BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099K13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 110,633,269 - 110,775,707
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099K13.bB6Ng01-099K13.g
ACCDH909392DH909393
length1,186979
definitionDH909392|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099K13, 5' end.DH909393|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099K13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,774,500 - 110,775,707)(110,633,269 - 110,634,254)
sequence
gaattcactctagaaccctatgtagtgaaaggagaaaaacacatgcacac
acacacacaaacagacacaaaccacacacatacacacatatacacacaca
catattttaaattattaaaaatacagtaattgttcttaagtgcttacatt
ttgggcttggtcagtaaaatgcaagcatgtagatatgagctggtacccag
gaaccacatatcaaagtgtggcttagtaaacacattagcaagctgtcttc
tgggagaaaagtgggtctttaaggctcactgcctggacaatctaaagtac
tcagtgagttccatggttaattagaaacactttccaaatgatcactgtgg
atagaatccaagaagcattactggaatctgaactctgacctccacaagca
tgtgtagatatatgtggactccctcacacaaacatacacaaagaatgctt
gtatctagaatattcttaaatggcaaaacaaagaaagaactatatggcag
tattttagaatgcatgaagctaagagcacaggtcaggatggataaatctt
tctaatgataaatgacttctaataagaatatacccttgggttaagaatca
agaccatcatgttcaaagaaaaataactatttatacataagcatatttgg
ctcaggtatcaagtattacttctctgttgtttagaaagattcaaaaaatg
acacctagagcaaaatagaaggggaaaaattttgcatccaatgaggtgaa
ttttcccaaatatgatttattggattttaggttaggactccagttctttg
ttgcagtaaaatttacaaaagaaaataatagctctgtacaaatggatctg
actaccatctcataaaaagattcatataaatgcatttcccagctaaatta
gttaattaaattggttttatgttgtttgtaaattattaaataaattaccc
attgctgtacactatatagtattccattatgtcaacctctcttttacttt
cctttactattgatgtataacttagtataacatttttctcttactttttc
tcctccacacaatgacatactttctctgctctctttcatgagaatgatac
tctatcttcattgttatacatgcatttattgtgtaattttttctaaatat
actggtaagtcaataatcatagcgtgcacgtatgtt
gaattccatcagggtattatttttttaacacaccacgacccagacctgtg
tttgccagggtggtggctatttttgcacaagccagagaagtattcacagt
gctactggcatagaaccaagctaccagcattgtctttgtgccttcgatgc
ctgctctactcaaagtgactaatttttggtctcttgaactagaaggattt
ttcttctttcattaaactacagtttatgctccatctgaagcttgcctctt
agatctctgaaattaataatttcaaaacaaagtttatctatatgtgtttc
acttagcgattaggtaaggatggatgatgtaatcaactatgagctaataa
tagataccaagaattgatctataagcatgtttgtttttaaggtcatacag
attagttggtgaagatagttgggaaagtgcttgctacacagcatgtggac
ctcagtttgatccctagaacaaacctagagaataaaactatgatgtgtgg
gtgactttatacagcactgaaacaatagacattggtggagtcctggactc
actgcctagctcacctatctaattgggatctccatgctagtgagatatcc
tttagaaggatagtgtggactgctcctgaggaaggcattttgtagttaac
ctccaggcatcacaggcaggaccatttccattccttaatgtatgagcatc
caaatatacatattagaaacacacacacacacaaacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacgccgaatcacatgcattt
gaccaaaccatcacagatccaagtcataatacattttatagctatcagtt
ttatgataatcggatttaaattataaatggggggttgtgtttcttgtttt
gtcttataaagtatttggtggaatatttttgagggtttggtaataggcaa
aaataaagggttttaagttatattgatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_110774500_110775707
seq2: B6Ng01-099K13.b_44_1229 (reverse)

seq1  AACATACGTGCA-GCTATGATTATATGGACTAACAAGTTTATATTTTAGG  49
      |||||||||||| ||||||||  ||| |||| || ||| ||   ||||| 
seq2  AACATACGTGCACGCTATGAT--TATTGACTTACCAGTATA---TTTAGA  45

seq1  AAAATATACAC-ATATATGCATGTAATAACAATGAAGATAGAGGTATCTA  98
      ||||  ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
seq2  AAAAATTACACAATAAATGCATGT-ATAACAATGAAGATAGA-GTATC-A  92

seq1  TCTTCAATTTGAAAGAGAGCAGAGAAAGTTATGTCCAATTGTGTGGAGGG  148
      |  |||   ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||
seq2  TTCTCA---TGAAAGAGAGCAGAGAAAG-TATGTC--ATTGTGTGGA-GG  135

