BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120G07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 18,244,711 - 18,393,550
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCftr, Cttnbp2
Upstream geneCav1, Met, Capza2, St7, Wnt2, Asz1, LOC386426, LOC636450, LOC100040751
Downstream geneEG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180, Eif3s6-ps4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120G07.bB6Ng01-120G07.g
ACCDH924349DH924350
length1,0281,049
definitionDH924349|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120G07, 5' end.DH924350|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120G07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,244,711 - 18,245,714)(18,392,485 - 18,393,550)
sequence
gaattcttgatctgcttcacagacatccatcaaaacttcctgaggtatcg
tgcacccaggctatggactctcctctgtctggtcaagcactggtatcaac
tgtgtaaggagaagctgagggagccactgtccccacagtatcccctggag
ctgctcacagtctatgcctgggaatgcaggctccaagacagctctggact
acatacagcccagtgcttctgaactgtcttagaactgatcactaactatc
catgtctttgaatctactggacatggtgttatgattttaaacatgagatc
tctgactacttgcgcagagagatccaaaacgacaggcctctgatcctgga
tccagcagactcaacaaggaatgtggctgggtcagacttacaggcctggc
accttctggcaagaaaggctctgatctggatgcgttcgagactttcttta
tgaactgtgatgtgtcctttgtgaatggctgggaagtgccaccagagaga
aaagaatgtgtcttccagtgagtactgcagtacttgcccaggaggctcca
gagtcagggcatgcactcactcctctgctgcaagaccttgatctagagag
gacaggaaggtgctcaaggcttcagtgaggggcatccagcctgtgatcag
actccaggcttctgattcctgcctgcccatggacagccttcctcacagcc
tgattcatctgccttgtcctccaacagtgttctctgggagtaagactctg
aaggaaagagaagaactcaagcttgacttccatctatctacccattggga
ggttctacctcccccaaaatttctgatcatcagcaataaaccacaggaag
ccatgagtgggtgtgtgtactctgagggatgtatcctcatcccacaaaga
aactgttcagcattgcacgtagccctggagccctggagccctgagccctg
gagccctggagccctgagcctgagccctgagccctgagcctgagcctgag
cctgagcctggagcctgagcctgaaatt
gaattctctagagaaagtgtgtgtgtgtgaggcttctctaaatgaacaga
atttaaaatatattctattctatatacatacatacatacatacataataa
tacatacatacatacatacatacatacatacatacctaatacatacatac
atacatacagtgggctcaagggcctgttgcgttgctgttctgctgtcact
gcctagaggcaataatgatggaagaacaattacaaaatattggaaagtac
tttatagtagtggagtttggggtataaatatcagagattagttgtgtgcc
ttttcatttaaaggtttctcagatttaattcttatatagaactttttaat
aaatgtattctttctatatcatataataaataatacatatggtatatata
gtatataattttataagttctgttgctctagagaaccctgactatatgtg
tgtatgcatgtacacatacacacacacaaatatatatgcaagtatctctt
tcagtggcatactctcaagcatgaccaggctgcacctgtgtcttccaatg
ggttccctccactgctatgcaccagcctgcctcaggacctccacctgaat
taacctctgaagcctctaggcagctttgtaactgccctggagtctctccc
aagtattggatcaagtaaaaataaagctttttgaaacagtaaaaaacaaa
caaacaaaaaacccacaacaacaaaaattcaacccaaccaaacaacaaaa
aacaaaaacaccccagcatcaacaacaacaacaaaaactgggtcttccca
cttcaaaggatttaattaagaaaaaaaaaaaagtccctcacaggtgtacc
cagctgcttgggtattacttattccagatctagttgagtaacagctgagc
acagccttcacagcatattagagtcgtgatgctatttctcacataggcat
tagcaaagtgagatcactgacatccaagagctctgctactgtgttggcac
ctgacagccttgcttcagatgcatataactatcaactcctggtttgtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_18244711_18245714
seq2: B6Ng01-120G07.b_44_1058

seq1  GAATTCTTGATCTGCTTCACAGACATCCATCAAAACTTCCTGAGGTATCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATCTGCTTCACAGACATCCATCAAAACTTCCTGAGGTATCG  50

seq1  TGCACCCAGGCTATGGACTCTCCTCTGTCTGGTCAAGCACTGGTATCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCAGGCTATGGACTCTCCTCTGTCTGGTCAAGCACTGGTATCAAC  100

seq1  TGTGTAAGGAGAAGCTGAGGGAGCCACTGTCCCCACAGTATCCCCTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAGGAGAAGCTGAGGGAGCCACTGTCCCCACAGTATCCCCTGGAG  150

