BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102O02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 76,999,539 - 77,172,051
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneEG546907, LOC100042952, LOC668153, EG668155, LOC100042956
Downstream geneLrrtm1, LOC668169, EG434050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102O02.bB6Ng01-102O02.g
ACCDH911641DH911642
length1,1801,129
definitionDH911641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102O02, 5' end.DH911642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102O02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,999,539 - 77,000,721)(77,170,917 - 77,172,051)
sequence
gaattcatagaagaaaaaaaaaagaaggcagtagacagttcagtgagcaa
aggtgctgcccttacgactgacaacgggagtttggttcccaggactaaca
tggaaaggaaaaactgagtttctcaagttgtcatctaacctacacacaca
cacatacaaaacaaatcaacaaatccttaaatatattcttagcaggactc
tactacaaaagctaacaatgccttcagtcaacacctgagaaaaattcaga
gatctttcctgctttcctggaactgctctgcgtggtacttcacccaatga
attgcaaagctgtcttagcttagacacttctgttatacaaattttgccaa
acaattaccatgtcacaacatgttgtttgggataacctggagctttgctc
atgggctagcactactcacatttgttcccagaatgaatgtttattccctt
tgaggtgaaggctgcatttttgtatcgcatatacaccatatataccacat
gtatatatgatcacaggcagacaaacaaatacctctgtatggtctttttc
ttgagaatggaagagaaaggagggaaaaggagacatgggatgtgtgggat
tctctggctcattacttctatagttaagctctcaccctctctgcatagcc
agtatggtccagctctctacatctgataaacaccactggccctcagactc
cacaaagcaaccagggaaaacttttggctgtagagactgaaaaggagaca
tataaagttcttttaaagtcaagttcaagttgaacacagatcacataaat
gagatccgtcaacccagaactctggacagttcaagggaacagtgagaatg
acagaggcacagacaccaaggaagcaaaggcctaatcagggaacacaatg
ttttggctgtgcggtgacaagtctctgtagagttttcatctatcagattc
tatatttgcatgtaaactcacctgacttgtatgcaaaattaccattggca
ataaataaaacatcatgtataccaacaatgtaggatttaaacgaaaacaa
tacatctgctagctgaatgtgaccactgctgcaagtggggcagaaagaac
ggcaaatccctttactgaatgtcagcaagcttgcatcccttggaatcaga
gcctgtctttcttcttaaacagagattttt
gaattcaagtattcaagtagcatcatggagatcaccagcgttacataggt
cctgccacctgtcagcttcttgtcatacttagaggatccctacaccactg
tgggtcctggaggaggaagatgactcccaagtgactaataatttcatgga
cacatgaatgtgaaataagctcagggatgtgaaataagtcatattactat
tagtgaacatgagtgatgctccactcttaataatgtttaacaacctcctt
attatgatcttcccttgaaactataatgaaagatcagcctcaagtcagaa
gtgaagcatgaaagagaggggtgggggaaattgtatcaatgaaaaaaaat
tgccaaatgacctatttaaattaatcctccctttattatctgaaatggtg
tattagaagaagatggtgtttgtagcacaaacagtacaaactttacacag
ttacttgtctcagtttcaattaaagccaggtgctgtgtgcctacaaagag
gtgcagagcctctccccctagttagatcatgttatgttctcaaggagtgt
tctcctgcctatcttcacgggctgctcctgcaggggaggctttgtaacag
atcacagtgccacagcaggatatgagctttcccttgcctcctcagagaat
gcccttcctaagcccttccatgaagttgaagccaagggctagagtcttaa
gaactatgactacctgcttaagtccttatttaacatataagctaatgtaa
agatggcatgccttattcccgtgagccaaatagcagctgcttattaaaaa
gccttgtgtgcacatagttttgggttacccagtactaagagaaagttaaa
aggaaaagcaaacacattaacctgtggaggtgggaagagtaattttcatg
aaaagaagactgtttagccgaatgcttggaactctattctgtctgggcct
ttctcaagtctttgctctcattagccgttgtagtcatcttgatgctttta
ttccagcatcccttcctgtaatctcccccccataccatcttgtaatgtca
ataggctccctcattttgcatagccatctatattgggtagtattcgtttg
cagcttgacagatttagcattcctaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_76999539_77000721
seq2: B6Ng01-102O02.b_48_1227

seq1  GAATTCATAGAAGAAAAAAAAAAGAAGGCAGTAGACAGTTCAGTGAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGAAGAAAAAAAAAAGAAGGCAGTAGACAGTTCAGTGAGCAA  50

seq1  AGGTGCTGCCCTTACGACTGACAACGGGAGTTTGGTTCCCAGGACTAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGCCCTTACGACTGACAACGGGAGTTTGGTTCCCAGGACTAACA  100

seq1  TGGAAAGGAAAAACTGAGTTTCTCAAGTTGTCATCTAACCTACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGAAAAACTGAGTTTCTCAAGTTGTCATCTAACCTACACACACA  150

