BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119O16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 35,013,625 - 35,173,233
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCnot4, Nup205
Upstream geneLrguk, Slc35b4, Akr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik
Downstream gene1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327, 9330158H04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119O16.bB6Ng01-119O16.g
ACCDH924002DH924003
length9891,075
definitionDH924002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119O16, 5' end.DH924003|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119O16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,172,243 - 35,173,233)(35,013,625 - 35,014,708)
sequence
gaattccaggctagcctgatctacacaacaagttccaggccagctaggaa
tacatagtgagacactagctcaaaaaaaaaaagtttattactggagtaat
ttcaaagaccttacaagtctgccacaatttaacatgaatgtcactttgta
ttttgttttgaaaagtaattcaaatatataacaattcatttaaaaaaact
atttttactcaaaaaaatacatacttaagcccatattatataattttagg
ctatgtgataagacagttggtagagctcttgccttgacatataattaggg
ctataaaccacattattaaaacaagttaaggggattggagagatggctcc
atggttaatggaatgtcccactcttgcagcagatcctggtttaacttcct
ataatgaagtccatgggatctgccactctcttcccaggcttctgaagaca
ggggtccatgtaaacacgggtacacacatacatacatacatacatacaca
cacacacacacacacacacacacacacacaaatttaaaactaagtctttc
aaaaaagggttttcaaattcagtattactttgttttaagatagtcttgca
ataaccaagacaagtctcaaacccagcccctacctgagcctcccaagctg
attgaattgcaggcaggcatgaccatttctggctcagtattttttttatg
tttagtgggtcctatgctttgaagtcctaaatgatgacaacataaagcat
agctgactaaataataacactaacaatctcaatctgcactggttgacaat
ttgccatacgatggagtaactgagaagttacttcttagttgagaaaatgc
ctgtatcgctgtaggcaagcctgtgacacgttctcttaattagacttgat
atgagggctggagagatgctcagcccttaagagcactgactgttcttcca
gaggtcctgagttcaattccagaaaccacatggggctca
gaattctacttatatatctatatacatatatccattatgtgtaagtgtat
aaaaataaacattcacatttaaatagttgtaaatatttaaataatattca
gcatcaaaaggcaaagacacctgcttttaaattctaaacataagaattat
gtttgaagaaagattttaacaataatctgtgtaattcttattgatacatt
tgaaagctggttatcttactagactacagactctactatttaaagcggaa
cattaaaacatcacttaaagaatatttaggacacagtaaaatcccaaaat
tattatttagctatataatttcctgacaacctatgccaaagtatagttta
agaaaggaagatcactaaatcagcatgagacattgtactaaaaattataa
atctgttttaacactcatccagtatctaccacccagaacaacgttagaca
cagcacacagggaggttgctgttcccaggggtaagactattccatcttct
cctcacagatacaatgccatcgcttccctagactaaacagccatgcctac
ctgtaacggaaacacacacactttagataactaccactttctcttttata
acatgctttctcctattaggtcagagagaaagcttagattggatggcaag
agtgttcagtatctaagtttccttggtttacttttgccctacccaacata
gggttcacacacctgagaaggccaagaacttgctatgaagcccacccagt
gtgtgacctcaaacctgtaactctctcaaattagcctgctagaattagag
acatgagcactacacccagatctctgattgcctttcaacgtgaaaggtgc
cctgggctcagagtagtctgtatagatttagagccaaaagtgaaaggcat
caaagaaaatgaagtgttaacagagagcaatgagcagagagactcaaact
tagtcatccatgcctgtggtttatgctttaatcctagaactcagagcaga
gaagagatttcttttgggttcaatgtcagctggtctttattagtgagttc
aggccaatgaggcttactttagacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_35172243_35173233
seq2: B6Ng01-119O16.b_51_1039 (reverse)

seq1  TGAGCCACCATGTGGTTTCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAAC  50
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCC-CCATGTGGTTTCT-GGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAAC  48

seq1  AGTCAGTGCTCTTAAGCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTCATATCAGTTC  100
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AGTCAGTGCTCTTAAGGGCTGAG-CATCTCTCCAGCCCTCATATCAAGTC  97

seq1  TAATTAAGAGAACGTGTCACAGGCTTGCCTACAGCGATACAGGCATTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGAGAACGTGTCACAGGCTTGCCTACAGCGATACAGGCATTTTC  147