seq1  CTGCTCACAGTCTATGCCTGGGAATGCAGGCTCCAAGACAGCTCTGGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACAGTCTATGCCTGGGAATGCAGGCTCCAAGACAGCTCTGGACT  200

seq1  ACATACAGCCCAGTGCTTCTGAACTGTCTTAGAACTGATCACTAACTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGCCCAGTGCTTCTGAACTGTCTTAGAACTGATCACTAACTATC  250

seq1  CATGTCTTTGAATCTACTGGACATGGTGTTATGATTTTAAACATGAGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTTTGAATCTACTGGACATGGTGTTATGATTTTAAACATGAGATC  300

seq1  TCTGACTACTTGCGCAGAGAGATCCAAAACGACAGGCCTCTGATCCTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTACTTGCGCAGAGAGATCCAAAACGACAGGCCTCTGATCCTGGA  350

seq1  TCCAGCAGACTCAACAAGGAATGTGGCTGGGTCAGACTTACAGGCCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAGACTCAACAAGGAATGTGGCTGGGTCAGACTTACAGGCCTGGC  400

seq1  ACCTTCTGGCAAGAAAGGCTCTGATCTGGATGCGTTCGAGACTTTCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTGGCAAGAAAGGCTCTGATCTGGATGCGTTCGAGACTTTCTTTA  450

seq1  TGAACTGTGATGTGTCCTTTGTGAATGGCTGGGAAGTGCCACCAGAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGTGATGTGTCCTTTGTGAATGGCTGGGAAGTGCCACCAGAGAGA  500

seq1  AAAGAATGTGTCTTCCAGTGAGTACTGCAGTACTTGCCCAGGAGGCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGTGTCTTCCAGTGAGTACTGCAGTACTTGCCCAGGAGGCTCCA  550

seq1  GAGTCAGGGCATGCACTCACTCCTCTGCTGCAAGACCTTGATCTAGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGGGCATGCACTCACTCCTCTGCTGCAAGACCTTGATCTAGAGAG  600

seq1  GACAGGAAGGTGCTCAAGGCTTCAGTGAGGGGCATCCAGCCTGTGATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAAGGTGCTCAAGGCTTCAGTGAGGGGCATCCAGCCTGTGATCAG  650

seq1  ACTCCAGGCTTCTGATTCCTGCCTGCCCATGGACAGCCTTCCTCACAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGGCTTCTGATTCCTGCCTGCCCATGGACAGCCTTCCTCACAGCC  700

seq1  TGATTCATCTGCCTTGTCCTCCAACAGTGTTCTCTGGGAGTAAGACTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCATCTGCCTTGTCCTCCAACAGTGTTCTCTGGGAGTAAGACTCTG  750

seq1  AAGGAAAGAGAAGAACTCAAGCTTGACTTCCATCTATCTACCCATTGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGAGAAGAACTCAAGCTTGACTTCCATCTATCTACCCATTGGGA  800

seq1  GGTTCTACCTCCCCCAAAATTTCTGATCATCAGCAATAAACCACAGGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTACCTCCCCCAAAATTTCTGATCATCAGCAATAAACCACAGGAAG  850

seq1  CCATGAGTGGGTGTGTGTACTCTGAGGGATGTATCCTCATCCCACAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGTGGGTGTGTGTACTCTGAGGGATGTATCCTCATCCCACAAAGA  900

seq1  AACTGTTCAGCATTGCACGTAGCCCTGGAGCCCTGGAGCCCTGGAGCCCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AACTGTTCAGCATTGCACGTAGCCCTGGAGCCCTGGAGCCCT-GAGCCCT  949

seq1  GGAGCCCTGGAGCCCTG-----GAGCCCTGGAGCCCTGGAGCC----CTG  991
      |||||||||||||||||     ||||||| ||||||| |||||    |  
seq2  GGAGCCCTGGAGCCCTGAGCCTGAGCCCT-GAGCCCT-GAGCCTGAGCCT  997

seq1  GAGC-----CCTGGAGCC  1004
      ||||     |||||||||
seq2  GAGCCTGAGCCTGGAGCC  1015

seq1: chr6_18392485_18393550
seq2: B6Ng01-120G07.g_68_1116 (reverse)

seq1  GGACACAACCAAGAGTTGACTAAGTAATATGCCATCTGGAAGCAAAGGCT  50
      ||||| ||||| |||||||   ||| ||||| ||||| ||||| ||||||
seq2  GGACA-AACCAGGAGTTGA--TAGTTATATG-CATCT-GAAGC-AAGGCT  44

