BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106A03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 106,992,427 - 107,132,830
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpia-ps6_1128.1
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn
Downstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106A03.bB6Ng01-106A03.g
ACCDH913868DH913869
length1,0631,033
definitionDH913868|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106A03, 5' end.DH913869|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,131,757 - 107,132,830)(106,992,427 - 106,993,466)
sequence
gaattcaaaggaggatctcagtacagtacagtacagtacagtattacaca
ttgatagctatttgggcaggatagagcagtcataaaaagagtgagaagaa
tgaatagactagatgaaggaagatggaccaggtcataaactatcacagct
gtatagcaagagatactgaatgcatttattggaatggtaaagatgataga
aaatgggaaagggaaggaaagggtagttatgaaactgagagtcagtaaaa
ttaacaagcctgtccatgtactaaccagcttaggaagaattggttgtacc
ttcttggtacaaccagggaacttggtgaacaagaggtacccaggatgctg
ccagctaacccaacagctttccagtaataactgttatatgaagaatgata
tattccaagataatgatagtaaagaaacctgtagcagggccattatatca
tagttgagtatcatttactatacataaatgcaaaagggagggatttgaag
ttactcccagatatccttcctctcctctttccctcccctcccctctcctc
ccctcccttcctctcctcttctttcttctcaacaccttgcttgccttgct
gctcctatggctcatccctactcatgattgtggttttccatttattaaag
agtaaagagaagaaggctggaagaaaacttgagctttcatctgtgagcag
ctgttgaagttggcattgaaaacacagccttcggactaagaaagccaata
gatcccaagttgggcctatcactggacctcctttccttctgtctcttttc
catttttgtccctgtagttccttagacaggaataattctggatcagagtt
tttgactgtgggatggcaaccccatttctccacttgatgtccttgtcttt
ctactggagtggactctacaagttccctttccccactgtttgcatttcat
ctaatgttccgcccttgagtcctgagagttctcacctccgagatctctta
tactttctagagagcaccacaccaccacacaccacaccagtggggtggat
atccattcattct
gaattcccctacactggagcatcgagccttcacaggaccaagggcctctt
ctcccattgattcccaacaaggccatcctatgctacatatatggctggag
ccattgatccctccatgtgtactccttggttggtggtttagagctctagt
tgattgatattgttgttcttcctatagggttgcaaatcccttcagttcct
tcagtcctttctcaaactccttcattagggaccctgtgatcagttcaatg
gttgactgcaaacatctgtctctgtatatgtcaggctctggcagagcctc
tcaggagacagccatgttagggtcctgccagcatgtgcttcttggcatcc
agcatccaaagtagcgtatctgtatatggaatgcatctccgggggaggga
ggagcgtgtctctggatgctctggatgacctttccttcagtttctgctcc
ccactttgtctccatatttgctactgtgacagataagaggataatgtctt
ctataacaatgaagctgcatgtggcacccatgaaatctcaaaaatatagt
tacctaaaacaagacctgtgcaatgacaccagttgacataccaccaggaa
tagggtaaaaatctccctggatctcatcactaagttaagcattaagtgtt
taagcaccttatggtatgcatgaattttccgtatcttagctatcacagag
catgggataaatctgtatatatttctttaggaactgctctaagacgtaat
atacaaatatattaatgctatttttgaatagaattacgctattttgaatt
cattcatgtagagtggtatattatgatatatgcttccatacacacatgga
aacatatgaacatatatggtatgcatatgtattgatatttgcacatttct
atatgaaaattattatagttgaacatcatgtgattagagatggctagtaa
aatagtcaagcacattttgggtgtgtcttgggggtattgcagatacagga
gcatgaaagacgccaataaaggttaaagagctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107131757_107132830
seq2: B6Ng01-106A03.b_49_1111 (reverse)

seq1  AGAATGAATGGAAATATGCAACCCACTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGG  50
      |||||||||||  |||| || ||||||||| ||||||   ||||||||| 
seq2  AGAATGAATGG--ATATCCACCCCACTGGT-GTGGTG--TGTGGTGGTG-  44

seq1  TGGGTGCTCTCTAGAAAGTATAAGAGATCTCGGAGGTGAGAAACTCTCAG  100
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TGGTGCTCTCTAGAAAGTATAAGAGATCTCGGAGGTGAG-AACTCTCAG  92

