BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140F11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 145,423,106 - 145,571,092
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042879, Tuba3b
Upstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp, Casc1, Lyrm5, Kras, LOC100039495, LOC100042866, LOC546917, 1700073E17Rik, Ifltd1
Downstream geneRassf8, Bhlhb3, Sspn, Itpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140F11.bB6Ng01-140F11.g
ACCDH939097DH939098
length1,0291,079
definitionDH939097|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140F11, 5' end.DH939098|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,423,106 - 145,424,135)(145,569,987 - 145,571,092)
sequence
gaattcttaattaaataaagtcctataacttacaccaggatgttcagtat
gagagcaaagggcatattcagaggatgtccactgcggtcctacataagtt
tttccgtgcagactgcaagcccaatctctttaagccaacagcccacctgc
tggtcaccaccacagactttagcaaatgtgtacgtgtgagaaatgctgcg
agcgtactcaattgctttgactttaaagcacacaacttggaattgggaac
tgagctccattctgaactacgaatgtatggcaatgcgcaggagtaagcgt
gcaccccctcccccaccctgtgctgacctggtcgggtgtcttggacagag
caaccaagggggtcagttagctccctggagagagactgggtaaaagtacc
ataattatctaacttgaaattcagtgacgcttttaggagggattagtcag
agtgacagacgcttctcagaggactacaaaatgctgtaatccttgtggga
ttgattattcatggtattatttcaagataggatattgataggtaacctgg
gatgatgacctgggactcacagtgtaatttaggcagtcctcaaacttgtg
tggctgccccccacaccccgggttcagcttcctaagtgctagacaacagg
cactgtgggatgccttattgagtaatttatttttacttttactcacacgc
gcatatgtatatgtgtgtctgtgtgtgtatctgtgtgtgttcgtgtgtgt
gcgtgtgtgtgcatgtgtgtgccacatgtctggtaccctgaagctgaagc
tacaggtgactgtaagccatcagatatgagtgagcactcagaactgaact
ttggttctctgcaagagcatgaagtggtcctcaccgcatagccatcctct
agacccagaaatacaattttactgatgatgaaaatgttgatggtgatgat
gtacactcaaatcctatgggctgagttgcttctgcctcctgctctaatgc
ctcagcttctgacctgctggactctcagc
gaattcaagaattattttaaaagacacaaaacctcagatttagactgact
ggcagggcacatttctggcctaggaatattaggtagctggtgggaaggta
gaggtctgagaaactaggttaacaaacccaggaaatcagtaggagctccc
tatagaagccaacagaaaaggaaacactggggactctgagccccaattct
gcctactcctgttttctggccctagagccccatattctctggagctgttg
ctgctcccagcacgttagtattcatatccaggccacattcacacccattt
ctggccaatcaatgtacaacagccatgatacttactgcatcatgggtggc
aagtatacctctgccaggtagagaccagggctctctcctcttcctttgag
tttcgatgttctcatgttcggtctcagctggcagcctatcaccatgagca
tgggcagatcaccctttctcctctccctcttactgggccccaaactccct
cagatctgggccactctgtgcctgaagccagtcttacacagttctgattt
gtagaactgggtgctgaatacagtctccccctcattcaaaggctttcttt
tgtggtttgtgctgagatatggtcctgggcagcctagaagaacctaccaa
tactagttctcaccacttagttccatactaggaattggggctagctagaa
gatgacctcggtacaacctggagccatgcgatgggaggtggctctggaat
acctcaacagcagtgcaacaagcagaggaagaaagctaatggttgtcagt
gggaatgaagtgtcagcactgcactgcaacggtctcaggacacacaccat
agactcaggagggacctcttctctagcagctcagacaggggagagccacc
tctgtgccatcagcagtactttacactaagctcttagctcacatccttag
acttaaaccgatctgcagcatgttatcatttcttaggaaaatgtgttttt
cctcaaagaatttacttggaaatgcagtttcttgaagatttgttagacag
ttagcatcagaagcagtctccatttagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_145423106_145424135
seq2: B6Ng01-140F11.b_44_1072

seq1  GAATTCTTAATTAAATAAAGTCCTATAACTTACACCAGGATGTTCAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAATTAAATAAAGTCCTATAACTTACACCAGGATGTTCAGTAT  50

seq1  GAGAGCAAAGGGCATATTCAGAGGATGTCCACTGCGGTCCTACATAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAAAGGGCATATTCAGAGGATGTCCACTGCGGTCCTACATAAGTT  100

seq1  TTTCCGTGCAGACTGCAAGCCCAATCTCTTTAAGCCAACAGCCCACCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGTGCAGACTGCAAGCCCAATCTCTTTAAGCCAACAGCCCACCTGC  150

