BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103J16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,017,012 - 77,172,051
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneEG546907, LOC100042952, LOC668153, EG668155, LOC100042956
Downstream geneLrrtm1, LOC668169, EG434050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103J16.bB6Ng01-103J16.g
ACCDH912139DH912140
length1,2121,186
definitionDH912139|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103J16, 5' end.DH912140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,170,830 - 77,172,051)(77,017,012 - 77,018,216)
sequence
gaattcaagtattcaagtagcatcatggagatcaccagcgttacataggt
cctgccacctgtcagcttcttgtcatacttagaggatccctacaccactg
tgggtcctggaggaggaagatgactcccaagtgactaataatttcatgga
cacatgaatgtgaaataagctcagggatgtgaaataagtcatattactat
tagtgaacatgagtgatgctccactcttaataatgtttaacaacctcctt
attatgatcttcccttgaaactataatgaaagatcagcctcaagtcagaa
gtgaagcatgaaagagaggggtgggggaaattgtatcaatgaaaaaaaat
tgccaaatgacctatttaaattaatcctccctttattatctgaaatggtg
tattagaagaagatggtgtttgtagcacaaacagtacaaactttacacag
ttacttgtctcagtttcaattaaagccaggtgctgtgtgcctacaaagag
gtgcagagcctctccccctagttagatcatgttatgttctcaaggagtgt
tctcctgcctatcttcacgggctgctcctgcaggggaggctttgtaacag
atcacagtgccacagcaggatatgagctttcccttgcctcctcagagaat
gcccttcctaagcccttccatgaagttgaagccaagggctagagtcttaa
gaactatgactacctgcttaagtccttatttaacatataagctaatgtaa
agatggcatgccttattccgtgagccaaatagcagctgcttattaaaaag
ccttgtgtgcacatagttttgggttacccagtactaagagaaagttaaaa
ggaaaagcaaacacattaacctgtggaggtgggaagagtaattttcatga
aaagaagactgtttagccgaatgcttggaactctattctgtctgggcctt
tctcaagtcttgctctcattagccgtgttagtcatcttgtatgctttatt
ccagcatcccttcctgtaatctccccccaataccaatctgtattgtcaat
agctttcctcatttgcatagccattaaaatgggtagtatcgtgccagctg
acaggaattagcaatcacctaggaaacaatctttgtaccccacctgttga
aaagttactagattgggttattgaagataggaagggtcactttaaggtga
acaaagctcttc
gaattcatgtgaaattgcccaaaagcaaaatatttaaattaaaagcaagg
gggcagaaaaactccaaactaaatcaacaataaatcactttccctgaagt
tggatgaagacactgatgatgtttaaacaaaattgaggcagtggaatgag
tgatcgtgagcgtctacagaagaaaattggagaacaacagtgatggaaac
agtcaagaatctgggctctgcaaccaggatgcactgatgggtgatactag
ttttgctacttcctggtcaactgagcagagataatctaattaatgtctct
gctcctccccctgctggtctctgatagtttacactactatcatctttggt
cttatatttgcatgtacccagcaagtaagggatgttgttctggtagggaa
tttgtcaactttacacagactagagttagtccagaagacaattgagaaaa
tgacttcatcaagaatggctgtgaacaagtacatgtagaatttccttgat
taacaaaacttagtggtggcgtagaaagcaaaagaaagcaggcagagcaa
gacaataaagaatattcctccacagtttctgcttcagtttctgggtctgg
gttcctacgtttagttcccacactatctatcctcaatgataaagtgtgac
ctgtgaactgcaagcagaattagccccttccttcccatgcttctgtttat
catagtgctctgtcaaagcactattgttgtgataaactaagacaacagtt
taactcaaagtgttcattcttcagacttctaagtccagtctcaaaataca
ctgagttgcaaatgaaaatgaagtagtttactttcaacagaaatgaaaat
attaacaaattctcaactacacgtgaatgatataccctcttaagtagatt
tcccagggagaggagaccaaatctttgaaatctacccttgctgaaattcc
ccttctcaactcctatacaggtttgggtgtggtctgcaatatccacagtg
aggaggatgcattgttctcaagggtacgatctttagcaaaggtctgcatc
acctaacaatggatctgagttctgaaaaggcaggagaaccgattctcctg
ggatattatctagtcagattcccagctcacagggaattagtcaataagaa
ctggacgtttctttccagaactaggattggtagata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77170830_77172051
seq2: B6Ng01-103J16.b_46_1257 (reverse)

