BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131I16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 91,482,712 - 91,610,993
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAldh1l1, Slc41a3, Iqsec1, LOC100043646, EG665685, Nup210, Hdac11, Fbln2, LOC665716, Wnt7a, LOC100043659, LOC625420, Chchd4, Tmem43, Xpc, Lsm3
Downstream geneSlc6a6, Grip2, C130022K22Rik, 4930590J08Rik, Fgd5, Nr2c2, Mrps25, Zfyve20, Trh, LOC665805, Prickle2, LOC545866
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131I16.bB6Ng01-131I16.g
ACCDH932574DH932575
length1,0741,190
definitionDH932574|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131I16, 5' end.DH932575|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131I16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,609,913 - 91,610,993)(91,482,712 - 91,483,890)
sequence
gaattcttacctagcgtgcaccaagccctgggtccatcctcagcaccacg
caaacccaacgtgctgatgcatgcctgggacatttgcactggagaggcga
agacaggaagatgagaacttcaagatcaaactcagcttgatagtgaactt
gaggctagcctgggctacatgaaactgactaactaactaaactaactaac
taaatcgaattaaaagatccagggccaggctcaccataggcaggaagcca
gctagaaaatcaatctctctctctctctctctctctctctctctctctcc
ctccctcccttcctcccctcccccaccccaccccagaacaccccctgctg
gtgggatggtctttgtaggtatgccttgatcccacatttggcttcaggag
gagggactatcttccttccattatgtaggttaaggtttaacccaaaccct
agccgtgagaggcctctgaagacctccttgcagcttagactcaaggctag
cagcttttgcccacattatcaaggctacacaattcagctgtcagctcatg
ccctaaaatatatcatgtcacccagcacaggaagaaacccctcctccagc
tttctccacccctttccctccccatctctggggagcaacagttgtttctc
tcagagtttccacagcttccccacccctcagggcaataaccctctgtgcc
tggcacaggccctgcccttcctgctaggggcagctgctgctgggagagct
gcctacccacacactactccggcaccaggcactggttaagcataaacagg
agtctgcagacagagccaacctagggccccctcagaaagtgtcctagctt
ggatagtggcaggccaagcaaagccacatatgggtgtccctggatgctaa
gggttggcttcttctatcctttgctggtttttctatttagaccacccctc
aaggggagatagctgaggccaacagcagctcccccctagactgagaggtg
gcaggtgtgtgcaggagcttggctgtactcctacccaagtggtgattggg
gttcgatgtccacatgcaatcagg
gaattcagttcattctcgatgagctgataggcactgagcacctacctatt
gagcactgggaacccagggtctggtccctaaggagcttggcacgttaaca
ggagcttggctgagaaacactaggacttagttgcttaactggctagcatc
acgtagcaaatacacagctgggctgggaagctgcttggctctctacactg
caggtgagatgctaccctaaagactagaagcagtggagcagagtgtgctc
aagtgccaggtggctcccctcagagcttacaagcccaccagtgtcccacg
acctcagcctttgtcctctaccgtacccttctggcagagagggaacgtgc
gggatctcggctctttctggttgtgtttctcattactccacagccttcag
gccggttttctttagataaacccgagactgctctgcttgagcaacggtca
aattcaacccaagaagtaatctaagttggagatgcaatcaaataaccttg
gcaggggggaaaaaacccaataacaacaaaaaggaaaaacaaagtaacaa
aacaaaaacccacttcaaaaaaaaaaaaaatgtctccagaagaaactgag
catgaagaattgaaacaatgtaagagaacaggatatttcttaaaaagatg
ttttatttctcttcagctcattgatcttgtccctccctagaagtttgaaa
gctttctctgccaattaatctctacactcataaccagcccctaccccctc
tataatcttcagcctccaaagcaaggactacagttagcaagacaaatgtt
tgtcttggaagatcaattaccgcactgggaggtctgagattcctggggtt
tagtgcgtgccttgccttggacttgctcggtgaccttcggatctctgtgc
aggggtgtctgagactacacaatgagccatgtcctgagattgccctgagt
tcccgaagagggtacttggccaaggatattgatttatctatgccattaat
gctgctcctccttccttcaagaagccagctaattatgttatgaattgaat
atgcattttcttggtggtgcattttgaggaccgtcttttacaggatgtgg
tggccaagaaatgtgtgtataaagagaaccacattaacacaggtttttgt
tattcttgaggaaaaaaggtctcacgctccatttattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_91609913_91610993
seq2: B6Ng01-131I16.b_48_1121 (reverse)

