BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105A01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,068,396 - 93,189,981
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384461
Upstream geneNr2c2, Mrps25, Zfyve20, Trh, LOC665805, Prickle2, LOC545866, A730049H05Rik
Downstream geneLOC100043253, LOC665831, Magi1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105A01.bB6Ng01-105A01.g
ACCDH913140DH913141
length1,117112
definitionDH913140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105A01, 5' end.DH913141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105A01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,188,869 - 93,189,981)(93,068,396 - 93,068,507)
sequence
gaattctgatgttcagctgaaggtaaccctgaggattgttggctattctt
ttttttaactgtcaatagaagaaagattatagatgatatgccctgctatt
ctgctgatttgatatagagagcgttcatatagtttggtgctcatgaaaag
gactgagtcactatcaacaatgctctttgtaggacgttaaatgaactaaa
ttagactattaaagcacactgagtgagtctatgctcccacacatgtatgt
ttatgtgggtgcacatgaatgtatagctacctgtacatgtgtggaagcca
gagatcatccacaggtataactcttcagaacccaaccaccttgatttgag
acatgactcttggaccattgatgcacctaataaatgagactggatggcca
gcaaagccctaagagccagctgtctgtcccaattcaacactgggattaca
aatacatgccaccaccattcttgacattttttaggtaggttctgggaatc
gaactcagggcctcatgcttatgctacaaatactttgccaactaagcatt
ccccatccctgttatcctctatgagtttggtgtttatgatatggaaagca
aggagcattatgacttctcagaagcaattataaaggtggagggagactag
agggaaggggaaactctaaactctcactgttataattcatcatatcttta
catagttcaaaaacatctttagttttttaattaaacatagatggtgctat
taaagaaagagaaaatttgagctcgatagatggctcagtggctaaggaca
cttggttgctcttccagaagacctggttttcaactcacagtccctaatgg
caactcacaactgtctataacgccaggtcttctgacaccctctcacacac
acacacattgaggcaaatacccatgtacacaaatacaattaatttttttt
aactgaaagacaaataagtttgttgacatttatagtcaatattttttatc
atcaaagtgttactttgtattatgcaaccttgtggaatataatcaaagta
aaaggttccattcttatattttctgaagactatgagccagcttggatcat
aacaatatttatctgag
atttaatgtgagaaatttaattccatatgctgccctctttttttttattg
ataatccactccctccatttgaagtatccactggtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtatgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93188869_93189981
seq2: B6Ng01-105A01.b_46_1162 (reverse)

seq1  CTCAGATAAATA-TGTTATGCT-CAAGCTGGCTCATAGTCTTCAGAA---  45
      |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||   
seq2  CTCAGATAAATATTGTTATGATCCAAGCTGGCTCATAGTCTTCAGAAAAT  50

seq1  ATAAGAATGG-ACATTATACTTTGATGTAATATCAACATGTTGCAT-ATA  93
      |||||||||| || || |||||||||   ||  ||  | ||||||| |||
seq2  ATAAGAATGGAACCTTTTACTTTGATTATATTCCACAAGGTTGCATAATA  100

seq1  CAAAGTAAACACTTTTGGTGATAAAAAATATTGACTATAAATGTCAACAA  143
      |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGT-AACAC-TTTGATGATAAAAAATATTGACTATAAATGTCAACAA  148

seq1  ACTTATTTTGTCTTTCAGTTTAAAAAAAATTAATTGTATTTTGTGTACAT  193
      ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTA-TTTGTCTTTCAG-TTAAAAAAAATTAATTGTA-TTTGTGTACAT  195

seq1  GGGTATTTGCCTCAATGTGTGTGTGTGTGAGAGGGTGTCAGAAGACCTGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTTGCCTCAATGTGTGTGTGTGTGAGAGGGTGTCAGAAGACCTGG  245

seq1  CGTTATAGACAGTTGTGAGTTGCCATTGGGGACTGTGAGTTG-AAACCAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CGTTATAGACAGTTGTGAGTTGCCATTAGGGACTGTGAGTTGAAAACCAG  295

seq1  GTCTTCTGGAAGAGCAACCAAGTGTCCTTAGCCACTGAGCCATCTATCGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGGAAGAGCAACCAAGTGTCCTTAGCCACTGAGCCATCTATCGA  345

