BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096D07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 97,492,978 - 97,641,891
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrmd4b
Upstream geneC630007B19Rik, C130034I18Rik, A130022J15Rik, Tmf1, Ube1c, Arl6ip5, Lmod3
Downstream geneLOC641241, LOC100043692, Mitf, Gm765, LOC666019, LOC665963
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096D07.bB6Ng01-096D07.g
ACCDH906933DH906934
length1,0051,110
definitionDH906933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096D07, 5' end.DH906934|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096D07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,640,825 - 97,641,891)(97,492,978 - 97,494,098)
sequence
gaattccatttatattttcttgcaggtgaagatacagttgtttcttcagt
gtagataggtggctagagaagggaagaaagctgaaccagaaaatctcaca
gaaatttgcaccatcctatgcacaggaacaagcactcatcagcatatgga
ctctggagcagtgattctcaaactgtgggtcacgaccccttttggggggc
aaacaactctttcacagaggttaccttagactattggaaaacacagatgt
ttgcattatgattcataatagcagcaaaattacagttatgaagtagcaac
aggataattttatggttgagggtcatcacagcatggggaactgtattaaa
aggtcacagcattaggaaggagagtggtgatcataatgtgcatcagggct
gctgtatgcaagaggctgcattggaggtctttgtgtgaagccttttgttg
tgcagtctacaagacactgtataggtttttggaggctggaagggataagt
aagctgccaattctactttgttctgcttgctaaatcgtggaatacagaag
gttgttataacatgtccctgaagttatatgagtcaaccacgcctggaaga
aactccaagaaaaacatcttccttatacaaatacagttgctacaaagact
attagtgagagcactcacgactgacatagatatggaaataaatgcatatc
atccctgtgtcaagtgctattagttaagggtatgctgatgtggtggttct
cccacccccagcccccgaccatcaccctgatacaagctacagtcatttga
gaagaagacacctcagttgagaatccaattccacaagaatggcctttggg
ggcattttcttagttagtgatgatgtggggagggcccaacaaactaaggg
ttgtgccacccctgggcaggatctttctttggtgtataaaaagaactgac
aggccacaggaacaagccataatcagtggtctctagatcctgcttggatc
ccttt
gaattcattcctaaagaaggggatccgttctttggattattagcctcaag
tcaaaataatttccctctagctctctgggtaaaacaccaccagtaaaagc
aatttttctgtgtaatatcatcactctctttttggacaaccatcactcct
gtgacactgccaatatcatgcctgttattacttatttatttattatactt
gggattgaaccctaggaattatgtatcctaggtaagtgttctaccactga
ggtgtccctagccctgaatttgtgctatatttgtggctgcaggacccaag
gtcatcttatgcatagttctttgaccttttaatacagtccctcatgttgt
ggtgaccacaaccataaaagttattttcatggatacttcaaaactgtaat
ttttctactgttatgagttgtaatgtaaatatctatgtttcccaatggtc
ttaggtgacccctgtgaatgggttgttctacccctgaaggatagacccct
cacaggttaagaaacgctgctgtaatgaataagttccagaatcttgattg
agagtcaggatcttagaaagccagcttccagggatgctaatgaatcaata
aggaagacattggcaagagcatgaaaagagatcaaatttgtgagccgctg
aaatggctcagtgggtaatggcatctgttaccaagactgatgacctgagt
ctcactgggatctacctacatggtggagagaaagaactgattcctcctgc
aagttgtcctctgacctccacaggcacatggtgtcaacactcccacccca
ttaaagcaaacaaggctaaagaaaaaggagacctcaaatctgaaccagag
agatggttgagcgcttgctacacaagcctgttgacctgactgattcacga
aaccatcttttgacctccacatgcatgttgttggtggctccctcatatat
atgtataacaaataatttttaaatcactttaggataatatataataaata
gacccagtgaaggtccatggattatgacaaatatatgcatcatatcctgt
acccagtaggcactgggcagtaccaccagaacagaggactggaaggttgg
agtgagctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_97640825_97641891
seq2: B6Ng01-096D07.b_45_1049 (reverse)

seq1  AAAGGGATTATGTAGATTAAACTTCGTCAACACAGCTCATCATCAAAGGA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGTCAAGGAAAGGGATACAAGCAGGAATCTAGAGACCACTGATTATTGGC  100
              |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  --------AAAGGGATCCAAGCAGG-ATCTAGAGACCACTGATTA-TGGC  40

seq1  TTGTTCCTTGTGGCTTGCTCAGTTTCTTTTTATACAACCAAG-AAGGTCC  149
      ||||||| |||||| || |||| ||||||||||||| | ||| ||| |||
seq2  TTGTTCC-TGTGGCCTG-TCAG-TTCTTTTTATACACCAAAGAAAGATCC  87

