BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126N18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 47,303,900 - 47,451,104
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA930035D04Rik, Cul1
Upstream geneCntnap2, Rbpsuh-rs3, LOC622745, LOC100041064, LOC100041078
Downstream geneEzh2, Rn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746, LOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126N18.bB6Ng01-126N18.g
ACCDH929122DH929123
length1,1831,050
definitionDH929122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126N18, 5' end.DH929123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,449,902 - 47,451,104)(47,303,900 - 47,304,968)
sequence
gaattctttattttaccaaaatctttagataacttagtaaaaacataata
tcacaatgaagtcagagctgctctcttaagttaatcactttgtatagatg
tttaccttctcacaatttaacaacaaagttcagaaagaaaatgctgttaa
ggctgacatttgtatcagcttaaaaaccagcatagattctatctataaat
gaattccctggatccaatcagttttgaccagaaacacctgctaaaactaa
ttctagttactctcagtttcctaacatatcaagatacattttagaaatta
taaaaatcttccaatcttgattgtgcattttaaatgcagtttcttgtaca
taaattaagaacacccactgtcctttgtgtcttcaggagactatgtgtga
aacgcacatttgtgtgtacatggtacatgctcacatgagcatgtgaagat
gcacaaacaggtggctggagacaaggtgagaacttcctgtgtctatcact
ctccaccctattcccttgagacaaactctctcactgagagaccagcagca
gtaagctcaagctcatggcttttatataggtgctaggtatctgaactcaa
gcattcttactaagctatcttccccagcccgggagatgcattttcactcg
aatgtataattatcatgctctcgtttccatttctaaacttctttcaagtg
ttatactgattaattactgtaaaaatgatctctgaaagaaaaaagttaga
atttatgtatgatttttagacgtctgttgggagaggtattagaaagttaa
ataaaacacaattgaaatttacggcactttaacacataaactgtcaagaa
attaaacataaatgtcttagtcttattttacttcctctccaatctcctct
ccaactagaaataaaattaagcttgtaaaaatatgcaaatttagtctatg
gaaagtgttttccagtagtgtctccataaaataaatactataaaaatcat
atttagcattttttgggtctgttttcctctgtagttctgacatttgtatc
agctaaaaccagcatagattcactggagatctactgcttctgtattccaa
gagctgggttagggtgcagcactaggcccgccatatatagaaccttgctt
tgggtgtcaagtactgacgactcacctcctgtc
gaattccagggtcagctgctatgggaagacaatgagatagctttgcagct
tccagcacctgtgctcctgctcttcctgaggtgagggtgctcacagtctc
tgtgctctaaccagacttaaatgaccccctattgttcatactgacctaat
tcagaaagtcttttcatcctacctccaggtacttactaacaaatggattc
ctgctgctatttgattcttgttatttcatctcctggtcctacgcactagt
cagaaaacttcctggtcatttggataaaataaattgtctttctgttttgc
tgtgccccccattaccccccatccggtgagtaatttggaacaattcctct
tcttagtacctcttcttagtaagagtggtcaaaactatgctagaccattt
ctctatgctgaaagcagaacttgaatggaaacaatagtcagcaaaataaa
tagacatctcagaaagtagcattaagaccaatgaaattgttaacagttca
cttttataacctgcttaaggacaaccagcttagtatattagttacatttg
tatcactgtgaccaaagcacctggcagaagcaacttagagaagaaaggat
ttattttggcccacagttcagaggaatatagtcctttaccacagggaaag
gcgtggcaactcagatagctaagggaaccaggtccatgtggcagaagccc
acaacctgacttctactaagtgattttccctagggagccaagaacaaaca
cctacacaccccagtggagtatgaggaaacagtaacaattataccatggt
ccaacttaatgaaccaatgggtttatacctacagtagtataagtggaggg
ggttgctacaggagtatggatgactcaaaggcagctgcatcacataaaag
cacatccctaccacagtaatgactaaggaggtgtaccgatgggctccagc
atgcttgcagccactgaaaggtcaaaatcttctcccaactgttgtaactg
cttattaagagactgtagcctaggtttaggagtttctgatctacaaggtt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_47449902_47451104
seq2: B6Ng01-126N18.b_48_1230 (reverse)

seq1  GACAGTGAGGTTGAGTCGTCAGTACCTTTGCACACCACAAAGCAAGAGTC  50
      ||||| |||| ||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||  ||
seq2  GACAG-GAGG-TGAGTCGTCAGTAC--TTG-ACACC-CAAAGCAAGGTTC  44

seq1  TTAATAATGCTGGGCCTAGTGCTGCACCCCTTTAACCCCAGCTCTTGG-A  99
      |  || |||  ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||| |
seq2  TATAT-ATGGCGGGCCTAGTGCTGCACCC---TAA-CCCAGCTCTTGGAA  89

seq1  TACAGAAGCAGGTAGATCT-CAGTGAATCTATGCTGGTTTTTAAGCTGAT  148
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  TACAGAAGCA-GTAGATCTCCAGTGAATCTATGCTGGTTTT--AGCTGAT  136

