BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118K19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 96,192,365 - 96,359,133
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC630007B19Rik
Upstream geneLOC435912, Suclg2, LOC665886, LOC545867, LOC100043685, 1700123L14Rik
Downstream geneC130034I18Rik, A130022J15Rik, Tmf1, Ube1c, Arl6ip5, Lmod3, Frmd4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118K19.bB6Ng01-118K19.g
ACCDH923089DH923090
length1,1421,088
definitionDH923089|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118K19, 5' end.DH923090|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118K19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,357,986 - 96,359,133)(96,192,365 - 96,193,469)
sequence
gaattctatggagtgaaactgggaaacactcccatcgtttggctattgct
gtgggaataaacagacttgacaattttatgtgtatacattttccttttat
acacacacacacacatatacaagtccatacatacataccccactgtgaac
accctgtcactttaacttttgtggaagactaaatggtctatttttaattt
aaaaaacacatcttagaacttataatcaagataaaagcatggatttttct
atcaggaagcatgaaaaaagagttgctttaaaaagctaccaacccaccgt
gtcttcgctataggatttataatcagcaccacagtaagggagatgcgatg
gtttcctttcactttagtaagtgctgtaggattgattaaaggttctctaa
ataattaactctttccatatggttgcattttaaatgcatcgtgtttacag
tgcatttcatgggtcactggcccttggcaatagcccccttaaactctcag
agcaaatttatgcagttagatgactgacgctgaaggaataaaactatggc
tcagagagggtaggtgacttgactgaggatacacagtgaggaaacagaag
atgcagggatcggacctagagctgaggaaacagaagagtcaggcctggag
ctgctgagttaaattcagatcctttcctgtacagctgtgtagtgaccgcc
cattctattgtgaccactgcacccaggaagcatagctaggtgattttgat
gcagttttgattttatctaactggaatataaatttaaagcagtagtataa
taaatatcttttctacaataaaagatgtagcaagattttatcgaaaggac
ccagatgtagctgtctcttgtgagactatgccggggtctagcaaacacag
aagtggatgctcacagtcagctaatggatggatcacagggctcctatgga
ggagctagagaaagtacccagagctaaagggatctgcaccctataggtga
acaacattatgactaaccagtacccgggagctccttgactctagctgcat
atgtatcaaagatggccttagttggccatcacttggaaggaaggtccatt
ggaaacgcaaccttatttgcccagtacagggaaacgctcagg
gaattcacccaagaactatgaatactctgacctaccttccttaaaaagcc
ctcattctcagagtgacctcagcaggcttttgtagatgtcacctgagtct
actgggcagagagaaagatggctgaagtgtcctaggttagattccatatg
actgtagagttacacaaccatggatcagtatgtagaacattgtacccaga
ctgtcctttccttcttcctctaagatccttagctttaaagtctgagaata
atgaaaggaagacaaagatcagtgtccagcagtacttggttaagatccta
cttcctcgggctgccaaactgttgcatgatggataggtgacactggcatg
ccccgagttggacatgattttaatgaactcacaaaaataccttttcagcc
cagctgttcctactcatgatttctgcccatgattaactcagttttggaac
cacccacaacatgtgatgggaaggaagaaggttccaaggacctttattaa
gaaggagagcttgagtggccagcaagacagcagagaagactgattgccat
ctatctattctgcttcttctccacgactcatggccttcttcatgaatgtc
atgtgggtgtggtagaggcacaatgtcaaagttgtcaggagcattgtgtg
agtatagtggcttctgtgttaaaataacatgaattgtctattgccaaggt
ttgcatttgtatagttaaaggaagagatagagtgtttactaaatctaccc
cttaaaataaaacagtgttagagcggaaacctagcagtaccccttatgga
acacaggacactcactatgccactgttttctcatgtgtctgataggcact
ccttacccctgagcaagtcatgtgaaatgaccagtgaaagcatctagtat
aaggtgtggattcatcacattagtagttgtaggggtggtctgatgctgtc
tgttctccatgggttctgatctgtcagtaaagaagtcatgggtcactgct
aggtggaagataagaaagacttctgggtcctggagtaagggcagaccatc
tattctgctgtttctgttattcttgccatctcacaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_96357986_96359133
seq2: B6Ng01-118K19.b_48_1189 (reverse)

seq1  CCTG-GCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTGTCCAATGGG  49
      |||| ||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||| |||||||| 
seq2  CCTGAGCGTTTCCCTGTACT-GGGCAAAT-AAGGTTGCGTTTCCAATGGA  48

seq1  CCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACT-AGGCCATCTTTTGATACATATGCA  98
      |||  ||| | |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCCAAGTGATGGCCAACTAAGGCCATC-TTTGATACATATGCA  97