seq1  TCAACTAAGAAGTAACTTCTCAGTTACTCCATCGTATGGCAAATTGTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTAAGAAGTAACTTCTCAGTTACTCCATCGTATGGCAAATTGTCAA  197

seq1  CCAGTGCAGATTGAGATTGTTAGTGTTATTATTTAGTCAGCTATGC-TTA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCAGTGCAGATTGAGATTGTTAGTGTTATTATTTAGTCAGCTATGCTTTA  247

seq1  TGTTGTCATCATTTAGGACTTCAAAGCATAGGACCCACTAAACATAAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCATCATTTAGGACTTCAAAGCATAGGACCCACTAAACATAAAAA  297

seq1  AAATACTGAGCCAGAAATGGTCATGCCTGCCTGCAATTCAATCAGCTTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTGAGCCAGAAATGGTCATGCCTGCCTGCAATTCAATCAGCTTGG  347

seq1  GAGGCTCAGGTAGGGGCTGGGTTTGAGACTTGTCTTGGTTATTGCAAGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCAGGTAGGGGCTGGGTTTGAGACTTGTCTTGGTTATTGCAAGAC  397

seq1  TATCTTAAAACAAAGTAATACTGAATTTGAAAACCCTTTTTTGAAAGACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAAAACAAAGTAATACTGAATTTGAAAACCCTTTTTTGAAAGACT  447

seq1  TAGTTTTAAATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTAAATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATG  497

seq1  TATGTATGTATGTATGTGTGTACCCGTGTTTACATGGACCCCTGTCTTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTATGTGTGTACCCGTGTTTACATGGACCCCTGTCTTCA  547

seq1  GAAGCCTGGGAAGAGAGTGGCAGATCCCATGGACTTCATTATAGGAAGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGGGAAGAGAGTGGCAGATCCCATGGACTTCATTATAGGAAGTT  597

seq1  AAACCAGGATCTGCTGCAAGAGTGGGACATTCCATTAACCATGGAGCCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGGATCTGCTGCAAGAGTGGGACATTCCATTAACCATGGAGCCAT  647

seq1  CTCTCCAATCCCCTTAACTTGTTTTAATAATGTGGTTTATAGCCCTAATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAATCCCCTTAACTTGTTTTAATAATGTGGTTTATAGCCCTAATT  697

seq1  ATATGTCAAGGCAAGAGCTCTACCAACTGTCTTATCACATAGCCTAAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCAAGGCAAGAGCTCTACCAACTGTCTTATCACATAGCCTAAAAT  747

seq1  TATATAATATGGGCTTAAGTATGTATTTTTTTGAGTAAAAATAGTTTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATATGGGCTTAAGTATGTATTTTTTTGAGTAAAAATAGTTTTTT  797

seq1  TAAATGAATTGTTATATATTTGAATTACTTTTCAAAACAAAATACAAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAATTGTTATATATTTGAATTACTTTTCAAAACAAAATACAAAGT  847

seq1  GACATTCATGTTAAATTGTGGCAGACTTGTAAGGTCTTTGAAATTACTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCATGTTAAATTGTGGCAGACTTGTAAGGTCTTTGAAATTACTCC  897

seq1  AGTAATAAACTTTTTTTTTTTGAGCTAGTGTCTCACTATGTATTCCTAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAAACTTTTTTTTTTTGAGCTAGTGTCTCACTATGTATTCCTAGC  947

seq1  TGGCCTGGAACTTGTTGTGTAGATCAGGCTAGCCTGGAATTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGAACTTGTTGTGTAGATCAGGCTAGCCTGGAATTC  989

seq1: chr6_35013625_35014708
seq2: B6Ng01-119O16.g_68_1142

seq1  GAATTCTACTTATATATCTATATACATATATCCATTATGTGTAAGTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTTATATATCTATATACATATATCCATTATGTGTAAGTGTAT  50

seq1  AAAAATAAACATTCACATTTAAATAGTTGTAAATATTTAAATAATATTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAACATTCACATTTAAATAGTTGTAAATATTTAAATAATATTCA  100

seq1  GCATCAAAAGGCAAAGACACCTGCTTTTAAATTCTAAACATAAGAATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAAAAGGCAAAGACACCTGCTTTTAAATTCTAAACATAAGAATTAT  150

