BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100K24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 148,495,118 - 148,646,891
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG622319, LOC100042984
Upstream geneCcdc91, LOC100039712, LOC100039727, LOC100039736, Mlstd1, Ergic2, Tmtc1, 1110033J19Rik
Downstream geneLOC665372, Ipo8, Caprin2, EG665395, Tera, LOC667138, D030011O10Rik, 4833442J19Rik, C730024G19Rik, 2810474O19Rik, LOC665426, LOC622481, LOC665441, Bicd1, LOC667182, LOC100039850
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100K24.bB6Ng01-100K24.g
ACCDH910113DH910114
length1,078651
definitionDH910113|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100K24, 5' end.DH910114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,495,118 - 148,496,189)(148,646,242 - 148,646,891)
sequence
gaattcctcttgtaaatggaaactcaagttatttgacatcccctagagga
aactctcctggaagttacaagactcataagggccctcttgaatgttatgg
gagcagtaaacaattgcagggagagatgcttaggtgctatagctatctgc
aggttgggcaatgagtttcaaggctgcaactttggagaataaatctggtg
tgaccttttttgtggtacagctaccttgagtcccccatgctcctgtaggt
gatgctggttaaattcactggtacaccaagtgagtctgggtgtatctggg
gtaatacatgtttattcacatctcccaggaaaagttgtgcgaaggaatcg
tgtgtttttctggtgtgaattgaagttccaagaggaaggaagaaatcgtg
cttgcattgaaaactctataaggccaaaaggctaaagtttgggattacag
agagttaagatgttgaagtcagagccaaataaccttgtactatttatttg
ctttgaaagccattcactgccagccctatgtctagcccatcatcctgtaa
ctatcaaaaaacttttaaatgttttttatagtgtcttaaaagtgtcttag
caaacgactagcttccaccaatccaaaagctaggattatcactgggctgc
atctgagactcaggagttatttccttgctttacctgatgtttctatcaat
gtgttctgaaagtatcttcatgaagttgttaccacactggaacaccagct
ttggggtggctttaatctgtgttccagaataaactgtcttttatcccctt
tgaggtgagagttgtttgcactgcccctagccccaacaagaggaaaatag
cagtcagatagtcctggcatgaagaagatcctaagattctgaaatagaca
cttcttacatagacctagaaaggaattgttaacacaaaagggccacaaga
ctctggaatgtcaaatgtttgccccaaaccaatcccatttatttctgtgc
attcccaaagcaacacctaagataccaagattgcaatctggtggggaatg
tagtggttcctcagctcataggaagtga
gaattcagaatgatgacttctaggagaggggctggaagaggaagcaagag
aagagattccaaatatatgtaactttaaaaaaaaagatttatttattatt
atatctaagtacactgtagctgtcttcagacacactagaagagggggtca
gatcttattaaggatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaa
ctcatgacctttggaagagcagtcagtgctcttactcgctgagccatctc
tccagccctatatgcaacttttaaataaggttagcgtgtcaggatttgaa
aaattcagaactagtggtgcatgtataatcttggcacttgggaggctgag
gtagaaggacccatagttttaggccagcttgggctacacataagacacat
aaaaaagatttgatgagtgtgtgataggaatagtgaaaatggacatcatc
gtttcttcattctgttgtgttctatcaaagctatgttttcaaaagtaaaa
gaaaaggggagagttggataaaaaagactcacaccattcttgcagcccga
gtttaatctaggaataagatgctccccccttgtggaagggcatttggcat
tggttgtacttcactgtagcctgaattataaagctaaagatgtttgaaat
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_148495118_148496189
seq2: B6Ng01-100K24.b_47_1124

seq1  GAATTCCTCTTGTAAATGGAAACTCAAGTTATTTGACATCCCCTAGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTGTAAATGGAAACTCAAGTTATTTGACATCCCCTAGAGGA  50

seq1  AACTCTCCTGGAAGTTACAAGACTCATAAGGGCCCTCTTGAATGTTATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCCTGGAAGTTACAAGACTCATAAGGGCCCTCTTGAATGTTATGG  100

seq1  GAGCAGTAAACAATTGCAGGGAGAGATGCTTAGGTGCTATAGCTATCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTAAACAATTGCAGGGAGAGATGCTTAGGTGCTATAGCTATCTGC  150

seq1  AGGTTGGGCAATGAGTTTCAAGGCTGCAACTTTGGAGAATAAATCTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGGCAATGAGTTTCAAGGCTGCAACTTTGGAGAATAAATCTGGTG  200

seq1  TGACCTTTTTTGTGGTACAGCTACCTTGAGTCCCCCATGCTCCTGTAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTTTTTGTGGTACAGCTACCTTGAGTCCCCCATGCTCCTGTAGGT  250

seq1  GATGCTGGTTAAATTCACTGGTACACCAAGTGAGTCTGGGTGTATCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGTTAAATTCACTGGTACACCAAGTGAGTCTGGGTGTATCTGGG  300

seq1  GTAATACATGTTTATTCACATCTCCCAGGAAAAGTTGTGCGAAGGAATCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACATGTTTATTCACATCTCCCAGGAAAAGTTGTGCGAAGGAATCG  350

seq1  TGTGTTTTTCTGGTGTGAATTGAAGTTCCAAGAGGAAGGAAGAAATCGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTTCTGGTGTGAATTGAAGTTCCAAGAGGAAGGAAGAAATCGTG  400

seq1  CTTGCATTGAAAACTCTATAAGGCCAAAAGGCTAAAGTTTGGGATTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTGAAAACTCTATAAGGCCAAAAGGCTAAAGTTTGGGATTACAG  450

