BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130L16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 94,063,372 - 94,225,169
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi1
Upstream geneLOC384461, LOC100043253, LOC665831
Downstream geneLOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276, LOC100043680, Kbtbd8, LOC435912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130L16.bB6Ng01-130L16.g
ACCDH931968DH931969
length7321,006
definitionDH931968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130L16, 5' end.DH931969|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130L16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,063,372 - 94,064,103)(94,224,151 - 94,225,169)
sequence
gaattctcccagtctagtctccagtatcaacgctgactgcaaagtcagac
cacactagagccatccaccagccatgagggagaaacacagctcatagtgg
ccttaatgttttgctagtgaaataatgcagcagcgaagactagctgtttc
cataggatacaactgccctcctgctgcttggcaacactcagcatcttatt
tatggtctctccgtgttggtctatgtggctcctctaatcatgtcctgtcc
gaatctgctgtctggttccctacaggaacaaccccaaatttcacacttgt
ttcaagctatttaaaggaactagtgtagaaattctcaaactcggacttag
gatacttgtggctgaacacgtcttccatcctggtgactgcacagtggaca
gtgagacattcagcctcaatacttacctctcaacttatgtgatgaacaaa
aatatctctaggacatgttaatatctgccagggttggagctagagagatg
gctcagcagttaaaaatgtttgctgtgcaatcatttgggttagatcccca
aactcacataacaagccacaggtaactcaagctctgagggatctgatact
ttcttttggccttcatacatacgtgcacaagcacccacatatgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtattcacgcaaagcatatataaaaaaa
atggaaaaaatggtcctgggttgggggggggg
gaattcttgtggtggcagttcttagggtcaccaggtggttgatctagtcc
acttgagccacctgaggatctcatagacagagcagcccttatatacccat
gtctttattagatacccgttactttgtttcccaccctgccttctccccac
catcatgtgggtcttaaatgaaatttctaggagcacacctgagatcagct
ttttttcatttttatttatttatttttgaaacagcctttttaccgttgtt
cagatttgcctgggctttactgtgtgaccaggctggctaccctcctgtct
cagcctccccagttgattatttgaatgtcagtagtttatcagagaggtgg
tcagtcctaaggaccttggaggcccagaggccagccaggtgtttaaaaac
cttgctaaggaagaacttggggcttggggcagcagcttcctgctgattgc
gtcagagaagtttatggatgttttactccttctgtggttggtgagagctt
cctcctgctggctatccatccctgtgcatttttttttttctgtaactatc
tccagtgttgggagaaagagttatgtaagaaaattatactctcattgcta
aggttattgctaaggtatcaagccaagcagagtcggttgtgtgtgtgctt
ttaatggggccacggttatgtttgctgcagaaagaataatcttttacttt
gtagggagacaaggcttgcggctctctttatggacagtggcacgatggtg
cattaaaaggctcttgcccatatactgatgataagccttgtttcaaaatt
tattgctatacacgggattaactggactgtcaaactgcttgtagactaat
ccacaaatagaaattattgatgggtgtaatagactttatactcagtctgg
ctaatgagagctggtgttaaggggcgaggtgcttccctcttttgagcatg
cttgtctctgacatgagatgatgaggctctgctctgtagggctgatggat
gaatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_94063372_94064103
seq2: B6Ng01-130L16.b_50_781

seq1  GAATTCTCCCAGTCTAGTCTCCAGTATCAACGCTGACTGCAAAGTCAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCAGTCTAGTCTCCAGTATCAACGCTGACTGCAAAGTCAGAC  50

seq1  CACACTAGAGCCATCCACCAGCCATGAGGGAGAAACACAGCTCATAGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAGAGCCATCCACCAGCCATGAGGGAGAAACACAGCTCATAGTGG  100

seq1  CCTTAATGTTTTGCTAGTGAAATAATGCAGCAGCGAAGACTAGCTGTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATGTTTTGCTAGTGAAATAATGCAGCAGCGAAGACTAGCTGTTTC  150

seq1  CATAGGATACAACTGCCCTCCTGCTGCTTGGCAACACTCAGCATCTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGATACAACTGCCCTCCTGCTGCTTGGCAACACTCAGCATCTTATT  200

seq1  TATGGTCTCTCCGTGTTGGTCTATGTGGCTCCTCTAATCATGTCCTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCTCTCCGTGTTGGTCTATGTGGCTCCTCTAATCATGTCCTGTCC  250

seq1  GAATCTGCTGTCTGGTTCCCTACAGGAACAACCCCAAATTTCACACTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGCTGTCTGGTTCCCTACAGGAACAACCCCAAATTTCACACTTGT  300

seq1  TTCAAGCTATTTAAAGGAACTAGTGTAGAAATTCTCAAACTCGGACTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTATTTAAAGGAACTAGTGTAGAAATTCTCAAACTCGGACTTAG  350

seq1  GATACTTGTGGCTGAACACGTCTTCCATCCTGGTGACTGCACAGTGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTGTGGCTGAACACGTCTTCCATCCTGGTGACTGCACAGTGGACA  400

seq1  GTGAGACATTCAGCCTCAATACTTACCTCTCAACTTATGTGATGAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACATTCAGCCTCAATACTTACCTCTCAACTTATGTGATGAACAAA  450

seq1  AATATCTCTAGGACATGTTAATATCTGCCAGGGTTGGAGCTAGAGAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTCTAGGACATGTTAATATCTGCCAGGGTTGGAGCTAGAGAGATG  500

seq1  GCTCAGCAGTTAAAAATGTTTGCTGTGCAATCATTTGGGTTAGATCCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCAGTTAAAAATGTTTGCTGTGCAATCATTTGGGTTAGATCCCCA  550

seq1  AACTCACATAACAAGCCACAGGTAACTCAAGCTCTGAGGGATCTGATACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACATAACAAGCCACAGGTAACTCAAGCTCTGAGGGATCTGATACT  600

seq1  TTCTTTTGGCCTTCATACATACGTGCACAAGCACCCACATATGTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGCCTTCATACATACGTGCACAAGCACCCACATATGTGTGTGT  650

