BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121D08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 34,835,889 - 34,972,385
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik
Upstream geneExoc4, Lrguk, Slc35b4, Akr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik
Downstream geneCnot4, Nup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121D08.bB6Ng01-121D08.g
ACCDH924949DH924950
length1,0391,034
definitionDH924949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121D08, 5' end.DH924950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,835,889 - 34,836,927)(34,971,347 - 34,972,385)
sequence
gaattcccatctactagaacagccaaaccccactgcactcactgaacccc
acgaagatgctttgaggtagacttgtatgtatccttattttgcggaagct
aaaatggaggcagaaagaaggccacggtcccagggctctcagacggtcca
gctgccaccactgctgctggcgcctaccttgcggtcctcgccgatgctgt
acacagcattctcgtcacagctgaattccacagagtagacctcgccgcag
tgggccttccagctcatagcacactcgtgctgctgcatgtctgagagagc
aaggccacacctgttaaggtcacagggcatagcagggtccccttaccctc
tgtgacagctgctctagtggccaggggcctcctgggccacaaagtgctga
cccttccaggtcaccttttctgagcagcctcctgatatggtcaaagggag
gactggggatccttggggacagagctcacctggggttcctgtaagtttta
gggagacagaagtccttcctatcacacctctgtaactacccccgggcacc
atggagatggattacatgggtgtcaccttatcccattttagagcctaggc
ctatcttcctggagacaggagacaagccacctttatagcacatgaatagg
atggcactgttctcttgtgaccccttgtagccccccacaggtgacaagaa
ctcaggacaatcagctcaaggtcaaaggactattgggctctgccccgccc
cgtgtctacagacactgagcacatacaagtgggctgtggtggaagttttg
aagacgctgcccaaagtcaagctctagaacaagctttgaaactgggcttt
tgcaatgggcttgaccccagctcggtcatttaaggaggggatcaggactg
ccacagcacacttccataccaaagagccggatgacaccgtcagccgcccc
ctgtgacaagcatgtttccgttgttgatgaaagccgtgccactggatggc
aatgggctctgggttcagtgaaactgaagctggaatgca
gaattctatgtgatttcctcagtctttctcctctgtcagaatcttttttt
tttctttgaccataagtccacctgacagggcactctgagccagcactgct
ctggggccatcagatcaccaacagaagcaaatctctgacctctttgcctg
cagcttttacttaaccctgtagtttctggacgtttgtgcagtattgaaaa
gacaggagaaaagaaaacaaacctggttataacctgatgctaaaactaaa
aacaaggaaatgtacctctctcttcagaattaaaactaaaatcttaaata
aaacagaaaacttgatggtgaccctcgggtgagtcttgttcttgtttttt
cagtttgtttcgtgtgggtttggaatatttaatgatgcagtaccatatga
gtttccattagattttacatcttcagctgtggagcgtggttctgaggaaa
tcagaacataaaagatttgtctttgtcagccactgctagttttaaggctc
agcccctcttgctctcaacactcctctcccagtggctaagaactctctct
tagagatgcagagcagaccttgacaactgaagccactcatcaggagtgag
taggagcctgacatgctgagatgggtctccaggaagagttgtcggagcgg
tggcagcggcagcagcagcccagtagcatcaccctctgagctgcaggaaa
gagacccagcagccctggggcggacagtccagacacctgtctcggccagc
cagagtagggggacctgactaaagtagtggaggctctcgctagaagactg
cgttcagttggcagtcttgtaagcagtatccaaagagaatcttctacagg
acaaatagagtagattgaattgtatacaatgtgttttggggtggactttt
tttttctcttaatcttatctttacttcatttaagaaagcagtttttgagt
ttttgcatatacacttatatctcatagtctgaagactggagattcccatg
agttccaggctagtctggggtataagtgaaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34835889_34836927
seq2: B6Ng01-121D08.b_46_1084

seq1  GAATTCCCATCTACTAGAACAGCCAAACCCCACTGCACTCACTGAACCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATCTACTAGAACAGCCAAACCCCACTGCACTCACTGAACCCC  50

seq1  ACGAAGATGCTTTGAGGTAGACTTGTATGTATCCTTATTTTGCGGAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGATGCTTTGAGGTAGACTTGTATGTATCCTTATTTTGCGGAAGCT  100

seq1  AAAATGGAGGCAGAAAGAAGGCCACGGTCCCAGGGCTCTCAGACGGTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAGGCAGAAAGAAGGCCACGGTCCCAGGGCTCTCAGACGGTCCA  150