seq1  AGAGTTAAGATGTTGAAGTCAGAGCCAAATAACCTTGTACTATTTATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTAAGATGTTGAAGTCAGAGCCAAATAACCTTGTACTATTTATTTG  500

seq1  CTTTGAAAGCCATTCACTGCCAGCCCTATGTCTAGCCCATCATCCTGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAGCCATTCACTGCCAGCCCTATGTCTAGCCCATCATCCTGTAA  550

seq1  CTATCAAAAAACTTTTAAATGTTTTTTATAGTGTCTTAAAAGTGTCTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAAAAACTTTTAAATGTTTTTTATAGTGTCTTAAAAGTGTCTTAG  600

seq1  CAAACGACTAGCTTCCACCAATCCAAAAGCTAGGATTATCACTGGGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGACTAGCTTCCACCAATCCAAAAGCTAGGATTATCACTGGGCTGC  650

seq1  ATCTGAGACTCAGGAGTTATTTCCTTGCTTTACCTGATGTTTCTATCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGACTCAGGAGTTATTTCCTTGCTTTACCTGATGTTTCTATCAAT  700

seq1  GTGTTCTGAAAGTATCTTCATGAAGTTGTTACCACACTGGAACACCAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTGAAAGTATCTTCATGAAGTTGTTACCACACTGGAACACCAGCT  750

seq1  TTGGGGTGGCTTTAATCTGTGTTCCAGAATAAACTGTCTTTTATCCCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTGGCTTTAATCTGTGTTCCAGAATAAACTGTCTTTTATCCCCTT  800

seq1  TGAGGTGAGAGTTGTTTGCACTGCCCCTAGCCCCAACAAAGAGGAAAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAGGTGAGAGTTGTTTGCACTGCCCCTAGCCCCAAC-AAGAGGAAAATA  849

seq1  GCAGTCAGATAGTCCTGGCATGAAGAAGATCCTAAGATTCTGAAATAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGATAGTCCTGGCATGAAGAAGATCCTAAGATTCTGAAATAGAC  899

seq1  ACTTCTTACATAGACCTAG-AAGGAATTGTTAACACAAAAGGGCCACAAG  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTACATAGACCTAGAAAGGAATTGTTAACACAAAAGGGCCACAAG  949

seq1  ACTCTGG-ATGTCAAATGTTTGCCCCAAACCAATCCCATTTATTTCTGGT  998
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTCTGGAATGTCAAATGTTTGCCCCAAACCAATCCCATTTATTTCT-GT  998

seq1  GCATTCCCAAAGC-ACACCTAAGATACC-AGATTGCAACCT-GTGGGG-A  1044
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||| |
seq2  GCATTCCCAAAGCAACACCTAAGATACCAAGATTGCAATCTGGTGGGGAA  1048

seq1  TGTAGTGGTT-CTCAGCTCATAGG-AGTGA  1072
      |||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TGTAGTGGTTCCTCAGCTCATAGGAAGTGA  1078

seq1: chr6_148646242_148646891
seq2: B6Ng01-100K24.g_67_716 (reverse)

seq1  ATTTCAAACATCTTTAGCTTTATAATTCAGGCTACAGTGAAGTACAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAACATCTTTAGCTTTATAATTCAGGCTACAGTGAAGTACAACCA  50

seq1  ATGCCAAATGCCCTTCCACAAGGGGGGAGCATCTTATTCCTAGATTAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAATGCCCTTCCACAAGGGGGGAGCATCTTATTCCTAGATTAAAC  100

seq1  TCGGGCTGCAAGAATGGTGTGAGTCTTTTTTATCCAACTCTCCCCTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGCTGCAAGAATGGTGTGAGTCTTTTTTATCCAACTCTCCCCTTTTC  150

seq1  TTTTACTTTTGAAAACATAGCTTTGATAGAACACAACAGAATGAAGAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTTTTGAAAACATAGCTTTGATAGAACACAACAGAATGAAGAAAC  200

seq1  GATGATGTCCATTTTCACTATTCCTATCACACACTCATCAAATCTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGTCCATTTTCACTATTCCTATCACACACTCATCAAATCTTTTTT  250

seq1  ATGTGTCTTATGTGTAGCCCAAGCTGGCCTAAAACTATGGGTCCTTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTTATGTGTAGCCCAAGCTGGCCTAAAACTATGGGTCCTTCTAC  300

seq1  CTCAGCCTCCCAAGTGCCAAGATTATACATGCACCACTAGTTCTGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTCCCAAGTGCCAAGATTATACATGCACCACTAGTTCTGAATTT  350

seq1  TTCAAATCCTGACACGCTAACCTTATTTAAAAGTTGCATATAGGGCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATCCTGACACGCTAACCTTATTTAAAAGTTGCATATAGGGCTGGA  400

seq1  GAGATGGCTCAGCGAGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCATGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCTCAGCGAGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCATGAG  450

seq1  TTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCTTAATAAGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCTTAATAAGATC  500

seq1  TGACCCCCTCTTCTAGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCCTCTTCTAGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATAT  550

seq1  AATAATAAATAAATCTTTTTTTTTAAAGTTACATATATTTGGAATCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAATAAATCTTTTTTTTTAAAGTTACATATATTTGGAATCTCTT  600

seq1  CTCTTGCTTCCTCTTCCAGCCCCTCTCCTAGAAGTCATCATTCTGAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTTCCTCTTCCAGCCCCTCTCCTAGAAGTCATCATTCTGAATTC  650