seq1  TGCCCAGGGGTGGCACAACCCTTAGTTTGTTGGGCCCT-CCCACATCAAT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  TGCCCAGGGGTGGCACAACCCTTAGTTTGTTGGGCCCTCCCCACATC-AT  136

seq1  CACTAACTAAGAAAATGCCCCCAAAGGCCATTCTTGTGGAATTGGATTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAACTAAGAAAATGCCCCCAAAGGCCATTCTTGTGGAATTGGATTCT  186

seq1  CAACTGAGGTGTCTTCTTCTCAAATGACTGTAGCTTGTATCAGGGTGATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAGGTGTCTTCTTCTCAAATGACTGTAGCTTGTATCAGGGTGATG  236

seq1  GTCGGGGGCTGGGGGTGGGAGAACCACCACATCAGCATACCCTTAACTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGGGGCTGGGGGTGGGAGAACCACCACATCAGCATACCCTTAACTAA  286

seq1  TAGCACTTGACACAGGGATGATATGCATTTATTTCCATATCTATGTCAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTGACACAGGGATGATATGCATTTATTTCCATATCTATGTCAGT  336

seq1  CGTGAGTGCTCTCACTAATAGTCTTTGTAGCAACTGTATTTGTATAAGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGTGCTCTCACTAATAGTCTTTGTAGCAACTGTATTTGTATAAGGA  386

seq1  AGATGTTTTTCTTGGAGTTTCTTCCAGGCGTGGTTGACTCATATAACTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTTTCTTGGAGTTTCTTCCAGGCGTGGTTGACTCATATAACTTC  436

seq1  AGGGACATGTTATAACAACCTTCTGTATTCCACGATTTAGCAAGCAGAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATGTTATAACAACCTTCTGTATTCCACGATTTAGCAAGCAGAAC  486

seq1  AAAGTAGAATTGGCAGCTTACTTATCCCTTCCAGCCTCCAAAAACCTATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGAATTGGCAGCTTACTTATCCCTTCCAGCCTCCAAAAACCTATA  536

seq1  CAGTGTCTTGTAGACTGCACAACAAAAGGCTTCACACAAAGACCTCCAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTTGTAGACTGCACAACAAAAGGCTTCACACAAAGACCTCCAAT  586

seq1  GCAGCCTCTTGCATACAGCAGCCCTGATGCACATTATGATCACCACTCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTCTTGCATACAGCAGCCCTGATGCACATTATGATCACCACTCTC  636

seq1  CTTCCTAATGCTGTGACCTTTTAATACAGTTCCCCATGCTGTGATGACCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAATGCTGTGACCTTTTAATACAGTTCCCCATGCTGTGATGACCC  686

seq1  TCAACCATAAAATTATCCTGTTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCATAAAATTATCCTGTTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTGCT  736

seq1  ATTATGAATCATAATGCAAACATCTGTGTTTTCCAATAGTCTAAGGTAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAATCATAATGCAAACATCTGTGTTTTCCAATAGTCTAAGGTAAC  786

seq1  CTCTGTGAAAGAGTTGTTTGCCCCCCAAAAGGGGTCGTGACCCACAGTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGAAAGAGTTGTTTGCCCCCCAAAAGGGGTCGTGACCCACAGTTT  836

seq1  GAGAATCACTGCTCCAGAGTCCATATGCTGATGAGTGCTTGTTCCTGTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCACTGCTCCAGAGTCCATATGCTGATGAGTGCTTGTTCCTGTGC  886

seq1  ATAGGATGGTGCAAATTTCTGTGAGATTTTCTGGTTCAGCTTTCTTCCCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATGGTGCAAATTTCTGTGAGATTTTCTGGTTCAGCTTTCTTCCCT  936

seq1  TCTCTAGCCACCTATCTACACTGAAGAAACAACTGTATCTTCACCTGCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGCCACCTATCTACACTGAAGAAACAACTGTATCTTCACCTGCAA  986

seq1  GAAAATATAAATGGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATAAATGGAATTC  1005

seq1: chr6_97492978_97494098
seq2: B6Ng01-096D07.g_67_1176

seq1  GAATTCATTCCTAAAGAAGGGGATCCGTTCTTTGGATTATTAGCCTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCTAAAGAAGGGGATCCGTTCTTTGGATTATTAGCCTCAAG  50

seq1  TCAAAATAATTTCCCTCTAGCTCTCTGGGTAAAACACCACCAGTAAAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATAATTTCCCTCTAGCTCTCTGGGTAAAACACCACCAGTAAAAGC  100

