BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098K03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,925,856 - 108,011,907
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpia-ps6_1128.1, Lrrn1
Downstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098K03.bB6Ng01-098K03.g
ACCDH908668DH908669
length1,1621,105
definitionDH908668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098K03, 5' end.DH908669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098K03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,010,733 - 108,011,907)(107,925,856 - 107,926,634)
sequence
gaattcaagccttaaggctctgaggatgggtttgaccttgaaaagctggg
cttgaccttgaaaatcatggcttgaacttacacttacatatttttatttt
tcacttcatgttctagatggtcaacattttcatactatctcagacgttat
gatatacaaatagaagttgtttttctaaaggtactgtcagtacttcatgg
gatcttctggtctagtgtaaagtgcagagccaacccatctccgcatagat
ttcaaagcaaagatgggtgttattaaagtttggtccctttgtgttaattt
agtcctagctatataaaaatccattaaacatgtaagcccatatttatgag
tgtttattagacgatttcaacagatgctgtgaggagaacccttacagttc
aggattcttgtccagaaagagcctcagcgtgttttccactctggtgactt
cccaggttctgttctggtgtttgtaaatggcaaggttcattactggcaga
aaggcaattcccaagaacaagaggcatggggatcttattaggaaaacatt
catagtcatgctagaaaaactcaccacatacaaaggcacacacattcctg
agcacatttggtttgaagtcacacgtactcatacattccatgctcacttc
ctcgacagtcctgatagttaagactaacttgactgaagtgtctctcaaga
cttctgttcttttaggaagtgtttagcttctagtttagacttctgtttgt
ttaggaagtgtttagtttcagtgtctcagtgtggtactgtattgaagtca
gcatcgctgctgtaagtgggtgggtctcaacttactgattttatttacca
actgagaaggactatggagatggcttctccacatattcttaatccaaagg
ccttcctaactgtcagactgtagtgccccataatacatacataaatacac
acatttatgttaagcatcctgattttagacatggtcccatgatcctgggg
agtcactatatagcatggttgttttgacttctgcccctcttgcctctacg
ctgatgctaagttattagcatcatatacctgttcatgtgatgctgagtac
taaacttcaagctgtcctttgattttcacatgatagttgccttattgtca
ttaatgttaaaa
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaaactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcgattctcgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctgttcaggaatttttcccctgtgcccatatcttcaaggcttttccccac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtgaagttccttga
tccacttagatttgaccttagtacaaggagataagtatggatcgattcgc
attcttctacacgataacaaccagttggacaatggatgtatctgaaaggt
atcatccttagtcctgatttcatgctcagcccatctatcatttgtataaa
ggagagctaatgccttttttttttttttcgttaactttgtatccagcccc
tttgctgatcgtgtttatcagctgtagaacttctctgctagactttaggg
actcacttatgtgcactatcatatcatctgtgaatagagatattttgact
tcttcctttcaaatctgtatccccttgatatcctttagttgtcctattgc
tctagcaagaacctcaagtgctatattgaataaatggagagagagtggtc
acccttctctttttcttgattatagtggaattgctttgtgtgtctctcca
ttttgttggatatcagcttactgtatattgcctttactatgtttagtctc
ttttcttacaaaagttttatctttcagataaaactcatagtaggttaatt
atcaggcccacatatgacatatatgagaaccattcttgatgtgtattgtg
cacaattatttcaatctttaatactttctcacaaccttaaacccttatat
tatttttctcactgaacactatgctttgacatctcagtcccagtgtaaga
tggctttagtaatgacttgtaaacaactcataagaaccccgagcataaat
tcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108010733_108011907
seq2: B6Ng01-098K03.b_47_1208 (reverse)

seq1  TTTTAACATTTAATTGAC-ATAAAGCAACCTATCATGTGAAAAACAAAGG  49
      ||||||||||  | |||| |||| |||| |||||||||||||| |||| |
seq2  TTTTAACATT--AATGACAATAAGGCAA-CTATCATGTGAAAATCAAA-G  46

seq1  GACAAGCCCTGAGTTTTAGTACTCAGCATCACATGAAACAGGTATATGAT  99
      ||||   | |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACA--GCTTGAAGTTTAGTACTCAGCATCACATG-AACAGGTATATGAT  93