seq1  GCTAGAGTCAA-GAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCA  147
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GCTAGAGTCAAGGAGCTCCCGGGTACTGGTTAG-TCATAATGTTGTT-CA  145

seq1  CCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCC  197
      ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGGG-TGCAGATCCCTTTAGCTC--TGGGTACTTTCTCTAGCTCC  192

seq1  TCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCTGACTGTGAGCATCCACT  247
      |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCA-TAGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCTGACTGTGAGCATCCACT  241

seq1  TCTGTGTTTGCTAGACCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTTGCTAGACCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTG  291

seq1  GGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTACATCTTTTATTGTAGAAAAGATATTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTACATCTTTTATTGTAGAAAAGATATTT  341

seq1  ATTATACTACTGCTTTAAATTTATATTCCAGTTAGATAAAATCAAAACTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACTACTGCTTTAAATTTATATTCCAGTTAGATAAAATCAAAACTG  391

seq1  CATCAAAATCACCTAGCTATGCTTCCTGGGTGCAGTGGTCACAATAGAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAATCACCTAGCTATGCTTCCTGGGTGCAGTGGTCACAATAGAAT  441

seq1  GGGCGGTCACTACACAGCTGTACAGGAAAGGATCTGAATTTAACTCAGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGGTCACTACACAGCTGTACAGGAAAGGATCTGAATTTAACTCAGCA  491

seq1  GCTCCAGGCCTGACTCTTCTGTTTCCTCAGCTCTAGGTCCGATCCCTGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGGCCTGACTCTTCTGTTTCCTCAGCTCTAGGTCCGATCCCTGCA  541

seq1  TCTTCTGTTTCCTCACTGTGTATCCTCAGTCAAGTCACCTACCCTCTCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGTTTCCTCACTGTGTATCCTCAGTCAAGTCACCTACCCTCTCTG  591

seq1  AGCCATAGTTTTATTCCTTCAGCGTCAGTCATCTAACTGCATAAATTTGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATAGTTTTATTCCTTCAGCGTCAGTCATCTAACTGCATAAATTTGC  641

seq1  TCTGAGAGTTTAAGGGGGCTATTGCCAAGGGCCAGTGACCCATGAAATGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGTTTAAGGGGGCTATTGCCAAGGGCCAGTGACCCATGAAATGC  691

seq1  ACTGTAAACACGATGCATTTAAAATGCAACCATATGGAAAGAGTTAATTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAACACGATGCATTTAAAATGCAACCATATGGAAAGAGTTAATTA  741

seq1  TTTAGAGAACCTTTAATCAATCCTACAGCACTTACTAAAGTGAAAGGAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGAACCTTTAATCAATCCTACAGCACTTACTAAAGTGAAAGGAAA  791

seq1  CCATCGCATCTCCCTTACTGTGGTGCTGATTATAAATCCTATAGCGAAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGCATCTCCCTTACTGTGGTGCTGATTATAAATCCTATAGCGAAGA  841

seq1  CACGGTGGGTTGGTAGCTTTTTAAAGCAACTCTTTTTTCATGCTTCCTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTGGGTTGGTAGCTTTTTAAAGCAACTCTTTTTTCATGCTTCCTGA  891

seq1  TAGAAAAATCCATGCTTTTATCTTGATTATAAGTTCTAAGATGTGTTTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATCCATGCTTTTATCTTGATTATAAGTTCTAAGATGTGTTTTT  941

seq1  TAAATTAAAAATAGACCATTTAGTCTTCCACAAAAGTTAAAGTGACAGGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAAAAATAGACCATTTAGTCTTCCACAAAAGTTAAAGTGACAGGG  991

seq1  TGTTCACAGTGGGGTATGTATGTATGGACTTGTATATGTGTGTGTGTGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACAGTGGGGTATGTATGTATGGACTTGTATATGTGTGTGTGTGTG  1041

seq1  TATAAAAGGAAAATGTATACACATAAAATTGTCAAGTCTGTTTATTCCCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGGAAAATGTATACACATAAAATTGTCAAGTCTGTTTATTCCCA  1091

seq1  CAGCAATAGCCAAACGATGGGAGTGTTTCCCAGTTTCACTCCATAGAATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATAGCCAAACGATGGGAGTGTTTCCCAGTTTCACTCCATAGAATT  1141

seq1  C  1148
      |
seq2  C  1142

seq1: chr6_96192365_96193469
seq2: B6Ng01-118K19.g_66_1153

seq1  GAATTCACCCAAGAACTATGAATACTCTGACCTACCTTCCTTAAAAAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCAAGAACTATGAATACTCTGACCTACCTTCCTTAAAAAGCC  50

seq1  CTCATTCTCAGAGTGACCTCAGCAGGCTTTTGTAGATGTCACCTGAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCTCAGAGTGACCTCAGCAGGCTTTTGTAGATGTCACCTGAGTCT  100

