BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099A08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 31,371,235 - 31,511,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMkln1, Podxl
Upstream gene2410127E18Rik, 2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5, Cpa1, Tsga14, Mest, Copg2, Copg2, Tsga13, Klf14, LOC100038973, AB041803
Downstream geneEG619959, LOC620104, 1700012A03Rik, Plxna4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099A08.bB6Ng01-099A08.g
ACCDH908933DH908934
length926647
definitionDH908933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099A08, 5' end.DH908934|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,510,540 - 31,511,465)(31,371,235 - 31,371,881)
sequence
gaattctatgatgagatgcaaaactgtaggcttccagtgcaagtctctgt
aacaaagggattatcccaacaggtctcctgctttcctcctaagctggtgg
tttgagctcaccctggaggtaaacagcctttatatcctggggtccttcct
gggcttttcctttgccacagggcaagtcagacctttgctctccactttcc
tttctgtaaagtagggtggaggaacagagggacctctgttttcactgttg
tggatgtcttgacttccatgttccttggctgttgaaaagagagactgatt
taggcctctctggatgatagccttttgagggatgaaacctgggcaggaga
caggtgggttggcatggtggaaactctctgactgggccccacacttgcat
gtctgtggacttttcaagcctaggcttcctactgaagtgatcacaaacct
gcttcataggttgtctttcatctgatgaacaatggtaagggtaacagatt
taacattgtagccaaagcacggatgtcagcagctgcgtggtactgccgtg
aattgaatgggtgtattgggcacttgataggcttgagacatcctgaacat
cgggattctgctgctgttggtggtcgtggacgagtgacttgcttcccaga
ggctgggggcggctgtcttaatgagcccagtgaagagcttccaggagtgt
tttcgtatggagattttaaaataaaagaggatctgcagggggtgggagag
ctgttcctagggtcactaagctcagatgaattgtaaggtgtaggggaaaa
gcagcttggggatgggagtcactctaggggggtttgtggtgggctctgtg
aggaatctataggggaggagccagccactttgcctgaaggtgaatgttcc
acaagtagtaaggggtcaggggtttt
gaattcctgatgcataagtcccaatgcaaaaacaataggtaacatgaaaa
acaaattaccctccccttacaagtccggcataatgaccaccactgagaaa
gacagcctagtctgaagaaacaaaggatacttcatacactattacaacct
ggcaagacctcctgcttgtacagtagtggcacacatgagttgaggtaacc
cttagaaagaaagattcctgattggatttaaggcatgcttcacaaattgg
aaccaaggtatggcacggttaccagggtcaagaacctgtggctagatagg
atataggtcctaggaaagaatctattactattactctgctaagtggatat
agtgttaaattgactcccaatgatttcttatagattagtacatctgtcaa
ctaatctatactttttgtactaaatggtgataaacccaaagatctacaat
ggtcagggtgcaaagagtaagagaccgaggaatgctccccttaatgagac
atctgtttcatacccccttctctcaaggctcagagatgatttgggaagag
aggacagatagattgattgtaagagccaggggtagtagatgattgaaagg
aaagtgggttttctgggcacagcaggatacttgctcttatgaattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_31510540_31511465
seq2: B6Ng01-099A08.b_46_971 (reverse)

seq1  AAAACCCCTGCCCCCTCCCTACTTGTGGAACCTTC-CCTTCAGGC-AAGT  48
      |||||||||| |||||  ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  AAAACCCCTGACCCCTTACTACTTGTGGAACATTCACCTTCAGGCAAAGT  50

seq1  GGCTGGCTCCCTCCCCTATAGAATTCCTCACAGAGCCCACCAC-AACCCC  97
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCTGGCT-CCTCCCCTATAG-ATTCCTCACAGAGCCCACCACAAACCCC  98

seq1  CCTAGAGTGACTCCCATCCCCAAGCCTGCTTTTCCCCTACACCTTACAAT  147
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGTGACTCCCATCCCCAAG-CTGCTTTTCCCCTACACCTTACAAT  147

seq1  TCATCTGAGCTTAGTGACCCTAGGAACAGCTCTCCCACCCCCTGCAGATC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGAGCTTAGTGACCCTAGGAACAGCTCTCCCACCCCCTGCAGATC  197

seq1  CTCTTTTATTTTAAAATCTCCATACGAAAACACTCCTGGAAGCTCTTCAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTATTTTAAAATCTCCATACGAAAACACTCCTGGAAGCTCTTCAC  247

seq1  TGGGCTCATTAAGACAGCCGCCCCCAGCCTCTGGGAAGCAAGTCACTCGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCATTAAGACAGCCGCCCCCAGCCTCTGGGAAGCAAGTCACTCGT  297

seq1  CCACGACCACCAACAGCAGCAGAATCCCGATGTTCAGGATGTCTCAAGCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGACCACCAACAGCAGCAGAATCCCGATGTTCAGGATGTCTCAAGCC  347

seq1  TATCAAGTGCCCAATACACCCATTCAATTCACGGCAGTACCACGCAGCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTGCCCAATACACCCATTCAATTCACGGCAGTACCACGCAGCTG  397

