BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099E12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 87,303,469 - 87,329,289
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGkn2
Upstream gene2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1, D6Ertd527e, Antxr1, Gkn1
Downstream gene1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25, Prokr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099E12.bB6Ng01-099E12.g
ACCDH909120DH909121
length1,187594
definitionDH909120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099E12, 5' end.DH909121|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,328,100 - 87,329,289)(87,303,469 - 87,304,062)
sequence
gaattcctccacagatggagactcccaggatccccaggagtccaaccttt
gcacaggctccagtgctcacctcttctggaaacgagaaaaatgtaaagaa
atagcattaaaagtgtgtttcgatctagcaagccagtatttgcaagaggt
cttgactgcaggggtgggggacagagctgataatttcatagcacccaaga
ttttagccataactttattggcactactactactactattactgataata
ataataatttaacttacataagactgccagctctggaagagttgatctgg
tggatgccatgtggcttggtgctgacagagtgcctgctgcctctctaagt
gactatgagtgctgactttctgggtaaatgggcagcaaacgctaacacct
tctttacctcccaccactctgacaaatgtgtcttgttttccactggttct
gatcactttgccacagtcagtgcaaaactcagtgatggtcacgttgccct
gtgacacccggctactgtcccctgcctgttcatgggctctgccttctctt
tcctggaatgctttatgccggatcctggcaacattctttgccacctctag
aggatactgcttgaaggatgctttggaagtgttttgttttgttttgtttt
gttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttaacatggaacactta
tgtgtgataaaggaggatcccagggctcctcttgatgcccaggaaccctg
tctgaccccatttgccatttgtcactcaatcattttcccactctactgtg
tcccgtggaggcagagctttgcccatttctgtattactttctctaacggt
ccatgcacgtcatagaaataactattaagttaagttattcctgaagtaac
tgaacaaagtcatgttctcactttatgcgtaattcacacagcccctaccc
ccacccccctggactggtgtggcatgcagaagtctccagactttgtttgg
cttcaatgttactcactttgcttgtagcacctcaccctctatcaggggca
tggtgcttgcatagctgttcgaatagccgacccaaacagaaccagtcact
ttcgtgatcaagaacttccgaggggtgtacctgaccagtatactctgggg
gaatcgaagcactcatgtctaaagatgtaacagagaa
gaattccactctcatacaatattgttaatcaactggcttcaaagccagga
gatgttcttccagtggcctggtgtggtgtgggtgtatgactactcaggga
gacgtaacattgacatctacctcttatctgggatggcaactgaacaactc
atacaagctcatcccaaggagaaaaatggatttatcatgagtttcttatg
gagcagtggatgaccatacacagccaccatttccagaagttccctctcct
cccacatttctattttatagggctataagcctgcatcagaatcaatacaa
gtcagggctcagggtgctacccaatgttggggtgccaggggtaaaagtag
gctcagacatcacaagcctggacaaagtaagactctgggaaagttgtttg
tttaagggtaccttgactttgcccttcttagagattcttgtggtctcaga
aaacactgtccaattgtgataaagttagcttgtcttggtgtagtccagca
tatagaactcataagcggtagtttgttgcatgatggaggtcctttggcta
ggatttggagggctggtctcaccatttgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_87328100_87329289
seq2: B6Ng01-099E12.b_45_1231 (reverse)

seq1  TTCTCTGTTACATCATCTAGACAATGAATGCTATCGACT-CCCCAGAGTA  49
      |||||||||||||| | ||||| |||| |||| |||| | ||||||||||
seq2  TTCTCTGTTACATC-TTTAGAC-ATGAGTGCT-TCGATTCCCCCAGAGTA  47

seq1  TACCTGGGTCAGGTACAACCCTCTGAAGTCTCTGATCACGAAGGTGGACT  99
      |||   ||||||||||| ||||| |||||   |||||||||| || ||||
seq2  TAC--TGGTCAGGTACACCCCTCGGAAGTTCTTGATCACGAAAGT-GACT  94

seq1  GGTTCCTGTTTGGGTCGCCTATTCG-ACAGCTATGCAAGCA-CATGCCCC  147
      |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTT-CTGTTTGGGTCGGCTATTCGAACAGCTATGCAAGCACCATGCCCC  143

seq1  TGTATGAGGGTGAGGTGGCTACAAAGCCAAGTGAGTACCATTGAAGCCAA  197
      ||   ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TGATAGAGGGTGAGGT-GCTAC-AAGCAAAGTGAGTAACATTGAAGCCAA  191

seq1  ACAAGTTCTGGAGACTTCTGCATGCCACA-CAGTCCAGGGGGGTGGGGGT  246
      ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTCTGGAGACTTCTGCATGCCACACCAGTCCAGGGGGGTGGGGGT  241

seq1  -GGGGCTGTGTGAATTACGCAT-AAGTGAGAACATGACTTTGTTCAGTTA  294
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTGTGTGAATTACGCATAAAGTGAGAACATGACTTTGTTCAGTTA  291

seq1  CTTCAGGAATAACTTAACTTAATAGTTATTTCTATGACGTGCATGGACCG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGAATAACTTAACTTAATAGTTATTTCTATGACGTGCATGGACCG  341

seq1  TTAGAGAAAGTAATACAGAAATGGGCAAAGCTCTGCCTCCACGGGACACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAAAGTAATACAGAAATGGGCAAAGCTCTGCCTCCACGGGACACA  391

seq1  GTAGAGTGGGAAAATGATTGAGTGACAAATGGCAAATGGGGTCAGACAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTGGGAAAATGATTGAGTGACAAATGGCAAATGGGGTCAGACAGG  441

