BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104D06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 59,753,445 - 59,949,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG627108
Upstream geneHerc3, Nap1l5, D430015B01Rik, Tigd2, Gprin3, EG634166
Downstream geneEG434019, LOC671300, EG627178, LOC100041706, LOC100041717, A530053G22Rik, LOC667066, LOC100041726, Snca, ENSMUSG00000064018, Mmrn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104D06.bB6Ng01-104D06.g
ACCDH912572DH912573
length1,1361,133
definitionDH912572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104D06, 5' end.DH912573|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,948,220 - 59,949,363)(59,753,445 - 59,754,584)
sequence
gaattcccaaagacaataaaacattgttttacaaagtaacagtttacgaa
gataatcaatgtatcaggtagccattcatctttattttctcttagtcatt
attcaaacttaataaaaatacttagtcaaaagcaatatggttttcaaagg
agtacaacaaatgattctttggaacaaatgaaatgttaatttttgtttca
catttccttgtagagtatatcaaaattacagtctaaattagtttctagtc
accaatgggaataaacaatctgattttagaaaagcaaaaattaaaaaaca
aaaaagattcatttctctagtttgagatggcacagatatcaactccatgc
tgcattgccatttgtctacttccattttgtttgaaacagcatcacacatc
cagacatgagtagcccacactaccatcccaagaagcaaaagaagcaaagc
aacaccctcagggaggggaggagtggggagaaaatgcagttgcaacatgt
attctatcaccctcactcagattctattgttttaattccatgaccgactg
taacaaaagcaggaaataggaaataaagttttgaaaaatcaatgagaagt
ataaacagatcatctggactctggttgcctctgtacaatgttatgtttat
tttagagatgtaacttttccaatcattggccaactctggcagtataagta
agattacctttgaaattagattatgatgtcaccacaaacagtgcacaaag
gacaaaaggtatacccaatgcccatttattcagaatggttaggaaacaga
cattaaaataaggccaccgagatctgttgtacacagattaccaatttttc
atgaatttgagtaaaaataggacatgctgaagctatagcaagtacttgtt
aacccatccaaatttagcactgtctctgtgcccactaataaacatcagca
tcaactgtgctatcttaccagtgtgaggtacactggatgctaccaggaac
atactccaggttttatttgacttgatagtatagatttaaataatgtttgc
tattgtcaacctatatataataattattaggttgttcccttatcataaac
atgtagtaaccaccttttctgtgatctatattttaa
gaattcatcttcgactggcttttggctaacctctcctgcttcctttctcc
ttgtttcagccacagcaaatgctgcctgccccttccccctttcccccctt
tgtgctggctcctcattccttgcagcaccatgttccagggtattgctctt
tctcaccactgagctcccaggacacagtctccaagcaaattaaataaagt
tgttgatatggttttataaacaagcctttcatattttttgtatgattgta
tagctgaaattatcctgaatcctttcttctcacaaagacataattcccat
tgtcataaggctgcagaggctttatgttttttgtttgttttgttttgtgt
tgtttttgtccttacttttttaacactgctctattgaatgaataaataag
cgcacagtagttggatggcttaatatgatataggggtaacaaaaaagagc
ctcaattgtttggggaaatgtatttatgcaaaactgaaaataatttcaga
aggaatcagaagcatattaaatttaaataacaagaaaaatgttaatacat
acaaaaaaggagtgatggaatcacgtgatggtagaggtgggcacagattg
gacctggctgtgttgatcatgtgaaacagaaactgatttggaggaaatga
acaaatggaagagcagcttgcaagtcttgcgatgaggaaagagcacacac
tgtggcaggagcccatgtaagcatgaatatgcagccaaacagctgagttc
aggagtctggtgccaggaggttgcatccactatgtagattatgcatgtgt
ttattaggaattcatagttttagaatactaaagactaattgttttgatgt
acttcacatatttttcattagatgtgatgttttaaagtgaaatattcttg
aagaatgaatgcagttagtacagagcactttgcaagatctactttttaga
aatactttgagaatatttagatatccctttccattttaaaggcataagac
acattggattgtgccacttgaattctgtattattattgtctggtactggt
tttactgtaaaataaatacttaatgaactaaacctaaagaaagagaattt
tcctactcataattgagatatgatcctctatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_59948220_59949363
seq2: B6Ng01-104D06.b_45_1180 (reverse)

seq1  TTAAATTATATGATCTACAGAAAAGTGTGTTACTACATGTTTTATGATAA  50
      ||||| |||| |||| |||||||||   ||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAAAATATA-GATC-ACAGAAAAGGTGGTTACTACATG-TTTATGATAA  47

seq1  AGGAACAA-CTAATAATTATTATATAATAAGTTTGACATATAGCAAAACA  99
       ||||||| |||||||||||||||||   || |||||| ||||| |||||
seq2  GGGAACAACCTAATAATTATTATATA--TAGGTTGACA-ATAGC-AAACA  93

