BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109O16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 54,063,699 - 54,190,902
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666305
Upstream geneLOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl
Downstream geneChn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik, Znrf2, Nod1, A030007L17Rik, Gars, Crhr2, Inmt, C330043M08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109O16.bB6Ng01-109O16.g
ACCDH916691DH916692
length1,1491,087
definitionDH916691|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109O16, 5' end.DH916692|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109O16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,063,699 - 54,064,868)(54,189,812 - 54,190,902)
sequence
gaattcagtatcagcttcagaaacaaaagccaaggaaatggacccacagc
attattattattattattattattattattattattattattcccaacag
cctgatacagagacacctcaaatcaatccagaaagtgtctactgtgtact
attatatgcaggggaaagtgctgaaatgcatgacaatttaaaatactggg
aaggtctgccaccatgctggccactttcattgacattggcaagctgaaat
tgtcttgcctttgccacagcttgctggccgctcatcctagtctacgcctg
aaaaccagattgcaacccagggtgaatcactttgcatgatagaaggatcc
ttaaaaaccatgtttagtgatagatcatcttaaaatgagtaatgttttga
ctattgtgggggactattaaagggacattaaactatgtagggtaggaaaa
cattattttctgatttctctgcttggtaaagaatttttaccttgtgggaa
aaataggtcaaaatttgatgttagaaatctgaaacaatctcacacatggc
ttcaaccaatagttttgtgaacccaggagtagtgggaaaaactatgtggg
aaaaagtactaatgggaaaaaccatgctctagtgagaatcaggactggat
acctgagggttgaaggaacagtgggggctcagcttgctgatggtgtcaga
gtcaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaaggaaaaaagaaagaaatacaa
ttgagagtcctaagaggagccacagagaaagacaggagaaatgactccac
agagcagggaaggatggctgtgaacagtagacacctgaagtgccagagga
gattaaaaccgagctatggaagtggccgcagagaggatggctggctagca
gaaaggaaacagaagccacctctccctggaggccttgtcacgtttcactc
atgtgtagagcgtgttggctgcggaagagcaacacagtgaattcagcatt
tcttctagtgcacgagtgctgctaacaggcctggcagtctacaggctggt
gacagtgcaagtgcttgtgtacatttcatataatctatagcatccttggg
gagtcatctctaatgtatagaacaggtgatgagagtttcgaatgctcac
gaattctcagctctgcctacaccatgcctgtctggatgtttccatgctcc
aaccttgacgataatggactgaacctctgaacctgtaagccagcctcaat
taaatgttgtctttaataagacttgctttggtcatggtgtctgttcacag
cagtacaaccctaactaatacaccccctgattgttgtcttggtaaaatta
ttaccacctgctaccccgctcattctcccatgtgggttcttgctctggtg
ataaacagcacttaggagatgctgtgatgtagcctccctagcacccacag
tgtgtctatcatgtgctatgtgtgaagcctcccagtcatgcaagccctcg
cccagctctccatccttcctgactgtggatgctgaggtctgggcacaaga
gaggtaaggaaggatgatgtggacacagcctgatcaggtggcaaaggctg
tggaaggatagatttctctctatgccagggtcacattcctggtattattc
agcactggggactgcagtgattggactgagaatgtgtttgaggctgtgtg
tgatgggagggcttgggattatctaccagcagctggaaaagtcaggggac
aagagaggttttatcctgcctgcatgggcgactttccccagtggtagagc
ttgaatgagcagctgcattgagctgtacttgggagctgttctgaaccaca
caccaggtaaacttaccttcctgccccggatgccacccacagtcattttc
ccttcttacttcccaagcagccctggcttggctttgtgtaggccttggca
gcaatcaatgtgttcagatatacatggcctgtaagaccagttttcttcct
ccttgttcccatttgccagtgactgctccccaggcgggcataggctggct
ggtgagtggggaagcaaagctggtactgagaagttttgcttgagagacat
agatggagaaagtccttcttgttatcaccatctttgccttctgctatgga
aatcacgtgatacgatacagggacagggatcttattgaacctggtggaac
agtcaaggaagaagctgaatgatgagaaaattctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_54063699_54064868
seq2: B6Ng01-109O16.b_49_1197

seq1  GAATTCAGTATCAGCTTCAGAAACAAAAGCCAAGGAAATGGACCCACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATCAGCTTCAGAAACAAAAGCCAAGGAAATGGACCCACAGC  50

seq1  ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTCCCAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTCCCAACAG  100

seq1  CCTGATACAGAGACACCTCAAATCAATCCAGAAAGTGTCTACTGTGTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATACAGAGACACCTCAAATCAATCCAGAAAGTGTCTACTGTGTACT  150

seq1  ATTATATGCAGGGGAAAGTGCTGAAATGCATGACAATTTAAAATACTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATGCAGGGGAAAGTGCTGAAATGCATGACAATTTAAAATACTGGG  200