seq1  GCTGCCACCACTGCTGCTGGCGCCTACCTTGCGGTCCTCGCCGATGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACCACTGCTGCTGGCGCCTACCTTGCGGTCCTCGCCGATGCTGT  200

seq1  ACACAGCATTCTCGTCACAGCTGAATTCCACAGAGTAGACCTCGCCGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCATTCTCGTCACAGCTGAATTCCACAGAGTAGACCTCGCCGCAG  250

seq1  TGGGCCTTCCAGCTCATAGCACACTCGTGCTGCTGCATGTCTGAGAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTTCCAGCTCATAGCACACTCGTGCTGCTGCATGTCTGAGAGAGC  300

seq1  AAGGCCACACCTGTTAAGGTCACAGGGCATAGCAGGGTCCCCTTACCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACACCTGTTAAGGTCACAGGGCATAGCAGGGTCCCCTTACCCTC  350

seq1  TGTGACAGCTGCTCTAGTGGCCAGGGGCCTCCTGGGCCACAAAGTGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGCTGCTCTAGTGGCCAGGGGCCTCCTGGGCCACAAAGTGCTGA  400

seq1  CCCTTCCAGGTCACCTTTTCTGAGCAGCCTCCTGATATGGTCAAAGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCAGGTCACCTTTTCTGAGCAGCCTCCTGATATGGTCAAAGGGAG  450

seq1  GACTGGGGATCCTTGGGGACAGAGCTCACCTGGGGTTCCTGTAAGTTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGGATCCTTGGGGACAGAGCTCACCTGGGGTTCCTGTAAGTTTTA  500

seq1  GGGAGACAGAAGTCCTTCCTATCACACCTCTGTAACTACCCCCGGGCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAGAAGTCCTTCCTATCACACCTCTGTAACTACCCCCGGGCACC  550

seq1  ATGGAGATGGATTACATGGGTGTCACCTTATCCCATTTTAGAGCCTAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGATGGATTACATGGGTGTCACCTTATCCCATTTTAGAGCCTAGGC  600

seq1  CTATCTTCCTGGAGACAGGAGACAAGCCACC-TTATAGCACATGAATAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTCCTGGAGACAGGAGACAAGCCACCTTTATAGCACATGAATAGG  650

seq1  ATGGCACTGTTCTCTTGTGACCCCTTGTAGCCCCCCACAGGTGACAAGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACTGTTCTCTTGTGACCCCTTGTAGCCCCCCACAGGTGACAAGAA  700

seq1  CTCAGGACAATCAGCTCAAGGTCAAAGGACTATTGGGCTCTGCCCCGCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGACAATCAGCTCAAGGTCAAAGGACTATTGGGCTCTGCCCCGCCC  750

seq1  CGTGTCTACAGACACTGAGCACATACAAGTGGGCTGTGGTGGAAGTTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCTACAGACACTGAGCACATACAAGTGGGCTGTGGTGGAAGTTTTG  800

seq1  AAGACGCTGCCCAAAGTCAAGCTCTAGAACAAGCTTTTGAAACTGGGCTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGACGCTGCCCAAAGTCAAGCTCTAGAACAAGC-TTTGAAACTGGGCTT  849

seq1  TTGCAATGGCCTTGACCCCAGCTCGGTCATTTAAGGAGGGGATCAGGACT  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATGGGCTTGACCCCAGCTCGGTCATTTAAGGAGGGGATCAGGACT  899

seq1  GCCACAGCACACTTCCATACCAAAGAGCCGGATGACACCGTCAGCCG-CC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCACAGCACACTTCCATACCAAAGAGCCGGATGACACCGTCAGCCGCCC  949

seq1  CCTGTGACCAGCAGGTTCCCGTTGTGATTGAAAGCCGTG-CAGTTGATGG  997
      |||||||| |||| ||| |||||||   ||||||||||| || | |||||
seq2  CCTGTGACAAGCATGTTTCCGTTGTTGATGAAAGCCGTGCCACTGGATGG  999

seq1  CAATGGGCTCTGGGTCCAGTGAGAACTGAAGCTGGGAATGCA  1039
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CAATGGGCTCTGGGTTCAGTGA-AACTGAAGCT-GGAATGCA  1039

seq1: chr6_34971347_34972385
seq2: B6Ng01-121D08.g_68_1101 (reverse)

seq1  GGGTCTCACTTTATACCCCAGACTAGCCTGGAACTCATGGGAATCCTCCA  50
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGTTTCAC-TTATACCCCAGACTAGCCTGGAACTCATGGGAAT-CTCCA  48

