BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113J11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 46,978,752 - 47,146,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap2, LOC622745, LOC100041064, LOC100041078
Upstream geneRbpsuh-rs3
Downstream geneA930035D04Rik, Cul1, Ezh2, Rn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113J11.bB6Ng01-113J11.g
ACCDH919346DH919347
length1,0401,145
definitionDH919346|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113J11, 5' end.DH919347|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,978,752 - 46,979,789)(47,145,703 - 47,146,846)
sequence
gaattcttcatctaagctaatacagtggcccactgatatttggtaatatg
tgtcaaaggcaggtgctctctttagctttagacaccacaaacaaaagcta
ctcctgcttcagggaagaatccaccctgaccctgctttgtacaccccaac
atgtatcaaagcattgatcatggctggttatggagtctgtagtaagacct
tgggctggccaagagctggaagtcaggcaggacatgaaacagccctggaa
agtattatctggactacaaaatctcagtaggaaaagaccaaggcagacag
aagatcacagtcagccagatagacggtttagcaagagaacttcatgcaaa
attatttttcttcctttttcctgatgagactcctcacatgaagcagtatg
atacagaaatatgctcttccttccctaccttcctgcttctccttctcctt
ttttctcccctttcttatctcttatcatcaaagcccttacaaagattgcc
taagttagcatggatctaaggtctgcatcacatccttctgctctcttgcc
tccttagaatatttgcttctcgtagattctaccaccctgtactctctcac
ttttcttcttgctcattagctaccactttagtatctgctgcattttctac
ttcacttgagaagcatgttaaaatgtcttcttagtacatacattgccctg
caaattgtatcccatctaacttctaatggttaaaaatgctgtttaagcac
atggtcttaaatcttcagacctcaattttctcaagaatttcagatctgcc
tgttcaactggcacctttgatgtagatctctagtgggcatctcagattga
acatgcaatagcgaatcttgatggcagggttcgagagatggcccagcagt
ttagagcattggctacttcttccagaggtcctgagttcaaatcccagcaa
gcacactgtggcacacaaccatctgtaatgggatttgatgtcttcttttg
gtgtgtctgaaaacagcaaccatattacatactatatgta
gaattccaggttttgagaggttaaagtcacaaagtactagaactaagaga
actgggattttttttcacagacaggcctgacttcgagtctaaccagctcc
gctggattcctaggtctacattcttgttcatttattgtcagacctctgac
taaaacaaagcaatcaaacaaaggacaaggctgcaaagctggtcaggatt
gcagaagtcatctctgtactgaccttcccatgtgtcaccacatgctatgt
caaccatgttctttctgattcttttctcatgattctttattagttcaaca
ttcattcaatgttgctcctgtcttgatccacagggacctcattgattggt
gaggatgagagccagtttctgatggactcacttcaaacgagatagggcat
tccgggtggtgtgacttcaaaaccgctgtgcacacgtcagatgagtaagc
ctcagtcttgtgtgttagaagggataataatcacagatcttgtttcattg
gattatgttgacatttatgagtaaatgtctcctttccatcttgctcatgt
atacagcatgctatgtcacaaaacttccgtcttctattcttgttttataa
acttatgataaaatatttcaaatacagaaaactactagatcagccaggac
aatgtagttagacctatatttggccagcatgttgtctttaggacacattg
gaccaaagagtagctatttaactatttgttcatattgtgcaaaagtctaa
ggcttaacaggcaataatttgcagccctcattcttgtctccaatctacat
ttgctatcaactaccctttctattgaccagagtatggagcctttcctgca
tggattttatataacgacctgatagcctaactgtcccaccgagcaacagg
gcaaatatgtttccgttctaaaggaaggtctttgctactttctggctgtc
ataggagtctcaactcctgttgctcaaccttagcttggcatttcccatca
actcttgctggtcttttttcttcattccaagcctgggttacctgtcccaa
aaaacaacagcagaggtgttcagagctattctttcatgctctgcctgccc
tggcttcagattgggtctagtaacctgtcccccaggtggctatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_46978752_46979789
seq2: B6Ng01-113J11.b_49_1088

seq1  GAATTCTTCATCTAAGCTAATACAGTGGCCCACTGATATTTGGTAATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATCTAAGCTAATACAGTGGCCCACTGATATTTGGTAATATG  50

seq1  TGTCAAAGGCAGGTGCTCTCTTTAGCTTTAGACACCACAAACAAAAGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAAGGCAGGTGCTCTCTTTAGCTTTAGACACCACAAACAAAAGCTA  100

seq1  CTCCTGCTTCAGGGAAGAATCCACCCTGACCCTGCTTTGTACACCCCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTCAGGGAAGAATCCACCCTGACCCTGCTTTGTACACCCCAAC  150