seq1  AAGGTCTGCCACCATGCTGGCCACTTTCATTGACATTGGCAAGCTGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTGCCACCATGCTGGCCACTTTCATTGACATTGGCAAGCTGAAAT  250

seq1  TGTCTTGCCTTTGCCACAGCTTGCTGGCCGCTCATCCTAGTCTACGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGCCTTTGCCACAGCTTGCTGGCCGCTCATCCTAGTCTACGCCTG  300

seq1  AAAACCAGATTGCAACCCAGGGTGAATCACTTTGCATGATAGAAGGATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGATTGCAACCCAGGGTGAATCACTTTGCATGATAGAAGGATCC  350

seq1  TTAAAAACCATGTTTAGTGATAGATCATCTTAAAATGAGTAATGTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACCATGTTTAGTGATAGATCATCTTAAAATGAGTAATGTTTTGA  400

seq1  CTATTGTGGGGGACTATTAAAGGGACATTAAACTATGTAGGGTAGGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGGGGGACTATTAAAGGGACATTAAACTATGTAGGGTAGGAAAA  450

seq1  CATTATTTTCTGATTTCTCTGCTTGGTAAAGAATTTTTACCTTGTGGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTTTCTGATTTCTCTGCTTGGTAAAGAATTTTTACCTTGTGGGAA  500

seq1  AAATAGGTCAAAATTTGATGTTAGAAATCTGAAACAATCTCACACATGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTCAAAATTTGATGTTAGAAATCTGAAACAATCTCACACATGGC  550

seq1  TTCAACCAATAGTTTTGTGAACCCAGGAGTAGTGGGAAAAACTATGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCAATAGTTTTGTGAACCCAGGAGTAGTGGGAAAAACTATGTGGG  600

seq1  AAAAAGTACTAATGGGAAAAACCATGCTCTAGTGAGAATCAGGACTGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTACTAATGGGAAAAACCATGCTCTAGTGAGAATCAGGACTGGAT  650

seq1  ACCTGAGGGTTGAAGGAACAGTGGGGGCTCAGCTTGCTGATGGTGTCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGGGTTGAAGGAACAGTGGGGGCTCAGCTTGCTGATGGTGTCAGA  700

seq1  GTCAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGAAAAAAGAAAGAAATACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGAAAAAAGAAAGAAATACAA  750

seq1  TTGAGAGTCCTAAGAGGAGCCACAGAGAAAGACAGGAGAAATGACTCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGTCCTAAGAGGAGCCACAGAGAAAGACAGGAGAAATGACTCCAC  800

seq1  AGAGCAGGGAAGGATGGCTGTGAACAGTAGACACCTGAAGTGCCAGAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGGAAGGATGGCTGTGAACAGTAGACACCTGAAGTGCCAGAGGA  850

seq1  GATTAAAACCGAGCTATGGAAGTGGCCGCAGAGAGGATGGCTGGCTAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAACCGAGCTATGGAAGTGGCCGCAGAGAGGATGGCTGGCTAGCA  900

seq1  GAAAGGAAACAGAAGCCACCTCTCCCTGGAGGCCTTGTCCACGTTTCCAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GAAAGGAAACAGAAGCCACCTCTCCCTGGAGGCCTTGT-CACGTTT-CAC  948

seq1  TCATGTGTAGAGCGTGTTGGCCTGCGGAAGAGCAAACACCAGTGAATTCA  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TCATGTGTAGAGCGTGTTGG-CTGCGGAAGAGC-AACA-CAGTGAATTCA  995

seq1  GCCATTTCTTCTAGTGCCACGAGTGCCTGCTAACAAGGCCTGGCAGCCTA  1050
      | |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||
seq2  G-CATTTCTTCTAGTG-CACGAGTG-CTGCTAAC-AGGCCTGGCAGTCTA  1041

seq1  CAAGGGCCTGTGACAGTTGCAAGTGCTTTGTGTACAATTTCATATAAATC  1100
      ||  |||  ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||
seq2  CA--GGCTGGTGACAG-TGCAAGTGC-TTGTGTAC-ATTTCATAT-AATC  1085

seq1  TATAGCCATCCCTTGGGGAGTCATCATCCTTAATGTATAGACAAGGTGAT  1150
      ||||| ||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||  |||||||
seq2  TATAG-CAT-CCTTGGGGAGTCATC-TC--TAATGTATAGAACAGGTGAT  1130

seq1  -AGAGTTTCAGAATGGCTCAC  1170
       |||||||| |||| ||||||
seq2  GAGAGTTTC-GAAT-GCTCAC  1149

seq1: chr6_54189812_54190902
seq2: B6Ng01-109O16.g_69_1155 (reverse)

