatgaaaacgtgtt
gccagcattcctaagtatgggtgacactacaaactccaagcgaagggttt
aaacttggcctttcctgttttaacagctctagctccatagaccaatgttc
cagtatggaattatttcaaactctgcctgcctcgtatgcaaatccatgtt
aaatatacacatttgcagatctgggaacacctctcctgcccagtgtggga
ctcctgcagatctgtttgctcagtccctacctgggtgaaagccattctga
tctcattttcttctaggaggattagaggaagagtaagagttctagtatgt
gatcctgattctgaaacagaaacgaaacatgcaagcgactgagatggaag
acttgaatgactatgactggaatggccat
gaattcaacagcagtgttaaccacagagggagccttttgcagaatgataa
aacacggctaacctcagttggatttacagctggccctgcgcggccctctg
ccgaataagtctggtctatgtacaaaacttcagttttgtcctccgggaag
ctcaaccttccaattcagaagtgtttgcataatttaggcaaattgaccaa
aacttgtagagaaaacaaaactgccacagtacaagaaaccaagccgatag
gccgttggcttcctccagtgatgcttgcttgagaaagttggcaccaggat
aaataacagctcacgggcggtgcgtggtgcgcgtctaggcagccggctgc
tgtggcagctccgtggctttctccgaagtgaactacggtagagtaagcag
actgtctccaccagcacagccataataccagtgagcagaaactccgtggt
ggggaggggcatatcgagttctccgagaagaaagggaggtttgcacctct
cactatcagtcaggagagtcagagccttcatagtcaaagctagctgcctg
gctacactgaattaataatgatggctaacatcttccagcatttactgtgc
cccagacactcttgtaaaagggctttacacatgtcaacttagttaatcct
cacaacggctcaatgaggtacatattattatgatctccgttttaaaggtg
aagggtgggaggcacggagagagggcaagcggttaagtcacgagagcagc
tgcctggctgcgggagctacaggtttatccgggacaataacaggcactga
tgagttcctggtgcggcctggctggctgtgcagctgcagagctggctgtc
ctgtttgtgctcacataagcccccattaatgagggaagcacgattgggct
tccttgctctggcaacctgaaagagcctatagatacagatgctattgtga
acgcctttgtaatctgagcttccccacctctaaaaaaaataaatagaata
tcaacttcttaatgtattcatagggaattcagaaagggtgaagaagcgct
tctgtttttgagctttgcatcattgttggcgaacaggcacaatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_5452046_5453249
seq2: B6Ng01-094J06.b_44_1222 (reverse)

seq1  ATGGCCATTCCAGGTCATCTGAGGCTCATCAAAGTCTATCCTACTCAGTT  50
      |||||||||||| |||||   ||  ||||  |||||| |||  |||||| 
seq2  ATGGCCATTCCA-GTCAT---AG--TCATTCAAGTCT-TCCATCTCAGT-  42

seq1  CTGCTTGCCATGTCTCGTTTTCTGTTTCAGGAATCAGGTATCCACCATAC  100
        ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||   |||||
seq2  -CGCTTG-CATGTTTCG-TTTCTGTTTCA-GAATCAGG-ATC--ACATAC  85

seq1  TTAGAAACTTCCTTACTC-TCCTCTAATTCCTCCTTAAGAGAAAATGAGA  149
       ||| ||||  ||||||| |||||||| |||||| ||  |||||||||||
seq2  -TAG-AACT--CTTACTCTTCCTCTAA-TCCTCC-TAGAAGAAAATGAGA  129

seq1  TCAGAATGGCTTTCACCCAGGTAGGGACTGGAGCAAACAGATCCTGCAGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TCAGAATGGCTTTCACCCAGGTAGGGACT-GAGCAAACAGAT-CTGCAGG  177

seq1  AGTCCCACACTGGGCAGGGAGAGGTTGTTTCCCAGATCTGCAAATGTGTA  249
      |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCACACTGGGCA-GGAGAGGT--GTTCCCAGATCTGCAAATGTGTA  224

seq1  TATTTAACATGGATTTGCATACGAGGCAGGCAGAGTTTGAAATAATTCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAACATGGATTTGCATACGAGGCAGGCAGAGTTTGAAATAATTCCA  274

seq1  TACTGGAACATTGGTCTATGGAGCTAGAGCTGTTAAAACAGGAAAGGCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAACATTGGTCTATGGAGCTAGAGCTGTTAAAACAGGAAAGGCCA  324

seq1  AGTTTAAACCCTTCGCTTGGAGTTTGTAGTGTCACCCATACTTAGGAATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAACCCTTCGCTTGGAGTTTGTAGTGTCACCCATACTTAGGAATG  374