seq1  GTTCCTGGGCATCAAGAGGAGCCCTGGGATCCTCCTTTATCACACATAAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGGCATCAAGAGGAGCCCTGGGATCCTCCTTTATCACACATAAG  491

seq1  TGTTCCATGTTAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCATGTTAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAA  541

seq1  CAAAACAAAACAAAACACTTCCAAAGCATCCTTCAAGCAGTATCCTCTAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAACACTTCCAAAGCATCCTTCAAGCAGTATCCTCTAG  591

seq1  AGGTGGCAAAGAATGTTGCCAGGATCCGGCATAAAGCATTCCAGGAAAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCAAAGAATGTTGCCAGGATCCGGCATAAAGCATTCCAGGAAAGA  641

seq1  GAAGGCAGAGCCCATGAACAGGCAGGGGACAGTAGCCGGGTGTCACAGGG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGAGCCCATGAACAGGCAGGGGACAGTAGCCGGGTGTCACAGGG  691

seq1  CAACGTGACCATCACTGAGTTTTGCACTGACTGTGGCAAAGTGATCAGAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTGACCATCACTGAGTTTTGCACTGACTGTGGCAAAGTGATCAGAA  741

seq1  CCAGTGGAAAACAAGACACATTTGTCAGAGTGGTGGGAGGTAAAGAAGGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAAAACAAGACACATTTGTCAGAGTGGTGGGAGGTAAAGAAGGT  791

seq1  GTTAGCGTTTGCTGCCCATTTACCCAGAAAGTCAGCACTCATAGTCACTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCGTTTGCTGCCCATTTACCCAGAAAGTCAGCACTCATAGTCACTT  841

seq1  AGAGAGGCAGCAGGCACTCTGTCAGCACCAAGCCACATGGCATCCACCAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGCAGGCACTCTGTCAGCACCAAGCCACATGGCATCCACCAG  891

seq1  ATCAACTCTTCCAGAGCTGGCAGTCTTATGTAAGTTAAATTATTATTATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTCTTCCAGAGCTGGCAGTCTTATGTAAGTTAAATTATTATTATT  941

seq1  ATCAGTAATAGTAGTAGTAGTAGTGCCAATAAAGTTATGGCTAAAATCTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTAATAGTAGTAGTAGTAGTGCCAATAAAGTTATGGCTAAAATCTT  991

seq1  GGGTGCTATGAAATTATCAGCTCTGTCCCCCACCCCTGCAGTCAAGACCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTATGAAATTATCAGCTCTGTCCCCCACCCCTGCAGTCAAGACCT  1041

seq1  CTTGCAAATACTGGCTTGCTAGATCGAAACACACTTTTAATGCTATTTCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAATACTGGCTTGCTAGATCGAAACACACTTTTAATGCTATTTCT  1091

seq1  TTACATTTTTCTCGTTTCCAGAAGAGGTGAGCACTGGAGCCTGTGCAAAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTTTCTCGTTTCCAGAAGAGGTGAGCACTGGAGCCTGTGCAAAG  1141

seq1  GTTGGACTCCTGGGGATCCTGGGAGTCTCCATCTGTGGAGGAATTC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACTCCTGGGGATCCTGGGAGTCTCCATCTGTGGAGGAATTC  1187

seq1: chr6_87303469_87304062
seq2: B6Ng01-099E12.g_67_660

seq1  GAATTCCACTCTCATACAATATTGTTAATCAACTGGCTTCAAAGCCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCTCATACAATATTGTTAATCAACTGGCTTCAAAGCCAGGA  50

seq1  GATGTTCTTCCAGTGGCCTGGTGTGGTGTGGGTGTATGACTACTCAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTTCCAGTGGCCTGGTGTGGTGTGGGTGTATGACTACTCAGGGA  100

seq1  GACGTAACATTGACATCTACCTCTTATCTGGGATGGCAACTGAACAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTAACATTGACATCTACCTCTTATCTGGGATGGCAACTGAACAACTC  150

seq1  ATACAAGCTCATCCCAAGGAGAAAAATGGATTTATCATGAGTTTCTTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGCTCATCCCAAGGAGAAAAATGGATTTATCATGAGTTTCTTATG  200

seq1  GAGCAGTGGATGACCATACACAGCCACCATTTCCAGAAGTTCCCTCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTGGATGACCATACACAGCCACCATTTCCAGAAGTTCCCTCTCCT  250

seq1  CCCACATTTCTATTTTATAGGGCTATAAGCCTGCATCAGAATCAATACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTTCTATTTTATAGGGCTATAAGCCTGCATCAGAATCAATACAA  300

seq1  GTCAGGGCTCAGGGTGCTACCCAATGTTGGGGTGCCAGGGGTAAAAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGCTCAGGGTGCTACCCAATGTTGGGGTGCCAGGGGTAAAAGTAG  350

seq1  GCTCAGACATCACAAGCCTGGACAAAGTAAGACTCTGGGAAAGTTGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACATCACAAGCCTGGACAAAGTAAGACTCTGGGAAAGTTGTTTG  400

seq1  TTTAAGGGTACCTTGACTTTGCCCTTCTTAGAGATTCTTGTGGTCTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGGTACCTTGACTTTGCCCTTCTTAGAGATTCTTGTGGTCTCAGA  450

seq1  AAACACTGTCCAATTGTGATAAAGTTAGCTTGTCTTGGTGTAGTCCAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGTCCAATTGTGATAAAGTTAGCTTGTCTTGGTGTAGTCCAGCA  500

seq1  TATAGAACTCATAAGCGGTAGTTTGTTGCATGATGGAGGTCCTTTGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAACTCATAAGCGGTAGTTTGTTGCATGATGGAGGTCCTTTGGCTA  550

seq1  GGATTTGGAGGGCTGGTCTCACCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGGAGGGCTGGTCTCACCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  594