seq1  GAAG-GCTTTGTTCACATTTAAAGTGAACCTTCCTA-CTTCAATTAACCC  48
      |||| |||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| ||||||
seq2  GAAGAGCTTTGTTCAC-CTTAAAGTGACCCTTCCTATCTTCAA-TAACCC  48

seq1  AATCTAGTAACTTTCTAACAGAT-GCGTACAAAGATTTGTTTCCTAGGTG  97
      ||||||||||||||  ||||| | | ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATCTAGTAACTTTTCAACAGGTGGGGTACAAAGA-TTGTTTCCTAGGTG  97

seq1  A-TGCTAAATCCTGTCAAGCTGGCAACGAATACTACCCATTATAGATGGC  146
      | |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| || |||||
seq2  ATTGCTAATTCCTGTC-AGCTGGC-ACG-ATACTACCCATTTTA-ATGGC  143

seq1  TATGCAAAAATGAGGGAAGGCTATTGACAATACAGATTGGTATTGGGGGG  196
      |||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATGC--AAATGA-GGAAAGCTATTGACAATACAGATTGGTATT-GGGGG  189

seq1  GAGATTACAGGAAGGGATGCTGGAATAAAAGCATACAAGATGACTAACAA  246
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGATTACAGGAAGGGATGCTGGAAT-AAAGCATACAAGATGACTAAC-A  237

seq1  CGGCTAATGAGAGCAAAGACTTGAGAAAGGCCCAGACAGAATAGAGTTCC  296
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTAATGAGAGC-AAGACTTGAGAAAGGCCCAGACAGAATAGAGTTCC  286

seq1  AAGCATTCGGCTAAACAGTCTTCTTTTCATGAAAATTACTCTTCCCACCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTCGGCTAAACAGTCTTCTTTTCATGAAAATTACTCTTCCCACCT  336

seq1  CCACAGGTTAATGTGTTTGCTTTTCCTTTTAACTTTCTCTTAGTACTGGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGTTAATGTGTTTGCTTTTCCTTTTAACTTTCTCTTAGTACTGGG  386

seq1  TAACCCAAAACTATGTGCACACAAGGCTTTTTAATAAGCAGCTGCTATTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCAAAACTATGTGCACACAAGGCTTTTTAATAAGCAGCTGCTATTT  436

seq1  GGCTCACGGAATAAGGCATGCCATCTTTACATTAGCTTATATGTTAAATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACGGAATAAGGCATGCCATCTTTACATTAGCTTATATGTTAAATA  486

seq1  AGGACTTAAGCAGGTAGTCATAGTTCTTAAGACTCTAGCCCTTGGCTTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTAAGCAGGTAGTCATAGTTCTTAAGACTCTAGCCCTTGGCTTCA  536

seq1  ACTTCATGGAAGGGCTTAGGAAGGGCATTCTCTGAGGAGGCAAGGGAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATGGAAGGGCTTAGGAAGGGCATTCTCTGAGGAGGCAAGGGAAAG  586

seq1  CTCATATCCTGCTGTGGCACTGTGATCTGTTACAAAGCCTCCCCTGCAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATCCTGCTGTGGCACTGTGATCTGTTACAAAGCCTCCCCTGCAGG  636

seq1  AGCAGCCCGTGAAGATAGGCAGGAGAACACTCCTTGAGAACATAACATGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCCGTGAAGATAGGCAGGAGAACACTCCTTGAGAACATAACATGA  686

