BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128E04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 95,883,739 - 95,962,211
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043680, Kbtbd8, LOC435912, Suclg2, LOC665886
Downstream geneLOC545867, C630007B19Rik, LOC100043685, 1700123L14Rik, C130034I18Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128E04.bB6Ng01-128E04.g
ACCDH930161DH930162
length1,1801,029
definitionDH930161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128E04, 5' end.DH930162|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,883,739 - 95,884,944)(95,961,167 - 95,962,211)
sequence
gaattcaggcatgcagagctctgatttcttgcaggccaatgagtagaaat
tctgaagtaataatggtaattacagtatcggacatttactaagcatttat
attatgcatgtaggttgagtttcctcttcatgagcttttattaatctctg
atacttctcacatacaagggccaaggtgttctgtagcaggtattttaaag
gctttgtgttttgttgagttcccgttaagactaaattctctcatcacagg
agagaagtgatcatagctaatatgtaaattagtgggtgtggcttacgata
aagaattgttgctatgtactgaggcagtgggctccatttatcaattccag
aagcataccattgagtttaaatttctagacccgagactcaaatgcaaacc
tgtctgagccaatacccactctctcagccattcattagatggcttgatat
caggcttcagaaggataacatcggaggaagaatggaatatatattgcaag
gaaaaaaaattgaaggctggagacaagtccagatgacaaaaatccacatg
agacttgctggcatgtaaaagaaagatgtcgcagtagggactgatgagag
aaggtggctaggagtttagggaatgtaatcctgacttggccactcatggg
ttatataacggtaggttagaactttgaatgcttagataagggttgctgga
acattttggaaaactagctcatgctatcctacttgtgagccatagcagct
aaaaatgagccccagctctttacaagatggaccagccttgcctttgtgga
ccaagacaccaattctctccacatatggaaaaaatacattgagtgtgagt
atgattttcctggtccagcctgctcttcctgtggattctcattatttttt
caacatgggcctatcttttttacttgagtcatcccctgacttcttactaa
tcagtaactagggttgtaaccacttgcacaattccctacaggaactctgc
atacgaaacaactgtgtcattcacataaaccctcttgacttcagattgtt
gcaggctaaggcagtttacatgctttcaatcaggctatgctttacctcct
ctcccctatgttgtccagctaagggaatgcaaagtctatcatggcaggaa
tgccagcttctgatctctcttgggaacaaa
gaattcactggcaggccagaagtctggctggatcagtgaacaccaggtac
aatgagaaaccctgtctcaaataaataaataaataaataaataaataaat
aaataaataaataaataaatgtgaagtggcagagagtgactaaggattga
ggaagacatttgacatttacctgtcacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacactattgtaagggacaactctagggtcacagagctta
agtgaacacattcttcagggtcgaaaacctccgagccatatatacctact
actttgctgagccccttacaccagatcagaagggaaaaaatcatttgaag
atgacaatgacccagggaattatttgctattttatattatacccaagaag
tgtggtgagagtaataatacttcattgtcatttgcttgggatcttagaaa
gcaatttgatcatttggtggtaccaagggagaattcggatggacagcttg
aatcctacagtctatcagtgcagaggcagccagcaataccctctcgagca
tttagcttctccatgtaacataatgagggggagagtaaatctgagtcaat
gatacatctgctcataaacttccatttgttaaatatgaagcaaaatcctg
acagccataaaacagggtgaacagttgtgtgtttgtattaaaatatcatc
gagataagcaataaccagctatgcgagcaaaggaacatctgcgatattat
ctcgctatttctggctgagtcatctcatgctgggagaaaacacagggaaa
tggagtttcacttgtggtgttcttattgagttaaggaagggctctgcttg
gtatcctcctggggctgccctacagatgcaacaggtctcttgtaaagtat
ttttctgttgttctgatcactgtagatctggcactgtagacaatttaaac
caagacaaaaatctgtcctgatattctgcaataaaatgaaaacatcagaa
cctgcagtaataaataaatctgtctctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_95883739_95884944
seq2: B6Ng01-128E04.b_43_1222

seq1  GAATTCAGGCATGCAGAGCTCTGATTTCTTGCAGGCCAATGAGTAGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCATGCAGAGCTCTGATTTCTTGCAGGCCAATGAGTAGAAAT  50

seq1  TCTGAAGTAATAATGGTAATTACAGTATCGGACATTTACTAAGCATTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTAATAATGGTAATTACAGTATCGGACATTTACTAAGCATTTAT  100

seq1  ATTATGCATGTAGGTTGAGTTTCCTCTTCATGAGCTTTTATTAATCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCATGTAGGTTGAGTTTCCTCTTCATGAGCTTTTATTAATCTCTG  150

