BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100G12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,927,134 - 54,065,376
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpvl
Upstream geneJazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386, 1200009O22Rik
Downstream geneLOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik, Znrf2, Nod1, A030007L17Rik, Gars, Crhr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100G12.bB6Ng01-100G12.g
ACCDH909916DH909917
length1,1171,172
definitionDH909916|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100G12, 5' end.DH909917|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,064,250 - 54,065,376)(53,927,134 - 53,928,320)
sequence
gaattcatctcccatgcctgatgaccaaggtctcatttccttctagctat
tgaccaggatccactgttagctccaaaggccactctcaagtccttgccac
atgtcctttctcacagatgatcacaatatggtttttgtttgtttgtttgt
ttgtttgttattgttcaaaagaagagacacataaaaatcttccactttac
atctctgttttaggggaggcctacatccccttttaaggacacacacatga
tttggttaggccccaccaagccagtttccctttgactggaaaatcaatgg
atacttatgatcgttaaaggaaaaaggaaatctttttctccgatgtaaca
tgtaatgtagccaggagagtgaataccaatccaacttacagcccttgcca
cactgagagggggttctcttaaggtgtgtatgccaggggctgaagtaata
agaatatcatagatttccacttatatctcccttttccactcaaggctttt
accctcaggtgagccattctgaaactctatcaccttgtctatacattaag
gatgatgactccccaagggatggctatagatttatatgaaattgtacaca
aagcacttgcaactgtcacaggcccttgtaggctgccaggccttgttagc
aggcactcgtggcactagaagaaatggctgaattcactggtgtttgctct
tccgcaggccaacacgctctacacatgagtggaaacgtggacaaggcctc
cagggagaggtggcttctgtttcctttctgctagccagccatcctctctg
cggccacttccatagctcggttttaatctcctctggcacttcagtgtcta
ctgttcacagccatccttccctgctctgtggagtcatttctcctgtcttt
ctctgtggctcctcttaggactctcaattgtatttctttcttttttcctt
ttttgtttgtttgtttgtttgttgactctgacaccatcagcaagctgagc
cccactgttccttcaccctcaggtatccagtctgattctcctagagcatg
gttttcccattagtactttttccacatagtttatcccctactcctggttc
acaaacatattggttga
gaattctcatgcttaatgtaaataaacccactcaaatacagtacacagct
aaaaatgattttgcctgttattgactataataaagaagcaaatgatttta
gaaattgaaattaagttctcaagaggcccaagggtaatggccactatggc
attgttaagatattgtttttaattatgtgaatttgttacaccaaggcttt
aatagcatagctatcttcaaagaatggctgaaatcaacaattctactgat
tcagaaaataaaaaaagcatagtgttaaaaaaataataatagaaaatact
cttccaggaagagggtcccctgagtagacacaagaaaccaccctgctgtc
tagtttccctgtcttccagcagcaaacctccagcccccttaatggcacca
ttaatatttaagcaaccactatagtcacaacactgcctcagagagcagag
cttcactcaacaatgtttttaaaaaaaatggtggaagcaagcttgcttta
attgacataaatttagtacacaaaagtaagaattaggtcaatttagcaga
gttcattaacatttaatcaagtaactactaaagtcacggtgctccacgtc
aatgaattaaggcaacagtatacttcatttcacagttctcatttaacaga
attccacaactgctcagctgtcatctctcctaaggggaatgaaagccatt
agcatgaatggaggagtgtgacttaaaaaaaaagaaaaaggaaaaagaga
cctgtgttgcttttgctgatccgaaattggactaaatctctcatctatta
aacattgagttctctctgaatgaataaacctatactacagagaagttgtg
actcacagatgtaagaagagggggagagagagagagagagaagcaaagga
aaaaatgtctactgaccacactttcctacttgaatgaatacgagggcaca
tagaaagctccagtctaaaccatcataacaacagtttgaggagagagtcc
tcttggtgtcaggaacccaaaactgagctggtgctccagccaagtagtaa
tcatcaaggctgttcccagtatgtggtcaggataacgaccacccactaaa
taaccaccacttagttacattgggagcccagtggtcaacatagttaacag
ctctcacctccatggctaggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_54064250_54065376
seq2: B6Ng01-100G12.b_45_1161 (reverse)

seq1  TCAACCAATAGTTTTGTGAACCCAGGAGTAGTGGGAAAAACTATGTGGGA  50
      ||||||||||  |||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||
seq2  TCAACCAATATGTTTGTGAA-CCAGGAGTAG-GGGATAAACTATGT-GGA  47

seq1  AAAAGTACTAATGGGAAAAACCATGCTCTAGTGAGAATCAGGACTGGATA  100
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  AAAAGTACTAATGGG-AAAACCATGCTCTAG-GAGAATCA-GACTGGATA  94