seq1  TCTAACTAGGGGGAGAGGCTCTGCACCTCTTTGTAGGCACACAGCACCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTAGGGGGAGAGGCTCTGCACCTCTTTGTAGGCACACAGCACCTG  736

seq1  GCTTTAATTGAAACTGAGACAAGTAACTGTGTAAAGTTTGTACTGTTTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAATTGAAACTGAGACAAGTAACTGTGTAAAGTTTGTACTGTTTGT  786

seq1  GCTACAAACACCATCTTCTTCTAATACACCATTTCAGATAATAAAGGGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAACACCATCTTCTTCTAATACACCATTTCAGATAATAAAGGGAG  836

seq1  GATTAATTTAAATAGGTCATTTGGCAATTTTTTTTCATTGATACAATTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATTTAAATAGGTCATTTGGCAATTTTTTTTCATTGATACAATTTC  886

seq1  CCCCACCCCTCTCTTTCATGCTTCACTTCTGACTTGAGGCTGATCTTTCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCTCTCTTTCATGCTTCACTTCTGACTTGAGGCTGATCTTTCA  936

seq1  TTATAGTTTCAAGGGAAGATCATAATAAGGAGGTTGTTAAACATTATTAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTTCAAGGGAAGATCATAATAAGGAGGTTGTTAAACATTATTAA  986

seq1  GAGTGGAGCATCACTCATGTTCACTAATAGTAATATGACTTATTTCACAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAGCATCACTCATGTTCACTAATAGTAATATGACTTATTTCACAT  1036

seq1  CCCTGAGCTTATTTCACATTCATGTGTCCATGAAATTATTAGTCACTTGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCTTATTTCACATTCATGTGTCCATGAAATTATTAGTCACTTGG  1086

seq1  GAGTCATCTTCCTCCTCCAGGACCCACAGTGGTGTAGGGATCCTCTAAGT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATCTTCCTCCTCCAGGACCCACAGTGGTGTAGGGATCCTCTAAGT  1136

seq1  ATGACAAGAAGCTGACAGGTGGCAGGACCTATGTAACGCTGGTGATCTCC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGAAGCTGACAGGTGGCAGGACCTATGTAACGCTGGTGATCTCC  1186

seq1  ATGATGCTACTTGAATACTTGAATTC  1222
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCTACTTGAATACTTGAATTC  1212

seq1: chr6_77017012_77018216
seq2: B6Ng01-103J16.g_67_1252

seq1  GAATTCATGTGAAATTGCCCAAAAGCAAAATATTTAAATTAAAAGCAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGAAATTGCCCAAAAGCAAAATATTTAAATTAAAAGCAAGG  50

seq1  GGGCAGAAAAACTCCAAACTAAATCAACAATAAATCACTTTCCCTGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAAAAACTCCAAACTAAATCAACAATAAATCACTTTCCCTGAAGT  100

seq1  TGGATGAAGACACTGATGATGTTTAAACAAAATTGAGGCAGTGGAATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGACACTGATGATGTTTAAACAAAATTGAGGCAGTGGAATGAG  150

seq1  TGATCGTGAGCGTCTACAGAAGAAAATTGGAGAACAACAGTGATGGAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGTGAGCGTCTACAGAAGAAAATTGGAGAACAACAGTGATGGAAAC  200

seq1  AGTCAAGAATCTGGGCTCTGCAACCAGGATGCACTGATGGGTGATACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGAATCTGGGCTCTGCAACCAGGATGCACTGATGGGTGATACTAG  250

seq1  TTTTGCTACTTCCTGGTCAACTGAGCAGAGATAATCTAATTAATGTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTACTTCCTGGTCAACTGAGCAGAGATAATCTAATTAATGTCTCT  300

seq1  GCTCCTCCCCCTGCTGGTCTCTGATAGTTTACACTACTATCATCTTTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCCCCTGCTGGTCTCTGATAGTTTACACTACTATCATCTTTGGT  350

seq1  CTTATATTTGCATGTACCCAGCAAGTAAGGGATGTTGTTCTGGTAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTTGCATGTACCCAGCAAGTAAGGGATGTTGTTCTGGTAGGGAA  400

