BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102E17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 43,254,441 - 43,374,135
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNobox, Tpk1, LOC665747
Upstream geneClcn1, 6330503C03Rik, Zyx, Epha1, Tas2r143, Tas2r135, Tas2r126, Olfr458, Olfr457, Olfr456, LOC232745, EG546896, Eapa2, BC011487, 3321401G04Rik, LOC100039918, GA_x5J8B7W6337-801345-802245, Olfr453, Olfr38, Olfr452, Olfr451-ps1, Olfr450, Olfr449, Olfr448, Olfr447, Olfr446, GA_x5J8B7W6337-1014614-1015483, Olfr444, EG622841, Igk-V, Olfr443-ps1, GA_x5J8B7W6337-1183223-1183810, Olfr441, Olfr440-ps1, GA_x5J8B7W6337-1221999-1222591, Olfr438, Olfr437, Olfr13, GA_x5J8B7W6337-1270568-1271367, Olfr435, Olfr434, LOC665745, Olfr47, Arhgef5
Downstream geneLOC546897, LOC665779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102E17.bB6Ng01-102E17.g
ACCDH911226DH911227
length1,1361,112
definitionDH911226|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102E17, 5' end.DH911227|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,254,441 - 43,255,602)(43,373,019 - 43,374,135)
sequence
gaattccagatactgtgtggtttagcaactgtgatttacaggtcaaggcc
aagtgctggcttatataggcaccaaggagaccagaaaccacctggaagtc
tctttcatttctccctatagaactctttcatgcatgagatagagggcttt
ggtgtttcagaagtccatgtagtttggcataattggctgctaccaattct
gtgccaagtccttttgtccactatttctagtggtcaccatatccctcagc
aatatgaaacttgccaggccaacagatgtttcaggatagctacgatcagc
ggcaagtgagaggtttgctcatcatccacacctgcttcactctttcctcc
agatgaggacatagtctgtcctttctctcctttaaacaaaaggaggttat
tttgctctctagcccaaactcacccatgttttcagcaggtggctgcagca
agatctgacctggtgggggtcctgggcaataatcctgtgatgagtctcca
ctgaagccaaaaggaaatgaaaacagagagtcttctggtggtagaaatgg
cattgagcttgggatggggtaagggaaggggggcagatacggaaactgtg
actgaagggatgggaaaaggggtaaatgtggagcctgggagagctggaat
gaacccaactggctgcttgcttggtagtcctgagaccccaggtcttccaa
atttgagtaggtgggtggtgaggcgatactatggaggatagaggagtatt
taatgagatgtaacagtgacttcattcccaccacaaagttaagagaccat
tctcttataactcctttctccatctctgtggcaacatcaaaccttggaca
gcacatctgtctctccctcttcccaccccctgttcactgctgccctgctt
ctcttctattgctataaaatgcttgatcactcctcctcaaaccacataag
gttcattccccatcacataagccacttttgaccatttcagccctttcttc
ccaccaccatttctttctttctccaagtttcaatgaactcaagtcccata
ctaatgcccaggacatagcttgtccttgatatgctgtcctttcaggacgt
cctcttgaggcatacctgaggagtttgacagaccca
gaattctgaatacgagaaacttgactcatagctaagtaaaggtgttgctt
gggaaatggtcttttatatataactgaacaaatatttgtttgtgagtcta
gaattcagtgtcacaaaaggttgcatcttcagcaggtgcaatagatggta
tctttacaactggcaggtctcaagaataagactatctgtgtggccctgga
catatttatccaatttttcgttgtaaagcttataattaatagtaagctga
tacagaaaagtaggtctaaatcaggtgaaagaatgtgctgagataatttg
tggttagtattatgataagccacattaagtgttattagctggctgccagc
atgctgcaagttgttcttttcttgtccttcttcatacttgttcttcttct
tcaggggaagcacaggctccatgtagacactggaatggaagggagctggt
gtggcctgattcctgttggacagccttgcaaccaggtgacgacaacaggc
ctgaaatggaacctcagtgagtaaaacccatctggaaagggaggatttgt
ctttcattgggaaaaggatgtttgttttgggcagaaatgatgtgaaaata
tgagcctctgggtagcctcctcttcacagccatgtgcaccacacctggca
gttttcatcctcaatgtctttggtgttcatataggtaacctaaggatgaa
ttaacaggctgatttctgtagtccctgccaattaccacctttgcctgagt
gtttcaatttccataccctcagttgtccttgtcatcttctgttctgttgt
gttgtttggagccatagacgttgtacttataatttccacttgttttggtg
atgacttatgatggccagcaactcttttaatatgctatatgggacatttg
tttatcttccttggagaaatcatatcaagtctttgctcctctaggaattg
agttgttccctttggcccaggatatgagtccttctcgtgttctagttatg
aattctcttcagatatgtggctgaaagatatgttctaaaatctttgctag
tatttttagtcctattacttaattaactagttaaattctgaagggtctaa
gtcttttcttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_43254441_43255602
seq2: B6Ng01-102E17.b_49_1184