seq1  ATACTTCTCACATACAAGGGCCAAGGTGTTCTGTAGCAGGTATTTTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCTCACATACAAGGGCCAAGGTGTTCTGTAGCAGGTATTTTAAAG  200

seq1  GCTTTGTGTTTTGTTGAGTTCCCGTTAAGACTAAATTCTCTCATCACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTGTTTTGTTGAGTTCCCGTTAAGACTAAATTCTCTCATCACAGG  250

seq1  AGAGAAGTGATCATAGCTAATATGTAAATTAGTGGGTGTGGCTTACGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTGATCATAGCTAATATGTAAATTAGTGGGTGTGGCTTACGATA  300

seq1  AAGAATTGTTGCTATGTACTGAGGCAGTGGGCTCCATTTATCAATTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTGTTGCTATGTACTGAGGCAGTGGGCTCCATTTATCAATTCCAG  350

seq1  AAGCATACCATTGAGTTTAAATTTCTAGACCCGAGACTCAAATGCAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACCATTGAGTTTAAATTTCTAGACCCGAGACTCAAATGCAAACC  400

seq1  TGTCTGAGCCAATACCCACTCTCTCAGCCATTCATTAGATGGCTTGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAGCCAATACCCACTCTCTCAGCCATTCATTAGATGGCTTGATAT  450

seq1  CAGGCTTCAGAAGGATAACATCGGAGGAAGAATGGAATATATATTGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTCAGAAGGATAACATCGGAGGAAGAATGGAATATATATTGCAAG  500

seq1  GAAAAAAAATTGAAGGCTGGAGACAAGTCCAGATGACAAAAATCCACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAATTGAAGGCTGGAGACAAGTCCAGATGACAAAAATCCACATG  550

seq1  AGACTTGCTGGCATGTAAAAGAAAGATGTCGCAGTAGGGACTGATGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGCTGGCATGTAAAAGAAAGATGTCGCAGTAGGGACTGATGAGAG  600

seq1  AAGGTGGCTAGGAGTTTAGGGAATGTAATCCTGACTTGGCCACTCATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGCTAGGAGTTTAGGGAATGTAATCCTGACTTGGCCACTCATGGG  650

seq1  TTATATAACGGTAGGTTAGAACTTTGAATGCTTAGATAAGGGTTGCTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAACGGTAGGTTAGAACTTTGAATGCTTAGATAAGGGTTGCTGGA  700

seq1  ACATTTTGGAAAACTAGCTCATGCTATCCTACTTGTGAGCCATAGCAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGGAAAACTAGCTCATGCTATCCTACTTGTGAGCCATAGCAGCT  750

seq1  AAAAATGAGCCCCAGCTCTTTACAAGATGGACCAGCCTTGCCTTTGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAGCCCCAGCTCTTTACAAGATGGACCAGCCTTGCCTTTGTGGA  800

seq1  CCAAGACACCAATTCTCTCCACATATGGAAAAAATACATTGAGTGTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACACCAATTCTCTCCACATATGGAAAAAATACATTGAGTGTGAGT  850

seq1  ATGATTTTCCTGGTCCAGCCTGCTCTTCCTGTGGATTCTCATTATTTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTCCTGGTCCAGCCTGCTCTTCCTGTGGATTCTCATTATTTTTT  900

seq1  CAACATGGGCCTATCTTTTTTACTTGAGTCATCCCCTGACTTCTTACTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGGGCCTATCTTTTTTACTTGAGTCATCCCCTGACTTCTTACTAA  950

seq1  TCAGTAACTAGGGTTGTAACCACTTGGCACAATTCCCTACAGGAACTCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAACTAGGGTTGTAACCACTT-GCACAATTCCCTACAGGAACTCTG  999

seq1  CAATACGAAACAAACTGTGTCATTCACATAAACACTCTTGGAACTACAGA  1050
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||
seq2  C-ATACGAAAC-AACTGTGTCATTCACATAAACCCTCTTG--ACTTCAGA  1045

seq1  TTGTTTGCAGGGCTAAGGGCAAGTTTTACATGCTTTCAAATCAGGGCTAA  1100
      ||| ||||| |||||| ||||   ||||||||||||| ||||| |||| |
seq2  TTG-TTGCA-GGCTAA-GGCA--GTTTACATGCTTTC-AATCA-GGCT-A  1087

seq1  TGCTTTTACCTCCTCTCCCCCTATGTTGTCCAGCTCAGGGAGATGGCACA  1150
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||   ||
seq2  TGC-TTTACCTCCTCT-CCCCTATGTTGTCCAGCTAAGGGA-ATG---CA  1131

seq1  AAGTCTATCAGTGGCAGG-ATGCCCAAGCCTTTCCTGAGTCTCTCTTTGG  1199
      |||||||||| ||||||| |||||  |||   | |||| |||||| ||||
seq2  AAGTCTATCA-TGGCAGGAATGCC--AGC---TTCTGA-TCTCTC-TTGG  1173