seq1  TTTGTCAACTTTACACAGACTAGAGTTAGTCCAGAAGACAATTGAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAACTTTACACAGACTAGAGTTAGTCCAGAAGACAATTGAGAAAA  450

seq1  TGACTTCATCAAGAATGGCTGTGAACAAGTACATGTAGAATTTCCTTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCATCAAGAATGGCTGTGAACAAGTACATGTAGAATTTCCTTGAT  500

seq1  TAACAAAACTTAGTGGTGGCGTAGAAAGCAAAAGAAAGCAGGCAGAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAACTTAGTGGTGGCGTAGAAAGCAAAAGAAAGCAGGCAGAGCAA  550

seq1  GACAATAAAGAATATTCCTCCACAGTTTCTGCTTCAGTTTCTGGGTCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAAAGAATATTCCTCCACAGTTTCTGCTTCAGTTTCTGGGTCTGG  600

seq1  GTTCCTACGTTTAGTTCCCACACTATCTATCCTCAATGATAAAGTGTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTACGTTTAGTTCCCACACTATCTATCCTCAATGATAAAGTGTGAC  650

seq1  CTGTGAACTGCAAGCAGAATTAGCCCCTTCCTTCCCATGCTTCTGTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAACTGCAAGCAGAATTAGCCCCTTCCTTCCCATGCTTCTGTTTAT  700

seq1  CATAGTGCTCTGTCAAAGCACTATTGTTGTGATAAACTAAGACAACAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGCTCTGTCAAAGCACTATTGTTGTGATAAACTAAGACAACAGTT  750

seq1  TAACTCAAAGTGTTCATTCTTCAGACTTCTAAGTCCAGTCTCAAAATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAAGTGTTCATTCTTCAGACTTCTAAGTCCAGTCTCAAAATACA  800

seq1  CTGAGTTGCAAATGAAAATGAAGTAGTTTACTTTCAACAGAAATGAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTGCAAATGAAAATGAAGTAGTTTACTTTCAACAGAAATGAAAAT  850

seq1  ATTAACAAATTCTCAACTACACGTGAATGATATACCCTCTTAAGTAGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACAAATTCTCAACTACACGTGAATGATATACCCTCTTAAGTAGATT  900

seq1  TCCCAGGGAGAGGAAGACCAAATCTTTGAAATCTACCCTTGCTGAAATTC  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGAGAGG-AGACCAAATCTTTGAAATCTACCCTTGCTGAAATTC  949

seq1  CCCTTCTCAAACTCCTATACAAGTTTGGGTGTGGTCTGCAAATATCCACA  1000
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCTTCTC-AACTCCTATACAGGTTTGGGTGTGGTCTGC-AATATCCACA  997

seq1  GTGGAGGAAGATTGCATTGTTCTCAGGGGTACGAATCTTTAGCAAAGGTC  1050
      || ||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  GT-GAGGAGGA-TGCATTGTTCTCAAGGGTACG-ATCTTTAGCAAAGGTC  1044

seq1  TGCATCACCTAACAATAGGATCTGAGTTCTGAAAAAGGGCAGTGAG-ACC  1099
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| |||
seq2  TGCATCACCTAACAAT-GGATCTGAGTTCTGAAAA--GGCAG-GAGAACC  1090

seq1  GATTCTCCTGTGATATATAATCTAGTTCAGAATTCCCAGCTCACCAGGGA  1149
      |||||||||| |  |||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||
seq2  GATTCTCCTGGG--ATATTATCTAG-TCAG-ATTCCCAGCTCA-CAGGGA  1135

seq1  ATTAAGGTCATATAGGACTGGGACATTTCTTT-CAGGACTAAATGAATTG  1198
      ||||  |||| ||| ||   |||| ||||||| ||| ||||   | ||||
seq2  ATTA--GTCA-ATAAGAACTGGACGTTTCTTTCCAGAACTA---GGATTG  1179

seq1  GTAGATA  1205
      |||||||
seq2  GTAGATA  1186