seq1  GAATTCCAGATACTGTGTGGTTTAGCAACTGTGATTTACAGGTCAAGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATACTGTGTGGTTTAGCAACTGTGATTTACAGGTCAAGGCC  50

seq1  AAGTGCTGGCTTATATAGGCACCAAGGAGACCAGAAACCACCTGGAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTGGCTTATATAGGCACCAAGGAGACCAGAAACCACCTGGAAGTC  100

seq1  TCTTTCATTTCTCCCTATAGAACTCTTTCATGCATGAGATAGAGGGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCATTTCTCCCTATAGAACTCTTTCATGCATGAGATAGAGGGCTTT  150

seq1  GGTGTTTCAGAAGTCCATGTAGTTTGGCATAATTGGCTGCTACCAATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTCAGAAGTCCATGTAGTTTGGCATAATTGGCTGCTACCAATTCT  200

seq1  GTGCCAAGTCCTTTTGTCCACTATTTCTAGTGGTCACCATATCCCTCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAAGTCCTTTTGTCCACTATTTCTAGTGGTCACCATATCCCTCAGC  250

seq1  AATATGAAACTTGCCAGGCCAACAGATGTTTCAGGATAGCTACGATCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAACTTGCCAGGCCAACAGATGTTTCAGGATAGCTACGATCAGC  300

seq1  GGCAAGTGAGAGGTTTGCTCATCATCCACACCTGCTTCACTCTTTCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTGAGAGGTTTGCTCATCATCCACACCTGCTTCACTCTTTCCTCC  350

seq1  AGATGAGGACATAGTCTGTCCTTTCTCTCCTTTAAACAAAAGGAGGTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGGACATAGTCTGTCCTTTCTCTCCTTTAAACAAAAGGAGGTTAT  400

seq1  TTTGCTCTCTAGCCCAAACTCACCCATGTTTTCAGCAGGTGGCTGCAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTCTAGCCCAAACTCACCCATGTTTTCAGCAGGTGGCTGCAGCA  450

seq1  AGATCTGACCTGGTGGGGGTCCTGGGCAATAATCCTGTGATGAGTCTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGACCTGGTGGGGGTCCTGGGCAATAATCCTGTGATGAGTCTCCA  500

seq1  CTGAAGCCAAAAGGAAATGAAAACAGAGAGTCTTCTGGTGGTAGAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCCAAAAGGAAATGAAAACAGAGAGTCTTCTGGTGGTAGAAATGG  550

seq1  CATTGAGCTTGGGATGGGGTAAGGGAAGGGGGGCAGATACGGAAACTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGCTTGGGATGGGGTAAGGGAAGGGGGGCAGATACGGAAACTGTG  600

seq1  ACTGAAGGGATGGGAAAAGGGGTAAATGTGGAGCCTGGGAGAGCTGGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGGGATGGGAAAAGGGGTAAATGTGGAGCCTGGGAGAGCTGGAAT  650

