BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106P04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,686,604 - 93,859,499
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi1
Upstream geneA730049H05Rik, LOC384461, LOC100043253, LOC665831
Downstream geneLOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106P04.bB6Ng01-106P04.g
ACCDH914545DH914546
length9571,131
definitionDH914545|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106P04, 5' end.DH914546|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,686,604 - 93,687,561)(93,858,368 - 93,859,499)
sequence
gaattccaaaataaaatccttgatgactttaagccatggcaataaaccaa
aataacaacttcaaactgaattactaataaaggccaggaggctccttaat
agcaaacgtgaaagccaccctgcttagcaccgtgcaagtgcaagaagttt
gctaattttaacgtgaacaacttctaacagcctggaaggcatcaggcaac
acactggatccaactaaggcctcaacgtctaatagtgctccaagccccaa
acaccctaagtaatctgggaagccggttagagatactatgcccatcaaca
tactgaggaaatgtcaatggcttctttcttcgatgggattctgacaaact
gtatgtggcttgtagcttgggtggcagatcacacgtactttataggtaat
aattttagctattatttattttaaagttaagatgtcactatgtacacctg
actggcctaggactgagagagagatctacttctgtttcataaatgctggg
attaaaggcatgtgacaccaatacctgcagtactttaaatttttttaaaa
aaatatttattttatgtgcatgtgtgtctgagagtatgtgtatgcatgcc
tgtgtggtgtgcaggccagaagaaggtctcacatcacatagaagtggagt
tccagatggttctgggccactatgtgggtgttgcaaagtaaacctgggtg
ttctgcaggagcagcaagtgctcttagccagtgagctataattccagcct
ctgttctttttttctttcctttatttgtgtgtgcacatatgcatacatgt
gtgctaaagtgtatgtgagtatgtaggtcccagggcaacttgcagggatc
ggtttgttattttcaccatgtgacaaggggttgaacacaggttgtcagtg
ttggcagcaagtgccttcagtgttaagtcatcttccagtccagtggagta
tagtgtg
gaattctttgtttgtggagggtttgctgctttcctttctggctcttagtt
ctgagtgccaagcctggagtaaccatgtgggcagtgaatgcaccaggaac
cctgagcagtcattttgaagttcgatctgagtcctagagtgctgttgctt
ttgccagtacttgaaaaatcacttcaaaagtagagaaaggtgggcacagg
atcccttgtttttaaagatgcatgttctttctgcacactagatagtggat
cccatatttatgaaattaaaaaaaaaggcacttagctttctgctcagagt
ttagctgatcttcaaggtgatgctaaattattgtgtggggtgtatttctg
ttccacagtaagattagagccacgtgaacctacaaatttgacaacagcta
tatgaaataacttgcctaaaaggagtaagtgccataattttctaattaat
tgtggaacaatgccaaagagtgttgctttagaaatactaagtatagatag
ggccctgaaagggaggctagtcggcaaaaatttagctctttttaatgatg
cttagcacctgggtgtatgtaaacctttgctacttctctttatggctttg
tggacctttacatcattattgacatttctgtctagtggcgatactcaact
gaaagtagcatgtgtgtgggtgcctactctgtgaccttgaatattgaaga
ttgtaatatagcaaagaagactaggtcttccttagcttctgaagcttgag
ttagaacccatgttgatttaatccagtcaaggtaaggaaaagaggataag
gtagaaatgattattgaaaatactttccctatgtgaagtttattcctaaa
agtataaaagacttgattatttacaaataaggtcaatcacaaggataaat
gtaatatataatttccagttgatctcaatctcatacttcaaaaggactgc
ttgtgtatgtgctctcaagttccacattatatatgcagtcagaatttagt
caacgccattgtattctacttggaattgacatcttagaacaatattaaaa
tatccctgccaatgggtagccaatacccaagttcttgagggtgtggggat
aagagtggtatatgcgcgttaattcatttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93686604_93687561
seq2: B6Ng01-106P04.b_46_1002

seq1  GAATTCCAAAATAAAATCCTTGATGACTTTAAGCCATGGCAATAAACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAATAAAATCCTTGATGACTTTAAGCCATGGCAATAAACCAA  50

seq1  AATAACAACTTCAAACTGAATTACTAATAAAGGCCAGGAGGCTCCTTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAACTTCAAACTGAATTACTAATAAAGGCCAGGAGGCTCCTTAAT  100

seq1  AGCAAACGTGAAAGCCACCCTGCTTAGCACCGTGCAAGTGCAAGAAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACGTGAAAGCCACCCTGCTTAGCACCGTGCAAGTGCAAGAAGTTT  150