seq1  ACAAATGTCAGAACTACAGAGGGAAAAACAGACCCAAAAAATGCCTTAAA  198
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||
seq2  ACAAATGTCAGAACTACAGAGG--AAAACAGACCCAAAAAATGC--TAAA  182

seq1  TATTGATTTTTATAGTATTTATTTTATTGGAGACACTACTTGGAAAACAC  248
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TA-TGATTTTTATAGTATTTATTTTA-TGGAGACACTAC-TGGAAAACAC  229

seq1  TTTCCATAGACTAAATTTGCATATTTTTTACAAGCTTAATTTTATTTCTA  298
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATAGACTAAATTTGCATA-TTTTTACAAGCTTAATTTTATTTCTA  278

seq1  GTTGGAGAGGAGATTGGAGAGGAAGTAAAATAAGACTAAGACATTTATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGAGGAGATTGGAGAGGAAGTAAAATAAGACTAAGACATTTATGT  328

seq1  TTAATTTCTTGACAGTTTATGTGTTAAAGTGCCGTAAATTTCAATTGTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCTTGACAGTTTATGTGTTAAAGTGCCGTAAATTTCAATTGTGT  378

seq1  TTTATTTAACTTTCTAATACCTCTCCCAACAGACGTCTAAAAATCATACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAACTTTCTAATACCTCTCCCAACAGACGTCTAAAAATCATACA  428

seq1  TAAATTCTAACTTTTTTCTTTCAGAGATCATTTTTACAGTAATTAATCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTAACTTTTTTCTTTCAGAGATCATTTTTACAGTAATTAATCAG  478

seq1  TATAACACTTGAAAGAAGTTTAGAAATGGAAACGAGAGCATGATAATTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACACTTGAAAGAAGTTTAGAAATGGAAACGAGAGCATGATAATTAT  528

seq1  ACATTCGAGTGAAAATGCATCTCCCGGGCTGGGGAAGATAGCTTAGTAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCGAGTGAAAATGCATCTCCCGGGCTGGGGAAGATAGCTTAGTAAG  578

seq1  AATGCTTGAGTTCAGATACCTAGCACCTATATAAAAGCCATGAGCTTGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTGAGTTCAGATACCTAGCACCTATATAAAAGCCATGAGCTTGAG  628

seq1  CTTACTGCTGCTGGTCTCTCAGTGAGAGAGTTTGTCTCAAGGGAATAGGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGCTGCTGGTCTCTCAGTGAGAGAGTTTGTCTCAAGGGAATAGGG  678

seq1  TGGAGAGTGATAGACACAGGAAGTTCTCACCTTGTCTCCAGCCACCTGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGTGATAGACACAGGAAGTTCTCACCTTGTCTCCAGCCACCTGTT  728

seq1  TGTGCATCTTCACATGCTCATGTGAGCATGTACCATGTACACACAAATGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATCTTCACATGCTCATGTGAGCATGTACCATGTACACACAAATGT  778

seq1  GCGTTTCACACATAGTCTCCTGAAGACACAAAGGACAGTGGGTGTTCTTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTTCACACATAGTCTCCTGAAGACACAAAGGACAGTGGGTGTTCTTA  828

seq1  ATTTATGTACAAGAAACTGCATTTAAAATGCACAATCAAGATTGGAAGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGTACAAGAAACTGCATTTAAAATGCACAATCAAGATTGGAAGAT  878

seq1  TTTTATAATTTCTAAAATGTATCTTGATATGTTAGGAAACTGAGAGTAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAATTTCTAAAATGTATCTTGATATGTTAGGAAACTGAGAGTAAC  928

seq1  TAGAATTAGTTTTAGCAGGTGTTTCTGGTCAAAACTGATTGGATCCAGGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTAGTTTTAGCAGGTGTTTCTGGTCAAAACTGATTGGATCCAGGG  978

seq1  AATTCATTTATAGATAGAATCTATGCTGGTTTTTAAGCTGATACAAATGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTTATAGATAGAATCTATGCTGGTTTTTAAGCTGATACAAATGT  1028

seq1  CAGCCTTAACAGCATTTTCTTTCTGAACTTTGTTGTTAAATTGTGAGAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTAACAGCATTTTCTTTCTGAACTTTGTTGTTAAATTGTGAGAAG  1078

seq1  GTAAACATCTATACAAAGTGATTAACTTAAGAGAGCAGCTCTGACTTCAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACATCTATACAAAGTGATTAACTTAAGAGAGCAGCTCTGACTTCAT  1128

seq1  TGTGATATTATGTTTTTACTAAGTTATCTAAAGATTTTGGTAAAATAAAG  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATATTATGTTTTTACTAAGTTATCTAAAGATTTTGGTAAAATAAAG  1178

seq1  AATTC  1203
      |||||
seq2  AATTC  1183

seq1: chr6_47303900_47304968
seq2: B6Ng01-126N18.g_69_1118

seq1  GAATTCCAGGGTCAGCTGCTATGGGAAGACAATGAGATAGCTTTGCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGTCAGCTGCTATGGGAAGACAATGAGATAGCTTTGCAGCT  50

