BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138C16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 64,091,113 - 64,216,091
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrid2
Upstream geneLOC667099
Downstream geneAtoh1, LOC100041833, LOC667115, Smarcad1, Ptgds2, LOC100042741, LOC100041858, LOC634745
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138C16.bB6Ng01-138C16.g
ACCDH937500DH937501
length1,010635
definitionDH937500|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138C16, 5' end.DH937501|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138C16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,215,080 - 64,216,091)(64,091,113 - 64,091,747)
sequence
gaattctttagcatggtgccgttaccctaaggtgagagatgaagcaactg
atcacttgcaagctgtctagcaattgtttaatatgattaaattcctaacc
aaagccattcttgtgaggaacaagaggcttattgttcaggcttccttgtc
acactcattgtagactgtgtaatcaacattataatcagtttaccacatgc
atagtatcgtgcatctaagtcacccagggtttctctatgaggctgctctt
gctcacacatctgctcagattcaatatacaaaggaagaagttgggattct
ctgtgaatcatcaaagagctggctatgcctgtgagtatccttaatgtctt
tgaagacaattctaatttcactgcagaggattacaaacatttaaacaatt
gagacttgcataagtaaagaattccacattaagtatagtgtaaaatgcta
gcatatacataattaccatgtctttgtggacttgtttccttgtcattttt
taaaccatatgttttacatattttccttatgcatccattgtcaagtaata
gctagaaaaatgcacatctctagaaactcaagagaaggagcaagacagat
gttgaaagggaggcccagactaactgatcacaacaatgtgttatagattc
agcaatgaacagtgtagtgaacactacacgatttgaagctgtccatccct
caactcaagaacaatatcatgtaggcacatgtgcatctggtctatctcgg
ccttgacacagtaactattggtagtctgtcctcacatctagaacctcagc
cactagcagaatctgcctctactattctcatttatccatctagaaccaca
cattaaagagtaggatatatcaaagcaaccatatacacaatataaattag
aaagtcatgaccactctgaaatccctaggaaataaaggttcagaaaaact
aagaccttaattttgtatctcagtttgagtcttggtacagaggcattcta
tatcattggg
gaattcacaacaatctgcctgtctctgcctcccaagtgctgggattaaag
atgtgtgctactactgtctgtcatgagttactgttttctggacacaaaca
ttcttggaagtgaggaagatgtttccttggtcttcataaagaacacatga
catgaagcaataatttgctcagagcttagagatgtgacaagattctcaat
ggatcataaaaatgacagtatcttccattatgaagaaatttcactttaaa
gctcttcaacatggatggtggacttactatgacagataatatctggttgg
gtagattgggtagaaaatgtgtggcatgtgatgagtgtgtgtgtgtgaca
aggaaaggcataaaatggagatgttctgggaaagctcttcaaggtgagct
gacactacaagtctgtcagtagcaaaattctaatagtcatttcatgatat
gtagaaggcactaagaatcttaattttgtttaaacatgtgtctaatcttt
aatgcaagatattgacatcaatttaattactttattttcctttcctgttt
tctaatcttactgcattttatataacatttaaagaataacatatgtatat
gtgtatgtgtaaatatatgtgtatgtgtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_64215080_64216091
seq2: B6Ng01-138C16.b_46_1055 (reverse)

seq1  CCCAATGATTATAGAATGCCTCTGTACCAAGACTCAAACTGAGATACAAA  50
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGA-TATAGAATGCCTCTGTACCAAGACTCAAACTGAGATACAAA  49

seq1  ATTAAGGTCTTAGTTTTTTCTGAACCTTTATTTCCTAGGGATTTCAGAGT  100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTCTTAG-TTTTTCTGAACCTTTATTTCCTAGGGATTTCAGAGT  98

seq1  GGTCATGACTTTCTAATTTATATTGTGTATATGGTTGCTTTGATATATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGACTTTCTAATTTATATTGTGTATATGGTTGCTTTGATATATCC  148

seq1  TACTCTTTAATGTGTGGTTCTAGATGGATAAATGAGAATAGTAGAGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTTAATGTGTGGTTCTAGATGGATAAATGAGAATAGTAGAGGCAG  198

seq1  ATTCTGCTAGTGGCTGAGGTTCTAGATGTGAGGACAGACTACCAATAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTAGTGGCTGAGGTTCTAGATGTGAGGACAGACTACCAATAGTT  248

seq1  ACTGTGTCAAGGCCGAGATAGACCAGATGCACATGTGCCTACATGATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTCAAGGCCGAGATAGACCAGATGCACATGTGCCTACATGATATT  298

seq1  GTTCTTGAGTTGAGGGATGGACAGCTTCAAATCGTGTAGTGTTCACTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGAGTTGAGGGATGGACAGCTTCAAATCGTGTAGTGTTCACTACA  348

seq1  CTGTTCATTGCTGAATCTATAACACATTGTTGTGATCAGTTAGTCTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATTGCTGAATCTATAACACATTGTTGTGATCAGTTAGTCTGGGC  398

seq1  CTCCCTTTCAACATCTGTCTTGCTCCTTCTCTTGAGTTTCTAGAGATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTTCAACATCTGTCTTGCTCCTTCTCTTGAGTTTCTAGAGATGTG  448