seq1  TTATTTAAATCTATACTTATCAAGTCAAATTAAAACCTGGAGTATGTTCT  149
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TTATTTAAATCTATAC-TATCAAGTCAAA-TAAAACCTGGAGTATGTTCC  141

seq1  TGTTAGCATCCAGTGTTACCTCACACTTGTAAGATAGCACAGTTGATGCT  199
      || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCATCCAGTG-TACCTCACACTGGTAAGATAGCACAGTTGATGCT  190

seq1  GATGTTTATTAGTGGGCACAGAGACAGTGCTAAA-TTGGATGGGTTAACA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATGTTTATTAGTGGGCACAGAGACAGTGCTAAATTTGGATGGGTTAACA  240

seq1  AGTACTTGCTATAGCTTCAGCATGTCCTATTTTTACTCAAATTCATGAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTGCTATAGCTTCAGCATGTCCTATTTTTACTCAAATTCATGAAA  290

seq1  AATTGGTAATCTGTGTACAACAGATCTCGGTGGCCTTATTTTAATGTCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTAATCTGTGTACAACAGATCTCGGTGGCCTTATTTTAATGTCTG  340

seq1  TTTCCTAACCATTCTGAATAAATGGGCATTGGGTATACCTTTTGTCCTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAACCATTCTGAATAAATGGGCATTGGGTATACCTTTTGTCCTTT  390

seq1  GTGCACTGTTTGTGGTGACATCATAATCTAATTTCAAAGGTAATCTTACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTGTTTGTGGTGACATCATAATCTAATTTCAAAGGTAATCTTACT  440

seq1  TATACTGCCAGAGTTGGCCAATGATTGGAAAAGTTACATCTCTAAAATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGCCAGAGTTGGCCAATGATTGGAAAAGTTACATCTCTAAAATAA  490

seq1  ACATAACATTGTACAGAGGCAACCAGAGTCCAGATGATCTGTTTATACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACATTGTACAGAGGCAACCAGAGTCCAGATGATCTGTTTATACTT  540

seq1  CTCATTGATTTTTCAAAACTTTATTTCCTATTTCCTGCTTTTGTTACAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGATTTTTCAAAACTTTATTTCCTATTTCCTGCTTTTGTTACAGT  590

seq1  CGGTCATGGAATTAAAACAATAGAATCTGAGTGAGGGTGATAGAATACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCATGGAATTAAAACAATAGAATCTGAGTGAGGGTGATAGAATACAT  640

seq1  GTTGCAACTGCATTTTCTCCCCACTCCTCCCCTCCCTGAGGGTGTTGCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAACTGCATTTTCTCCCCACTCCTCCCCTCCCTGAGGGTGTTGCTT  690

seq1  TGCTTCTTTTGCTTCTTGGGATGGTAGTGTGGGCTACTCATGTCTGGATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTTTGCTTCTTGGGATGGTAGTGTGGGCTACTCATGTCTGGATG  740

seq1  TGTGATGCTGTTTCAAACAAAATGGAAGTAGACAAATGGCAATGCAGCAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGCTGTTTCAAACAAAATGGAAGTAGACAAATGGCAATGCAGCAT  790

seq1  GGAGTTGATATCTGTGCCATCTCAAACTAGAGAAATGAATCTTTTTTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGATATCTGTGCCATCTCAAACTAGAGAAATGAATCTTTTTTGTT  840

seq1  TTTTAATTTTTGCTTTTCTAAAATCAGATTGTTTATTCCCATTGGTGACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTTTTGCTTTTCTAAAATCAGATTGTTTATTCCCATTGGTGACT  890

seq1  AGAAACTAATTTAGACTGTAATTTTGATATACTCTACAAGGAAATGTGAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTAATTTAGACTGTAATTTTGATATACTCTACAAGGAAATGTGAA  940

seq1  ACAAAAATTAACATTTCATTTGTTCCAAAGAATCATTTGTTGTACTCCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATTAACATTTCATTTGTTCCAAAGAATCATTTGTTGTACTCCTT  990

seq1  TGAAAACCATATTGCTTTTGACTAAGTATTTTTATTAAGTTTGAATAATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACCATATTGCTTTTGACTAAGTATTTTTATTAAGTTTGAATAATG  1040

seq1  ACTAAGAGAAAATAAAGATGAATGGCTACCTGATACATTGATTATCTTCG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGAAAATAAAGATGAATGGCTACCTGATACATTGATTATCTTCG  1090

seq1  TAAACTGTTACTTTGTAAAACAATGTTTTATTGTCTTTGGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGTTACTTTGTAAAACAATGTTTTATTGTCTTTGGGAATTC  1136

seq1: chr6_59753445_59754584
seq2: B6Ng01-104D06.g_71_1203

seq1  GAATTCATCTTCGACTGGCTTTTGGCTAACCTCTCCTGCTTCCTTTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTCGACTGGCTTTTGGCTAACCTCTCCTGCTTCCTTTCTCC  50