seq1  CCTGAGGGTTGAAGGAACAGTGGGGGCTCAGCTTGCTGATGGTGTCAGAG  150
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGG-TGAAGGAACAGT-GGGGCTCAGCTTGCTGATGGTGTCAGAG  142

seq1  TCAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGAAAAAAGAAAGAAATACAAT  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-AACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGAAAAAAGAAAGAAATACAAT  191

seq1  TGAGAGTCCTAAGAGGAGCCACAGAGAAAGACAGGAGAAATGACTCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCCTAAGAGGAGCCACAGAGAAAGACAGGAGAAATGACTCCACA  241

seq1  GAGCAGGGAAGGATGGCTGTGAACAGTAGACACCTGAAGTGCCAGAGGAG  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGAAGGATGGCTGTGAACAGTAGACA-CTGAAGTGCCAGAGGAG  290

seq1  ATTAAAACCGAGCTATGGAAGTGGCCGCAGAGAGGATGGCTGGCTAGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACCGAGCTATGGAAGTGGCCGCAGAGAGGATGGCTGGCTAGCAG  340

seq1  AAAGGAAACAGAAGCCACCTCTCCCTGGAGGCCTTGTCCACGTTTCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAACAGAAGCCACCTCTCCCTGGAGGCCTTGTCCACGTTTCCACT  390

seq1  CATGTGTAGAGCGTGTTGGCCTGCGGAAGAGCAAACACCAGTGAATTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTAGAGCGTGTTGGCCTGCGGAAGAGCAAACACCAGTGAATTCAG  440

seq1  CCATTTCTTCTAGTGCCACGAGTGCCTGCTAACAAGGCCTGGCAGCCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTTCTAGTGCCACGAGTGCCTGCTAACAAGGCCTGGCAGCCTAC  490

seq1  AAGGGCCTGTGACAGTTGCAAGTGCTTTGTGTACAATTTCATATAAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCTGTGACAGTTGCAAGTGCTTTGTGTACAATTTCATATAAATCT  540

seq1  ATAGCCATCCCTTGGGGAGTCATCATCCTTAATGTATAGACAAGGTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATCCCTTGGGGAGTCATCATCCTTAATGTATAGACAAGGTGATA  590

seq1  GAGTTTCAGAATGGCTCACCTGAGGGTAAAAGCCTTGAGTGGAAAAGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCAGAATGGCTCACCTGAGGGTAAAAGCCTTGAGTGGAAAAGGGA  640

seq1  GATATAAGTGGAAATCTATGATATTCTTATTACTTCAGCCCCTGGCATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAGTGGAAATCTATGATATTCTTATTACTTCAGCCCCTGGCATAC  690

seq1  ACACCTTAAGAGAACCCCCTCTCAGTGTGGCAAGGGCTGTAAGTTGGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTAAGAGAACCCCCTCTCAGTGTGGCAAGGGCTGTAAGTTGGATT  740

seq1  GGTATTCACTCTCCTGGCTACATTACATGTTACATCGGAGAAAAAGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTCACTCTCCTGGCTACATTACATGTTACATCGGAGAAAAAGATTT  790

seq1  CCTTTTTCCTTTAACGATCATAAGTATCCATTGATTTTCCAGTCAAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTCCTTTAACGATCATAAGTATCCATTGATTTTCCAGTCAAAGGG  840

seq1  AAACTGGCTTGGTGGGGCCTAACCAAATCATGTGTGTGTCCTTAAAAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGCTTGGTGGGGCCTAACCAAATCATGTGTGTGTCCTTAAAAGGG  890

seq1  GATGTAGGCCTCCCCTAAAACAGAGATGTAAAGTGGAAGATTTTTATGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGGCCTCCCCTAAAACAGAGATGTAAAGTGGAAGATTTTTATGTG  940

seq1  TCTCTTCTTTTGAACAATAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTTTTGAACAATAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACCAT  990

seq1  ATTGTGATCATCTGTGAGAAAGGACATGTGGCAAGGACTTGAGAGTGGCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATCATCTGTGAGAAAGGACATGTGGCAAGGACTTGAGAGTGGCC  1040

seq1  TTTGGAGCTAACAGTGGATCCTGGTCAATAGCTAGAAGGAAATGAGACCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGCTAACAGTGGATCCTGGTCAATAGCTAGAAGGAAATGAGACCT  1090

seq1  TGGTCATCAGGCATGGGAGATGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATCAGGCATGGGAGATGAATTC  1117

seq1: chr6_53927134_53928320
seq2: B6Ng01-100G12.g_67_1238

seq1  GAATTCTCATGCTTAATGTAAATAAACCCACTCAAATACAGTACACAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGCTTAATGTAAATAAACCCACTCAAATACAGTACACAGCT  50

seq1  AAAAATGATTTTGCCTGTTATTGACTATAATAAAGAAGCAAATGATTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGATTTTGCCTGTTATTGACTATAATAAAGAAGCAAATGATTTTA  100