seq1  CATTTTTCTAGCTATTACTTGACAATGGATGCATAAGGAAAATATGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCTAGCTATTACTTGACAATGGATGCATAAGGAAAATATGTAAA  498

seq1  ACATATGGTTTAAAAAATGACAAGGAAACAAGTCCACAAAGACATGGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGGTTTAAAAAATGACAAGGAAACAAGTCCACAAAGACATGGTAA  548

seq1  TTATGTATATGCTAGCATTTTACACTATACTTAATGTGGAATTCTTTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATATGCTAGCATTTTACACTATACTTAATGTGGAATTCTTTACT  598

seq1  TATGCAAGTCTCAATTGTTTAAATGTTTGTAATCCTCTGCAGTGAAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGTCTCAATTGTTTAAATGTTTGTAATCCTCTGCAGTGAAATTA  648

seq1  GAATTGTCTTCAAAGACATTAAGGATACTCACAGGCATAGCCAGCTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTCTTCAAAGACATTAAGGATACTCACAGGCATAGCCAGCTCTTT  698

seq1  GATGATTCACAGAGAATCCCAACTTCTTCCTTTGTATATTGAATCTGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTCACAGAGAATCCCAACTTCTTCCTTTGTATATTGAATCTGAGC  748

seq1  AGATGTGTGAGCAAGAGCAGCCTCATAGAGAAACCCTGGGTGACTTAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGTGAGCAAGAGCAGCCTCATAGAGAAACCCTGGGTGACTTAGAT  798

seq1  GCACGATACTATGCATGTGGTAAACTGATTATAATGTTGATTACACAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGATACTATGCATGTGGTAAACTGATTATAATGTTGATTACACAGTC  848

seq1  TACAATGAGTGTGACAAGGAAGCCTGAACAATAAGCCTCTTGTTCCTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGAGTGTGACAAGGAAGCCTGAACAATAAGCCTCTTGTTCCTCAC  898

seq1  AAGAATGGCTTTGGTTAGGAATTTAATCATATTAAACAATTGCTAGACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGGCTTTGGTTAGGAATTTAATCATATTAAACAATTGCTAGACAG  948

seq1  CTTGCAAGTGATCAGTTGCTTCATCTCTCACCTTAGGGTAACGGCACCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAGTGATCAGTTGCTTCATCTCTCACCTTAGGGTAACGGCACCAT  998

seq1  GCTAAAGAATTC  1012
      ||||||||||||
seq2  GCTAAAGAATTC  1010

seq1: chr6_64091113_64091747
seq2: B6Ng01-138C16.g_68_702

seq1  GAATTCACAACAATCTGCCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAACAATCTGCCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAG  50

seq1  ATGTGTGCTACTACTGTCTGTCATGAGTTACTGTTTTCTGGACACAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCTACTACTGTCTGTCATGAGTTACTGTTTTCTGGACACAAACA  100

seq1  TTCTTGGAAGTGAGGAAGATGTTTCCTTGGTCTTCATAAAGAACACATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGAAGTGAGGAAGATGTTTCCTTGGTCTTCATAAAGAACACATGA  150

seq1  CATGAAGCAATAATTTGCTCAGAGCTTAGAGATGTGACAAGATTCTCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGCAATAATTTGCTCAGAGCTTAGAGATGTGACAAGATTCTCAAT  200

seq1  GGATCATAAAAATGACAGTATCTTCCATTATGAAGAAATTTCACTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATAAAAATGACAGTATCTTCCATTATGAAGAAATTTCACTTTAAA  250

seq1  GCTCTTCAACATGGATGGTGGACTTACTATGACAGATAATATCTGGTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCAACATGGATGGTGGACTTACTATGACAGATAATATCTGGTTGG  300

seq1  GTAGATTGGGTAGAAAATGTGTGGCATGTGATGAGTGTGTGTGTGTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTGGGTAGAAAATGTGTGGCATGTGATGAGTGTGTGTGTGTGACA  350

seq1  AGGAAAGGCATAAAATGGAGATGTTCTGGGAAAGCTCTTCAAGGTGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGCATAAAATGGAGATGTTCTGGGAAAGCTCTTCAAGGTGAGCT  400

seq1  GACACTACAAGTCTGTCAGTAGCAAAATTCTAATAGTCATTTCATGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTACAAGTCTGTCAGTAGCAAAATTCTAATAGTCATTTCATGATAT  450

seq1  GTAGAAGGCACTAAGAATCTTAATTTTGTTTAAACATGTGTCTAATCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGGCACTAAGAATCTTAATTTTGTTTAAACATGTGTCTAATCTTT  500

seq1  AATGCAAGATATTGACATCAATTTAATTACTTTATTTTCCTTTCCTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAGATATTGACATCAATTTAATTACTTTATTTTCCTTTCCTGTTT  550

seq1  TCTAATCTTACTGCATTTTATATAACATTTAAAGAATAACATATGTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTTACTGCATTTTATATAACATTTAAAGAATAACATATGTATAT  600

seq1  GTGTATGTGTAAATATATGTGTATGTGTATGTATG  635
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTGTAAATATATGTGTATGTGTATGTATG  635