seq1  GTCA-GTGCCCACAACAGTAGGCAGAGCTCTTTGGATGCTCAGTGATCTC  99
      |||| ||||| || |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GTCAGGTGCCAAC-ACAGTA-GCAGAGCTC-TTGGATG-TCAGTGATCTC  90

seq1  ACTTTGCTTATGCCTAATGTGAAGAAATAGCATCACGACTTCTTAATATG  149
      |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||||
seq2  ACTTTGCTAATGCCT-ATGTG-AGAAATAGCATCACGACT--CTAATATG  136

seq1  CTGTGAAGGCTGTGCTCAGCTGTTAACTCAACTAGATCTGGAATTAAGTA  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGTGAAGGCTGTGCTCAGCTGTT-ACTCAACTAGATCTGGAA-TAAGTA  184

seq1  ATACCCAAGCAGCTGGGTACACCTGTGAGGGACTTTTTTTTTTTTTCTTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATACCCAAGCAGCTGGGTACACCTGTGAGGGAC-TTTTTTTTTTTTCTTA  233

seq1  ATTAAATCCTTTGAAGTGGGAAGACCCAGTTTTTGTTGTTGTTGTTGATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATCCTTTGAAGTGGGAAGACCCAGTTTTTGTTGTTGTTGTTGATG  283

seq1  CTGGGGTGTTTTTGTTTTTTGTTGTTTGGTTGGGTTGAATTTTTGTTGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTGTTTTTGTTTTTTGTTGTTTGGTTGGGTTGAATTTTTGTTGTT  333

seq1  GTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTACTGTTTCAAAAAGCTTTATTTT  399
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGG-TTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTACTGTTTCAAAAAGCTTTATTTT  382

seq1  TACTTGATCCAATACTTGGGAGAGACTCCAGGGCAGTTACAAAGCTGCCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGATCCAATACTTGGGAGAGACTCCAGGGCAGTTACAAAGCTGCCT  432

seq1  AGAGGCTTCAGAGGTTAATTCAGGTGGAGGTCCTGAGGCAGGCTGGTGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTCAGAGGTTAATTCAGGTGGAGGTCCTGAGGCAGGCTGGTGCA  482

seq1  TAGCAGTGGAGGGAACCCATTGGAAGACACAGGTGCAGCCTGGTCATGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTGGAGGGAACCCATTGGAAGACACAGGTGCAGCCTGGTCATGCT  532

seq1  TGAGAGTATGCCACTGAAAGAGATACTTGCATATATATTTGTGTGTGTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTATGCCACTGAAAGAGATACTTGCATATATATTTGTGTGTGTGT  582

seq1  ATGTGTACATGCATACACACATATAGTCAGGGTTCTCTAGAGCAACAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACATGCATACACACATATAGTCAGGGTTCTCTAGAGCAACAGAA  632

seq1  CTTATAAAATTATATACTATATATACCATATGTATTATTTATTATATGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAAATTATATACTATATATACCATATGTATTATTTATTATATGAT  682

seq1  ATAGAAAGAATACATTTATTAAAAAGTTCTATATAAGAATTAAATCTGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGAATACATTTATTAAAAAGTTCTATATAAGAATTAAATCTGAG  732

seq1  AAACCTTTAAATGAAAAGGCACACAACTAATCTCTGATATTTATACCCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTAAATGAAAAGGCACACAACTAATCTCTGATATTTATACCCCA  782

seq1  AACTCCACTACTATAAAGTACTTTCCAATATTTTGTAATTGTTCTTCCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCACTACTATAAAGTACTTTCCAATATTTTGTAATTGTTCTTCCAT  832

seq1  CATTATTGCCTCTAGGCAGTGACAGCAGAACAGCAACGCAACAGGCCCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTGCCTCTAGGCAGTGACAGCAGAACAGCAACGCAACAGGCCCTT  882

seq1  GAGCCCACTGTATGTATGTATGTATGTATTAGGTATGTATGTATGTATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCACTGTATGTATGTATGTATGTATTAGGTATGTATGTATGTATGT  932

seq1  ATGTATGTATGTATGTATTATTATGTATGTATGTATGTATGTATATAGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGTATTATTATGTATGTATGTATGTATGTATATAGAA  982

seq1  TAGAATATATTTTAAATTCTGTTCATTTAGAGAAGCCTCACACACACACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATATATTTTAAATTCTGTTCATTTAGAGAAGCCTCACACACACACA  1032

seq1  CTTTCTCTAGAGAATTC  1066
      |||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTAGAGAATTC  1049