seq1  GAAATTGAAATTAAGTTCTCAAGAGGCCCAAGGGTAATGGCCACTATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGAAATTAAGTTCTCAAGAGGCCCAAGGGTAATGGCCACTATGGC  150

seq1  ATTGTTAAGATATTGTTTTTAATTATGTGAATTTGTTACACCAAGGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAAGATATTGTTTTTAATTATGTGAATTTGTTACACCAAGGCTTT  200

seq1  AATAGCATAGCTATCTTCAAAGAATGGCTGAAATCAACAATTCTACTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATAGCTATCTTCAAAGAATGGCTGAAATCAACAATTCTACTGAT  250

seq1  TCAGAAAATAAAAAAAGCATAGTGTTAAAAAAATAATAATAGAAAATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAATAAAAAAAGCATAGTGTTAAAAAAATAATAATAGAAAATACT  300

seq1  CTTCCAGGAAGAGGGTCCCCTGAGTAGACACAAGAAACCACCCTGCTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGAAGAGGGTCCCCTGAGTAGACACAAGAAACCACCCTGCTGTC  350

seq1  TAGTTTCCCTGTCTTCCAGCAGCAAACCTCCAGCCCCCTTAATGGCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCCCTGTCTTCCAGCAGCAAACCTCCAGCCCCCTTAATGGCACCA  400

seq1  TTAATATTTAAGCAACCACTATAGTCACAACACTGCCTCAGAGAGCAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATTTAAGCAACCACTATAGTCACAACACTGCCTCAGAGAGCAGAG  450

seq1  CTTCACTCAACAATGTTTTTAAAAAAAATGGTGGAAGCAAGCTTGCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTCAACAATGTTTTTAAAAAAAATGGTGGAAGCAAGCTTGCTTTA  500

seq1  ATTGACATAAATTTAGTACACAAAAGTAAGAATTAGGTCAATTTAGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACATAAATTTAGTACACAAAAGTAAGAATTAGGTCAATTTAGCAGA  550

seq1  GTTCATTAACATTTAATCAAGTAACTACTAAAGTCACGGTGCTCCACGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTAACATTTAATCAAGTAACTACTAAAGTCACGGTGCTCCACGTC  600

seq1  AATGAATTAAGGCAACAGTATACTTCATTTCACAGTTCTCATTTAACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTAAGGCAACAGTATACTTCATTTCACAGTTCTCATTTAACAGA  650

seq1  ATTCCACAACTGCTCAGCTGTCATCTCTCCTAAGGGGAATGAAAGCCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACAACTGCTCAGCTGTCATCTCTCCTAAGGGGAATGAAAGCCATT  700

seq1  AGCATGAATGGAGGAGTGTGACTTAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAATGGAGGAGTGTGACTTAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAAGAGA  750

seq1  CCTGTGTTGCTTTTGCTGATCCGAAATTGGACTAAATCTCTCATCTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTTGCTTTTGCTGATCCGAAATTGGACTAAATCTCTCATCTATTA  800

seq1  AACATTGAGTTCTCTCTGAATGAATAAACCTATACTACAGAGAAGTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGAGTTCTCTCTGAATGAATAAACCTATACTACAGAGAAGTTGTG  850

seq1  ACTCACAGATGTAAGAAGAGGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCAAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTCACAGATGTAAGAAGAGGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCAAAGG-  899

seq1  AAAAAATGTCTACTGACCACACATTCCTACTTGAATGAATACGAAGGGCA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAAAATGTCTACTGACCACACTTTCCTACTTGAATGAATACG-AGGGCA  948

seq1  CATAGAAAGCTCCAGTCTAAACCATCATAACAACAGGTTTGAGGAAGAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  CATAGAAAGCTCCAGTCTAAACCATCATAACAACA-GTTTGAGG-AGAGA  996

seq1  GTCCTCTTGGTGTTCAGGAACACAAACATGAGCT-GTGCTCCAGCCAAAG  1049
      |||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||||||||| |||
seq2  GTCCTCTTGGTG-TCAGGAACCCAAAACTGAGCTGGTGCTCCAGCC-AAG  1044

seq1  TAGTAAATCATCAAGGCTGTTCACCAGTATGT-GTCA-GATAACGACCA-  1096
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| 
seq2  TAGT-AATCATCAAGGCTGTTC-CCAGTATGTGGTCAGGATAACGACCAC  1092

seq1  CCACTAAATAAACCACCACTAAGTTACCATTGGAGCCCATGTGTCATACA  1146
      ||||||||| |||||||||| ||||||  | ||||||||   |||| |||
seq2  CCACTAAAT-AACCACCACTTAGTTACATTGGGAGCCCAGTGGTCA-ACA  1140

seq1  TTATGTTAAACCAAGCTCTTCAACTCCATGGCCTTTAGGAT  1187
      |   |||||    ||||| ||| |||||||||   ||||||
seq2  T--AGTTAA---CAGCTC-TCACCTCCATGGC---TAGGAT  1172