BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115P04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 19,358,313 - 19,469,401
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCttnbp2, EG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180, Eif3s6-ps4
Downstream geneLOC100040838
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115P04.bB6Ng01-115P04.g
ACCDH921075DH921076
length5921,145
definitionDH921075|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115P04, 5' end.DH921076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115P04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,468,805 - 19,469,401)(19,358,313 - 19,359,487)
sequence
cttgtacttcatccttgtcttattattttatctaaaatgttttttataaa
ttaagaactgaaacatggggggggaggtcaggaaaaatattgaaacattg
ccaccactacatactttcagctttttgagaaaatcatacatatttttttc
tcattttgtataatatcattttatattcatcatatgccataattattaaa
ctgagctgtgttccttttatttttttagtatttctctctctcagtgtgtg
tgtgtgtatgtgtgtgcgtatgtgtgtgtttgtgtgtttgtgtgtgtgta
aaactgtgggtgtgcacatgattttgtgtgtgagtgcagatatgcaagca
ttttcttggagtcagaggacaatattaaatatcaattctaccttgcttaa
agcagattgttattcttgtttactgcagtgtgtttcaggctttctggatt
gggattttccatgaatttttctaatactaccttccatcttgtcagaggaa
aactgggactacagacatgcactaccatacctggccttacaggggttgta
gagattcaaacacaagctttcctgttttggcagcaagtactt
gaattctttgtttagctctgtaccccaagaaggtaataccttttgaataa
caggatttgaaggatttgactgtagataggtggaagacctactggtttac
ctgtttgacgctctgtatgcaatccctagtactacaaacaaagaacaaca
aagacttcaactgcactaactttgacagctttttacatcttggataaaat
tttcaaatataatgttatcaaaaattaaactttatctatgacttttacct
aatatataatttaaatattttcccccatttttgtggattagtgggttaag
tcgtcaaatttcatttagcactgaaacagttttatagataagaaatatag
aaggaagtttttattataaactgattatcctggtaaagcccccaggattg
tcaaactgttatttttttctgcacaaattgttgactatacatctatagtt
caactcaccaccacatctccgtggaggtaggggtgatagaaccttccatc
catggcagaagtaatggagaaatctccagtcttgccttgcaaagtataat
gcactttgtgggtgtctcattttcagtggacaaacttaaaagatatgtaa
ttaaccaaaacagtctatgtcagttgcatgaaaggctggttcaatcaata
taagttctgacccaaaacagcatgttgaatactagaagggaatctttagt
tttatcctagagattagctagtggagtctaagtaagctactacagtaaat
taaaatgcagggtcaagagagtcagacatgaaattttcaggaaatgttca
aggtggtctctgtagttgcagtagagatgataatcaatgctatgatagaa
atagaataggaacaatgtcaggcatgcacaaatgtcttaaagagttacat
ggttgggaaggcagcatttccttccctgctgagatctgaagggctcaaag
aacacaatgtacttaatatacttttgatgctttctggttaaatgcagaaa
tgctccaggactcatgtgtttcagtactagcagagtgttaacactgtttg
ggagctgtgacttgggagaaagttatagcaaggatggatggtgtggtgat
tagtggtaataggtcttggtaagctcagacctcttgatcatctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_19468805_19469401
seq2: B6Ng01-115P04.b_43_640 (reverse)

seq1  AAGTACTTGCTGCC-AAACAGGAAAGCTTGTGTTTGAATCTCTACAACCC  49
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTTGCTGCCAAAACAGGAAAGCTTGTGTTTGAATCTCTACAACCC  50

seq1  CTGTAAGGCCAGGTATGGTAGTGCATGTCTGTAGTCCCAGTTTTCCTCTG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGGCCAGGTATGGTAGTGCATGTCTGTAGTCCCAGTTTTCCTCTG  100

seq1  ACAAGATGGAAGGTAGTATTAGAAAAATTCATGGAAAATCCCAATCCAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATGGAAGGTAGTATTAGAAAAATTCATGGAAAATCCCAATCCAGA  150

seq1  AAGCCTGAAACACACTGCAGTAAACAAGAATAACAATCTGCTTTAAGCAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGAAACACACTGCAGTAAACAAGAATAACAATCTGCTTTAAGCAA  200

seq1  GGTAGAATTGATATTTAATATTGTCCTCTGACTCCAAGAAAATGCTTGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAATTGATATTTAATATTGTCCTCTGACTCCAAGAAAATGCTTGCA  250

seq1  TATCTGCACTCACACACAAAATCATGTGCACACCCACAGTTTTACACACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCACTCACACACAAAATCATGTGCACACCCACAGTTTTACACACA  300

seq1  CACAAACACACAAACACACACATACGCACACACATACACACACACACACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACACACAAACACACACATACGCACACACATACACACACACACACT  350

seq1  GAGAGAGAGAAATACTAAAAAAATAAAAGGAACACAGCTCAGTTTAATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAAATACTAAAAAAATAAAAGGAACACAGCTCAGTTTAATAA  400

seq1  TTATGGCATATGATGAATATAAAATGATATTATACAAAATGAGAAAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCATATGATGAATATAAAATGATATTATACAAAATGAGAAAAAAA  450

seq1  TATGTATGATTTTCTCAAAAAGCTGAAAGTATGTAGTGGTGGCAATGTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGATTTTCTCAAAAAGCTGAAAGTATGTAGTGGTGGCAATGTTT  500

seq1  CAATATTTTTCCTGACCTCCCCCCCCATGTTTCAGTTCTTAATTTATAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTTTCCTGACCTCCCCCCCCATGTTTCAGTTCTTAATTTATAAA  550