seq1  AAACAAA  1206
       ||||||
seq2  GAACAAA  1180

seq1: chr6_95961167_95962211
seq2: B6Ng01-128E04.g_68_1096 (reverse)

seq1  ACAGAGACAGATTTATTTATTAACTGCAAGGTTCTGAATGTTTTCATTTT  50
      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGATTTATTTATT-ACTGC-AGGTTCTG-ATGTTTTCATTTT  47

seq1  ATTGCAAGAATTATCAGGACAGAATTTTCTGTCTTGGTTTTAAAATTGTC  100
      ||||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||||  ||||||||
seq2  ATTGC-AGAA-TATCAGGACAGA--TTTTTGTCTTGGTTT--AAATTGTC  91

seq1  TACAGTGCCAGATCTACAGTGATCAGAAACAACAGAAAAATTACTTTTAC  150
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||
seq2  TACAGTGCCAGATCTACAGTGATCAG-AACAACAGAAAAA-TAC-TTTAC  138

seq1  AAGAGACCTGTTGCATCTGTAGGGGCAGCCCCCAGGAGGATACCAAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACCTGTTGCATCTGTA-GGGCAG-CCCCAGGAGGATACCAAGCAG  186

seq1  AGCCCTTCCTTAACTCAATTAAGAACACCACAAGTGATAACTCCATTTCC  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCCCTTCCTTAACTCAA-TAAGAACACCACAAGTGA-AACTCCATTTCC  234

seq1  CTGTGTTTTCTCCCAGCATGAGATGACTCAGCCAGAAATAGCGAGATAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTTCTCCCAGCATGAGATGACTCAGCCAGAAATAGCGAGATAAT  284

seq1  ATCGCAGATGTTCCTTTGCTCGCATAGCTGGTTATTGCTTATCTCGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAGATGTTCCTTTGCTCGCATAGCTGGTTATTGCTTATCTCGATGA  334

seq1  TATTTTAATACAAACACACAACTGTTCACCCTGTTTTATGGCTGTCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAATACAAACACACAACTGTTCACCCTGTTTTATGGCTGTCAGGA  384

seq1  TTTTGCTTCATATTTAACAAATGGAAGTTTATGAGCAGATGTATCATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTCATATTTAACAAATGGAAGTTTATGAGCAGATGTATCATTGA  434

seq1  CTCAGATTTACTCTCCCCCTCATTATGTTACATGGAGAAGCTAAATGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATTTACTCTCCCCCTCATTATGTTACATGGAGAAGCTAAATGCTC  484

seq1  GAGAGGGTATTGCTGGCTGCCTCTGCACTGATAGACTGTAGGATTCAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGTATTGCTGGCTGCCTCTGCACTGATAGACTGTAGGATTCAAGC  534

seq1  TGTCCATCCGAATTCTCCCTTGGTACCACCAAATGATCAAATTGCTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATCCGAATTCTCCCTTGGTACCACCAAATGATCAAATTGCTTTCT  584

seq1  AAGATCCCAAGCAAATGACAATGAAGTATTATTACTCTCACCACACTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCCCAAGCAAATGACAATGAAGTATTATTACTCTCACCACACTTCT  634

seq1  TGGGTATAATATAAAATAGCAAATAATTCCCTGGGTCATTGTCATCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATAATATAAAATAGCAAATAATTCCCTGGGTCATTGTCATCTTCA  684

seq1  AATGATTTTTTCCCTTCTGATCTGGTGTAAGGGGCTCAGCAAAGTAGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTTTTCCCTTCTGATCTGGTGTAAGGGGCTCAGCAAAGTAGTAG  734

seq1  GTATATATGGCTCGGAGGTTTTCGACCCTGAAGAATGTGTTCACTTAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATGGCTCGGAGGTTTTCGACCCTGAAGAATGTGTTCACTTAAGC  784

seq1  TCTGTGACCCTAGAGTTGTCCCTTACAATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACCCTAGAGTTGTCCCTTACAATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  834

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACAGGTAAATGTCAAATGTCTTCCTCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACAGGTAAATGTCAAATGTCTTCCTCAAT  884

seq1  CCTTAGTCACTCTCTGCCACTTCACATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTCACTCTCTGCCACTTCACATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  934

seq1  TTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGAGACAGGGTTTCTCATTGTACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGAGACAGGGTTTCTCATTGTACC  984

seq1  TGGTGTTCACTGATCCAGCCAGACTTCTGGCCTGCCAGTGAATTC  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTCACTGATCCAGCCAGACTTCTGGCCTGCCAGTGAATTC  1029