seq1  AGAAAAAGTAAGAGAAAAATGTTATAACTAAGTTATAACATCAATAAGTA  198
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  AGAAAAAGTAAGAGAAAAATGTTAT-ACTAAGTTAT-ACATCAAT-AGTA  182

seq1  AAGGAAAAGTAAAAAGGAGAGGTTGACATAATGGAATAACCTATATAGTG  248
      |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AAGG-AAAGTAAAA--GAGAGGTTGACATAATGGAATA--CTATATAGTG  227

seq1  TACAGCAATGGGTAATTTTATTTAATAATTTACAAACAACATAAAACCAA  298
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAATGGGTAA-TTTATTTAATAATTTACAAACAACATAAAACCAA  276

seq1  TTTAATTAACTAATTTAGCTGGGAAATGCATTTATATGAATCTTTTTATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTAACTAATTTAGCTGGGAAATGCATTTATATGAATCTTTTTATG  326

seq1  AGATGGTAGTCAGATCCATTTGTACAGAGCTATTATTTTCTTTTGTAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTAGTCAGATCCATTTGTACAGAGCTATTATTTTCTTTTGTAAAT  376

seq1  TTTACTGCAACAAAGAACTGGAGTCCTAACCTAAAATCCAATAAATCATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGCAACAAAGAACTGGAGTCCTAACCTAAAATCCAATAAATCATA  426

seq1  TTTGGGAAAATTCACCTCATTGGATGCAAAATTTTTCCCCTTCTATTTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAAAATTCACCTCATTGGATGCAAAATTTTTCCCCTTCTATTTTG  476

seq1  CTCTAGGTGTCATTTTTTGAATCTTTCTAAACAACAGAGAAGTAATACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGTGTCATTTTTTGAATCTTTCTAAACAACAGAGAAGTAATACTT  526

seq1  GATACCTGAGCCAAATATGCTTATGTATAAATAGTTATTTTTCTTTGAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTGAGCCAAATATGCTTATGTATAAATAGTTATTTTTCTTTGAAC  576

seq1  ATGATGGTCTTGATTCTTAACCCAAGGGTATATTCTTATTAGAAGTCATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGTCTTGATTCTTAACCCAAGGGTATATTCTTATTAGAAGTCATT  626

seq1  TATCATTAGAAAGATTTATCCATCCTGACCTGTGCTCTTAGCTTCATGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTAGAAAGATTTATCCATCCTGACCTGTGCTCTTAGCTTCATGCA  676

seq1  TTCTAAAATACTGCCATATAGTTCTTTCTTTGTTTTGCCATTTAAGAATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAATACTGCCATATAGTTCTTTCTTTGTTTTGCCATTTAAGAATA  726

seq1  TTCTAGATACAAGCATTCTTTGTGTATGTTTGTGTGAGGGAGTCCACATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATACAAGCATTCTTTGTGTATGTTTGTGTGAGGGAGTCCACATA  776

seq1  TATCTACACATGCTTGTGGAGGTCAGAGTTCAGATTCCAGTAATGCTTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACACATGCTTGTGGAGGTCAGAGTTCAGATTCCAGTAATGCTTCT  826

seq1  TGGATTCTATCCACAGTGATCATTTGGAAAGTGTTTCTAATTAACCATGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCTATCCACAGTGATCATTTGGAAAGTGTTTCTAATTAACCATGG  876

seq1  AACTCACTGAGTACTTTAGATTGTCCAGGCAGTGAGCCTTAAAGACCCAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTGAGTACTTTAGATTGTCCAGGCAGTGAGCCTTAAAGACCCAC  926

seq1  TTTTCTCCCAGAAGACAGCTTGCTAATGTGTTTACTAAGCCACACTTTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCAGAAGACAGCTTGCTAATGTGTTTACTAAGCCACACTTTGA  976

seq1  TATGTGGTTCCTGGGTACCAGCTCATATCTACATGCTTGCATTTTACTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTTCCTGGGTACCAGCTCATATCTACATGCTTGCATTTTACTGA  1026

seq1  CCAAGCCCAAAATGTAAGCACTTAAGAACAATTACTGTATTTTTAATAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCCAAAATGTAAGCACTTAAGAACAATTACTGTATTTTTAATAAT  1076

seq1  TTAAAATATGTGTGTGTGTATATGTGTGTATGTGTGTGGTTTGTGTCTGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATGTGTGTGTGTATATGTGTGTATGTGTGTGGTTTGTGTCTGT  1126

