BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129I09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 72,960,309 - 73,161,628
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnahc6
Upstream geneLOC668057, St3gal5, Atoh8, Sftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6, Capg, Rbed1, Retsat, Tgoln1, LOC100038890, Tcf3, Kcmf1, Tmsb10
Downstream geneSuclg1, Olfr210-ps1, 4931417E11Rik, LOC100043338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129I09.bB6Ng01-129I09.g
ACCDH931082DH931083
length1,013869
definitionDH931082|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129I09, 5' end.DH931083|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129I09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,160,614 - 73,161,628)(72,960,309 - 72,961,178)
sequence
gaattctgtttattgtcaataatatccttttaaattctcatatttaattt
tcagcttttgttttcgatatatatacatatatatcacagatatatatgta
aataacagatataactaattctaatattcctgcctttatgactgaaccaa
ttaatttatttagttttcaaactatgacccataggtcaaattgaacactc
taatcttttggattgatggctgccgcatccatttatttgcataatgccca
agagttcttttctgcttccatgtcagaagtatatggttgtaatagaaact
ctatggcccataatgcttaaaacatttatctggcctgtggtagaaagctt
ttttctgaatcttcattccataagtttctgtcaccctggcaaaatgcctg
aggaaatgaacttaaagagaagaggtttactgaggctcacacttcatagg
cttcagtccctgggcagccagctctgctctggacctgcaacaaggcagag
taaagtgttgatggagcatgtgatggaggcggctgtggcatccaggaggc
agaaagaaagaaaagggaaggagccgaggaccatacacacccttaacata
tgtcccagacaacctgcttcgctcaacactcaagtgggccccagcttctg
gtgtctgccatttcttagtagtatcactggttgtgaaccaagcctttcag
cacatatgcatttaaggaatgttccagatccaaattctaaggcagttgtt
ctaggtgccctgacaaaaatgaagaattgatactgtggtagttagaatga
gaatggtccccatatatatttgatgtctgcttttccagcttgaggaacaa
tttgagagacttagaggctttcagaagtctctctctctctctctctctct
ctctctctctctctcgctgttcctgctcacaagtcagatgacaactctca
gctacttccctggcgccatgcttacccacttctgcctattcaccaccagg
atggtcatgactt
gaattctcaccctcagcctcgcgggaggaaacttcatccttatgagtttc
atcctagacaaaggtgggcagaggtccttctaatggctcatgctttcatc
gagtaaaggcatttcctgccaacctggatcttcagagttcaatcctgaga
cccagaagccctctctccctacaaatacaggcaaataaaaacttgtaaaa
aggatgtctggagactagagtcacctttagaggaaagctagaagcaagtt
tgagtttcctattagctgtgaaaatatctgttccctctgggagaggccat
tcaggtgtgagtacaggccagggtgagggaggggactggtggccagttcc
tgagcacgtcacctggtgataggttggccaccaaccaccggagaacaact
ttctgaataaaaccttcaaaaagatacagggtgggaggctggagagaagg
ctcagtagttaagagcacgtgttgctcttggagaagaccagagttcagtt
cctagcttctatatgggtgtcttagttagggttttactgccgtgaagaga
caccatgaccaaggtaactcttataaggacaacatttaattggggctgcc
ttacatacaggttctgaggttcagtccattatcatcaaggtgggaacatg
gcagtgtccagacaggcatgctagcagaatactgacttccaggaagctag
gttgagtgagggtcttaagcccatgcccacagtgacacacctactccagc
aaggccacacctcctaatagtgccactccctgagccaagcatatacaaga
catcacaatgggatagcttcacaccatctatagtacaactccagggatgt
tggtacctcttatgacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_73160614_73161628
seq2: B6Ng01-129I09.b_48_1060 (reverse)

seq1  AAGTCCATGACCATCGTGGTGGTGAGTAAGGCAGGAAGTGGGTAAGCATG  50
      |||| |||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGT-CATGACCATCCTGGTGGTGAAT-AGGCA-GAAGTGGGTAAGCATG  47