seq1  CCTGATTTGCATGTTGGACATCGAACCCCAAATCA-CACTCTGTGCTGGA  49
      ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| || |  |||
seq2  CCTGA-TTGCATG-TGGACATCGAACCCC-AATCACCACT-TGGGTAGGA  46

seq1  GCTACAGCCAAGCTCCTGCACACACCTGCCACCTCTCAGTCTAGGGTGGA  99
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  G-TACAGCCAAGCTCCTGCACACACCTGCCACCTCTCAGTCTAGGGGGGA  95

seq1  GCTGCTGTTTGGCCTCAGCTATCTCCCCCTTGAGGGTGGTTCTGAATAGA  149
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  | ||| ||||||
seq2  GCTGCTG-TTGGCCTCAGCTATCT-CCCCTTGAGGGGTGGTCTAAATAGA  143

seq1  AAAACCAGCAAAGGTTAGAAGAAGCCAACCCTTAGCATCCAGGGACACCC  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGCAAAGGATAGAAGAAGCCAACCCTTAGCATCCAGGGACACCC  193

seq1  ATATGTGGCTTTGCTTGGCCCTGCCACTATCCAAGCTAGGACACTTTCTG  249
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGGCTTTGCTTGG-CCTGCCACTATCCAAGCTAGGACACTTTCTG  242

seq1  AGGGGGCCCTAGGTTGGCTCTGTCTGCAGACTCCTGTTTATGCTTAACCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCCCTAGGTTGGCTCTGTCTGCAGACTCCTGTTTATGCTTAACCA  292

seq1  GTGCCTGGTGCCGGAGTAGTGTGTGGGTAGGCAGCTCTCCCAGCAGCAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTGGTGCCGGAGTAGTGTGTGGGTAGGCAGCTCTCCCAGCAGCAGC  342

seq1  TGCCCCTAGCAGGAAGGGCAGGGCCTGTGCCAGGCACAGAGGGTTATTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTAGCAGGAAGGGCAGGGCCTGTGCCAGGCACAGAGGGTTATTGC  392

seq1  CCTGAGGGGTGGGGAAGCTGTGGAAACTCTGAGAGAAACAACTGTTGCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGGTGGGGAAGCTGTGGAAACTCTGAGAGAAACAACTGTTGCTC  442

seq1  CCCAGAGATGGGGAGGGAAAGGGGTGGAGAAAGCTGGAGGAGGGGTTTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGATGGGGAGGGAAAGGGGTGGAGAAAGCTGGAGGAGGGGTTTCT  492

seq1  TCCTGTGCTGGGTGACATGATATATTTTAGGGCATGAGCTGACAGCTGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCTGGGTGACATGATATATTTTAGGGCATGAGCTGACAGCTGAA  542

seq1  TTGTGTAGCCTTGATAATGTGGGCAAAAGCTGCTAGCCTTGAGTCTAAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGCCTTGATAATGTGGGCAAAAGCTGCTAGCCTTGAGTCTAAGC  592

seq1  TGCAAGGAGGTCTTCAGAGGCCTCTCACGGCTAGGGTTTGGGTTAAACCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGAGGTCTTCAGAGGCCTCTCACGGCTAGGGTTTGGGTTAAACCT  642