seq1  CTGACATCCGTGCTTTGGCTACAATGTTAAATCTGTTACCCTTACCATTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATCCGTGCTTTGGCTACAATGTTAAATCTGTTACCCTTACCATTG  447

seq1  TTCATCAGATGAAAGACAACCTATGAAGCAGGTTTGTGATCACTTCAGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAGATGAAAGACAACCTATGAAGCAGGTTTGTGATCACTTCAGTA  497

seq1  GGAAGCCTAGGCTTGAAAAGTCCACAGACATGCAAGTGTGGGGCCCAGTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCTAGGCTTGAAAAGTCCACAGACATGCAAGTGTGGGGCCCAGTC  547

seq1  AGAGAGTTTCCACCATGCCAACCCACCTGTCTCCTGCCCAGGTTTCATCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTTCCACCATGCCAACCCACCTGTCTCCTGCCCAGGTTTCATCC  597

seq1  CTCAAAAGGCTATCATCCAGAGAGGCCTAAATCAGTCTCTCTTTTCAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGGCTATCATCCAGAGAGGCCTAAATCAGTCTCTCTTTTCAACA  647

seq1  GCCAAGGAACATGGAAGTCAAGACATCCACAACAGTGAAAACAGAGGTCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGAACATGGAAGTCAAGACATCCACAACAGTGAAAACAGAGGTCC  697

seq1  CTCTGTTCCTCCACCCTACTTTACAGAAAGGAAAGTGGAGAGCAAAGGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCCTCCACCCTACTTTACAGAAAGGAAAGTGGAGAGCAAAGGTC  747

seq1  TGACTTGCCCTGTGGCAAAGGAAAAGCCCAGGAAGGACCCCAGGATATAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGCCCTGTGGCAAAGGAAAAGCCCAGGAAGGACCCCAGGATATAA  797

seq1  AGGCTGTTTACCTCCAGGGTGAGCTCAAACCACCAGCTTAGGAGGAAAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTTTACCTCCAGGGTGAGCTCAAACCACCAGCTTAGGAGGAAAGC  847

seq1  AGGAGACCTGTTGGGATAATCCCTTTGTTACAGAGACTTGCACTGGAAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCTGTTGGGATAATCCCTTTGTTACAGAGACTTGCACTGGAAGC  897

seq1  CTACAGTTTTGCATCTCATCATAGAATTC  926
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTTTTGCATCTCATCATAGAATTC  926

seq1: chr6_31371235_31371881
seq2: B6Ng01-099A08.g_69_715

seq1  GAATTCCTGATGCATAAGTCCCAATGCAAAAACAATAGGTAACATGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATGCATAAGTCCCAATGCAAAAACAATAGGTAACATGAAAA  50

seq1  ACAAATTACCCTCCCCTTACAAGTCCGGCATAATGACCACCACTGAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTACCCTCCCCTTACAAGTCCGGCATAATGACCACCACTGAGAAA  100

seq1  GACAGCCTAGTCTGAAGAAACAAAGGATACTTCATACACTATTACAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCTAGTCTGAAGAAACAAAGGATACTTCATACACTATTACAACCT  150

seq1  GGCAAGACCTCCTGCTTGTACAGTAGTGGCACACATGAGTTGAGGTAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGACCTCCTGCTTGTACAGTAGTGGCACACATGAGTTGAGGTAACC  200

seq1  CTTAGAAAGAAAGATTCCTGATTGGATTTAAGGCATGCTTCACAAATTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAAGAAAGATTCCTGATTGGATTTAAGGCATGCTTCACAAATTGG  250

seq1  AACCAAGGTATGGCACGGTTACCAGGGTCAAGAACCTGTGGCTAGATAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGGTATGGCACGGTTACCAGGGTCAAGAACCTGTGGCTAGATAGG  300

seq1  ATATAGGTCCTAGGAAAGAATCTATTACTATTACTCTGCTAAGTGGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGTCCTAGGAAAGAATCTATTACTATTACTCTGCTAAGTGGATAT  350

seq1  AGTGTTAAATTGACTCCCAATGATTTCTTATAGATTAGTACATCTGTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAAATTGACTCCCAATGATTTCTTATAGATTAGTACATCTGTCAA  400

seq1  CTAATCTATACTTTTTGTACTAAATGGTGATAAACCCAAAGATCTACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTATACTTTTTGTACTAAATGGTGATAAACCCAAAGATCTACAAT  450

seq1  GGTCAGGGTGCAAAGAGTAAGAGACCGAGGAATGCTCCCCTTAATGAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGGTGCAAAGAGTAAGAGACCGAGGAATGCTCCCCTTAATGAGAC  500

seq1  ATCTGTTTCATACCCCCTTCTCTCAAGGCTCAGAGATGATTTGGGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTCATACCCCCTTCTCTCAAGGCTCAGAGATGATTTGGGAAGAG  550

seq1  AGGACAGATAGATTGATTGTAAGAGCCAGGGGTAGTAGATGATTGAAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGATAGATTGATTGTAAGAGCCAGGGGTAGTAGATGATTGAAAGG  600

seq1  AAAGTGGGTTTTCTGGGCACAGCAGGATACTTGCTCTTATGAATTCA  647
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGGTTTTCTGGGCACAGCAGGATACTTGCTCTTATGAATTCA  647