seq1  TGGTCACCACCACAGACTTTAGCAAATGTGTACGTGTGAGAAATGCTGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACCACCACAGACTTTAGCAAATGTGTACGTGTGAGAAATGCTGCG  200

seq1  AGCGTACTCAATTGCTTTGACTTTAAAGCACACAACTTGGAATTGGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTACTCAATTGCTTTGACTTTAAAGCACACAACTTGGAATTGGGAAC  250

seq1  TGAGCTCCATTCTGAACTACGAATGTATGGCAATGCGCAGGAGTAAGCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCATTCTGAACTACGAATGTATGGCAATGCGCAGGAGTAAGCGT  300

seq1  GCACCCCCTCCCCCACCCTGTGCTGACCTGGTCGGGTGTCTTGGACAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCCTCCCCCACCCTGTGCTGACCTGGTCGGGTGTCTTGGACAGAG  350

seq1  CAACCAAGGGGGTCAGTTAGCTCCCTGGAGAGAGACTGGGTAAAAGTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAGGGGGTCAGTTAGCTCCCTGGAGAGAGACTGGGTAAAAGTACC  400

seq1  ATAATTATCTAACTTGAAATTCAGTGACGCTTTTAGGAGGGATTAGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATCTAACTTGAAATTCAGTGACGCTTTTAGGAGGGATTAGTCAG  450

seq1  AGTGACAGACGCTTCTCAGAGGACTACAAAATGCTGTAATCCTTGTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGACGCTTCTCAGAGGACTACAAAATGCTGTAATCCTTGTGGGA  500

seq1  TTGATTATTCATGGTATTATTTCAAGATAGGATATTGATAGGTAACCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATTCATGGTATTATTTCAAGATAGGATATTGATAGGTAACCTGG  550

seq1  GATGATGACCTGGGACTCACAGTGTAATTTAGGCAGTCCTCAAACTTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGACCTGGGACTCACAGTGTAATTTAGGCAGTCCTCAAACTTGTG  600

seq1  TGGCTGCCCCCCACACCCCGGGTTCAGCTTCCTAAGTGCTAGACAACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCCCCCACACCCCGGGTTCAGCTTCCTAAGTGCTAGACAACAGG  650

seq1  CACTGTGGGATGCCTTATTGAGTAATTTATTTTTACTTTTACTCACACGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGGATGCCTTATTGAGTAATTTATTTTTACTTTTACTCACACGC  700

seq1  GCATATGTATATGTGTGTCTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTTCGTGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTATATGTGTGTCTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTTCGTGTGTGT  750

seq1  GCGTGTGTGTGCATGTGTGTGCCACATGTCTGGTACCCTGAAGCTGAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTGTGTGCATGTGTGTGCCACATGTCTGGTACCCTGAAGCTGAAGC  800

seq1  TACAGGTGACTGTAAGCCATCAGATATGAGTGAGCACTCAGAACTGAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTGACTGTAAGCCATCAGATATGAGTGAGCACTCAGAACTGAACT  850

seq1  TTGGTTCTCTGCAAGAGCATGAAGTGGTCCTCACCGCATAGCCATCCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTCTGCAAGAGCATGAAGTGGTCCTCACCGCATAGCCATCCTCT  900

seq1  AGACCCAGAAATACAATTTTACTGATGATGAAAATGTTGATGGTGATGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGAAATACAATTTTACTGATGATGAAAATGTTGATGGTGATGAT  950

seq1  GTACACTCAAATCCTATGGCCTGAGTTGCTTCTGCCTCCCTGCTCTAAAT  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GTACACTCAAATCCTATGGGCTGAGTTGCTTCTGCCT-CCTGCTCT-AAT  998

seq1  GCCTCAGC-TCTGACCTGCTGGACTCTCAGC  1030
      |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGCTTCTGACCTGCTGGACTCTCAGC  1029

seq1: chr6_145569987_145571092
seq2: B6Ng01-140F11.g_67_1145 (reverse)

seq1  TTCTAAATGGAGACATTTGCTTCCCTGTGTGCTGTACTGTCTAACAAAAT  50
      ||||||||||||||   |||||  |||  ||||  |||||||||||||  
seq2  TTCTAAATGGAGAC---TGCTT--CTG-ATGCT-AACTGTCTAACAAA--  41

seq1  TCCTTTCAAGATACCTGCATTTTCCAAGTAAATTTCTCTGAGGAAAACAC  100
      ||  ||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  TC--TTCAAGA-AACTGCA-TTTCCAAGTAAA-TTCTTTGAGGAAAA-AC  85

seq1  CATTTTTCCTAAGAAATGATAAACATGGCTGCAGGTTCGGTTTTAAGTTC  150
         ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||| |||||| ||
seq2  ACATTTTCCTAAGAAATGAT-AACAT-GCTGCA-GATCGG-TTTAAG-TC  130