seq1  TTGTTTCAGCCACAGCAAATGCTGCCTGCCCCTTCCCCCTTTCCCCCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCAGCCACAGCAAATGCTGCCTGCCCCTTCCCCCTTTCCCCCCTT  100

seq1  TGTGCTGGCTCCTCATTCCTTGCAGCACCATGTTCCAGGGTATTGCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGCTCCTCATTCCTTGCAGCACCATGTTCCAGGGTATTGCTCTT  150

seq1  TCTCACCACTGAGCTCCCAGGACACAGTCTCCAAGCAAATTAAATAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCACTGAGCTCCCAGGACACAGTCTCCAAGCAAATTAAATAAAGT  200

seq1  TGTTGATATGGTTTTATAAACAAGCCTTTCATATTTTTTGTATGATTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATATGGTTTTATAAACAAGCCTTTCATATTTTTTGTATGATTGTA  250

seq1  TAGCTGAAATTATCCTGAATCCTTTCTTCTCACAAAGACATAATTCCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGAAATTATCCTGAATCCTTTCTTCTCACAAAGACATAATTCCCAT  300

seq1  TGTCATAAGGCTGCAGAGGCTTTATGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATAAGGCTGCAGAGGCTTTATGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTGT  350

seq1  TGTTTTTGTCCTTACTTTTTTAACACTGCTCTATTGAATGAATAAATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGTCCTTACTTTTTTAACACTGCTCTATTGAATGAATAAATAAG  400

seq1  CGCACAGTAGTTGGATGGCTTAATATGATATAGGGGTAACAAAAAAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAGTAGTTGGATGGCTTAATATGATATAGGGGTAACAAAAAAGAGC  450

seq1  CTCAATTGTTTGGGGAAATGTATTTATGCAAAACTGAAAATAATTTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTGTTTGGGGAAATGTATTTATGCAAAACTGAAAATAATTTCAGA  500

seq1  AGGAATCAGAAGCATATTAAATTTAAATAACAAGAAAAATGTTAATACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCAGAAGCATATTAAATTTAAATAACAAGAAAAATGTTAATACAT  550

seq1  ACAAAAAAGGAGTGATGGAATCACGTGATGGTAGAGGTGGGCACAGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAGGAGTGATGGAATCACGTGATGGTAGAGGTGGGCACAGATTG  600

seq1  GACCTGGCTGTGTTGATCATGTGAAACAGAAACTGATTTGGAGGAAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGCTGTGTTGATCATGTGAAACAGAAACTGATTTGGAGGAAATGA  650

seq1  ACAAATGGAAGAGCAGCTTGCAAGTCTTGCGATGAGGAAAGAGCACACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGGAAGAGCAGCTTGCAAGTCTTGCGATGAGGAAAGAGCACACAC  700

seq1  TGTGGCAGGAGCCCATGTAAGCATGAATATGCAGCCAAACAGCTGAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGGAGCCCATGTAAGCATGAATATGCAGCCAAACAGCTGAGTTC  750

seq1  AGGAGTCTGGTGCCAGGAGGTTGCATCCACTATGTAGATTATGCATGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCTGGTGCCAGGAGGTTGCATCCACTATGTAGATTATGCATGTGT  800

seq1  TTA-TAGGAATTCATAGTTTTAGAATACTAAAGACTAA-TGTTTTGATGT  848
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTATTAGGAATTCATAGTTTTAGAATACTAAAGACTAATTGTTTTGATGT  850

seq1  ACTTCACATATTTTTCATTAGATGTGATGTTTTAAAGTGAAATATTCTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACATATTTTTCATTAGATGTGATGTTTTAAAGTGAAATATTCTTG  900

seq1  AAGAATGAATGCAAGTTAGTACAGAGCACTTTGCAAAGATCTACTTTTTA  948
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGAATGAATGC-AGTTAGTACAGAGCACTTTGC-AAGATCTACTTTTTA  948

seq1  GAAATACTTTGAGAATATTTAGCATATCCCTTTACAGTTTTAAAGGCATA  998
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||
seq2  GAAATACTTTGAGAATATTTAG-ATATCCCTTTCCA-TTTTAAAGGCATA  996

seq1  AGACACATTGGATTGTGCCACTTGATTTCTGTATTAATTATTGTCTTGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
seq2  AGACACATTGGATTGTGCCACTTGAATTCTGTATT-ATTATTGTC-TGGT  1044

seq1  ACT-GTTTTACTGTTAAAAATAAATACTTAATGAGACTAAACCT-AAGAA  1096
      ||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  ACTGGTTTTACTGT--AAAATAAATACTTAATGA-ACTAAACCTAAAGAA  1091

seq1  AGAGATTTTTCTATCTCATAGATTGAAGATATGATCCACTATGG  1140
      ||||| |||||   |||||| |||| ||||||||||| ||||||
seq2  AGAGAATTTTCCTACTCATA-ATTG-AGATATGATCCTCTATGG  1133