seq1  GAACCCAACTGGCTGCTTGCTTGGTAGTCCTGAGACCCCAGGTCTTCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAACTGGCTGCTTGCTTGGTAGTCCTGAGACCCCAGGTCTTCCAA  700

seq1  ATTTGAGTAGGTGGGTGGTGAGGCGATACTATGGAGGATAGAGGAGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGTAGGTGGGTGGTGAGGCGATACTATGGAGGATAGAGGAGTATT  750

seq1  TAATGAGATGTAACAGTGACTTCATTCCCACCACAAAGTTAAGAGACCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGATGTAACAGTGACTTCATTCCCACCACAAAGTTAAGAGACCAT  800

seq1  TCTCTTATAACTCCTTTCTCCATCTCTGTGGCAACATCAAACCTTGGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTATAACTCCTTTCTCCATCTCTGTGGCAACATCAAACCTTGGACA  850

seq1  GCACATCTGTCTCTCCCTCTTCCCACCCCCTGTTCACTGCTGCCCCTGCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCACATCTGTCTCTCCCTCTTCCCACCCCCTGTTCACTGCTG-CCCTGCT  899

seq1  TCTCTTCTATTGCTATAAAATGCTTGATCACTCCTCCTCAAACCCACATA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTCTTCTATTGCTATAAAATGCTTGATCACTCCTCCTCAAA-CCACATA  948

seq1  AGGTTTCATTCCCCATCACATAAGCCACTTTCTGACCCATTTCAGCCCTT  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  AGG-TTCATTCCCCATCACATAAGCCACTTT-TGA-CCATTTCAGCCCTT  995

seq1  TCCTTTCCACACCACCATTCCTTTCTTCTCTCCAAGGTTTCAAATGAACT  1050
      ||  |||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||
seq2  TC--TTCC-CACCACCATTTCTTTCTT-TCTCCAA-GTTTC-AATGAACT  1039

seq1  CAGGTCCCATACCTAGTGCCCCAGGACACATAGGCCTTGTCCTTGTATAT  1100
      || |||||||| ||| || ||||||  ||||||  |||||||||| ||||
seq2  CAAGTCCCATA-CTAATG-CCCAGG--ACATAG--CTTGTCCTTG-ATAT  1082

seq1  GCTGTCACTGCCAGGAACGTCCCTCATTGGAGGCAGTACTTGAGGAGTTT  1150
      |||||| ||  |||| |||| ||||  | |||||| ||| ||||||||||
seq2  GCTGTC-CTTTCAGG-ACGT-CCTC--TTGAGGCA-TACCTGAGGAGTTT  1126

seq1  GAACAGGACCCA  1162
      | ||| ||||||
seq2  G-ACA-GACCCA  1136

seq1: chr6_43373019_43374135
seq2: B6Ng01-102E17.g_68_1179 (reverse)

seq1  TCAAGAAAAAGAACTATGCCC-TCAGAATTAACTTAGTTAATTAAGTTAT  49
      ||||| ||||||  ||  ||| |||||||| |  ||||||||||||| ||
seq2  TCAAG-AAAAGACTTAGACCCTTCAGAATTTAACTAGTTAATTAAGTAAT  49

seq1  AGGAACTAAAAATACTAGCAAAGAATTTTAAGAACATATCTTTCAGCCAC  99
      ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGG-ACTAAAAATACTAGCAAAGA--TTTTAGAACATATCTTTCAGCCAC  96

seq1  ATATCTGAAGAAGAATTCATAACTAGAACACGAGAAGGACTCATATCCTG  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGAAG-AGAATTCATAACTAGAACACGAGAAGGACTCATATCCTG  145

seq1  GGCCAAAGGGAACAACTCAATTCCTAGAGGAGCAAAGACTTTGATATGAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GGCCAAAGGGAACAACTCAATTCCTAGAGGAGCAAAGAC-TTGATATGA-  193