seq1  TTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTTTTTCTCCTTTCACTACATAGGGTTCTA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTTTTTCTCCTTTCACTACATAGGGTTCTA  1176

seq1  GAGTGAATTC  1208
      ||||||||||
seq2  GAGTGAATTC  1186

seq1: chr6_110633269_110634254
seq2: B6Ng01-099K13.g_64_1042

seq1  GAATTCCATCAGGGTATTATTTTTTTAACACACCACGACCCAGACCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAGGGTATTATTTTTTTAACACACCACGACCCAGACCTGTG  50

seq1  TTTGCCAGGGTGGTGGCTATTTTTGCACAAGCCAGAGAAGTATTCACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAGGGTGGTGGCTATTTTTGCACAAGCCAGAGAAGTATTCACAGT  100

seq1  GCTACTGGCATAGAACCAAGCTACCAGCATTGTCTTTGTGCCTTCGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGGCATAGAACCAAGCTACCAGCATTGTCTTTGTGCCTTCGATGC  150

seq1  CTGCTCTACTCAAAGTGACTAATTTTTGGTCTCTTGAACTAGAAGGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTACTCAAAGTGACTAATTTTTGGTCTCTTGAACTAGAAGGATTT  200

seq1  TTCTTCTTTCATTAAACTACAGTTTATGCTCCATCTGAAGCTTGCCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTCATTAAACTACAGTTTATGCTCCATCTGAAGCTTGCCTCTT  250

seq1  AGATCTCTGAAATTAATAATTTCAAAACAAAGTTTATCTATATGTGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCTGAAATTAATAATTTCAAAACAAAGTTTATCTATATGTGTTTC  300

seq1  ACTTAGCGATTAGGTAAGGATGGATGATGTAATCAACTATGAGCTAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGCGATTAGGTAAGGATGGATGATGTAATCAACTATGAGCTAATAA  350

seq1  TAGATACCAAGAATTGATCTATAAGCATGTTTGTTTTTAAGGTCATACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACCAAGAATTGATCTATAAGCATGTTTGTTTTTAAGGTCATACAG  400

seq1  ATTAGTTGGTGAAGATAGTTGGGAAAGTGCTTGCTACACAGCATGTGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTGGTGAAGATAGTTGGGAAAGTGCTTGCTACACAGCATGTGGAC  450

seq1  CTCAGTTTGATCCCTAGAACAAACCTAGAGAATAAAACTATGATGTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTTGATCCCTAGAACAAACCTAGAGAATAAAACTATGATGTGTGG  500

seq1  GTGACTTTATACAGCACTGAAACAATAGACATTGGTGGAGTCCTGGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTTATACAGCACTGAAACAATAGACATTGGTGGAGTCCTGGACTC  550

seq1  ACTGCCTAGCTCACCTATCTAATTGGGATCTCCATGCTAGTGAGATATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTAGCTCACCTATCTAATTGGGATCTCCATGCTAGTGAGATATCC  600

seq1  TTTAGAAGGATAGTGTGGACTGCTCCTGAGGAAGGCATTTTGTAGTTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAGGATAGTGTGGACTGCTCCTGAGGAAGGCATTTTGTAGTTAAC  650

seq1  CTCCAGGCATCACAGGCAGGACCATTTCCATTCCTTAATGTATGAGCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGCATCACAGGCAGGACCATTTCCATTCCTTAATGTATGAGCATC  700

seq1  CAAATATACATATTAGAAACACACACACACACAAACACACACACACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATACATATTAGAAACACACACACACACAAACACACACACACACAC  750

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACGCCGAATCACATGCATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACGCCGAATCACATGCATTT  800

seq1  GACCAAACCATCACAGATCCAAGTCATTAATACATTTTATAGCTATCAGT  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAACCATCACAGATCCAAGTCA-TAATACATTTTATAGCTATCAGT  849

seq1  TTTATGATAATCGGATTTAAATTATAAATGGGGGGTTGTGTTTTCTTTGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TTTATGATAATCGGATTTAAATTATAAATGGGGGGTTGTGTTT--CTTGT  897

seq1  TTTGTCTTATAAAGTATTTGGTGGAATATTTTTGAGGGTTTTGGTAATAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGTCTTATAAAGTATTTGGTGGAATATTTTTGAGGG-TTTGGTAATAG  946

seq1  GCAAAAATAAATGGGTTTTTAAGTTTTTATTGATGA  986
      |||||||||||  || ||||||| || |||||||||
seq2  GCAAAAATAAA--GGGTTTTAAG-TTATATTGATGA  979