seq1  AATTTTTCTGTGTAATATCATCACTCTCTTTTTGGACAACCATCACTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCTGTGTAATATCATCACTCTCTTTTTGGACAACCATCACTCCT  150

seq1  GTGACACTGCCAATATCATGCCTGTTATTACTTATTTATTTATTATACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTGCCAATATCATGCCTGTTATTACTTATTTATTTATTATACTT  200

seq1  GGGATTGAACCCTAGGAATTATGTATCCTAGGTAAGTGTTCTACCACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGAACCCTAGGAATTATGTATCCTAGGTAAGTGTTCTACCACTGA  250

seq1  GGTGTCCCTAGCCCTGAATTTGTGCTATATTTGTGGCTGCAGGACCCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCCTAGCCCTGAATTTGTGCTATATTTGTGGCTGCAGGACCCAAG  300

seq1  GTCATCTTATGCATAGTTCTTTGACCTTTTAATACAGTCCCTCATGTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTTATGCATAGTTCTTTGACCTTTTAATACAGTCCCTCATGTTGT  350

seq1  GGTGACCACAACCATAAAAGTTATTTTCATGGATACTTCAAAACTGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCACAACCATAAAAGTTATTTTCATGGATACTTCAAAACTGTAAT  400

seq1  TTTTCTACTGTTATGAGTTGTAATGTAAATATCTATGTTTCCCAATGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACTGTTATGAGTTGTAATGTAAATATCTATGTTTCCCAATGGTC  450

seq1  TTAGGTGACCCCTGTGAATGGGTTGTTCTACCCCTGAAGGATAGACCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGACCCCTGTGAATGGGTTGTTCTACCCCTGAAGGATAGACCCCT  500

seq1  CACAGGTTAAGAAACGCTGCTGTAATGAATAAGTTCCAGAATCTTGATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTTAAGAAACGCTGCTGTAATGAATAAGTTCCAGAATCTTGATTG  550

seq1  AGAGTCAGGATCTTAGAAAGCCAGCTTCCAGGGATGCTAATGAATCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGGATCTTAGAAAGCCAGCTTCCAGGGATGCTAATGAATCAATA  600

seq1  AGGAAGACATTGGCAAGAGCATGAAAAGAGATCAAATTTGTGAGCCGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACATTGGCAAGAGCATGAAAAGAGATCAAATTTGTGAGCCGCTG  650

seq1  AAATGGCTCAGTGGGTAATGGCATCTGTTACCAAGACTGATGACCTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCTCAGTGGGTAATGGCATCTGTTACCAAGACTGATGACCTGAGT  700

seq1  CTCACTGGGATCTACCTACATGGTGGAGAGAAAGAACTGATTCCTCCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGGATCTACCTACATGGTGGAGAGAAAGAACTGATTCCTCCTGC  750

seq1  AAGTTGTCCTCTGACCTCCACAGGCACATGGTGTCAACACTCCCACCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTCCTCTGACCTCCACAGGCACATGGTGTCAACACTCCCACCCCA  800

seq1  TTAAAGCAAACAAGGCTAAAGAAAAAGGAGACCTCAAATCTGAACCAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCAAACAAGGCTAAAGAAAAAGGAGACCTCAAATCTGAACCAGAG  850

seq1  AGATGGTTGAGCGCTTGCTACACAAGCCTGTTGACCTGACTGATTCACGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTTGAGCGCTTGCTACACAAGCCTGTTGACCTGACTGATTCACGA  900

seq1  AACCATCTTTTGACCTCCACATGCATGTTGTTGGTGGCTCCCTCATATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTTTTGACCTCCACATGCATGTTGTTGGTGGCTCCCTCATATAT  950

seq1  ATGTAATAACAAATAATTTTTAAAATCAACTTTAGGATAATATATAATAA  1000
      |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  ATGT-ATAACAAATAATTTTT-AAATC-ACTTTAGGATAATATATAAT-A  996

seq1  AATAGACCCAAGTGAAAGGTCCAATGGATATTGACAAATATATGCATCAT  1050
      ||||||||| |||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||
seq2  AATAGACCC-AGTG-AAGGTCC-ATGGATTATGACAAATATATGCATCAT  1043

seq1  AATCCTGTACCCAAGTAGGGCAACTGGGCAGTACCACCAG-ACAGAGGAA  1099
       ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  -ATCCTGTACCC-AGTAGG--CACTGGGCAGTACCACCAGAACAGAGG-A  1088

seq1  CTGGAAAGGTTGAGTGAGCTCA  1121
      |||||| | | |||||||||||
seq2  CTGGAAGGTTGGAGTGAGCTCA  1110