seq1  CACATACAAAACAAATCAACAAATCCTTAAATATATTCTTAGCAGGACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAAAACAAATCAACAAATCCTTAAATATATTCTTAGCAGGACTC  200

seq1  TACTACAAAAGCTAACAATGCCTTCAGTCAACACCTGAGAAAAATTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACAAAAGCTAACAATGCCTTCAGTCAACACCTGAGAAAAATTCAGA  250

seq1  GATCTTTCCTGCTTTCCTGGAACTGCTCTGCGTGGTACTTCACCCAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTCCTGCTTTCCTGGAACTGCTCTGCGTGGTACTTCACCCAATGA  300

seq1  ATTGCAAAGCTGTCTTAGCTTAGACACTTCTGTTATACAAATTTTGCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAAGCTGTCTTAGCTTAGACACTTCTGTTATACAAATTTTGCCAA  350

seq1  ACAATTACCATGTCACAACATGTTGTTTGGGATAACCTGGAGCTTTGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTACCATGTCACAACATGTTGTTTGGGATAACCTGGAGCTTTGCTC  400

seq1  ATGGGCTAGCACTACTCACATTTGTTCCCAGAATGAATGTTTATTCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTAGCACTACTCACATTTGTTCCCAGAATGAATGTTTATTCCCTT  450

seq1  TGAGGTGAAGGCTGCATTTTTGTATCGCATATACACCATATATACCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGAAGGCTGCATTTTTGTATCGCATATACACCATATATACCACAT  500

seq1  GTATATATGATCACAGGCAGACAAACAAATACCTCTGTATGGTCTTTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATGATCACAGGCAGACAAACAAATACCTCTGTATGGTCTTTTTC  550

seq1  TTGAGAATGGAAGAGAAAGGAGGGAAAAGGAGACATGGGATGTGTGGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATGGAAGAGAAAGGAGGGAAAAGGAGACATGGGATGTGTGGGAT  600

seq1  TCTCTGGCTCATTACTTCTATAGTTAAGCTCTCACCCTCTCTGCATAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTCATTACTTCTATAGTTAAGCTCTCACCCTCTCTGCATAGCC  650

seq1  AGTATGGTCCAGCTCTCTACATCTGATAAACACCACTGGCCCTCAGACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGTCCAGCTCTCTACATCTGATAAACACCACTGGCCCTCAGACTC  700

seq1  CACAAAGCAACCAGGGAAAACTTTTGGCTGTAGAGACTGAAAAGGAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCAACCAGGGAAAACTTTTGGCTGTAGAGACTGAAAAGGAGACA  750

seq1  TATAAAGTTCTTTTAAAGTCAAGTTCAAGTTGAACACAGATCACATAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTTCTTTTAAAGTCAAGTTCAAGTTGAACACAGATCACATAAAT  800

seq1  GAGATCCGTCAACCCAGAACTCTGGACAGTTCAAGGGAACAGTGAGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCGTCAACCCAGAACTCTGGACAGTTCAAGGGAACAGTGAGAATG  850

seq1  ACAGAGGCACAGACACCAAGGAAGCAAAGGCCTAATCAGGGGAACACAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGAGGCACAGACACCAAGGAAGCAAAGGCCTAATCA-GGGAACACAAT  899

seq1  GTTTTGGCTGTGCGGTGACAAGTCTCTGTAGAGTTTTCATCTATCAGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGCTGTGCGGTGACAAGTCTCTGTAGAGTTTTCATCTATCAGATT  949

seq1  CTATATTTGCATGTAAAACTCACCTGACTTGTATGCAAAAATTACCATTG  1000
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTATATTTGCATGT-AAACTCACCTGACTTGTATGC-AAAATTACCATTG  997

seq1  GCAAATAAATAAAAACATCATGTATACCAACAATGTAGGATTTAAAACGA  1050
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GC-AATAAAT-AAAACATCATGTATACCAACAATGTAGGATTT-AAACGA  1044

seq1  AAACAATACATCTGCTAGCTGAATGTGACCACTGCTGCCAGT-GGGCAGA  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  AAACAATACATCTGCTAGCTGAATGTGACCACTGCTGCAAGTGGGGCAGA  1094

seq1  CAG-ACGGCAAAT-CCTTTACTTGAATGTTCAGCAAGC-TGCATCCCTT-  1145
       || ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| 
seq2  AAGAACGGCAAATCCCTTTAC-TGAATG-TCAGCAAGCTTGCATCCCTTG  1142

seq1  GAATCAGAG-CTGTCTTTCTTTCTTAAACAGAGATTTTT  1183
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGAGCCTGTCTTTC-TTCTTAAACAGAGATTTTT  1180

seq1: chr6_77170917_77172051
seq2: B6Ng01-102O02.g_66_1194 (reverse)

seq1  TTCCTAGGTGATGCTAAATCCTGTCAAGCTGGCAACGAATACTACCCATT  50
      ||||||||  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  TTCCTAGG-AATGCTAAAT-CTGTCAAGCTGCAAACGAATACTACCCAAT  48