seq1  TCCAGCACCTGTGCTCCTGCTCTTCCTGAGGTGAGGGTGCTCACAGTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACCTGTGCTCCTGCTCTTCCTGAGGTGAGGGTGCTCACAGTCTC  100

seq1  TGTGCTCTAACCAGACTTAAATGACCCCCTATTGTTCATACTGACCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCTAACCAGACTTAAATGACCCCCTATTGTTCATACTGACCTAAT  150

seq1  TCAGAAAGTCTTTTCATCCTACCTCCAGGTACTTACTAACAAATGGATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGTCTTTTCATCCTACCTCCAGGTACTTACTAACAAATGGATTC  200

seq1  CTGCTGCTATTTGATTCTTGTTATTTCATCTCCTGGTCCTACGCACTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTATTTGATTCTTGTTATTTCATCTCCTGGTCCTACGCACTAGT  250

seq1  CAGAAAACTTCCTGGTCATTTGGATAAAATAAATTGTCTTTCTGTTTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAACTTCCTGGTCATTTGGATAAAATAAATTGTCTTTCTGTTTTGC  300

seq1  TGTGCCCCCCATTACCCCCCATCCGGTGAGTAATTTGGAACAATTCCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCCCCATTACCCCCCATCCGGTGAGTAATTTGGAACAATTCCTCT  350

seq1  TCTTAGTACCTCTTCTTAGTAAGAGTGGTCAAAACTATGCTAGACCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTACCTCTTCTTAGTAAGAGTGGTCAAAACTATGCTAGACCATTT  400

seq1  CTCTATGCTGAAAGCAGAACTTGAATGGAAACAATAGTCAGCAAAATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGCTGAAAGCAGAACTTGAATGGAAACAATAGTCAGCAAAATAAA  450

seq1  TAGACATCTCAGAAAGTAGCATTAAGACCAATGAAATTGTTAACAGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATCTCAGAAAGTAGCATTAAGACCAATGAAATTGTTAACAGTTCA  500

seq1  CTTTTATAACCTGCTTAAGGACAACCAGCTTAGTATATTAGTTACATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATAACCTGCTTAAGGACAACCAGCTTAGTATATTAGTTACATTTG  550

seq1  TATCACTGTGACCAAAGCACCTGGCAGAAGCAACTTAGAGAAGAAAGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTGTGACCAAAGCACCTGGCAGAAGCAACTTAGAGAAGAAAGGAT  600

seq1  TTATTTTGGCCCACAGTTCAGAGGAATATAGTCCTTTACCACAGGG-AAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTATTTTGGCCCACAGTTCAGAGGAATATAGTCCTTTACCACAGGGAAAG  650

seq1  GCGTGGCAACTCAGATAGCTAAAGGAACCAGGTCCATGTGGCAGAAGCCC  699
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCAACTCAGATAGCTAAGGGAACCAGGTCCATGTGGCAGAAGCCC  700

seq1  ACAACCTGACTTCTACTAAGTGATTTTCCCTAGGGAGCCAAGAACAAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTGACTTCTACTAAGTGATTTTCCCTAGGGAGCCAAGAACAAACA  750

seq1  CCTACACACCCCAGTGGAGTATGAGGAAACAGTAACAATTATACCATGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACACCCCAGTGGAGTATGAGGAAACAGTAACAATTATACCATGGT  800

seq1  CCAACTTAATGAACCAATGGGTTTATTACCTACAGTAGTATAAGTG--AG  847
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |
seq2  CCAACTTAATGAACCAATGGGTTTA-TACCTACAGTAGTATAAGTGGAGG  849

seq1  GGGTTGCTTACAGGAGTATGGATGACTCAGAGGCAGCTGCATCACATAAA  897
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGC-TACAGGAGTATGGATGACTCAAAGGCAGCTGCATCACATAAA  898

seq1  AGCACAT-CCTAGCACAAGTAATGACTTAGGAAGGTTGTACCGATGGGCC  946
      ||||||| |||| ||| |||||||||| ||||  | ||||||||||||| 
seq2  AGCACATCCCTACCAC-AGTAATGACTAAGGA--GGTGTACCGATGGGC-  944

seq1  TCCCAGCATGCCTTGCAGGCAACTGAAAGGTCAAAGAGTCTTTCTCCTCA  996
        |||||||| |||||| || |||||||||||||  | || |||||| ||
seq2  -TCCAGCATG-CTTGCA-GCCACTGAAAGGTCAA--AATC-TTCTCC-CA  987

seq1  GCTGTTGTTACTGCTTATATAAGAAGACCTTGTGAGTCTTAAGTTTTAGG  1046
       ||||||| ||||||||| |||| ||||  ||| || ||  || ||||||
seq2  ACTGTTGTAACTGCTTAT-TAAG-AGAC--TGT-AGCCT--AGGTTTAGG  1030

seq1  AGTTTCCTGAGTCTAACAAGGTT  1069
      ||||| |||| ||| ||||||||
seq2  AGTTT-CTGA-TCT-ACAAGGTT  1050