seq1  ATGTATCAAAGCATTGATCATGGCTGGTTATGGAGTCTGTAGTAAGACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAAAGCATTGATCATGGCTGGTTATGGAGTCTGTAGTAAGACCT  200

seq1  TGGGCTGGCCAAGAGCTGGAAGTCAGGCAGGACATGAAACAGCCCTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGGCCAAGAGCTGGAAGTCAGGCAGGACATGAAACAGCCCTGGAA  250

seq1  AGTATTATCTGGACTACAAAATCTCAGTAGGAAAAGACCAAGGCAGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTATCTGGACTACAAAATCTCAGTAGGAAAAGACCAAGGCAGACAG  300

seq1  AAGATCACAGTCAGCCAGATAGACGGTTTAGCAAGAGAACTTCATGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCACAGTCAGCCAGATAGACGGTTTAGCAAGAGAACTTCATGCAAA  350

seq1  ATTATTTTTCTTCCTTTTTCCTGATGAGACTCCTCACATGAAGCAGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTTCTTCCTTTTTCCTGATGAGACTCCTCACATGAAGCAGTATG  400

seq1  ATACAGAAATATGCTCTTCCTTCCCTACCTTCCTGCTTCTCCTTCTCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAATATGCTCTTCCTTCCCTACCTTCCTGCTTCTCCTTCTCCTT  450

seq1  TTTTCTCCCCTTTCTTATCTCTTATCATCAAAGCCCTTACAAAGATTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCCTTTCTTATCTCTTATCATCAAAGCCCTTACAAAGATTGCC  500

seq1  TAAGTTAGCATGGATCTAAGGTCTGCATCACATCCTTCTGCTCTCTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTAGCATGGATCTAAGGTCTGCATCACATCCTTCTGCTCTCTTGCC  550

seq1  TCCTTAGAATATTTGCTTCTCGTAGATTCTACCACCCTGTACTCTCTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGAATATTTGCTTCTCGTAGATTCTACCACCCTGTACTCTCTCAC  600

seq1  TTTTCTTCTTGCTCATTAGCTACCACTTTAGTATCTGCTGCATTTTCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCTTGCTCATTAGCTACCACTTTAGTATCTGCTGCATTTTCTAC  650

seq1  TTCACTTGAGAAGCATGTTAAAATGTCTTCTTAGTACATACATTGCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGAGAAGCATGTTAAAATGTCTTCTTAGTACATACATTGCCCTG  700

seq1  CAAATTGTATCCCATCTAACTTCTAATGGTTAAAAATGCTGTTTAAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGTATCCCATCTAACTTCTAATGGTTAAAAATGCTGTTTAAGCAC  750

seq1  ATGGTCTTAAATCTTCAGACCTCAATTTTCTCAAGAATTTCAGATCTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTAAATCTTCAGACCTCAATTTTCTCAAGAATTTCAGATCTGCC  800

seq1  TGTTCAACTGGCACC-TTGATGTAGATCTCTAGTGGGCATCTCAGAATGA  849
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTTCAACTGGCACCTTTGATGTAGATCTCTAGTGGGCATCTCAGATTGA  850

seq1  ACATGCAATAGCGAATCTTGATGGCAGGGTTCGAGAGATGGCCCAGCAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAATAGCGAATCTTGATGGCAGGGTTCGAGAGATGGCCCAGCAGT  900

seq1  TAAGAGCATTGGCTAC-TCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAA  948
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCATTGGCTACTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAA  950

seq1  GCACACTGTGGCACACAACCATCTGTAATGGGATTTGATGTCCTCTTTTG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCACACTGTGGCACACAACCATCTGTAATGGGATTTGATGTCTTCTTTTG  1000

seq1  GTGTGTCTGAAAACAGCAACCATA-TACATACATATATATA  1038
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||
seq2  GTGTGTCTGAAAACAGCAACCATATTACATAC-TATATGTA  1040

seq1: chr6_47145703_47146846
seq2: B6Ng01-113J11.g_70_1214 (reverse)

seq1  CCATAGCCACCTGGGCGACAAGTAAC-AGAACCAAACTTGAAGCCA-GGC  48
      ||||||||||||||| |||| || || ||| |||| | |||||||| |||
seq2  CCATAGCCACCTGGGGGACAGGTTACTAGACCCAATC-TGAAGCCAGGGC  49

seq1  AGGCAGA-CATGAA--GATAGCTCTTGACAACTGCTGCTG-TGGTCTCTG  94
      ||||||| ||||||   ||||||||  ||| || |||||| || | | ||
seq2  AGGCAGAGCATGAAAGAATAGCTCTGAACACCT-CTGCTGTTGTTTTTTG  98

