BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116F05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 30,229,444 - 30,389,354
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUbe2h, Zc3hc1, 2410127E18Rik
Upstream geneAI507611, BC048651, Calu, Opn1sw, 4921511K06Rik, Flnc, Atp6v1f, EG668210, Crim2, Irf5, Tnpo3, Tspan33, Smo, 4631427C17Rik, D330017J20Rik, 1700023L04Rik, 1700080G18Rik, Nrf1
Downstream gene2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5, Cpa1, Tsga14, Mest, Copg2, Copg2, Tsga13, Klf14, LOC100038973, AB041803, Mkln1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116F05.bB6Ng01-116F05.g
ACCDH921351DH921352
length1,2131,070
definitionDH921351|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116F05, 5' end.DH921352|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,388,129 - 30,389,354)(30,229,444 - 30,230,526)
sequence
gaattcaagagaagcaagagaggcctagtgcttcagacgctaaggtcaga
gatcagatctcttcctctttaggtgagagcagaggcaagctagattaaac
tgtgactgttggagagagcaatcacaaacatgtgtgagtcatgtctaaat
aaacacatacatgtaattatacgcttaaaaagaaaactggctcttgtgtg
ctcagagcaaaattaaactttgaataccattccaaaacttttcaaagaaa
atcctgcatttatcccaaaggacatcttatattctgtttaaggctattac
taagaaaagctattatgaaaaaaatttaaactcaaaatgatcaaaaatta
aaaaaactgtaggtaagacctgacctctgaaatactccatgatatgggta
aagacagcattttctggataggactccaggacccttccccacaaccctcc
ctgaaaaggacaaagtttgtcaaataggaaggaagcaagttatagatttt
aaatatttttctttatgatagcaagaatccagcttgccttatgcatagtt
agcaagcattctatcactgagctacagcctgaggtttcagttccgtcacc
agctagacctgtggcacaagcctggaatcaaaagtcctcaggaggctgag
gtaggagacccatcatctcagggcctgcctgggctcacagcataagttca
agaacaacctaggcaatttggggatatagctccagtgagtagagtacttg
cctagcatatttaaggcccttggctaaatacctggtatacaataagtaaa
tgactgaattatatacataattcatttaaactaattttgagatcagttta
aagggagaaaaaaaatccacttctttatatttcaattatccttacaactt
tcttacacagggtctccagaagtccttaaatagttacagaaccaaacagc
tgcaataggatatggactacgatgacactacatttgttactaccctaaag
aatatctctattttatgtgctactgatgatagtataatgtccaccagtac
ttagcacactgccggacacctaatttgcttactattagtatttattacac
ttaataggcctttggtgtctttaagcaaaactctacttaatgataaactt
ggaacaagaaataagattgcttgcacgaaatagagtacctggaaaacaag
cacatgtatcttt
gaattccagattacaaacacttggtctataatgagccaaattaaagttaa
aagatctataatacatacagtatttggtcctggagagatggctcaatggt
tacgagcctggctgttctaccagaagactcggattcccagtgacagggct
ggtcacaactgaaccctggatcctacttaacctatagatcccaagtgcta
caactacaggtatgcaccaccacaccaaattaatgcctgttgttctttaa
aaacaaaacaaaaaaacaagactacagaacaaagacaaaagagaaattta
ctgcttgtatttatatattatttgaaaaaatcttggccaggtctttgtct
catctactgaatcatccatcctgctttttcagatggccctgaaaaacaaa
actgaaacaaggtaaggaccacaagtttcccactcctaacatatacagta
acagatttgcctgctgcccaggacacagggaaaagatgttttagccttgc
ctgcatcccatcagacaagggcgactactgtcctgccttaatcttacacc
tgtaatactagtcctacagtggacaaaagcttgccttaaacaggaaactg
tggaaatgcttgggtaagcaggtgatgcactgactcaggctagcattgca
ggaacagcccttcacaacactttagctaattccaggatccatttctagaa
acgaaagggacacagcatctcatcactggcttaatctttccagtggtaca
gtgcttgcctgtcatgtccaaagccttaggtttattccttaagtggaagg
atgccccctgacaacccatggtgaagtttcaaacctccatagatacttat
ttttttccaagggtcctcctttcgttgactggtgggagaccccagagaag
tatgaagtgaattctatagattccagagtagtagtccagatcagcagatc
agcctgtctaccaacagaacccacagttgatcagacgcactgcactcaag
tacgtacagacttatatccatcacaccacttccatgcttctgttgactct
tcactatgacttcagcttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_30388129_30389354
seq2: B6Ng01-116F05.b_44_1256 (reverse)

seq1  AAAGATACATTGTTGCTTTGTTTTTCAGGTACTCTATTTCTGTGCATAGC  50
      ||||||||||   ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||
seq2  AAAGATACAT--GTGC-TTGTTTTCCAGGTACTCTATTTC-GTGCA-AGC  45

seq1  -ATCTTAATTCTTGTTCCAAAGTTTATCATGTAAAGTAGAGTTTTTGCTT  99
       |||||| |||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||
seq2  AATCTTATTTCTTGTTCC-AAGTTTATCA--TTAAGTAGAG-TTTTGCTT  91