seq1  ACTGGGCAGAGAGAAAGATGGCTGAAGTGTCCTAGGTTAGATTCCATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCAGAGAGAAAGATGGCTGAAGTGTCCTAGGTTAGATTCCATATG  150

seq1  ACTGTAGAGTTACACAACCATGGATCAGTATGTAGAACATTGTACCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGAGTTACACAACCATGGATCAGTATGTAGAACATTGTACCCAGA  200

seq1  CTGTCCTTTCCTTCTTCCTCTAAGATCCTTAGCTTTAAAGTCTGAGAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTTCCTTCTTCCTCTAAGATCCTTAGCTTTAAAGTCTGAGAATA  250

seq1  ATGAAAGGAAGACAAAGATCAGTGTCCAGCAGTACTTGGTTAAGATCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGGAAGACAAAGATCAGTGTCCAGCAGTACTTGGTTAAGATCCTA  300

seq1  CTTCCTCGGGCTGCCAAACTGTTGCATGATGGATAGGTGACACTGGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCGGGCTGCCAAACTGTTGCATGATGGATAGGTGACACTGGCATG  350

seq1  CCCCGAGTTGGACATGATTTTAATGAACTCACAAAAATACCTTTTCAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAGTTGGACATGATTTTAATGAACTCACAAAAATACCTTTTCAGCC  400

seq1  CAGCTGTTCCTACTCATGATTTCTGCCCATGATTAACTCAGTTTTGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTTCCTACTCATGATTTCTGCCCATGATTAACTCAGTTTTGGAAC  450

seq1  CACCCACAACATGTGATGGGAAGGAAGAAGGTTCCAAGGACCTTTATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACAACATGTGATGGGAAGGAAGAAGGTTCCAAGGACCTTTATTAA  500

seq1  GAAGGAGAGCTTGAGTGGCCAGCAAGACAGCAGAGAAGACTGATTGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAGCTTGAGTGGCCAGCAAGACAGCAGAGAAGACTGATTGCCAT  550

seq1  CTATCTATTCTGCTTCTTCTCCACGACTCATGGCCTTCTTCATGAATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATTCTGCTTCTTCTCCACGACTCATGGCCTTCTTCATGAATGTC  600

seq1  ATGTGGGTGTGGTAGAGGCACAATGTCAAAGTTGTCAGGAGCATTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGTGTGGTAGAGGCACAATGTCAAAGTTGTCAGGAGCATTGTGTG  650

seq1  AGTATAGTGGCTTCTGTGTTAAAATAACATGAATTGTCTATTGCCAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGTGGCTTCTGTGTTAAAATAACATGAATTGTCTATTGCCAAGGT  700

seq1  TTGCATTTGTATAGTTAAAGGAAGAGATAGAGTGTTTACTAAATCTACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTGTATAGTTAAAGGAAGAGATAGAGTGTTTACTAAATCTACCC  750

seq1  CTTAAAATAAAACAGTGTTAGAGCGGAAACCTAGCAGTACCCCTTATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATAAAACAGTGTTAGAGCGGAAACCTAGCAGTACCCCTTATGGA  800

seq1  ACACAGGACACTCACTATGCCACTGTTTTCTCATGTGTCTGATAGGCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGACACTCACTATGCCACTGTTTTCTCATGTGTCTGATAGGCACT  850

seq1  CCTTACCCCTGAGCAAGTCATGTGAAATGACCAGTGAAAGCATCTAGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCCCTGAGCAAGTCATGTGAAATGACCAGTGAAAGCATCTAGTAT  900

seq1  AAGGTGTGGATTCAATCACATTAGTAGTTGTAGGGGTGGTTCTGATGCTG  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGGTGTGGATTC-ATCACATTAGTAGTTGTAGGGGTGG-TCTGATGCTG  948

seq1  TCCTGTTCTCCAATTGGTTCTTGATCTGTCAGTAAAGAAGTCATGGGTCA  1000
      | ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  T-CTGTTCTCC-ATGGGTTC-TGATCTGTCAGTAAAGAAGTCATGGGTC-  994

seq1  ACTGCTAGGTGGAAGGAATAGACAGGACTTCTGGGTCCCTGGAGTAAAGG  1050
      |||||||||||||||  |||   | ||||||||||| ||||||||||  |
seq2  ACTGCTAGGTGGAAG--ATAAGAAAGACTTCTGGGT-CCTGGAGTAA--G  1039

seq1  GGCAGACCATCTATCCTGCTGGTTTCTGGTTAATTCCTTGCCATCTCAAT  1100
      |||||||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||||||||||||  
seq2  GGCAGACCATCTATTCTGCT-GTTTCT-GTTA--TTCTTGCCATCTCA--  1083

seq1  CAACT  1105
      |||||
seq2  CAACT  1088