seq1  CTGGCAACACGTTTTCATGCATATGGATTCTTTTGTGGTACCTGGGTGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAACACGTTTTCATGCATATGGATTCTTTTGTGGTACCTGGGTGGC  424

seq1  CCTTTGTGGAAAAACTGTACATGACCACAAACCTTTGCAGTAACAACCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGGAAAAACTGTACATGACCACAAACCTTTGCAGTAACAACCCT  474

seq1  AACTACTCCTGCAGAGAAGCCAAAGTTCCTATACTGGACACAGTGTTCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTCCTGCAGAGAAGCCAAAGTTCCTATACTGGACACAGTGTTCTA  524

seq1  GTTAGAGCATAATAACTGGCAACTGCCATTATGGAAAACAGTATGCAGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGCATAATAACTGGCAACTGCCATTATGGAAAACAGTATGCAGAT  574

seq1  TCCTTAAAAACGTTAACATCAGTCTGATTGAAGTAGGTATGGCTTCAGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAAAACGTTAACATCAGTCTGATTGAAGTAGGTATGGCTTCAGAC  624

seq1  AAGAAGTGATTGTTAGTACGTGAGAGACAGCCTCACTCCCAGGTTTATTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTGATTGTTAGTACGTGAGAGACAGCCTCACTCCCAGGTTTATTC  674

seq1  TAGCACTTCTCGTAAGAGGCAAGAAATGGAAACACTTAGGTGGCCAGTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTCTCGTAAGAGGCAAGAAATGGAAACACTTAGGTGGCCAGTAA  724

seq1  ATGCAGTAGATGGTGACTAGATAAAGAGAATATGTCACACATGCACAATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTAGATGGTGACTAGATAAAGAGAATATGTCACACATGCACAATG  774

seq1  GAAGAGTGTTCAAACTTAAAACATAAGAAATTCCTGTCATAACTCTATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGTTCAAACTTAAAACATAAGAAATTCCTGTCATAACTCTATGT  824

seq1  GATCTTGCTTGTGTGTTCACCCCATCAAAACTTACCAATGAGCAGCCATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGCTTGTGTGTTCACCCCATCAAAACTTACCAATGAGCAGCCATT  874

seq1  ATCAGAGAACAAAGTTGCTGGCAACCTAAGCCTGCACTTTCTAGCTCCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAACAAAGTTGCTGGCAACCTAAGCCTGCACTTTCTAGCTCCCA  924

seq1  GAGCTTGGCGTCTGAGAAGATATTGTTCAAAACCACAAAATTCCAGTATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGGCGTCTGAGAAGATATTGTTCAAAACCACAAAATTCCAGTATT  974

seq1  ACAACATCAAATGAATTTCATATGCAGCATGGTGGCTATTGTAAATAATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCAAATGAATTTCATATGCAGCATGGTGGCTATTGTAAATAATA  1024

seq1  AGGTGTACATATACTTGAAAATTGCTGAGTAGACTTTGTGTTCTAACCAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTACATATACTTGAAAATTGCTGAGTAGACTTTGTGTTCTAACCAC  1074

seq1  ATAACAATTGTATGCAAATATGTTAATTTGTTCCACTCAGCTGTTCCACA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATTGTATGCAAATATGTTAATTTGTTCCACTCAGCTGTTCCACA  1124

seq1  ATATGTATATTCACAACATTGAGTGTACACTGTACACCATAGATTTATAG  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATATTCACAACATTGAGTGTACACTGTACACCATAGATTTATAG  1174

seq1  AATTC  1204
      |||||
seq2  AATTC  1179

seq1: chr6_5329917_5331041
seq2: B6Ng01-094J06.g_70_1165

seq1  GAATTCAACAGCAGTGTTAACCACAGAGGGAGCCTTTTGCAGAATGATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGCAGTGTTAACCACAGAGGGAGCCTTTTGCAGAATGATAA  50

seq1  AACACGGCTAACCTCAGTTGGATTTACAGCTGGCCCTGCGCGGCCCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGGCTAACCTCAGTTGGATTTACAGCTGGCCCTGCGCGGCCCTCTG  100

seq1  CCGAATAAGTCTGGTCTATGTACAAAACTTCAGTTTTGTCCTCCGGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATAAGTCTGGTCTATGTACAAAACTTCAGTTTTGTCCTCCGGGAAG  150