seq1  GGACAGGTAACCCAGGCTTGGAATGGAGAAAAAAAGACAGCAAGAGTTGA  144
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||
seq2  GGACAGGTAACCCAGGCTTGGAATGAAGAAAAAAGACCAGCAAGAGTTGA  148

seq1  TGGGAAAATGCAAAGCTAAGGTTGAGCAACAGGAGTTGAGACTCCTATGA  194
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGG-AAATGCCAAGCTAAGGTTGAGCAACAGGAGTTGAGACTCCTATGA  197

seq1  CACGCCAGAAAGTAGCAAAGACCTTCCTTTAGAACCGGAAACATATTTGC  244
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CA-GCCAGAAAGTAGCAAAGACCTTCCTTTAGAA-CGGAAACATATTTGC  245

seq1  CCTGTTGCTCGGTGGGACAGTTAGGCTATCAGGTCGTTATATAAAATCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGCTCGGTGGGACAGTTAGGCTATCAGGTCGTTATATAAAATCCA  295

seq1  TGCAGGAAAGGCTCCATACTCTGGTCAATAGAAAGGGTAGTTGATAGCAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAAAGGCTCCATACTCTGGTCAATAGAAAGGGTAGTTGATAGCAA  345

seq1  ATGTAGATTGGAGACAAGAATGAGGGCTGCAATTTATTGCCTGTTAAGCC  394
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATTGGAGACAAGAATGAGGGCTGCAAATTATTGCCTGTTAAGCC  395

seq1  TTAGACTTTTGCACAATATGAACAAATAGTTAAATAGCTACTCTTTGGTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTTTGCACAATATGAACAAATAGTTAAATAGCTACTCTTTGGTC  445

seq1  CAATGTGTCCTAAAGACAACATGCTGGCCAAATATAGGTCTAACTACATT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGTCCTAAAGACAACATGCTGGCCAAATATAGGTCTAACTACATT  495

seq1  GTCCTGGCTGATCTAGTAGTTTTCTGTATTTGAAATATTTTATCATAAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGCTGATCTAGTAGTTTTCTGTATTTGAAATATTTTATCATAAGT  545

seq1  TTATAAAACAAGAATAGAAGACGGAAGTTTTGTGACATAGCATGCTGTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAACAAGAATAGAAGACGGAAGTTTTGTGACATAGCATGCTGTAT  595

seq1  ACATGAGCAAGATGGAAAGGAGACATTTACTCATAAATGTCAACATAATC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGCAAGATGGAAAGGAGACATTTACTCATAAATGTCAACATAATC  645

seq1  CAATGAAACAAGATCTGTGATTATTATCCCTTCTAACACACAAGACTGAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAACAAGATCTGTGATTATTATCCCTTCTAACACACAAGACTGAG  695

seq1  GCTTACTCATCTGACGTGTGCACAGCGGTTTTGAAGTCACACCACCCGGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTCATCTGACGTGTGCACAGCGGTTTTGAAGTCACACCACCCGGA  745

seq1  ATGCCCTATCTCGTTTGAAGTGAGTCCATCAGAAACTGGCTCTCATCCTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTATCTCGTTTGAAGTGAGTCCATCAGAAACTGGCTCTCATCCTC  795

seq1  ACCAATCAATGAGGTCCCTGTGGATCAAGACAGGAGCAACATTGAATGAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATCAATGAGGTCCCTGTGGATCAAGACAGGAGCAACATTGAATGAA  845

seq1  TGTTGAACTAATAAAGAATCATGAGAAAAGAATCAGAAAGAACATGGTTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAACTAATAAAGAATCATGAGAAAAGAATCAGAAAGAACATGGTTG  895

seq1  ACATAGCATGTGGTGACACATGGGAAGGTCAGTACAGAGATGACTTCTGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCATGTGGTGACACATGGGAAGGTCAGTACAGAGATGACTTCTGC  945

seq1  AATCCTGACCAGCTTTGCAGCCTTGTCCTTTGTTTGATTGCTTTGTTTTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGACCAGCTTTGCAGCCTTGTCCTTTGTTTGATTGCTTTGTTTTA  995

seq1  GTCAGAGGTCTGACAATAAATGAACAAGAATGTAGACCTAGGAATCCAGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGTCTGACAATAAATGAACAAGAATGTAGACCTAGGAATCCAGC  1045

seq1  GGAGCTGGTTAGACTCGAAGTCAGGCCTGTCTGTGAAAAAAAATCCCAGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGTTAGACTCGAAGTCAGGCCTGTCTGTGAAAAAAAATCCCAGT  1095

seq1  TCTCTTAGTTCTAGTACTTTGTGACTTTAACCTCTCAAAGCCTGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTCTTAGTTCTAGTACTTTGTGACTTTAACCTCTCAAAACCTGGAATTC  1145