seq1  GCGCCAGGGAGGTAGCTGAGAGTTGTCATCTGACTTGTGAGCAGGAAACA  100
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCGCCAGGGAAGTAGCTGAGAGTTGTCATCTGACTTGTGAGCAGG-AACA  96

seq1  GCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTCTG-AAG  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTCTGAAAG  146

seq1  CCTCTAAGTCTCTCAAATTGTTCCTCAAGCTGG-AAAGCAGACATTCAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  CCTCTAAGTCTCTCAAATTGTTCCTCAAGCTGGAAAAGCAGACA-TCAAA  195

seq1  TATATATGGGGACCATTCTCATTCTAACTACCACAGTATCAATTCTTCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGGGGACCATTCTCATTCTAACTACCACAGTATCAATTCTTCAT  245

seq1  TTTTGTCAGGGCACCTAGAACAACTGCCTTAGAATTTGGATCTGGAACAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCAGGGCACCTAGAACAACTGCCTTAGAATTTGGATCTGGAACAT  295

seq1  TCCTTAAATGCATATGTGCTG-AAGGCTTGGTTCACAACCAGTGATACTA  347
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAATGCATATGTGCTGAAAGGCTTGGTTCACAACCAGTGATACTA  345

seq1  CTAAGAAATGGCAGACACCAGAAGCTGGGGCCCACTTGAGTGTTGAGCGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAATGGCAGACACCAGAAGCTGGGGCCCACTTGAGTGTTGAGCGA  395

seq1  AGCAGGTTGTCTGGGACATATGTTAAGGGTGTGTATGGTCCTCGGCTCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTTGTCTGGGACATATGTTAAGGGTGTGTATGGTCCTCGGCTCCT  445

seq1  TCCCTTTTCTTTCTTTCTGCCTCCTGGATGCCACAGCCGCCTCCATCACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTTCTTTCTTTCTGCCTCCTGGATGCCACAGCCGCCTCCATCACA  495

seq1  TGCTCCATCAACACTTTACTCTGCCTTGTTGCAGGTCCAGAGCAGAGCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCATCAACACTTTACTCTGCCTTGTTGCAGGTCCAGAGCAGAGCTG  545

seq1  GCTGCCCAGGGACTGAAGCCTATGAAGTGTGAGCCTCAGTAAACCTCTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCAGGGACTGAAGCCTATGAAGTGTGAGCCTCAGTAAACCTCTTC  595

seq1  TCTTTAAGTTCATTTCCTCAGGCATTTTGCCAGGGTGACAGAAACTTATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAGTTCATTTCCTCAGGCATTTTGCCAGGGTGACAGAAACTTATG  645

seq1  GAATGAAGATTCAGAAAAAAGCTTTCTACCACAGGCCAGATAAATGTTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGATTCAGAAAAAAGCTTTCTACCACAGGCCAGATAAATGTTTT  695

seq1  AAGCATTATGGGCCATAGAGTTTCTATTACAACCATATACTTCTGACATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTATGGGCCATAGAGTTTCTATTACAACCATATACTTCTGACATG  745

seq1  GAAGCAGAAAAGAACTCTTGGGCATTATGCAAATAAATGGATGCGGCAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGAAAAGAACTCTTGGGCATTATGCAAATAAATGGATGCGGCAGC  795

seq1  CATCAATCCAAAAGATTAGAGTGTTCAATTTGACCTATGGGTCATAGTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATCCAAAAGATTAGAGTGTTCAATTTGACCTATGGGTCATAGTTT  845

seq1  GAAAACTAAATAAATTAATTGGTTCAGTCATAAAGGCAGGAATATTAGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTAAATAAATTAATTGGTTCAGTCATAAAGGCAGGAATATTAGAA  895

seq1  TTAGTTATATCTGTTATTTACATATATATCTGTGATATATATGTATATAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTATATCTGTTATTTACATATATATCTGTGATATATATGTATATAT  945

seq1  ATCGAAAACAAAAGCTGAAAATTAAATATGAGAATTTAAAAGGATATTAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAAAACAAAAGCTGAAAATTAAATATGAGAATTTAAAAGGATATTAT  995

