BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131H05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 12,880,239 - 13,001,648
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePhf14, LOC100040844, EG625347, LOC435879, Thsd7a, LOC667735
Downstream geneLOC384350, Tmem106b, Gm467, Gm725, 1700016P04Rik, LOC100040478, Tmem168, B630005N14Rik, Gpr85, 2610001J05Rik, LOC100041043
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131H05.bB6Ng01-131H05.g
ACCDH932504DH932505
length1,1361,150
definitionDH932504|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131H05, 5' end.DH932505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,000,502 - 13,001,648)(12,880,239 - 12,881,416)
sequence
gaattcaagactatccaataggtagttagaatctaaagaaatattttaag
cataatttggaataaaatttgctattataagtatttagctttcattgttt
catgccaatcagtgggtggagcttaagaattaatccaaagtgtttccatt
tgttcacttatcaaatggtattgagcattatctctgtgttaagggctgct
ctagactaaaggaaaataaacataagcaggggtgggtcttgactccactc
agcttacacatctgggaatgcaggcaaactggttaaaacagaggactgcc
ctaaaaatgtcaaacagtagcaagctcaacagaacaatgagagtcagggc
aaaaaataaaagaaagatgagtacattattaatttatgtgaattcttgtg
aggttcttcactggtacttcagtagagagctgatgaaacagaggagcctg
acacgtgcttctttggaaaagaacatcaaacagaggcatagtaatgcttc
agaggtggagaatcaacatatcctcaacctggaacttaggaagagccctg
tggatttgaagaatgagtccggggagagctgaggtctcagaatctgttta
gacaaacagaccttgtgatcactggctcaacgcagtgggaagccacaaga
cattcgatctgtggaatattatggtctgatttacacttaaaatattagaa
cggttcttatgcaaccgtttttatgttcagttttataaggtcatttgagc
aaagtggctacagatacataggcactgcagactccagacttgctggtagc
cactccattcttaaagcagactccagttagcacattgtaaggagctggag
ttcttagtcacagagatgaaggaaaattaattctgctaaccatttacaaa
tttttgagcgatgcattcccagctcaagaacacagtaaatatggaaaacc
ttgctgacatgtttatgaagcataaaaccctaagaaggagccagaagaag
ctgtgctaaattcttgacacaggatacgctatctgtaagctgtagtatac
ttttatgttgtagatgacagatgatatagtttccatcaaacatagtagat
ttagtgacttaagtagattaaaaatcatgtggagta
gaattccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtctcaaaaaaca
aaacaaaacaaaacaaaaacaaaaaaccaacaaacaaacaaacaaacaaa
aagacaaaaacagaaggcaggggagcctgagactgatgcacaagacctcc
aggaggtatcctagtaaatatcctgattgggaactatgaacactgatgtc
aattcaatttttataaaagtcatagaacatgagatatgattatattgtat
ttatgcatttatatgtgctcagacatacaatcactgtatgtgagtatttg
ggggtgaatacaaagcaaatttcacaaagactgaattttctgtagaagct
tccatcactgacttaattgaactcttttatctattcaatctctctgcatg
aaaaagaggaagtgtgaattctcttttgaacagtaaaataatatatagag
actaaaagtagctccagaattttccatactctatagacaacgtcccattc
aataaacattagacatagcaaataacaaaaccaactgtctcaaagccagc
agaaggcattagaaacaaatgtttgacagaaatagaaattggagttgtca
gacaagaacagttaaaacaaatatagtgagcataatcatgtagttaaata
acatactagacttttttattgaaaacttagaaattaaaaatctcactggt
actctgtaaacaataaaaacataataacacataataggactgatgagatg
gcaaagtgtttaaaagtacttgttgctcttccagaagacccaaggctagt
ttccagcacccaccctgagtggataacaactgctgtaactccccagttac
aggggatctgatgccctgttttggccgctttaggcacttgaacatgtgac
acacagatatacataaataaactaatagtgaaaatagaccttctaaaatg
cactagcacagtatgagtctaaaaatatcactaaaattgaaatctttaaa
tctgtgcaatgggactaataccattctctcgttaatgtatgacaaaattt
tgttaatttcgtcaatataaatctcacatagctgctttctagctacccag
gaaagcacaatttaatattatgtatcgacatgaaaatcttaccttcaggt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_13000502_13001648
seq2: B6Ng01-131H05.b_47_1182 (reverse)

seq1  TACTCTACATGATCTTTTATCTACTTATGTCAACTACATCTACTTATGGT  50
      ||||| ||||||| ||| ||||||||| ||| |||| |||||| ||||  
seq2  TACTCCACATGATTTTTAATCTACTTAAGTC-ACTAAATCTAC-TATG--  46

seq1  TTTGATGGAAACTATATCATCTGTCATCTACAACATAAAAGTATTACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTGATGGAAACTATATCATCTGTCATCTACAACATAAAAGTA-TACTAC  95