seq1  GCTAATTTTAACGTGAACAACTTCTAACAGCCTGGAAGGCATCAGGCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTTTAACGTGAACAACTTCTAACAGCCTGGAAGGCATCAGGCAAC  200

seq1  ACACTGGATCCAACTAAGGCCTCAACGTCTAATAGTGCTCCAAGCCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGATCCAACTAAGGCCTCAACGTCTAATAGTGCTCCAAGCCCCAA  250

seq1  ACACCCTAAGTAATCTGGGAAGCCGGTTAGAGATACTATGCCCATCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTAAGTAATCTGGGAAGCCGGTTAGAGATACTATGCCCATCAACA  300

seq1  TACTGAGGAAATGTCAATGGCTTCTTTCTTCGATGGGATTCTGACAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGAAATGTCAATGGCTTCTTTCTTCGATGGGATTCTGACAAACT  350

seq1  GTATGTGGCTTGTAGCTTGGGTGGCAGATCACACGTACTTTATAGGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGGCTTGTAGCTTGGGTGGCAGATCACACGTACTTTATAGGTAAT  400

seq1  AATTTTAGCTATTATTTATTTTAAAGTTAAGATGTCACTATGTACACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGCTATTATTTATTTTAAAGTTAAGATGTCACTATGTACACCTG  450

seq1  ACTGGCCTAGGACTGAGAGAGAGATCTACTTCTGTTTCATAAATGCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCTAGGACTGAGAGAGAGATCTACTTCTGTTTCATAAATGCTGGG  500

seq1  ATTAAAGGCATGTGACACCAATACCTGCAGTACTTTAAATTTTTTTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCATGTGACACCAATACCTGCAGTACTTTAAATTTTTTTAAAA  550

seq1  AAATATTTATTTTATGTGCATGTGTGTCTGAGAGTATGTGTATGCATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTATTTTATGTGCATGTGTGTCTGAGAGTATGTGTATGCATGCC  600

seq1  TGTGTGGTGTGCAGGCCAGAAGAAGGTCTCACATCACATAGAAGTGGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGTGTGCAGGCCAGAAGAAGGTCTCACATCACATAGAAGTGGAGT  650

seq1  TCCAGATGGTTCTGGGCCACTATGTGGGTGTTGCAAAGTAAACCTGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATGGTTCTGGGCCACTATGTGGGTGTTGCAAAGTAAACCTGGGTG  700

seq1  TTCTGCAGGAGCAGCAAGTGCTCTTAGCCAGTGAGCTATAATTCCAGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCAGGAGCAGCAAGTGCTCTTAGCCAGTGAGCTATAATTCCAGCCT  750

seq1  CTGTTCTTTTTTTCTTTCCTTTATTTGTGTGTGCACATATGCATACATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTTTTTTCTTTCCTTTATTTGTGTGTGCACATATGCATACATGT  800

seq1  GTGCTAAAGTGTATGTGAGTATGTAGGTCCCAGGGCAACTTGCAGGGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAAGTGTATGTGAGTATGTAGGTCCCAGGGCAACTTGCAGGGATC  850

seq1  GGTTTGTTATTTTCACCATGTGACAAGGGGTTGAACACAGGTTGTCAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTTTGTTATTTTCACCATGTGACAAGGGGTTGAACACAGGTTGTCA-GT  899

seq1  GTTGGCAGCAAGTGCCTTCAGTGTTAAGTCATCTTCCAGTCCAGTTGAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTGGCAGCAAGTGCCTTCAGTGTTAAGTCATCTTCCAGTCCAGTGGAGT  949

seq1  ATAGTGTG  958
      ||||||||
seq2  ATAGTGTG  957

seq1: chr6_93858368_93859499
seq2: B6Ng01-106P04.g_67_1197 (reverse)

seq1  TCAAATGAAATTAAACGCATTATACCACTC-TAT-CCCACA-CCTCAGGA  47
      ||||||||| | |  |||| |||||||||| ||| |||||| ||||| ||
seq2  TCAAATGAATTAACGCGCA-TATACCACTCTTATCCCCACACCCTCAAGA  49

seq1  CATGGGGTATTTGCTA-CCAATGGCAGGGATATTTTAATTATTGTCTTAA  96
        | ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  ACTTGGGTATTGGCTACCCATTGGCAGGGATATTTTAA-TATTGTTCTAA  98