seq1  TGACAATAAACAGAATTC  1015
      ||||||||||||||||||
seq2  TGACAATAAACAGAATTC  1013

seq1: chr6_72960309_72961178
seq2: B6Ng01-129I09.g_70_938

seq1  GAATTCTCACCCTCAGCCTCGCGGGAGGAAACTTCATCCTTATGAGTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCCTCAGCCTCGCGGGAGGAAACTTCATCCTTATGAGTTTC  50

seq1  ATCCTAGACAAAGGTGGGCAGAGGTCCTTCTAATGGCTCATGCTTTCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGACAAAGGTGGGCAGAGGTCCTTCTAATGGCTCATGCTTTCATC  100

seq1  GAGTAAAGGCATTTCCTGCCAACCTGGATCTTCAGAGTTCAATCCTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAGGCATTTCCTGCCAACCTGGATCTTCAGAGTTCAATCCTGAGA  150

seq1  CCCAGAAGCCCTCTCTCCCTACAAATACAGGCAAATAAAAACTTGTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGCCCTCTCTCCCTACAAATACAGGCAAATAAAAACTTGTAAAA  200

seq1  AGGATGTCTGGAGACTAGAGTCACCTTTAGAGGAAAGCTAGAAGCAAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTCTGGAGACTAGAGTCACCTTTAGAGGAAAGCTAGAAGCAAGTT  250

seq1  TGAGTTTCCTATTAGCTGTGAAAATATCTGTTCCCTCTGGGAGAGGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTCCTATTAGCTGTGAAAATATCTGTTCCCTCTGGGAGAGGCCAT  300

seq1  TCAGGTGTGAGTACAGGCCAGGGTGAGGGAGGGGACTGGTGGCCAGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGTGAGTACAGGCCAGGGTGAGGGAGGGGACTGGTGGCCAGTTCC  350

seq1  TGAGCACGTCACCTGGTGATAGGTTGGCCACCAACCACCGGAGAACAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACGTCACCTGGTGATAGGTTGGCCACCAACCACCGGAGAACAACT  400

seq1  TTCTGAATAAAACCTTCAAAAAGATACAGGGTGGGAGGCTGGAGAGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAATAAAACCTTCAAAAAGATACAGGGTGGGAGGCTGGAGAGAAGG  450

seq1  CTCAGTAGTTAAGAGCACGTGTTGCTCTTGGAGAAGACCAGAGTTCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGTTAAGAGCACGTGTTGCTCTTGGAGAAGACCAGAGTTCAGTT  500

seq1  CCTAGCTTCTATATGGGTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCCGTGAAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTTCTATATGGGTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCCGTGAAGAGA  550

seq1  CACCATGACCAAGGTAACTCTTATAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGACCAAGGTAACTCTTATAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGCC  600

seq1  TTACATACAGGTTCTGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGTGGGAACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATACAGGTTCTGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGTGGGAACATG  650

seq1  GCAGTGTCCAGACAGGCATGCTAGCAGAATACTGACTTCCAGGAAGCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTCCAGACAGGCATGCTAGCAGAATACTGACTTCCAGGAAGCTAG  700

seq1  GTTGAGTGAGGGTCTTAAGCCCATGCCCACAGTGACACACCTACTCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTGAGGGTCTTAAGCCCATGCCCACAGTGACACACCTACTCCAGC  750

seq1  AAGGCCACACCTCCTAATAGTGCCACTCCCTGAGCCAAGCATATACAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACACCTCCTAATAGTGCCACTCCCTGAGCCAAGCATATACAAGA  800

seq1  CATCACAATGGGATAGC-TCACAACCATCTATAAGTACAACTCCAGGGAT  849
      ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATCACAATGGGATAGCTTCAC-ACCATCTAT-AGTACAACTCCAGGGAT  848

seq1  GTTGTACCCTCTTATGACCTC  870
      ||||   ||||||||||||||
seq2  GTTGGTACCTCTTATGACCTC  869