seq1  TAACCTACATAATGGAAGGAAGATAGTCCCTCCTCCTGAAGCCAAATGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTACATAATGGAAGGAAGATAGTCCCTCCTCCTGAAGCCAAATGTG  692

seq1  GGATCAAGGCATACCTACAAAGACCATCCCACCAGCAGGGGGTGTTCTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAGGCATACCTACAAAGACCATCCCACCAGCAGGGGGTGTTCTGG  742

seq1  GGTGGGGTGGGGGAGGGGAGGAAGGGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGTGGGGGAGGGGAGGAAGGGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAG  792

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGATTGATTTTCTAGCTGGCTTCCTGCCTATGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGATTGATTTTCTAGCTGGCTTCCTGCCTATGGT  842

seq1  GAGCCTGGCCCTGGATCTTTTAATTCGATTTAGTTAGTTAGTTTAGTTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGGCCCTGGATCTTTTAATTCGATTTAGTTAGTTAGTTTAGTTAG  892

seq1  TTAGTCAGTTTCATGTAGCCCAGGCTAGCCTCAAGTTCACTATCAAGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAGTTTCATGTAGCCCAGGCTAGCCTCAAGTTCACTATCAAGCTG  942

seq1  AGTTTGATCTTGAAGTTCTCATCTTCCTGTCTTCGCCTCTCCAGTGCAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATCTTGAAGTTCTCATCTTCCTGTCTTCGCCTCTCCAGTGCAAA  992

seq1  TGTCCCAGGCATGCATCAGCACGTTGGGTTTGCGTGGTGCTGAGGATGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCAGGCATGCATCAGCACGTTGGGTTTGCGTGGTGCTGAGGATGGA  1042

seq1  CCCAGGGCTTGGTGCACGCTAGGTAAGAATTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGCTTGGTGCACGCTAGGTAAGAATTC  1074

seq1: chr6_91482712_91483890
seq2: B6Ng01-131I16.g_70_1259

seq1  GAATTCAGTTCATTCTCGATGAGCTGATAGGCACTGAGCACCTACCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCATTCTCGATGAGCTGATAGGCACTGAGCACCTACCTATT  50

seq1  GAGCACTGGGAACCCAGGGTCTGGTCCCTAAGGAGCTTGGCACGTTAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGGGAACCCAGGGTCTGGTCCCTAAGGAGCTTGGCACGTTAACA  100

seq1  GGAGCTTGGCTGAGAAACACTAGGACTTAGTTGCTTAACTGGCTAGCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTGGCTGAGAAACACTAGGACTTAGTTGCTTAACTGGCTAGCATC  150

seq1  ACGTAGCAAATACACAGCTGGGCTGGGAAGCTGCTTGGCTCTCTACACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGCAAATACACAGCTGGGCTGGGAAGCTGCTTGGCTCTCTACACTG  200

seq1  CAGGTGAGATGCTACCCTAAAGACTAGAAGCAGTGGAGCAGAGTGTGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGATGCTACCCTAAAGACTAGAAGCAGTGGAGCAGAGTGTGCTC  250

seq1  AAGTGCCAGGTGGCTCCCCTCAGAGCTTACAAGCCCACCAGTGTCCCACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCAGGTGGCTCCCCTCAGAGCTTACAAGCCCACCAGTGTCCCACG  300

seq1  ACCTCAGCCTTTGTCCTCTACCGTACCCTTCTGGCAGAGAGGGAACGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGCCTTTGTCCTCTACCGTACCCTTCTGGCAGAGAGGGAACGTGC  350

seq1  GGGATCTCGGCTCTTTCTGGTTGTGTTTCTCATTACTCCACAGCCTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTCGGCTCTTTCTGGTTGTGTTTCTCATTACTCCACAGCCTTCAG  400