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTCACGCAAAGCATATATAAAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTCACGCAAAGCATATATAAAAAAA  700

seq1  ATTGGAAAGATGGGCCTGGGTTGGGGGGGGGG  732
      || | ||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAAATGGTCCTGGGTTGGGGGGGGGG  732

seq1: chr6_94224151_94225169
seq2: B6Ng01-130L16.g_72_1077 (reverse)

seq1  TCATTCCTCCATCAGCCCTACAGAGCAGAGCCCTCATCATCTCCATGTTC  50
      |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||
seq2  TCATTCATCCATCAGCCCTACAGAGCAGAG-CCTCATCATCT-CATG-TC  47

seq1  AGAGGGACAAGCATGGCTCAAAAGAGGTGAAGCACCTCGCCCCCTAAACA  100
      |||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
seq2  AGA--GACAAGCAT-GCTCAAAAGAGG-GAAGCACCTCG-CCCCTTAACA  92

seq1  CCCAGCTCTCCATTAGCCAGACTGAGTATAAAGTCTTAATTACAACCCAT  150
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||
seq2  -CCAGCTCT-CATTAGCCAGACTGAGTATAAAGTCT--ATTAC-ACCCAT  137

seq1  CAATTAATTTCTATTTGTGGATTAGTCTACAAGCAGTTTGACAGTCCAGT  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAA-TAATTTCTATTTGTGGATTAGTCTACAAGCAGTTTGACAGTCCAGT  186

seq1  TAATCCCGTGTATAGCAAT-AATTTTGAAACAAGGCTTATCATCAGTATA  249
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCGTGTATAGCAATAAATTTTGAAACAAGGCTTATCATCAGTATA  236

seq1  TGGGCAAGAGCCTTTTAATTGCACCATCGTGCCACTGTCCATAAAGAGAG  299
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAGAGCCTTTTAA-TGCACCATCGTGCCACTGTCCATAAAGAGAG  285

seq1  CCGCAAGCCTTGTCTCCCTACAAAGTAAAAGATTATTCTTTCTGCAGCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAAGCCTTGTCTCCCTACAAAGTAAAAGATTATTCTTTCTGCAGCAA  335

seq1  ACATAACCGTGG-CCCATTAAAAGCACACACACAACCGACTCTGCTTGGC  398
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACCGTGGCCCCATTAAAAGCACACACACAACCGACTCTGCTTGGC  385

seq1  TTGATACCTTAGCAATAACCTTAGCAATGAGAGTATAATTTTCTTACATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACCTTAGCAATAACCTTAGCAATGAGAGTATAATTTTCTTACATA  435

seq1  ACTCTTTCTCCCAACACTGGAGATAGTTACAGAAAAAAAAAAATGCACAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTCTCCCAACACTGGAGATAGTTACAGAAAAAAAAAAATGCACAG  485

seq1  GGATGGATAGCCAGCAGGAGGAAGCTCTCACCAACCACAGAAGGAGTAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATAGCCAGCAGGAGGAAGCTCTCACCAACCACAGAAGGAGTAAA  535

seq1  ACATCCATAAACTTCTCTGACGCAATCAGCAGGAAGCTGCTGCCCCAAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCATAAACTTCTCTGACGCAATCAGCAGGAAGCTGCTGCCCCAAGC  585

seq1  CCCAAGTTCTTCCTTAGCAAGGTTTTTAAACACCTGGCTGGCCTCTGGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTTCTTCCTTAGCAAGGTTTTTAAACACCTGGCTGGCCTCTGGGC  635

seq1  CTCCAAGGTCCTTAGGACTGACCACCTCTCTGATAAACTACTGACATTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGTCCTTAGGACTGACCACCTCTCTGATAAACTACTGACATTCA  685

seq1  AATAATCAACTGGGGAGGCTGAGACAGGAGGGTAGCCAGCCTGGTCACAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCAACTGGGGAGGCTGAGACAGGAGGGTAGCCAGCCTGGTCACAC  735

seq1  AGTAAAGCCCAGGCAAATCTGAACAACGGTAAAAAGGCTGTTTCAAAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGCCCAGGCAAATCTGAACAACGGTAAAAAGGCTGTTTCAAAAAT  785

seq1  AAATAAATAAAAATGAAAAAAAGCTGATCTCAGGTGTGCTCCTAGAAATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAAAATGAAAAAAAGCTGATCTCAGGTGTGCTCCTAGAAATT  835

seq1  TCATTTAAGACCCACATGATGGTGGGGAGAAGGCAGGGTGGGAAACAAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAGACCCACATGATGGTGGGGAGAAGGCAGGGTGGGAAACAAAG  885

seq1  TAACGGGTATCTAATAAAGACATGGGTATATAAGGGCTGCTCTGTCTATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGGGTATCTAATAAAGACATGGGTATATAAGGGCTGCTCTGTCTATG  935

seq1  AGATCCTCAGGTGGCTCAAGTGGACTAGATCAACCACCTGGTGACCCTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTCAGGTGGCTCAAGTGGACTAGATCAACCACCTGGTGACCCTAA  985

seq1  GAACTGCCACCACAAGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCCACCACAAGAATTC  1006