seq1  GCTTATAAACCTAGCACTCAGCCGGTAGAGGCAAGAGGGGCAGAAGTTCA  149
      ||| || ||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||   
seq2  GCTAAT-AACTTAGCA-TCAGC--GTAGAGGCAAGAGGGGCAGAAGT--C  137

seq1  AAAACAACCATGGCTATATAGTGACTCCCCAGGATCATGGGACCATGTCT  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACCAT-GCTATATAGTGACTCCCCAGGATCATGGGACCATGTCT  186

seq1  AAAATCAGGATGCTTAACATAAATGTGTGTATTTATGTATGTATTATGGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGGATGCTTAACATAAATGTGTGTATTTATGTATGTATTATGGG  236

seq1  GCACTACAGTCTGACAGTTAGGAAGGCCTTTGGATTAAGAATATGTGGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTACAGTCTGACAGTTAGGAAGGCCTTTGGATTAAGAATATGTGGAG  286

seq1  AAGCCATCTCCATAGTCCTTCTCAGTTGGTAAATAAAATCAGTAAGTTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCTCCATAGTCCTTCTCAGTTGGTAAATAAAATCAGTAAGTTGA  336

seq1  GACCCACCCACTTACAGCAGCGATGCTGACTTCAATACAGTACCACACTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACCCACTTACAGCAGCGATGCTGACTTCAATACAGTACCACACTG  386

seq1  AGACACTGAAACTAAACACTTCCTAAACAAACAGAAGTCTAAACTAGAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGAAACTAAACACTTCCTAAACAAACAGAAGTCTAAACTAGAAG  436

seq1  CTAAACACTTCCTAAAAGAACAGAAGTCTTGAGAGACACTTCAGTCAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACTTCCTAAAAGAACAGAAGTCTTGAGAGACACTTCAGTCAAGT  486

seq1  TAGTCTTAACTATCAGGACTGTCGAGGAAGTGAGCATGGAATGTATGAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTAACTATCAGGACTGTCGAGGAAGTGAGCATGGAATGTATGAGT  536

seq1  ACGTGTGACTTCAAACCAAATGTGCTCAGGAATGTGTGTGCCTTTGTATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTGACTTCAAACCAAATGTGCTCAGGAATGTGTGTGCCTTTGTATG  586

seq1  TGGTGAGTTTTTCTAGCATGACTATGAATGTTTTCCTAATAAGATCCCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGTTTTTCTAGCATGACTATGAATGTTTTCCTAATAAGATCCCCA  636

seq1  TGCCTCTTGTTCTTGGGAATTGCCTTTCTGCCAGTAATGAACCTTGCCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTTGTTCTTGGGAATTGCCTTTCTGCCAGTAATGAACCTTGCCAT  686

seq1  TTACAAACACCAGAACAGAACCTGGGAAGTCACCAGAGTGGAAAACACGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAACACCAGAACAGAACCTGGGAAGTCACCAGAGTGGAAAACACGC  736

seq1  TGAGGCTCTTTCTGGACAAGAATCCTGAACTGTAAGGGTTCTCCTCACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCTTTCTGGACAAGAATCCTGAACTGTAAGGGTTCTCCTCACAG  786

seq1  CATCTGTTGAAATCGTCTAATAAACACTCATAAATATGGGCTTACATGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTGAAATCGTCTAATAAACACTCATAAATATGGGCTTACATGTT  836

seq1  TAATGGATTTTTATATAGCTAGGACTAAATTAACACAAAGGGACCAAACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATTTTTATATAGCTAGGACTAAATTAACACAAAGGGACCAAACT  886

seq1  TTAATAACACCCATCTTTGCTTTGAAATCTATGCGGAGATGGGTTGGCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAACACCCATCTTTGCTTTGAAATCTATGCGGAGATGGGTTGGCTC  936

seq1  TGCACTTTACACTAGACCAGAAGATCCCATGAAGTACTGACAGTACCTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTTACACTAGACCAGAAGATCCCATGAAGTACTGACAGTACCTTT  986

seq1  AGAAAAACAACTTCTATTTGTATATCATAACGTCTGAGATAGTATGAAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACAACTTCTATTTGTATATCATAACGTCTGAGATAGTATGAAAA  1036