seq1  GACTCAAAGGGCGGAACATTAGATGAAATGCCAAACAGTGGGGAAAGGGA  150
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GACTC-AAGGGCGGAACATTAGATGAAATG-CAAACAGTGGGGAAAGGGA  140

seq1  ACTTGTAGAGTCCACCTCCAGTAGAAAGAC-AGGACATCAAGTGGAGGAA  199
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  ACTTGTAGAGTCCA-CTCCAGTAGAAAGACAAGGACATCAAGTGGAGAAA  189

seq1  TGGGGTTGCCATCCCACAGTCAAAAACTCTGATCCAGAATTATTCCTGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTGCCATCCCACAGTCAAAAACTCTGATCCAGAATTATTCCTGTC  239

seq1  TAAAGGAACTACAGGGACAAAAATGGAAAAGAGACAGAAGGAAAGGAGGT  299
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAGGAACTACAGGGACAAAAATGGAAAAGAGACAGAAGGAAAGGAGGT  288

seq1  CCAGTGATAGGCCCAACTTGGGATCTATTGGCTTTCTTAGTCCGAAGGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGATAGGCCCAACTTGGGATCTATTGGCTTTCTTAGTCCGAAGGCT  338

seq1  GTGTTTTCAATGCCAACTTCAACAGCTGCTCACAGATGAAAGCTCAAGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCAATGCCAACTTCAACAGCTGCTCACAGATGAAAGCTCAAGTT  388

seq1  TTCTTCCAGCCTTCTTCTCTTTACTCTTTAATAAATGGAAAACCACAATC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAGCCTTCTTCTCTTTACTCTTTAATAAATGGAAAACCACAATC  438

seq1  ATGAGTAGGGATGAGCCATAGGAGCAGCAAGGCAAGCAAGGTGTTGAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAGGGATGAGCCATAGGAGCAGCAAGGCAAGCAAGGTGTTGAGAA  488

seq1  GAAAGAAGAGGAGAGGAAGGGAGGGGAGGAGAGGGGAGGGGAGGGAAAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGAGGAGAGGAAGGGAGGGGAGGAGAGGGGAGGGGAGGGAAAGA  538

seq1  GGAGAGGAAGGATATCTGGGAGTAACTTCAAATCCCTCCCTTTTGCATTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGAAGGATATCTGGGAGTAACTTCAAATCCCTCCCTTTTGCATTT  588

seq1  ATGTATAGTAAATGATACTCAACTATGATATAATGGCCCTGCTACAGGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAGTAAATGATACTCAACTATGATATAATGGCCCTGCTACAGGTT  638

seq1  TCTTTACTATCATTATCTTGGAATATATCATTCTTCATATAACAGTTATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACTATCATTATCTTGGAATATATCATTCTTCATATAACAGTTATT  688

seq1  ACTGGAAAGCTGTTGGGTTAGCTGGCAGCATCCTGGGTACCTCTTGTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGCTGTTGGGTTAGCTGGCAGCATCCTGGGTACCTCTTGTTCA  738

seq1  CCAAGTTCCCTGGTTGTACCAAGAAGGTACAACCAATTCTTCCTAAGCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCCCTGGTTGTACCAAGAAGGTACAACCAATTCTTCCTAAGCTG  788

seq1  GTTAGTACATGGACAGGCTTGTTAATTTTACTGACTCTCAGTTTCATAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTACATGGACAGGCTTGTTAATTTTACTGACTCTCAGTTTCATAAC  838

seq1  TACCCTTTCCTTCCCTTTCCCATTTTCTATCATCTTTACCATTCCAATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTTCCTTCCCTTTCCCATTTTCTATCATCTTTACCATTCCAATAA  888

seq1  ATGCATTCAGTATCTCTTGCTATACAGCTGTGATAGTTTATGACCTGGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTCAGTATCTCTTGCTATACAGCTGTGATAGTTTATGACCTGGTC  938

seq1  CATCTTCCTTCATCTAGTCTATTCATTCTTCTCACTCTTTTTATGACTGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCCTTCATCTAGTCTATTCATTCTTCTCACTCTTTTTATGACTGC  988

seq1  TCTATCCTGCCCAAATAGCTATCAATGTGTAATACTGTACTGTACTGTAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCTGCCCAAATAGCTATCAATGTGTAATACTGTACTGTACTGTAC  1038

seq1  TGTACTGAGATCCTCCTTTGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGAGATCCTCCTTTGAATTC  1063

seq1: chr6_106992427_106993466
seq2: B6Ng01-106A03.g_66_1098

seq1  GAATTCCCCTACACTGGAGCATCGAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTACACTGGAGCATCGAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTT  50

seq1  CTCCCATTGATTCCCAACAAGGCCATCCTATGCTACATATATGGCTGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGATTCCCAACAAGGCCATCCTATGCTACATATATGGCTGGAG  100

seq1  CCATTGATCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTGGTTTAGAGCTCTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGATCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTGGTTTAGAGCTCTAGT  150

seq1  TGATTGATATTGTTGTTCTTCCTATAGGGTTGCAAATCCCTTCAGTTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATATTGTTGTTCTTCCTATAGGGTTGCAAATCCCTTCAGTTCCT  200

seq1  TCAGTCCTTTCTCAAACTCCTTCATTAGGGACCCTGTGATCAGTTCAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTTTCTCAAACTCCTTCATTAGGGACCCTGTGATCAGTTCAATG  250

seq1  GTTGACTGCAAACATCTGTCTCTGTATATGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTGCAAACATCTGTCTCTGTATATGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTC  300

seq1  TCAGGAGACAGCCATGTTAGGGTCCTGCCAGCATGTGCTTCTTGGCATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGACAGCCATGTTAGGGTCCTGCCAGCATGTGCTTCTTGGCATCC  350

seq1  AGCATCCAAAGTAGCGTATCTGTATATGGAATGCATCTCCGGGGGAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCAAAGTAGCGTATCTGTATATGGAATGCATCTCCGGGGGAGGGA  400

seq1  GGAGCGTGTCTCTGGATGCTCTGGATGACCTTTCCTTCAGTTTCTGCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGTGTCTCTGGATGCTCTGGATGACCTTTCCTTCAGTTTCTGCTCC  450

seq1  CCACTTTGTCTCCATATTTGCTACTGTGACAGATAAGAGGATAATGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTGTCTCCATATTTGCTACTGTGACAGATAAGAGGATAATGTCTT  500

seq1  CTATAACAATGAAGCTGCATGTGGCACCCATGAAATCTCAAAAATATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACAATGAAGCTGCATGTGGCACCCATGAAATCTCAAAAATATAGT  550

seq1  TACCTAAAACAAGACCTGTGCAATGACACCAGTTGACATACCACCAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAAACAAGACCTGTGCAATGACACCAGTTGACATACCACCAGGAA  600

seq1  TAGGGTAAAAATCTCCCTGGATCTCATCACTAAGTTAAGCATTAAGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTAAAAATCTCCCTGGATCTCATCACTAAGTTAAGCATTAAGTGTT  650

seq1  TAAGCACCTTATGGTATGCATGAATTTTCCGTATCTTAGCTATCACAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACCTTATGGTATGCATGAATTTTCCGTATCTTAGCTATCACAGAG  700

seq1  CATGGGATAAATCTGTATATA-TTCTTTAGGAACTGCTCTAAGACGTAAT  749
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGATAAATCTGTATATATTTCTTTAGGAACTGCTCTAAGACGTAAT  750

seq1  ATACAAATATATTAATGCTATTTTTGAATAGAATTACGCTATTTTGAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATATATTAATGCTATTTTTGAATAGAATTACGCTATTTTGAATT  800

seq1  CATTCATGTAGAGTGGTATATTATTATATATGCTTCCATACACACATGGA  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATGTAGAGTGGTATATTATGATATATGCTTCCATACACACATGGA  850

seq1  AACATATGAACATATATGGTATGCATATGTATTGATATTTGCACATTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATGAACATATATGGTATGCATATGTATTGATATTTGCACATTTCT  900

seq1  ATATGAAAATTATTATAGTTGAACATCAATGTGATTAAGAGATGGCTAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  ATATGAAAATTATTATAGTTGAACATC-ATGTGATT-AGAGATGGCTAGT  948

seq1  AAAATAGTCAAGCACAATTTTGGGTGTGTCTTTGGGGGTATTTGCAGATA  999
      ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  AAAATAGTCAAGCAC-ATTTTGGGTGTGTC-TTGGGGGTA-TTGCAGATA  995

seq1  CAGGAGGCATGAAAGACAGCAAATAAAGGGTAAAAGAGCTG  1040
      ||||| ||||||||||| || |||||| ||| |||||||||
seq2  CAGGA-GCATGAAAGAC-GCCAATAAA-GGTTAAAGAGCTG  1033