BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097M15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 118,694,592 - 118,889,805
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1c
Upstream geneEG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9, Ankrd26
Downstream geneDcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b, Fbxl14, Erc1, LOC666887, Rad52, Wnk1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097M15.bB6Ng01-097M15.g
ACCDH908064DH908065
length1,075203
definitionDH908064|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097M15, 5' end.DH908065|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097M15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,888,734 - 118,889,805)(118,694,592 - 118,694,794)
sequence
gaattccaggccgatgagggaggctggatattgctatctctgctggcatc
gtggcatgaggccttgatcgatgtgatggaggtagggtcatactgacctg
tacagatctgaggatgggacggctaatgaccaccactgtctagctctctt
ggtgaagagctccactcttggctcgtaaccaacagctttttgattacaga
cctgggagacagcaatttggagcacttggcccattcctgtttcaggcata
aagctcaggtctgggtatctctgaatccataggtgcttggagcatccttc
tacatgaaggaagaaaagtgccccacccctgtctgcatcttgttctccct
gcttattcctcactaagtagtgggggaggtggaatgttagcaaggactag
agagtcctgtaccctgctcgtgtttcctcccacacctgtcccttctcagg
taatcaagcctcctccattctgtggtagctgggcagcaggtctccttggg
gactcctttgcagatagtgcagcagcttcaatgtagtcttgtctcatcca
gagatgccacggtacagcctaggggcagtggattgaagccagaagtgagg
agagaggtctgggttgggctctgtgggctctgccttttattttgttttgt
tttgttttgtttttctgaactacccatggttcccctcactatcaccacca
accaagccctatctactccccaaggggagatgtggatgggcttggtcatg
gtgtgcttcttggaggctcttttgcttccctgtgaatttctacaagaccc
tgtactgtttcacttgctgtctgcctctctctgtaccctgctccgtgcag
tgatggcatcatgaactcccacactacatctggcagtgtgaggagtaaat
gcctcatccctggggcttcgtggacagaatacagttttccagatctgcta
ccaaagatctctatgatctaaggctgctggtagaaatggactggaaagct
gtgccaattggacgtgcccatagaaggcctcggagcttcctttcccgatg
cagcggctctactttccccttctgc
catgtgccaggagcagtgccttgcatttgataggtactcaggaaatgtct
gagttgcactgatgaatttaagagttggctctgtactataaataggaagc
ctttgctagctgggaacattatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtat
gtatgtatgtatgtatgtaaatgataaaaacatggtattagatgcatttg
tag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_118888734_118889805
seq2: B6Ng01-097M15.b_45_1118 (reverse)

seq1  CAGAAGGGGAAAGCGAGGCCGGCTGCACTGGGGAAAGGAGGCTCCGAG--  48
      |||||||||||||  ||  | |||||| | ||||||||| ||||||||  
seq2  CAGAAGGGGAAAG-TAGAGCCGCTGCA-TCGGGAAAGGAAGCTCCGAGGC  48

seq1  CCTCTGATGGCACGTCC-ATTGTGCCCGCCTTCCTGTCCATTTCTCCCAG  97
      | |||   ||||||||| ||||   | || |||| |||||||||| ||||
seq2  CTTCTATGGGCACGTCCAATTGGCACAGCTTTCCAGTCCATTTCTACCAG  98

seq1  CAGCCTCTGCTC-TAGAGCTCTTTGGTAGCAGATCTGGAAAACTGTTATT  146
      ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGCCTTAGATCATAGAGATCTTTGGTAGCAGATCTGGAAAACTG-TATT  147

seq1  CTGTCCACGAAG-CCCAGGGATGAGGCATTTAACTCCTCACACTGCCAGA  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCACGAAGCCCCAGGGATGAGGCATTT-ACTCCTCACACTGCCAGA  196

seq1  TGTAGTGTGGGAGTTC-TGATGCCATCACTGCACGGAGCAGGGTACAGAG  244
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGTGGGAGTTCATGATGCCATCACTGCACGGAGCAGGGTACAGAG  246

seq1  AGAGGGCAGACAGCAAGTGAAACAGTACAGGGTCTTGTAGAAATTCACAG  294
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGA-GGCAGACAGCAAGTGAAACAGTACAGGGTCTTGTAGAAATTCACAG  295