seq1  AGCTTAACAGATAAGCCGTATCCCTGTGTCAAGAATTTAAGCACAGCTTC  150
      ||||| |||||||   ||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCTT-ACAGATA--GCGTAT-CCTGTGTCAAGAATTT-AGCACAGCTTC  140

seq1  -TCTGGCTCCTTCCTTAGGGTTTTATGCTTCAATAAACATGTCAGCAAGG  199
       ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCTCCTT-CTTAGGGTTTTATGCTTC-ATAAACATGTCAGCAAGG  188

seq1  TTTTCCATATTTACTGTGTTCTTGAGCTGGGAATGCATCGCTCAAAAATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATATTTACTGTGTTCTTGAGCTGGGAATGCATCGCTCAAAAATT  238

seq1  TGTAAATGGTTAGCAGAATTAATTTTCCTTCATCTCTGTGACTAAGAACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATGGTTAGCAGAATTAATTTTCCTTCATCTCTGTGACTAAGAACT  288

seq1  CCAGCTCCTTACAATGTGCTAACTGGAGTCTGCTTTAAGAATGGAGTGGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCTTACAATGTGCTAACTGGAGTCTGCTTTAAGAATGGAGTGGC  338

seq1  TACCAGCAAGTCTGGAGTCTGCAGTGCCTATGTATCTGTAGCCACTTTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCAAGTCTGGAGTCTGCAGTGCCTATGTATCTGTAGCCACTTTGC  388

seq1  TCAAATGACCTTATAAAACTGAACATAAAAACGGTTGCATAAGAACCGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGACCTTATAAAACTGAACATAAAAACGGTTGCATAAGAACCGTT  438

seq1  CTAATATTTTAAGTGTAAATCAGACCATAATATTCCACAGATCGAATGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTTTAAGTGTAAATCAGACCATAATATTCCACAGATCGAATGTC  488

seq1  TTGTGGCTTCCCACTGCGTTGAGCCAGTGATCACAAGGTCTGTTTGTCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCTTCCCACTGCGTTGAGCCAGTGATCACAAGGTCTGTTTGTCTA  538

seq1  AACAGATTCTGAGACCTCAGCTCTCCCCGGACTCATTCTTCAAATCCACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTCTGAGACCTCAGCTCTCCCCGGACTCATTCTTCAAATCCACA  588

seq1  GGGCTCTTCCTAAGTTCCAGGTTGAGGATATGTTGATTCTCCACCTCTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTTCCTAAGTTCCAGGTTGAGGATATGTTGATTCTCCACCTCTGA  638

seq1  AGCATTACTATGCCTCTGTTTGATGTTCTTTTCCAAAGAAGCACGTGTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTACTATGCCTCTGTTTGATGTTCTTTTCCAAAGAAGCACGTGTCA  688

seq1  GGCTCCTCTGTTTCATCAGCTCTCTACTGAAGTACCAGTGAAGAACCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTCTGTTTCATCAGCTCTCTACTGAAGTACCAGTGAAGAACCTCA  738

seq1  CAAGAATTCACATAAATTAATAATGTACTCATCTTTCTTTTATTTTTTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATTCACATAAATTAATAATGTACTCATCTTTCTTTTATTTTTTGC  788

seq1  CCTGACTCTCATTGTTCTGTTGAGCTTGCTACTGTTTGACATTTTTAGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTCTCATTGTTCTGTTGAGCTTGCTACTGTTTGACATTTTTAGGG  838

seq1  CAGTCCTCTGTTTTAACCAGTTTGCCTGCATTCCCAGATGTGTAAGCTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTCTGTTTTAACCAGTTTGCCTGCATTCCCAGATGTGTAAGCTGA  888

seq1  GTGGAGTCAAGACCCACCCCTGCTTATGTTTATTTTCCTTTAGTCTAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTCAAGACCCACCCCTGCTTATGTTTATTTTCCTTTAGTCTAGAG  938

seq1  CAGCCCTTAACACAGAGATAATGCTCAATACCATTTGATAAGTGAACAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTTAACACAGAGATAATGCTCAATACCATTTGATAAGTGAACAAA  988

seq1  TGGAAACACTTTGGATTAATTCTTAAGCTCCACCCACTGATTGGCATGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACACTTTGGATTAATTCTTAAGCTCCACCCACTGATTGGCATGAA  1038

seq1  ACAATGAAAGCTAAATACTTATAATAGCAAATTTTATTCCAAATTATGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAAAGCTAAATACTTATAATAGCAAATTTTATTCCAAATTATGCT  1088

seq1  TAAAATATTTCTTTAGATTCTAACTACCTATTGGATAGTCTTGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTCTTTAGATTCTAACTACCTATTGGATAGTCTTGAATTC  1136

seq1: chr6_12880239_12881416
seq2: B6Ng01-131H05.g_68_1217

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACA  50

seq1  AAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAACCAACAAACAAACAAACAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAACCAACAAACAAACAAACAAACAAA  100