seq1  AAAAAGACACAAAAGGCCTTATTAGGTTGGTAATAAATACTAATTAGTAA  149
        |||||||| ||||||| ||||| ||  |||||||||||||| |||| |
seq2  --AAAGACACCAAAGGCC-TATTAAGT--GTAATAAATACTAA-TAGT-A  134

seq1  AGCATATTAGGTGTCTGGCAGTGTGCTAAGTACTGGTGGACATTATACTA  199
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTAGGTGTCCGGCAGTGTGCTAAGTACTGGTGGACATTATACTA  184

seq1  TCATCAGTAGCACATAAAATAGAGATA-TCTTTAGGGTAGTAACAAATGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGTAGCACATAAAATAGAGATATTCTTTAGGGTAGTAACAAATGT  234

seq1  AGTGTCATCGTAGTCCATATCCTATTGCAGCTTGTTTGGTTCTGTAACTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCATCGTAGTCCATATCCTATTGCAGC-TGTTTGGTTCTGTAACTA  283

seq1  TTTAAGGACTTCTGGAGA-CCTGTGTAAG-AAGTTGTAAGGATAATTGAA  346
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGACTTCTGGAGACCCTGTGTAAGAAAGTTGTAAGGATAATTGAA  333

seq1  ATATAAAGAAGTGGATTTTTTTTCTCCCTTTAAACTGATCTCAAAATTAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGAAGTGGATTTTTTTTCTCCCTTTAAACTGATCTCAAAATTAG  383

seq1  TTTAAATGAATTATGTATATAATTCAGTCATTTACTTATTGTATACCAGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGAATTATGTATATAATTCAGTCATTTACTTATTGTATACCAGG  433

seq1  TATTTAGCCAAGGGCCTTAAATATGCTAGGCAAGTACTCTACTCACTGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGCCAAGGGCCTTAAATATGCTAGGCAAGTACTCTACTCACTGGA  483

seq1  GCTATATCCCCAAATTGCCTAGGTTGTTCTTGAACTTATGCTGTGAGCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATCCCCAAATTGCCTAGGTTGTTCTTGAACTTATGCTGTGAGCCC  533

seq1  AGGCAGGCCCTGAGATGATGGGTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAGGACTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCCCTGAGATGATGGGTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAGGACTTT  583

seq1  TGATTCCAGGCTTGTGCCACAGGTCTAGCTGGTGACGGAACTGAAACCTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCAGGCTTGTGCCACAGGTCTAGCTGGTGACGGAACTGAAACCTC  633

seq1  AGGCTGTAGCTCAGTGATAGAATGCTTGCTAACTATGCATAAGGCAAGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTAGCTCAGTGATAGAATGCTTGCTAACTATGCATAAGGCAAGCT  683

seq1  GGATTCTTGCTATCATAAAGAAAAATATTTAAAATCTATAACTTGCTTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTTGCTATCATAAAGAAAAATATTTAAAATCTATAACTTGCTTCC  733

seq1  TTCCTATTTGACAAACTTTGTCCTTTTCAGGGAGGGTTGTGGGGAAGGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATTTGACAAACTTTGTCCTTTTCAGGGAGGGTTGTGGGGAAGGGT  783

seq1  CCTGGAGTCCTATCCAGAAAATGCTGTCTTTACCCATATCATGGAGTATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTCCTATCCAGAAAATGCTGTCTTTACCCATATCATGGAGTATT  833

seq1  TCAGAGGTCAGGTCTTACCTACAGTTTTTTTAATTTTTGATCATTTTGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTCAGGTCTTACCTACAGTTTTTTTAATTTTTGATCATTTTGAG  883

seq1  TTTAAATTTTTTTCATAATAGCTTTTCTTAGTAATAGCCTTAAACAGAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTTTTTTCATAATAGCTTTTCTTAGTAATAGCCTTAAACAGAAT  933

seq1  ATAAGATGTCCTTTGGGATAAATGCAGGATTTTCTTTGAAAAGTTTTGGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATGTCCTTTGGGATAAATGCAGGATTTTCTTTGAAAAGTTTTGGA  983

seq1  ATGGTATTCAAAGTTTAATTTTGCTCTGAGCACACAAGAGCCAGTTTTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATTCAAAGTTTAATTTTGCTCTGAGCACACAAGAGCCAGTTTTCT  1033

seq1  TTTTAAGCGTATAATTACATGTATGTGTTTATTTAGACATGACTCACACA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGCGTATAATTACATGTATGTGTTTATTTAGACATGACTCACACA  1083

seq1  TGTTTGTGATTGCTCTCTCCAACAGTCACAGTTTAATCTAGCTTGCCTCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGATTGCTCTCTCCAACAGTCACAGTTTAATCTAGCTTGCCTCT  1133

seq1  GCTCTCACCTAAAGAGGAAGAGATCTGATCTCTGACCTTAGCGTCTGAAG  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCACCTAAAGAGGAAGAGATCTGATCTCTGACCTTAGCGTCTGAAG  1183