seq1  GATGTCAATTCCAAGTAGAATACAGTGGCGTTGACTAAATTCTGACTGCA  146
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAATTCCAAGTAGAATACAATGGCGTTGACTAAATTCTGACTGCA  148

seq1  TATATTAATGTGGAACTTGAGAGCACATACACAAGCAGTCCTTTTGAAGT  196
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATA-TAATGTGGAACTTGAGAGCACATACACAAGCAGTCCTTTTGAAGT  197

seq1  ATGAGATTGAGATCAACTGGAAATTATATATTACATTTATCCTTGTGATT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTGAGATCAACTGGAAATTATATATTACATTTATCCTTGTGATT  247

seq1  GACCTTATTTGTAAATAATCAAGTCTTTTATACCTTTTAGGAATAAACTT  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GACCTTATTTGTAAATAATCAAGTCTTTTATA-CTTTTAGGAATAAACTT  296

seq1  CACATAGGGAAAGTATTTTTCAATAATCATTTCTACCTTATCCTCTTTTC  346
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGGGAAAGTA-TTTTCAATAATCATTTCTACCTTATCCTCTTTTC  345

seq1  CTTACCTTGACTGGATTAAATCAACATGGGTTCTAACTCAAGCTTCAGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTGACTGGATTAAATCAACATGGGTTCTAACTCAAGCTTCAGAA  395

seq1  GCTAAGGAAGACCTAGTCTTCTTTGCTATATTACAATCTTCAATATTCAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGGAAGACCTAGTCTTCTTTGCTATATTACAATCTTCAATATTCAA  445

seq1  GGTCACAGAGTAGGCACCCACACACATGCTACTTTCAGTTGAGTATCGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGAGTAGGCACCCACACACATGCTACTTTCAGTTGAGTATCGCC  495

seq1  ACTAGACAGAAATGTCAATAATGATGTAAAGGTCCACAAAGCCATAAAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACAGAAATGTCAATAATGATGTAAAGGTCCACAAAGCCATAAAGA  545

seq1  GAAGTAGCAAAGGTTTACATACACCCAGGTGCTAAGCATCATTAAAAAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGCAAAGGTTTACATACACCCAGGTGCTAAGCATCATTAAAAAGA  595

seq1  GCTAAATTTTTGCCGACTAGCCTCCCTTTCAGGGCCCTATCTATACTTAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTTTTGCCGACTAGCCTCCCTTTCAGGGCCCTATCTATACTTAG  645

seq1  TATTTCTAAAGCAACACTCTTTGGCATTGTTCCACAATTAATTAGAAAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTAAAGCAACACTCTTTGGCATTGTTCCACAATTAATTAGAAAAT  695

seq1  TATGGCACTTACTCCTTTTAGGCAAGTTATTTCATATAGCTGTTGTCAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCACTTACTCCTTTTAGGCAAGTTATTTCATATAGCTGTTGTCAAA  745

seq1  TTTGTAGGTTCACGTGGCTCTAATCTTACTGTGGAACAGAAATACACCCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGGTTCACGTGGCTCTAATCTTACTGTGGAACAGAAATACACCCC  795

seq1  ACACAATAATTTAGCATCACCTTGAAGATCAGCTAAACTCTGAGCAGAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATAATTTAGCATCACCTTGAAGATCAGCTAAACTCTGAGCAGAAA  845

seq1  GCTAAGTGCCTTTTTTTTTAATTTCATAAATATGGGATCCACTATCTAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTGCCTTTTTTTTTAATTTCATAAATATGGGATCCACTATCTAGT  895

seq1  GTGCAGAAAGAACATGCATCTTTAAAAACAAGGGATCCTGTGCCCACCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAAAGAACATGCATCTTTAAAAACAAGGGATCCTGTGCCCACCTT  945

seq1  TCTCTACTTTTGAAGTGATTTTTCAAGTACTGGCAAAAGCAACAGCACTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTTTTGAAGTGATTTTTCAAGTACTGGCAAAAGCAACAGCACTC  995

seq1  TAGGACTCAGATCGAACTTCAAAATGACTGCTCAGGGTTCCTGGTGCATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTCAGATCGAACTTCAAAATGACTGCTCAGGGTTCCTGGTGCATT  1045

seq1  CACTGCCCACATGGTTACTCCAGGCTTGGCACTCAGAACTAAGAGCCAGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCACATGGTTACTCCAGGCTTGGCACTCAGAACTAAGAGCCAGA  1095

seq1  AAGGAAAGCAGCAAACCCTCCACAAACAAAGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGCAGCAAACCCTCCACAAACAAAGAATTC  1131