seq1  AAACATTTTAGATAAAATAATAAGACAAGGATGAAGTACAAGGAATTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTTAGATAAAATAATAAGACAAGGATGAAGTACAAGGAATTC  598

seq1: chr6_19358313_19359487
seq2: B6Ng01-115P04.g_66_1210

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCAAGAAGGTAATACCTTTTGAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCAAGAAGGTAATACCTTTTGAATAA  50

seq1  CAGGATTTGAAGGATTTGACTGTAGATAGGTGGAAGACCTACTGGTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTTGAAGGATTTGACTGTAGATAGGTGGAAGACCTACTGGTTTAC  100

seq1  CTGTTTGACGCTCTGTATGCAATCCCTAGTACTACAAACAAAGAACAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGACGCTCTGTATGCAATCCCTAGTACTACAAACAAAGAACAACA  150

seq1  AAGACTTCAACTGCACTAACTTTGACAGCTTTTTACATCTTGGATAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTCAACTGCACTAACTTTGACAGCTTTTTACATCTTGGATAAAAT  200

seq1  TTTCAAATATAATGTTATCAAAAATTAAACTTTATCTATGACTTTTACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATATAATGTTATCAAAAATTAAACTTTATCTATGACTTTTACCT  250

seq1  AATATATAATTTAAATATTTTCCCCCATTTTTGTGGATTAGTGGGTTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAATTTAAATATTTTCCCCCATTTTTGTGGATTAGTGGGTTAAG  300

seq1  TCGTCAAATTTCATTTAGCACTGAAACAGTTTTATAGATAAGAAATATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCAAATTTCATTTAGCACTGAAACAGTTTTATAGATAAGAAATATAG  350

seq1  AAGGAAGTTTTTATTATAAACTGATTATCCTGGTAAAGCCCCCAGGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTTTTTATTATAAACTGATTATCCTGGTAAAGCCCCCAGGATTG  400

seq1  TCAAACTGTTATTTTTTTCTGCACAAATTGTTGACTATACATCTATAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGTTATTTTTTTCTGCACAAATTGTTGACTATACATCTATAGTT  450

seq1  CAACTCACCACCACATCTCCGTGGAGGTAGGGGTGATAGAACCTTCCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCACCACCACATCTCCGTGGAGGTAGGGGTGATAGAACCTTCCATC  500

seq1  CATGGCAGAAGTAATGGAGAAATCTCCAGTCTTGCCTTGCAAAGTATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGAAGTAATGGAGAAATCTCCAGTCTTGCCTTGCAAAGTATAAT  550

seq1  GCACTTTGTGGGTGTCTCATTTTCAGTGGACAAACTTAAAAGATATGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTGTGGGTGTCTCATTTTCAGTGGACAAACTTAAAAGATATGTAA  600

seq1  TTAACCAAAACAGTCTATGTCAGTTGCATGAAAGGCTGGTTCAATCAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCAAAACAGTCTATGTCAGTTGCATGAAAGGCTGGTTCAATCAATA  650

seq1  TAAGTTCTGACCCAAAACAGCATGTTGAATACTAGAAGGGAATCTTTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCTGACCCAAAACAGCATGTTGAATACTAGAAGGGAATCTTTAGT  700

seq1  TTTATCCTAGAGATTAGCTAGTGGAGTCTAAGTAAGCTACTACAGTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCTAGAGATTAGCTAGTGGAGTCTAAGTAAGCTACTACAGTAAAT  750

seq1  TAAAATGCAGGGTCAAGAGAGTCAGACATGAAATTTTCAGGAAATGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCAGGGTCAAGAGAGTCAGACATGAAATTTTCAGGAAATGTTCA  800

seq1  AGGTGGTCTCTGTAGTTGCAGTAGAGATGATAATCAATGCTATGATAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTCTCTGTAGTTGCAGTAGAGATGATAATCAATGCTATGATAGAA  850

seq1  ATAGAATAGGAACAATGTCAGGCATGCACAAATGTCTTAAAGAGTTACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATAGGAACAATGTCAGGCATGCACAAATGTCTTAAAGAGTTACAT  900

seq1  GGTTGGGAAGGCAGCATTTCCTTCCCTGCTGAGATCTGAAGGGCTCAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGAAGGCAGCATTTCCTTCCCTGCTGAGATCTGAAGGGCTCAAAG  950

seq1  AACACAATGTACTTAATTATACTTTTGATGCTTTTCCTGGTTAAATGCAA  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |
seq2  AACACAATGTACTTAA-TATACTTTTGATGCTTT--CTGGTTAAATGC-A  996

seq1  GAAATGCTCCAGGGACTCATGTGTTTCAGTAACTAGCAGAGTTGTTAACA  1050
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GAAATGCTCCA-GGACTCATGTGTTTCAGT-ACTAGCAGAG-TGTTAACA  1043

seq1  CTGTTTGGGAAGCTGTGGAACTTTGGGAGGAAAGTTATAGCCAAAGGAAA  1100
      ||||||||| |||||||  || |||||| ||||||||||||  ||||  |
seq2  CTGTTTGGG-AGCTGTG--AC-TTGGGA-GAAAGTTATAGC--AAGG--A  1084

seq1  TGAATTGGTGTGGGTGAATAAGTGGTACATAGGTCCTTGGGGTTATAGCT  1150
      || | |||||| |||| || ||||||| |||||| |||||   || ||||
seq2  TGGA-TGGTGT-GGTG-ATTAGTGGTA-ATAGGT-CTTGG---TA-AGCT  1125

seq1  CAGACCCTCTTGTATCCCCATCTCT  1175
      |||| ||||||| ||   |||||||
seq2  CAGA-CCTCTTG-AT---CATCTCT  1145