seq1  TTTCTCCAAGGAAGATAAACAAATGTCCCATATAGCATA-TAAAAGAGTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCTCCAAGGAAGATAAACAAATGTCCCATATAGCATATTAAAAGAGTT  243

seq1  GCTGGCCATCATAAGTCATCACCAAAACAAGTGGAAATTATAAGTACAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCATCATAAGTCATCACCAAAACAAGTGGAAATTATAAGTACAAC  293

seq1  GTCTATGGCTCCAAACAACACAACAGAACAGAAGATGACAAGGACAACTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGGCTCCAAACAACACAACAGAACAGAAGATGACAAGGACAACTG  343

seq1  AGGGTATGGAAATTGAAACACTCAGGCAAAGGTGGTAATTGGCAGGGACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATGGAAATTGAAACACTCAGGCAAAGGTGGTAATTGGCAGGGACT  393

seq1  ACAGAAATCAGCCTGTTAATTCATCCTTAGGTTACCTATATGAACACCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATCAGCCTGTTAATTCATCCTTAGGTTACCTATATGAACACCAA  443

seq1  AGACATTGAGGATGAAAACTGCCAGGTGTGGTGCACATGGCTGTGAAGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGAGGATGAAAACTGCCAGGTGTGGTGCACATGGCTGTGAAGAG  493

seq1  GAGGCTACCCAGAGGCTCATATTTTCACATCATTTCTGCCCAAAACAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTACCCAGAGGCTCATATTTTCACATCATTTCTGCCCAAAACAAAC  543

seq1  ATCCTTTTCCCAATGAAAGACAAATCCTCCCTTTCCAGATGGGTTTTACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTCCCAATGAAAGACAAATCCTCCCTTTCCAGATGGGTTTTACT  593

seq1  CACTGAGGTTCCATTTCAGGCCTGTTGTCGTCACCTGGTTGCAAGGCTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGGTTCCATTTCAGGCCTGTTGTCGTCACCTGGTTGCAAGGCTGT  643

seq1  CCAACAGGAATCAGGCCACACCAGCTCCCTTCCATTCCAGTGTCTACATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGGAATCAGGCCACACCAGCTCCCTTCCATTCCAGTGTCTACATG  693

seq1  GAGCCTGTGCTTCCCCTGAAGAAGAAGAACAAGTATGAAGAAGGACAAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGTGCTTCCCCTGAAGAAGAAGAACAAGTATGAAGAAGGACAAGA  743

seq1  AAAGAACAACTTGCAGCATGCTGGCAGCCAGCTAATAACACTTAATGTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAACTTGCAGCATGCTGGCAGCCAGCTAATAACACTTAATGTGG  793

seq1  CTTATCATAATACTAACCACAAATTATCTCAGCACATTCTTTCACCTGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCATAATACTAACCACAAATTATCTCAGCACATTCTTTCACCTGAT  843

seq1  TTAGACCTACTTTTCTGTATCAGCTTACTATTAATTATAAGCTTTACAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACCTACTTTTCTGTATCAGCTTACTATTAATTATAAGCTTTACAAC  893

seq1  GAAAAATTGGATAAATATGTCCAGGGCCACACAGATAGTCTTATTCTTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTGGATAAATATGTCCAGGGCCACACAGATAGTCTTATTCTTGA  943

seq1  GACCTGCCAGTTGTAAAGATACCATCTATTGCACCTGCTGAAGATGCAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGCCAGTTGTAAAGATACCATCTATTGCACCTGCTGAAGATGCAAC  993

seq1  CTTTTGTGACACTGAATTCTAGACTCACAAACAAATATTTGTTCAGTTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGACACTGAATTCTAGACTCACAAACAAATATTTGTTCAGTTAT  1043

seq1  ATATAAAAGACCATTTCCCAAGCAACACCTTTACTTAGCTATGAGTCAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAGACCATTTCCCAAGCAACACCTTTACTTAGCTATGAGTCAAG  1093

seq1  TTTCTCGTATTCAGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCGTATTCAGAATTC  1112