seq1  TAAGGATGTGAGGCTAAGGAGCTTTAGTTGTAAAGTACTGCTTGATTGGC  200
      ||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||| ||| ||||
seq2  TAAGGATGTGA-GCTAA-GAGC-TTAG-TGTAAAGTACTGC-TGA-TGGC  174

seq1  ACAGAGGTGGCCTTCTCCCCTGTCTTGGGCTGCTAG-GGAGGGGTCCCT-  248
      |||||||||||  ||||||||||| || |||||||| | || ||||||| 
seq2  ACAGAGGTGGC--TCTCCCCTGTC-TGAGCTGCTAGAGAAGAGGTCCCTC  221

seq1  CTGGGTCTATGGTGTGTGTCCTGGGACCGTTGCAGTGCAGTGCCTGACAC  298
      ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGAGTCTATGGTGTGTGTCCTGAGACCGTTGCAGTGCAGTG-CTGACAC  270

seq1  TTCATTCCCACTGAC-ACCATTAGCTTTCTTCCTCTGCTTGTTGCACTGC  347
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCCCACTGACAACCATTAGCTTTCTTCCTCTGCTTGTTGCACTGC  320

seq1  TGTTGAGGTATTCCAGAGCCACCTCCCATCGCATGGCTCCAGGTTGTACC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGGTATTCCAGAGCCACCTCCCATCGCATGGCTCCAGGTTGTACC  370

seq1  GAGGTCATCTTCTAGCTAGCCCCAATTCCTAGTATGGAACTAAGTGGTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCATCTTCTAGCTAGCCCCAATTCCTAGTATGGAACTAAGTGGTGA  420

seq1  GAACTAGTATTGGTAGGTTCTTCTAGGCTGCCCAGGACCATATCTCAGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGTATTGGTAGGTTCTTCTAGGCTGCCCAGGACCATATCTCAGCA  470

seq1  CAAACCACAAAAGAAAGCCTTTGAATGAGGGGGAGACTGTATTCAGCACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACAAAAGAAAGCCTTTGAATGAGGGGGAGACTGTATTCAGCACC  520

seq1  CAGTTCTACAAATCAGAACTGTGTAAGACTGGCTTCAGGCACAGAGTGGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTACAAATCAGAACTGTGTAAGACTGGCTTCAGGCACAGAGTGGC  570

seq1  CCAGATCTGAGGGAGTTTGGGGCCCAGTAAGAGGGAGAGGAGAAAGGGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCTGAGGGAGTTTGGGGCCCAGTAAGAGGGAGAGGAGAAAGGGTG  620

seq1  ATCTGCCCATGCTCATGGTGATAGGCTGCCAGCTGAGACCGAACATGAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCCATGCTCATGGTGATAGGCTGCCAGCTGAGACCGAACATGAGA  670

seq1  ACATCGAAACTCAAAGGAAGAGGAGAGAGCCCTGGTCTCTACCTGGCAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGAAACTCAAAGGAAGAGGAGAGAGCCCTGGTCTCTACCTGGCAGA  720

seq1  GGTATACTTGCCACCCATGATGCAGTAAGTATCATGGCTGTTGTACATTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATACTTGCCACCCATGATGCAGTAAGTATCATGGCTGTTGTACATTG  770

seq1  ATTGGCCAGAAATGGGTGTGAATGTGGCCTGGATATGAATACTAACGTGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCCAGAAATGGGTGTGAATGTGGCCTGGATATGAATACTAACGTGC  820

seq1  TGGGAGCAGCAACAGCTCCAGAGAATATGGGGCTCTAGGGCCAGAAAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCAGCAACAGCTCCAGAGAATATGGGGCTCTAGGGCCAGAAAACA  870

seq1  GGAGTAGGCAGAATTGGGGCTCAGAGTCCCCAGTGTTTCCTTTTCTGTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAGGCAGAATTGGGGCTCAGAGTCCCCAGTGTTTCCTTTTCTGTTG  920

seq1  GCTTCTATAGGGAGCTCCTACTGATTTCCTGGGTTTGTTAACCTAGTTTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATAGGGAGCTCCTACTGATTTCCTGGGTTTGTTAACCTAGTTTC  970

seq1  TCAGACCTCTACCTTCCCACCAGCTACCTAATATTCCTAGGCCAGAAATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTCTACCTTCCCACCAGCTACCTAATATTCCTAGGCCAGAAATG  1020

seq1  TGCCCTGCCAGTCAGTCTAAATCTGAGGTTTTGTGTCTTTTAAAATAATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGCCAGTCAGTCTAAATCTGAGGTTTTGTGTCTTTTAAAATAATT  1070

seq1  CTTGAATTC  1106
      |||||||||
seq2  CTTGAATTC  1079