seq1  GTC-TCAGACTATGAGATTATAGGTGTATATGCAAAAAACTCAAAAAACT  99
      ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||
seq2  GTCTTCAGACTATGAGA-TATAAGTGTATATGC-AAAAACTC-AAAAACT  95

seq1  GCTTTCTTTAAATGAAGTAAAGATAAGATTAAGAGAAAAAAAAAGTCCAC  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTC-TTAAATGAAGTAAAGATAAGATTAAGAGAAAAAAAAAGTCCAC  144

seq1  CCCAAAACACATTGTATACAATTCAATCTACTCTATTTGTCCTGTAGAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAACACATTGTATACAATTCAATCTACTCTATTTGTCCTGTAGAAG  194

seq1  ATTCTCTTTGGATACTGCTTACAAGACTGCCAACTGAACGCAGTCTTCTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTTGGATACTGCTTACAAGACTGCCAACTGAACGCAGTCTTCTA  244

seq1  GCGAGAGCCTCCACTACTTTAGTCAGGTCCCCCTACTCTGGCTGGCCGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGAGCCTCCACTACTTTAGTCAGGTCCCCCTACTCTGGCTGGCCGAG  294

seq1  ACAGGTGTCTGGACTGTCCGCCCCAGGGCTGCTGGGTCTCTTTCCTGCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGTCTGGACTGTCCGCCCCAGGGCTGCTGGGTCTCTTTCCTGCAG  344

seq1  CTCAGAGGGTGATGCTACTGGGCTGCTGCTGCCGCTGCCACCGCTCCGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGGTGATGCTACTGGGCTGCTGCTGCCGCTGCCACCGCTCCGAC  394

seq1  AACTCTTCCTGGAGACCCATCTCAGCATGTCAGGCTCCTACTCACTCCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTCCTGGAGACCCATCTCAGCATGTCAGGCTCCTACTCACTCCTG  444

seq1  ATGAGTGGCTTCAGTTGTCAAGGTCTGCTCTGCATCTCTAAGAGAGAGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGGCTTCAGTTGTCAAGGTCTGCTCTGCATCTCTAAGAGAGAGTT  494

seq1  CTTAGCCACTGGGAGAGGAGTGTTGAGAGCAAGAGGGGCTGAGCCTTAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCACTGGGAGAGGAGTGTTGAGAGCAAGAGGGGCTGAGCCTTAAA  544

seq1  ACTAGCAGTGGCTGACAAAGACAAATCTTTTATGTTCTGATTTCCTCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCAGTGGCTGACAAAGACAAATCTTTTATGTTCTGATTTCCTCAGA  594

seq1  ACCACGCTCCACAGCTGAAGATGTAAAATCTAATGGAAACTCATATGGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGCTCCACAGCTGAAGATGTAAAATCTAATGGAAACTCATATGGTA  644

seq1  CTGCATCATTAAATATTCCAAACCCACACGAAACAAACTGAAAAAACAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCATTAAATATTCCAAACCCACACGAAACAAACTGAAAAAACAAG  694

seq1  AACAAGACTCACCCGAGGGTCACCATCAAGTTTTCTGTTTTATTTAAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGACTCACCCGAGGGTCACCATCAAGTTTTCTGTTTTATTTAAGAT  744

seq1  TTTAGTTTTAATTCTGAAGAGAGAGGTACATTTCCTTGTTTTTAGTTTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTTTAATTCTGAAGAGAGAGGTACATTTCCTTGTTTTTAGTTTTA  794

seq1  GCATCAGGTTATAACCAGGTTTGTTTTCTTTTCTCCTGTCTTTTCAATAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGGTTATAACCAGGTTTGTTTTCTTTTCTCCTGTCTTTTCAATAC  844

seq1  TGCACAAACGTCCAGAAACTACAGGGTTAAGTAAAAGCTGCAGGCAAAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAACGTCCAGAAACTACAGGGTTAAGTAAAAGCTGCAGGCAAAGA  894

seq1  GGTCAGAGATTTGCTTCTGTTGGTGATCTGATGGCCCCAGAGCAGTGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGATTTGCTTCTGTTGGTGATCTGATGGCCCCAGAGCAGTGCTG  944

seq1  GCTCAGAGTGCCCTGTCAGGTGGACTTATGGTCAAAGAAAAAAAAAAGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGTGCCCTGTCAGGTGGACTTATGGTCAAAGAAAAAAAAAAGAT  994

seq1  TCTGACAGAGGAGAAAGACTGAGGAAATCACATAGAATTC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGAGGAGAAAGACTGAGGAAATCACATAGAATTC  1034