seq1  GGAAGC-AAAGAGCCTCCAAGAAGCACACCATGACCAAGCCCATCCACAT  343
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAAAAGAGCCTCCAAGAAGCACACCATGACCAAGCCCATCCACAT  345

seq1  CTCCCCTTGGGGAGTAGATAGGGCTTGGTTGGTGGTGATAGTGAGGGGAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTTGGGGAGTAGATAGGGCTTGGTTGGTGGTGATAGTGAGGGGAA  395

seq1  CCATGGGTAGTTCAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAATAAAAGGCAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGTAGTTCAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAATAAAAGGCAG  445

seq1  AGCCCACAGAGCCCAACCCAGACCTCTCTCCTCACTTCTGGCTTCAATCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAGAGCCCAACCCAGACCTCTCTCCTCACTTCTGGCTTCAATCC  495

seq1  ACTGCCCCTAGGCTGTACCGTGGCATCTCTGGATGAGACAAGACTACATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCCTAGGCTGTACCGTGGCATCTCTGGATGAGACAAGACTACATT  545

seq1  GAAGCTGCTGCACTATCTGCAAAGGAGTCCCCAAGGAGACCTGCTGCCCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCTGCACTATCTGCAAAGGAGTCCCCAAGGAGACCTGCTGCCCA  595

seq1  GCTACCACAGAATGGAGGAGGCTTGATTACCTGAGAAGGGACAGGTGTGG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCACAGAATGGAGGAGGCTTGATTACCTGAGAAGGGACAGGTGTGG  645

seq1  GAGGAAACACGAGCAGGGTACAGGACTCTCTAGTCCTTGCTAACATTCCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACACGAGCAGGGTACAGGACTCTCTAGTCCTTGCTAACATTCCA  695

seq1  CCTCCCCCACTACTTAGTGAGGAATAAGCAGGGAGAACAAGATGCAGACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCACTACTTAGTGAGGAATAAGCAGGGAGAACAAGATGCAGACA  745

seq1  GGGGTGGGGCACTTTTCTTCCTTCATGTAGAAGGATGCTCCAAGCACCTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGGGCACTTTTCTTCCTTCATGTAGAAGGATGCTCCAAGCACCTA  795

seq1  TGGATTCAGAGATACCCAGACCTGAGCTTTATGCCTGAAACAGGAATGGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCAGAGATACCCAGACCTGAGCTTTATGCCTGAAACAGGAATGGG  845

seq1  CCAAGTGCTCCAAATTGCTGTCTCCCAGGTCTGTAATCAAAAAGCTGTTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGCTCCAAATTGCTGTCTCCCAGGTCTGTAATCAAAAAGCTGTTG  895

seq1  GTTACGAGCCAAGAGTGGAGCTCTTCACCAAGAGAGCTAGACAGTGGTGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACGAGCCAAGAGTGGAGCTCTTCACCAAGAGAGCTAGACAGTGGTGG  945

seq1  TCATTAGCCGTCCCATCCTCAGATCTGTACAGGTCAGTATGACCCTACCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGCCGTCCCATCCTCAGATCTGTACAGGTCAGTATGACCCTACCT  995

seq1  CCATCACATCGATCAAGGCCTCATGCCACGATGCCAGCAGAGATAGCAAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACATCGATCAAGGCCTCATGCCACGATGCCAGCAGAGATAGCAAT  1045

seq1  ATCCAGCCTCCCTCATCGGCCTGGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCCTCCCTCATCGGCCTGGAATTC  1074

seq1: chr6_118694592_118694794
seq2: B6Ng01-097M15.g_77_279

seq1  CATGTGCCAGGAGCAGTGCCTTGCATTTGATAGGTACTCAGGAAATGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCCAGGAGCAGTGCCTTGCATTTGATAGGTACTCAGGAAATGTCT  50

seq1  GAGTTGCACTGATGAATTTAAGAGTTGGCTCTGTACTATAAATAGGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCACTGATGAATTTAAGAGTTGGCTCTGTACTATAAATAGGAAGC  100

seq1  CTTTGCTAGCTGGGAACATTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTAGCTGGGAACATTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAT  150

seq1  GTATGTATGTATGTATGTAAATGATAAAAACAGGGTAGGAGATGCAGTTG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||
seq2  GTATGTATGTATGTATGTAAATGATAAAAACATGGTATTAGATGCATTTG  200

seq1  TAG  203
      |||
seq2  TAG  203