seq1  CTCAACCTTCCAATTCAGAAGTGTTTGCATAATTTAGGCAAATTGACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTTCCAATTCAGAAGTGTTTGCATAATTTAGGCAAATTGACCAA  200

seq1  AACTTGTAGAGAAAACAAAACTGCCACAGTACAAGAAACCAAGCCGATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTAGAGAAAACAAAACTGCCACAGTACAAGAAACCAAGCCGATAG  250

seq1  GCCGTTGGCTTCCTCCAGTGATGCTTGCTTGAGAAAGTTGGCACCAGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTTGGCTTCCTCCAGTGATGCTTGCTTGAGAAAGTTGGCACCAGGAT  300

seq1  AAATAACAGCTCACGGGCGGTGCGTGGTGCGCGTCTAGGCAGCCGGCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAGCTCACGGGCGGTGCGTGGTGCGCGTCTAGGCAGCCGGCTGC  350

seq1  TGTGGCAGCTCCGTGGCTTTCTCCGAAGTGAACTACGGTAGAGTAAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGCTCCGTGGCTTTCTCCGAAGTGAACTACGGTAGAGTAAGCAG  400

seq1  ACTGTCTCCACCAGCACAGCCATAATACCAGTGAGCAGAAACTCCGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCCACCAGCACAGCCATAATACCAGTGAGCAGAAACTCCGTGGT  450

seq1  GGGGAGGGGCATATCGAGTTCTCCGAGAAGAAAGGGAGGTTTGCACCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGGCATATCGAGTTCTCCGAGAAGAAAGGGAGGTTTGCACCTCT  500

seq1  CACTATCAGTCAGGAGAGTCAGAGCCTTCATAGTCAAAGCTAGCTGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCAGTCAGGAGAGTCAGAGCCTTCATAGTCAAAGCTAGCTGCCTG  550

seq1  GCTACACTGAATTAATAATGATGGCTAACATCTTCCAGCATTTACTGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACACTGAATTAATAATGATGGCTAACATCTTCCAGCATTTACTGTGC  600

seq1  CCCAGACACTCTTGTAAAAGGGCTTTACACATGTCAACTTAGTTAATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACACTCTTGTAAAAGGGCTTTACACATGTCAACTTAGTTAATCCT  650

seq1  CACAACGGCTCAATGAGGTACATATTATTATGATCTCCGTTTTAAAGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACGGCTCAATGAGGTACATATTATTATGATCTCCGTTTTAAAGGTG  700

seq1  AAGGGTGGGAGGCACGGAGAGAGGGCAAGCGGTTAAGTCAGGAGAGCAGC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGGGTGGGAGGCACGGAGAGAGGGCAAGCGGTTAAGTCACGAGAGCAGC  750

seq1  TGCCTGGCTGCGGGAGCTACAGGTTTATCCGGGACAATAACAGGCACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGCTGCGGGAGCTACAGGTTTATCCGGGACAATAACAGGCACTGA  800

seq1  TGAGTTCCTGGTGCGGCCTGGCTGGCTGTGCAGCTGCAGAGCTGGCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCTGGTGCGGCCTGGCTGGCTGTGCAGCTGCAGAGCTGGCTGTC  850

seq1  CTGTTTGTGCTCACAATAAGCCCCCATTAATGAGGGAAGCACGATTGGGC  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTGCTCAC-ATAAGCCCCCATTAATGAGGGAAGCACGATTGGGC  899

seq1  TTCCTTGCTCTGGCAACCTGAAAGAGCCTATAGAATACAGATGCTATTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGCTCTGGCAACCTGAAAGAGCCTATAG-ATACAGATGCTATTGT  948

seq1  GAACGCCTTTGTAATCTGGAGCTTCCCCCACCCTCTTAAAAAAAAATAAA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||  ||||||||||||
seq2  GAACGCCTTTGTAATCT-GAGCTTCCCC--ACCTCT--AAAAAAAATAAA  993

seq1  TAGAATAATCAACTTCTTAATGTATCCATAGGGAATTCAGGAAAGGGGTG  1050
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||
seq2  TAGAAT-ATCAACTTCTTAATGTATTCATAGGGAATTCAG--AAAGGGTG  1040

seq1  AAGAAGCCGCTTCTGTTTTTGAGGCTTTTGCAATCATTGTTGGCGAGACA  1100
      |||||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||     
seq2  AAGAAG-CGCTTCTGTTTTTGAG--CTTTGC-ATCATTGTTGGCG-----  1081

seq1  GAGCCAACAGATGGGGAACAATGGG  1125
           ||||     || ||||||||
seq2  -----AACA-----GGCACAATGGG  1096