seq1  CACTAGGCCTCTCTTGCTTCTCTTGAATTC  1226
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGCCTCTCTTGCTTCTCTTGAATTC  1213

seq1: chr6_30229444_30230526
seq2: B6Ng01-116F05.g_67_1136

seq1  GAATTCCAGATTACAAACACTTGGTCTATAATGAGCCAAATTAAAGTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATTACAAACACTTGGTCTATAATGAGCCAAATTAAAGTTAA  50

seq1  AAGATCTATAATACATACAGTATTTGGTCCTGGAGAGATGGCTCAATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTATAATACATACAGTATTTGGTCCTGGAGAGATGGCTCAATGGT  100

seq1  TACGAGCCTGGCTGTTCTACCAGAAGACTCGGATTCCCAGTGACAGGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGCCTGGCTGTTCTACCAGAAGACTCGGATTCCCAGTGACAGGGCT  150

seq1  GGTCACAACTGAACCCTGGATCCTACTTAACCTATAGATCCCAAGTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAACTGAACCCTGGATCCTACTTAACCTATAGATCCCAAGTGCTA  200

seq1  CAACTACAGGTATGCACCACCACACCAAATTAATGCCTGTTGTTCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACAGGTATGCACCACCACACCAAATTAATGCCTGTTGTTCTTTAA  250

seq1  AAACAAAACAAAAAAACAAGACTACAGAACAAAGACAAAAGAGAAATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAAAAAACAAGACTACAGAACAAAGACAAAAGAGAAATTTA  300

seq1  CTGCTTGTATTTATATATTATTTGAAAAAATCTTGGCCAGGTCTTTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTATTTATATATTATTTGAAAAAATCTTGGCCAGGTCTTTGTCT  350

seq1  CATCTACTGAATCATCCATCCTGCTTTTTCAGATGGCCCTGAAAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACTGAATCATCCATCCTGCTTTTTCAGATGGCCCTGAAAAACAAA  400

seq1  ACTGAAACAAGGTAAGGACCACAAGTTTCCCACTCCTAACATATACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAACAAGGTAAGGACCACAAGTTTCCCACTCCTAACATATACAGTA  450

seq1  ACAGATTTGCCTGCTGCCCAGGACACAGGGAAAAGATGTTTTAGCCTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTGCCTGCTGCCCAGGACACAGGGAAAAGATGTTTTAGCCTTGC  500

seq1  CTGCATCCCATCAGACAAGGGCGACTACTGTCCTGCCTTAATCTTACACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCCCATCAGACAAGGGCGACTACTGTCCTGCCTTAATCTTACACC  550

seq1  TGTAATACTAGTCCTACAGTGGACAAAAGCTTGCCTTAAACAGGAAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATACTAGTCCTACAGTGGACAAAAGCTTGCCTTAAACAGGAAACTG  600

seq1  TGGAAATGCTTGGGTAAGCAGGTGATGCACTGACTCAGGCTAGCATTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGCTTGGGTAAGCAGGTGATGCACTGACTCAGGCTAGCATTGCA  650

seq1  GGAACAGCCCTTCACAACACTTTAGCTAATTCCAGGATCCATTTCTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGCCCTTCACAACACTTTAGCTAATTCCAGGATCCATTTCTAGAA  700

seq1  ACGAAAGGGACACAGCATCTCATCACTGGCTTAATCTTTCCAGTGGTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAAGGGACACAGCATCTCATCACTGGCTTAATCTTTCCAGTGGTACA  750

seq1  GTGCTTGCCTGTCATGTCCAAAGCCTTAGGTTTATTCCTTAAGTGGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCCTGTCATGTCCAAAGCCTTAGGTTTATTCCTTAAGTGGAAGG  800

seq1  ATGCCCCCTGACAACCCATGGTGAAGTTTCAAACCTCCATAGATACTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCTGACAACCCATGGTGAAGTTTCAAACCTCCATAGATACTTAT  850

seq1  TTTTTTCCAAGGGTCCTCCTTTCGTTGACTGGTGGGAGACACCAGAGAAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTTTCCAAGGGTCCTCCTTTCGTTGACTGGTGGGAGACCCCAGAGAAG  900

seq1  TATGAAGTGAATTCTATAGATTCCAGAGTAGTAGTCCCAGATCAGCAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGAAGTGAATTCTATAGATTCCAGAGTAGTAGT-CCAGATCAGCAGAT  949

seq1  CAGCCTGTCTACCAACAGAAACCCACAGTTGATCAGACGCACCTGCACTC  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGCCTGTCTACCAACAG-AACCCACAGTTGATCAGACGCA-CTGCACTC  997

seq1  AAGTACGTACAGACTTATATCCATC-CACCAACCACCTTCCATGCTTTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||| |||||     ||||||||| ||||
seq2  AAGTACGTACAGACTTATATCCATCACACCA-----CTTCCATGC-TTCT  1041

seq1  TGTTTGACTCTTTTCACTATGACACTCAGCTTCT  1083
         |||||||  |||||||||||  |||||||||
seq2  --GTTGACTC--TTCACTATGAC-TTCAGCTTCT  1070