seq1  GCTCAAATTTTCTCTTTC-TTAATAGCACCATCTATGTTTAATTAAAAAA  391
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAATTTTCTCTTTCTTTAATAGCACCATCTATGTTTAATTAAAAAA  395

seq1  CTAAAGATGTTTTTGAACTATGTAAAGATATGATGAATTATAACAGTGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGATGTTTTTGAACTATGTAAAGATATGATGAATTATAACAGTGAG  445

seq1  AGTTTAGAGTTTCCCCTTCCCTCTAGTCTCCCTCCACCTTTATAATTGCT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGAGTTTCCCCTTCCCTCTAGTCTCCCTCCACCTTTATAATTGCT  495

seq1  TCTGAGAAGTCATAATGCTCCTTGCTTTCCATATCATAAACACCAAACTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAAGTCATAATGCTCCTTGCTTTCCATATCATAAACACCAAACTC  545

seq1  ATAGAGGATAACAGGGATGGGGAATGCTTAGTTGGCAAAGTATTTGTAGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGATAACAGGGATGGGGAATGCTTAGTTGGCAAAGTATTTGTAGC  595

seq1  ATAAGCATGAGGCCCTGAGTTCGATTCCCAGAACCTACCTAAAAAATGTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATGAGGCCCTGAGTTCGATTCCCAGAACCTACCTAAAAAATGTC  645

seq1  AAGAATGGTGGTGGCATGTATTTGTAATCCCAGTGTTGAATTGGGACAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGGTGGTGGCATGTATTTGTAATCCCAGTGTTGAATTGGGACAGA  695

seq1  CAGCTGGCTCTTAGGGCTTTGCTGGCCATCCAGTCTCATTTATTAGGTGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCTCTTAGGGCTTTGCTGGCCATCCAGTCTCATTTATTAGGTGC  745

seq1  ATCAATGGTCCAAGAGTCATGTCTCAAATCAAGGTGGTTGGGTTCTGAAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGGTCCAAGAGTCATGTCTCAAATCAAGGTGGTTGGGTTCTGAAG  795

seq1  AGTTATACCTGTGGATGATCTCTGGCTTCCACACATGTACAGGTAGCTAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATACCTGTGGATGATCTCTGGCTTCCACACATGTACAGGTAGCTAT  845

seq1  ACATTCATGTGCACCCACATAAACATACATGTGTGGGAGCATAGACTCAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATGTGCACCCACATAAACATACATGTGTGGGAGCATAGACTCAC  895

seq1  TCAGTGTGCTTTAATAGTCTAATTTAGTTCATTTAACGTCCTACAAAGAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTGCTTTAATAGTCTAATTTAGTTCATTTAACGTCCTACAAAGAG  945

seq1  CATTGTTGATAGTGACTCAGTCCTTTTCATGAGCACCAAACTATATGAAC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTGATAGTGACTCAGTCCTTTTCATGAGCACCAAACTATATGAAC  995

seq1  GCTCTCTATATCAAATCAGCAGAATAGCAGGGCATATCATCTATAATCTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTATATCAAATCAGCAGAATAGCAGGGCATATCATCTATAATCTT  1045

seq1  TCTTCTATTGACAGTTAAAAAAAAGAATAGCCAACAATCCTCAGGGTTAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATTGACAGTTAAAAAAAAGAATAGCCAACAATCCTCAGGGTTAC  1095

seq1  CTTCAGCTGAACATCAGAATTC  1113
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTGAACATCAGAATTC  1117

seq1: chr6_93068396_93068507
seq2: B6Ng01-105A01.g_76_187

seq1  ATTTAATGTGAGAAATTTAATTCCATATGCTGCCCTCTTTTTTTTTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGTGAGAAATTTAATTCCATATGCTGCCCTCTTTTTTTTTATTG  50

seq1  ATAATCCACTCCCTCCATTTGAAGTATCCACTGGTGTGTGTGTGTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCACTCCCTCCATTTGAAGTATCCACTGGTGTGTGTGTGTGTGTG  100

seq1  TGTGTATGTGTG  112
      ||||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTG  112