seq1  ATAGATGGCTATGCAAAAATGAGGGAAGGCTATTGACAATACAGATTGGT  100
      |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||   ||||
seq2  ATAGATGGCTATGC-AAAATGAGGG-AGCCTATTGACATTACAAGATGGT  96

seq1  ATTGGGGGGGAGATTACAGGAAGGGATGCTGGAATAAAAGCATACAAGAT  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-TGGGGGGGAGATTACAGGAAGGGATGCTGGAATAAAAGCAT-CAAGAT  144

seq1  GACTAACAACGGCTAATGAGAGCAAAGACTTGAGAAAGGCCCAGACAGAA  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACT-ACAACGGCTAATGAGAGCAAAGACTTGAGAAAGGCCCAGACAGAA  193

seq1  TAGAGTTCCAAGCATTCGGCTAAACAGTCTTCTTTTCATGAAAATTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTCCAAGCATTCGGCTAAACAGTCTTCTTTTCATGAAAATTACTC  243

seq1  TTCCCACCTCCACAGGTTAATGTGTTTGCTTTTCCTTTTAACTTTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCTCCACAGGTTAATGTGTTTGCTTTTCCTTTTAACTTTCTCTT  293

seq1  AGTACTGGGTAACCCAAAACTATGTGCACACAAGGCTTTTTAATAAGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGGTAACCCAAAACTATGTGCACACAAGGCTTTTTAATAAGCAG  343

seq1  CTGCTATTTGGCTCAC-GGAATAAGGCATGCCATCTTTACATTAGCTTAT  399
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATTTGGCTCACGGGAATAAGGCATGCCATCTTTACATTAGCTTAT  393

seq1  ATGTTAAATAAGGACTTAAGCAGGTAGTCATAGTTCTTAAGACTCTAGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAATAAGGACTTAAGCAGGTAGTCATAGTTCTTAAGACTCTAGCC  443

seq1  CTTGGCTTCAACTTCATGGAAGGGCTTAGGAAGGGCATTCTCTGAGGAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTCAACTTCATGGAAGGGCTTAGGAAGGGCATTCTCTGAGGAGG  493

seq1  CAAGGGAAAGCTCATATCCTGCTGTGGCACTGTGATCTGTTACAAAGCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAAAGCTCATATCCTGCTGTGGCACTGTGATCTGTTACAAAGCCT  543

seq1  CCCCTGCAGGAGCAGCCCGTGAAGATAGGCAGGAGAACACTCCTTGAGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCAGGAGCAGCCCGTGAAGATAGGCAGGAGAACACTCCTTGAGAA  593

seq1  CATAACATGATCTAACTAGGGGGAGAGGCTCTGCACCTCTTTGTAGGCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATGATCTAACTAGGGGGAGAGGCTCTGCACCTCTTTGTAGGCAC  643

seq1  ACAGCACCTGGCTTTAATTGAAACTGAGACAAGTAACTGTGTAAAGTTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCTGGCTTTAATTGAAACTGAGACAAGTAACTGTGTAAAGTTTG  693

seq1  TACTGTTTGTGCTACAAACACCATCTTCTTCTAATACACCATTTCAGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTTGTGCTACAAACACCATCTTCTTCTAATACACCATTTCAGATA  743

seq1  ATAAAGGGAGGATTAATTTAAATAGGTCATTTGGCAATTTTTTTTCATTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGGAGGATTAATTTAAATAGGTCATTTGGCAATTTTTTTTCATTG  793

seq1  ATACAATTTCCCCCACCCCTCTCTTTCATGCTTCACTTCTGACTTGAGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATTTCCCCCACCCCTCTCTTTCATGCTTCACTTCTGACTTGAGGC  843

seq1  TGATCTTTCATTATAGTTTCAAGGGAAGATCATAATAAGGAGGTTGTTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTCATTATAGTTTCAAGGGAAGATCATAATAAGGAGGTTGTTAA  893

seq1  ACATTATTAAGAGTGGAGCATCACTCATGTTCACTAATAGTAATATGACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTAAGAGTGGAGCATCACTCATGTTCACTAATAGTAATATGACT  943

seq1  TATTTCACATCCCTGAGCTTATTTCACATTCATGTGTCCATGAAATTATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCACATCCCTGAGCTTATTTCACATTCATGTGTCCATGAAATTATT  993

seq1  AGTCACTTGGGAGTCATCTTCCTCCTCCAGGACCCACAGTGGTGTAGGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTGGGAGTCATCTTCCTCCTCCAGGACCCACAGTGGTGTAGGGA  1043

seq1  TCCTCTAAGTATGACAAGAAGCTGACAGGTGGCAGGACCTATGTAACGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAAGTATGACAAGAAGCTGACAGGTGGCAGGACCTATGTAACGCT  1093

seq1  GGTGATCTCCATGATGCTACTTGAATACTTGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCTCCATGATGCTACTTGAATACTTGAATTC  1129