seq1  GTTTGAAGAAAGATTTTAACAATAATCTGTGTAATTCTTATTGATACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGAAAGATTTTAACAATAATCTGTGTAATTCTTATTGATACATT  200

seq1  TGAAAGCTGGTTATCTTACTAGACTACAGACTCTACTATTTAAAGCGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTGGTTATCTTACTAGACTACAGACTCTACTATTTAAAGCGGAA  250

seq1  CATTAAAACATCACTTAAAGAATATTTAGGACACAGTAAAATCCCAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAACATCACTTAAAGAATATTTAGGACACAGTAAAATCCCAAAAT  300

seq1  TATTATTTAGCTATATAATTTCCTGACAACCTATGCCAAAGTATAGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTAGCTATATAATTTCCTGACAACCTATGCCAAAGTATAGTTTA  350

seq1  AGAAAGGAAGATCACTAAATCAGCATGAGACATTGTACTAAAAATTATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAAGATCACTAAATCAGCATGAGACATTGTACTAAAAATTATAA  400

seq1  ATCTGTTTTAACACTCATCCAGTATCTACCACCCAGAACAACGTTAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTTAACACTCATCCAGTATCTACCACCCAGAACAACGTTAGACA  450

seq1  CAGCACACAGGGAGGTTGCTGTTCCCAGGGGTAAGACTATTCCATCTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACACAGGGAGGTTGCTGTTCCCAGGGGTAAGACTATTCCATCTTCT  500

seq1  CCTCACAGATACAATGCCATCGCTTCCCTAGACTAAACAGCCATGCCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGATACAATGCCATCGCTTCCCTAGACTAAACAGCCATGCCTAC  550

seq1  CTGTAACGGAAACACACACACTTTAGATAACTACCACTTTCTCTTTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACGGAAACACACACACTTTAGATAACTACCACTTTCTCTTTTATA  600

seq1  ACATGCTTTCTCCTATTAGGTCAGAGAGAAAGCTTAGATTGGATGGCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTTCTCCTATTAGGTCAGAGAGAAAGCTTAGATTGGATGGCAAG  650

seq1  AGTGTTCAGTATCTAAGTTTCCTTGGTTTACTTTTGCCCTACCCAACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCAGTATCTAAGTTTCCTTGGTTTACTTTTGCCCTACCCAACATA  700

seq1  GGGTTCACACACCTGAGAAGGCCAAGAACTTGCTATGAAGCCCACCCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCACACACCTGAGAAGGCCAAGAACTTGCTATGAAGCCCACCCAGT  750

seq1  GTGTGACCTCAAACCTGTAACTCTCTCAAATTAGCCTGCTAGAATTAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACCTCAAACCTGTAACTCTCTCAAATTAGCCTGCTAGAATTAGAG  800

seq1  ACATGAGCACTACACCCAGATCTCTGATTGCCTTTCAACGTGAAAGGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGCACTACACCCAGATCTCTGATTGCCTTTCAACGTGAAAGGTGC  850

seq1  CCTGGGCTCAGAGTAGTCTGTATAGATATAAGAGCCAAAAGTG-AAGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGGGCTCAGAGTAGTCTGTATAGAT-TTAGAGCCAAAAGTGAAAGGCA  899

seq1  TCAAAGAAAATGAAGTGTTAACAGAGAGCAATGAGCAAGAGAGACTCAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCAAAGAAAATGAAGTGTTAACAGAGAGCAATGAGC-AGAGAGACTCAAA  948

seq1  CTTAGCCATCCATGCCTGTGGTTTATGCCTTTAATCCCAGAACTCAGAAG  999
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  
seq2  CTTAGTCATCCATGCCTGTGGTTTATG-CTTTAATCCTAGAACTCAGA--  995

seq1  GCAGAGGAAGGAGGATCTC-TCTGGGTTCAATGTCAGCCTGGTCTATA-T  1047
      ||||| ||||   ||| || | ||||||||||||||| ||||||| || |
seq2  GCAGA-GAAG--AGATTTCTTTTGGGTTCAATGTCAG-CTGGTCTTTATT  1041

seq1  AGTGAGTTCCAGGCCAAATGAGGGCTACTTTAAGACC  1084
      |||||||| |||||| |||||||  |||||| |||||
seq2  AGTGAGTT-CAGGCC-AATGAGGCTTACTTT-AGACC  1075