seq1  GCCAG-ATCTTCTCATCACTCAGCCTTCCTCCTTGACTTGGTCCACCAGG  49
      ||||| || ||||||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||
seq2  GCCAGAATTTTCTCATCATTCAG-CTTCTTCCTTGAC-TGTTCCACCAGG  48

seq1  GTCCATAAAGATCCCTGTCCTGTTATCGTTATCACGTGATTTCCATAGCA  99
       || || |||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAT-AAGATCCCTGTCCCTGTATCG-TATCACGTGATTTCCATAGCA  96

seq1  GAAGGCAAAGATGGTGATAACAAGAAGGACTTTCTCCATCTATGTCTTCT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAAGGCAAAGATGGTGATAACAAGAAGGACTTTCTCCATCTATGTC-TCT  145

seq1  CAAGCAAAAC-TCTCAGTACCAGCTTTTGCTTCCCCACTCACCAGCCAGC  198
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAAACTTCTCAGTACCAGC-TTTGCTTCCCCACTCACCAGCCAGC  194

seq1  CTATGCCCGCCTGGGGAGCAGTCACTGGCAAATGGGAACAAGGAGGAAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCCGCCTGGGGAGCAGTCACTGGCAAATGGGAACAAGGAGGAAGA  244

seq1  AAACTGGTCTTACA-GCCATGTATATCTGAACACATTGATTGCTGCCAAG  297
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGTCTTACAGGCCATGTATATCTGAACACATTGATTGCTGCCAAG  294

seq1  GCCTACACAAAGCCAAGCCAGGGCCTGCTTGGGAAGTAAGAAGGGAAAAT  347
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACACAAAGCCAAGCCAGGG-CTGCTTGGGAAGTAAGAAGGGAAAAT  343

seq1  GACTGTGGGTGGCATCCGGGGCAGGAAGGTAAGTTTACCTGGTGTGTGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGGGTGGCATCCGGGGCAGGAAGGTAAGTTTACCTGGTGTGTGGT  393

seq1  TCAGAACAGCTCCCAAGTACAGCTCAATGCAGCTGCTCATTCAAGCTCTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACAGCTCCCAAGTACAGCTCAATGCAGCTGCTCATTCAAGCTCTA  443

seq1  CCACTGGGGAAAGTCGCCCATGCAGGCAGGATAAAACCTCTCTTGTCCCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGGGAAAGTCGCCCATGCAGGCAGGATAAAACCTCTCTTGTCCCC  493

seq1  TGACTTTTCCAGCTGCTGGTAGATAATCCCAAGCCCTCCCATCACACACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTCCAGCTGCTGGTAGATAATCCCAAGCCCTCCCATCACACACA  543

seq1  GCCTCAAACACATTCTCAGTCCAATCACTGCAGTCCCCAGTGCTGAATAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAACACATTCTCAGTCCAATCACTGCAGTCCCCAGTGCTGAATAA  593

seq1  TACCAGGAATGTGACCCTGGCATAGAGAGAAATCTATCCTTCCACAGCCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGAATGTGACCCTGGCATAGAGAGAAATCTATCCTTCCACAGCCT  643

seq1  TTGCCACCTGATCAGGCTGTGTCCACATCATCCTTCCTTACCTCTCTTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACCTGATCAGGCTGTGTCCACATCATCCTTCCTTACCTCTCTTGT  693

seq1  GCCCAGACCTCAGCATCCACAGTCAGGAAGGATGGAGAGCTGGGCGAGGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGACCTCAGCATCCACAGTCAGGAAGGATGGAGAGCTGGGCGAGGG  743

seq1  CTTGCATGACTGGGAGGCTTCACACATAGCACATGATAGACACACTGTGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGACTGGGAGGCTTCACACATAGCACATGATAGACACACTGTGG  793

seq1  GTGCTAGGGAGGCTACATCACAGCATCTCCTAAGTGCTGTTTATCACCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGGGAGGCTACATCACAGCATCTCCTAAGTGCTGTTTATCACCAG  843

seq1  AGCAAGAACCCACATGGGAGAATGAGCGGGGTAGCAGGTGGTAATAATTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAACCCACATGGGAGAATGAGCGGGGTAGCAGGTGGTAATAATTT  893

seq1  TACCAAGACAACAATCAGGGGGTGTATTAGTTAGGGTTGTACTGCTGTGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGACAACAATCAGGGGGTGTATTAGTTAGGGTTGTACTGCTGTGA  943

seq1  ACAGACACCATGACCAAAGCAAGTCTTATTAAAGACAACATTTAATTGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACCATGACCAAAGCAAGTCTTATTAAAGACAACATTTAATTGAG  993

seq1  GCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCGTCAAGGTTGGAGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCGTCAAGGTTGGAGCA  1043

seq1  TGGAAACATCCAGACAGGCATGGTGTAGGCAGAGCTGAGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACATCCAGACAGGCATGGTGTAGGCAGAGCTGAGAATTC  1087