seq1  TGTTGACCATCTAGAACATGAAGTGAAAAATAAAAATATGTAAGTGTAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACCATCTAGAACATGAAGTGAAAAATAAAAATATGTAAGTGTAAG  1086

seq1  TTCAAGCCATGATTTTCAAGGTCAAGCCCAGCTTTTCAAGGTCAAACCCA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCCATGATTTTCAAGGTCAAGCCCAGCTTTTCAAGGTCAAACCCA  1136

seq1  TCCTCAGAGCCTTAAGGCTTGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAGCCTTAAGGCTTGAATTC  1162

seq1: chr6_107925856_107926634
seq2: B6Ng01-098K03.g_414_1172

seq1  TTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGAT  50

seq1  TCGCATTCTTCTACACGATAACAACCAGTTGGACAATGGATGTATCTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCATTCTTCTACACGATAACAACCAGTTGGACAATGGATGTATCTGAA  100

seq1  AGGTATCATCCTTAGTCCTGATTTCATGCTCAGCCCATCTATCATTTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCATCCTTAGTCCTGATTTCATGCTCAGCCCATCTATCATTTGTA  150

seq1  TAAAGGAGAGCTAATGCCTTTTTTTTTTTTTTCGTTAACTTTGTATCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAGAGCTAATGCCTTTTTTTTTTTTTTCGTTAACTTTGTATCCAG  200

seq1  CCCCTTTGCTGATCGTGTTTATCAGCTGTAGAACTTCTCTGCTAGACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGCTGATCGTGTTTATCAGCTGTAGAACTTCTCTGCTAGACTTT  250

seq1  AGGGACTCACTTATGTGCACTATCATATCATCTGTGAATAGAGATATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTCACTTATGTGCACTATCATATCATCTGTGAATAGAGATATTTT  300

seq1  GACTTCTTCCTTTCAAATCTGTATCCCCTTGATATCCTTTAGTTGTCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTCCTTTCAAATCTGTATCCCCTTGATATCCTTTAGTTGTCCTA  350

seq1  TTGCTCTAGCAAGAACCTCAAGTGCTATATTGAATAAATGGAGAGAGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTAGCAAGAACCTCAAGTGCTATATTGAATAAATGGAGAGAGAGT  400

seq1  GGTCACCCTTCTCTTTTTCTTGATTATAGTGGAATTGCTTTGTGTGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACCCTTCTCTTTTTCTTGATTATAGTGGAATTGCTTTGTGTGTCTC  450

seq1  TCCATTTTGTTGGATATCAGCTTACTGTATATTGCCTTTACTATGTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTGTTGGATATCAGCTTACTGTATATTGCCTTTACTATGTTTAG  500

seq1  TCTCTTTTCTTACAAAAGTTTTATCTTTCAGATAAAACTCATAGTAGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTCTTACAAAAGTTTTATCTTTCAGATAAAACTCATAGTAGGTT  550

seq1  AATTATCAGGCCCACATATGACATATAATGAGAACCATTCTTGATGTGTA  600
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCAGGCCCACATATGACATAT-ATGAGAACCATTCTTGATGTGTA  599

seq1  TTGTGCACAATTATTTCAATCTTTAAATACTTTCTCAC-ACCCTAAACCC  649
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||
seq2  TTGTGCACAATTATTTCAATCTTT-AATACTTTCTCACAACCTTAAACCC  648

seq1  TTATATTATTTTTCTCAACTGAAACAACTATGCTTTGACATCTTCAGTCA  699
      |||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||| 
seq2  TTATATTATTTTTCTC-ACTGAA--CACTATGCTTTGACATC-TCAGTC-  693

seq1  CAAGTGTAAAGATGGCTTTAGTATATGACCTTGTAATACAAAAACTCATT  749
      | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    || ||||||| 
seq2  CCAGTGT-AAGATGGCTTTAGTA-ATGA-CTTGTA----AACAACTCATA  736

seq1  AGAAACCCCCAGAGCAATTAAATATTCTTT  779
      ||||   ||| |||||  |||  |||||||
seq2  AGAA---CCCCGAGCA--TAA--ATTCTTT  759