seq1  AAGACAAAAACAGAAGGCAGGGGAGCCTGAGACTGATGCACAAGACCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAAACAGAAGGCAGGGGAGCCTGAGACTGATGCACAAGACCTCC  150

seq1  AGGAGGTATCCTAGTAAATATCCTGATTGGGAACTATGAACACTGATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTATCCTAGTAAATATCCTGATTGGGAACTATGAACACTGATGTC  200

seq1  AATTCAATTTTTATAAAAGTCATAGAACATGAGATATGATTATATTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAATTTTTATAAAAGTCATAGAACATGAGATATGATTATATTGTAT  250

seq1  TTATGCATTTATATGTGCTCAGACATACAATCACTGTATGTGAGTATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCATTTATATGTGCTCAGACATACAATCACTGTATGTGAGTATTTG  300

seq1  GGGGTGAATACAAAGCAAATTTCACAAAGACTGAATTTTCTGTAGAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAATACAAAGCAAATTTCACAAAGACTGAATTTTCTGTAGAAGCT  350

seq1  TCCATCACTGACTTAATTGAACTCTTTTATCTATTCAATCTCTCTGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACTGACTTAATTGAACTCTTTTATCTATTCAATCTCTCTGCATG  400

seq1  AAAAAGAGGAAGTGTGAATTCTCTTTTGAACAGTAAAATAATATATAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAGGAAGTGTGAATTCTCTTTTGAACAGTAAAATAATATATAGAG  450

seq1  ACTAAAAGTAGCTCCAGAATTTTCCATACTCTATAGACAACGTCCCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGTAGCTCCAGAATTTTCCATACTCTATAGACAACGTCCCATTC  500

seq1  AATAAACATTAGACATAGCAAATAACAAAACCAACTGTCTCAAAGCCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACATTAGACATAGCAAATAACAAAACCAACTGTCTCAAAGCCAGC  550

seq1  AGAAGGCATTAGAAACAAATGTTTGACAGAAATAGAAATTGGAGTTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCATTAGAAACAAATGTTTGACAGAAATAGAAATTGGAGTTGTCA  600

seq1  GACAAGAACAGTTAAAACAAATATAGTGAGCATAATCATGTAGTTAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAACAGTTAAAACAAATATAGTGAGCATAATCATGTAGTTAAATA  650

seq1  ACATACTAGACTTTTTTATTGAAAACTTAGAAATTAAAAATCTCACTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAGACTTTTTTATTGAAAACTTAGAAATTAAAAATCTCACTGGT  700

seq1  ACTCTGTAAACAATAAAAACATAATAACACATAATAGGACTGATGAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTAAACAATAAAAACATAATAACACATAATAGGACTGATGAGATG  750

seq1  GCAAAGTGTTTAAAAGTACTTGTTGCTCTTCCAGAAGACCCAAGGCTAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGTTTAAAAGTACTTGTTGCTCTTCCAGAAGACCCAAGGCTAGT  800

seq1  TTCCAGCACCCACCCTGAGTGGATAACAACTGCTGTAACTCCCCAGTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCACCCACCCTGAGTGGATAACAACTGCTGTAACTCCCCAGTTAC  850

seq1  AGGGGATCTGATGCCCTGTTTTGGCCGCTTTAGGCACTTGAACATGTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATCTGATGCCCTGTTTTGGCCGCTTTAGGCACTTGAACATGTGAC  900

seq1  ACACAGATATACATAAATAAAACTAATAGTGAAAATAGACCTTCTAAAAA  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACACAGATATACATAAAT-AAACTAATAGTGAAAATAGACCTTCT-AAAA  948

seq1  TGCAACTAGCACAGTATGAGTCTAAAAATATCACTAAAATTGAAAATCTT  1000
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGC-ACTAGCACAGTATGAGTCTAAAAATATCACTAAAATTG-AAATCTT  996

seq1  TAAAATCTGTGCAAATGGGACTAATACCATTCTCTTCGTTAATGTTATTG  1050
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||
seq2  T-AAATCTGTGC-AATGGGACTAATACCATTCTC-TCGTTAATGT--ATG  1041

seq1  ACCAAAAATTTTTGTTAATTTCCGTCAATATACATCTCACCATTAGGCTG  1100
      ||   ||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||   ||||
seq2  AC---AAAATTTTGTTAATTT-CGTCAATATAAATCTCA-CAT--AGCTG  1084

seq1  CCTTTCTTAAGCTACCCAGGAAAGCACAAATTTTTAGATATATGTATCAG  1150
       ||||||  ||||||||||||||||||||  ||| | || |||||||| |
seq2  -CTTTCT--AGCTACCCAGGAAAGCACAA--TTTAATAT-TATGTATC-G  1127

seq1  ACCATTGAAAAATCTTACACTTCCAGGT  1178
      | |||   |||||||||| ||| |||||
seq2  A-CAT--GAAAATCTTAC-CTT-CAGGT  1150