seq1  GCCGGTTTTCTTTAGATAAACCCGAGACTGCTCTGCTTGAGCAACGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGTTTTCTTTAGATAAACCCGAGACTGCTCTGCTTGAGCAACGGTCA  450

seq1  AATTCAACCCAAGAAGTAATCTAAGTTGGAGATGCAATCAAATAACCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAACCCAAGAAGTAATCTAAGTTGGAGATGCAATCAAATAACCTTG  500

seq1  GCAGGGGGGAAAAAACCCAATAACAACAAAAAGGAAAAACAAAGTAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGGGAAAAAACCCAATAACAACAAAAAGGAAAAACAAAGTAACAA  550

seq1  AACAAAAACCCACTTCAAAAAAAAAAAAAATGTCTCCAGAAGAAACTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAACCCACTTCAAAAAAAAAAAAAATGTCTCCAGAAGAAACTGAG  600

seq1  CATGAAGAATTGAAACAATGTAAGAGAACAGGATATTTCTTAAAAAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGAATTGAAACAATGTAAGAGAACAGGATATTTCTTAAAAAGATG  650

seq1  TTTTATTTCTCTTCAGCTCATTGATCTTGTCCCTCCCTAGAAGTTTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTCTCTTCAGCTCATTGATCTTGTCCCTCCCTAGAAGTTTGAAA  700

seq1  GCTTTCTCTGCCAATTAATCTCTACACTCATAACCAGCCCCTACCCCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCTGCCAATTAATCTCTACACTCATAACCAGCCCCTACCCCCTC  750

seq1  TATAATCTTCAGCCTCCAAAGCAAGGACTACAGTTAGCAAGACAAATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCTTCAGCCTCCAAAGCAAGGACTACAGTTAGCAAGACAAATGTT  800

seq1  TGTCTTGGAAGATCAATTACCGCACTGGGAGGTCTGAGATTCCTGGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGGAAGATCAATTACCGCACTGGGAGGTCTGAGATTCCTGGGGTT  850

seq1  TAGTGCGTGCCTTGCCTTGGACTTGCTCGGTGACCTTCGGATCTCTGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCGTGCCTTGCCTTGGACTTGCTCGGTGACCTTCGGATCTCTGTGC  900

seq1  AGGGGTGTCTGAGACTACACAAGGAGCCATGTCCTGAGATTGCCCTGAGT  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGTCTGAGACTACACAATGAGCCATGTCCTGAGATTGCCCTGAGT  950

seq1  TCCCGAAGAGGGTACTTGGCCAAGGATA-TGATTTATCTATGCCCATAAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||
seq2  TCCCGAAGAGGGTACTTGGCCAAGGATATTGATTTATCTATG-CCATTAA  999

seq1  TGCTGCT-CTCCCTCCTTCAGGAAGCCAGCTAATTATGTTAAGAATTGAA  1048
      ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCTGCTCCTCCTTCCTTCAAGAAGCCAGCTAATTATGTTATGAATTGAA  1049

seq1  AATGCATTTTCT--GTGG-GCATTTGAAGGACGGTC-TTTACAGGAATGT  1094
       |||||||||||  |||| ||||||  ||||| ||| |||||||| ||||
seq2  TATGCATTTTCTTGGTGGTGCATTTTGAGGACCGTCTTTTACAGG-ATGT  1098

seq1  -GTGGCAGAG-AGTGTGTGAATAAA-AGAGACACATTAACAAAG--TTTT  1139
       |||||  || | |||||| ||||| |||  |||||||||| ||  ||||
seq2  GGTGGCCAAGAAATGTGTGTATAAAGAGAACCACATTAACACAGGTTTTT  1148

seq1  GTTATTCTAGAGAAAAAAATGTCACA-GCTCCA-TTATTTTT  1179
      |||||||| ||| |||||| ||| || |||||| ||||||||
seq2  GTTATTCTTGAGGAAAAAAGGTCTCACGCTCCATTTATTTTT  1190