BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140L07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 21,363,336 - 21,533,638
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnd2, LOC100041343
Upstream geneLOC100040838
Downstream geneTspan12, LOC100041358, Ing3, A430107O13Rik, LOC667307, Wnt16, D6Wsu176e, LOC100040948
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140L07.bB6Ng01-140L07.g
ACCDH939359DH939360
length1,1441,079
definitionDH939359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140L07, 5' end.DH939360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,363,336 - 21,364,510)(21,532,538 - 21,533,638)
sequence
gaattctacaagaaagaaaaagccaacatcttgccttatttttgttttac
tctcttgtgttgtgaatgggtgtgggctctcaagaaaatagatctttgga
agaactgctctgtgtaaagattataaattacagtcaattttatgacatca
ttttgtgctgctgaatcgggaaaacagccaaactttgtagctttgttatg
tccttgtaaataataaatataaggagtaattacaaccatgaaataaatat
atattacaggtcatgaactgtactatacatcatataattacaatatcaat
atcccaaacaaagtcagactacaaatgaacttctattatcactatatgag
cagtatacatgagtcaagtgggtaacagagttatttttaactaacacatg
gttcaggtagtgtcacctttccttgtatgaccatttcagacttggtaata
aattatggcacagtcacaatgtctcatgatctaaagcgatgaaatcactt
cctcttcccgagcttatgcagccccagaccagagttaatgaattaaactc
aagtgctataaaacaacagcaacaacaataacaaaattcttgcaatctca
acagctttaaagagtttcccacatgtcaagtgtaggctaacccaccataa
agtaatcaaatcccagaatccttaagcctttccctgtttttgagttaaga
gtaccgagagtgctaaaatatttcatttttaaactaaacctgcttacaag
atcactttatcgacattgagagacaatgaagatgtccagaccagatcaca
acgttccatgtttgctagatttcagtgacaaacttgaagaggctccaagc
ataatgagttaaagcatagactttgactctggattcaagttctggctctg
gggttgttttttgtgcaagcctagagtttccacactctgagttcttccag
agttagagttaattggtgttgcttaccacatcagtggtgggtatagtgtt
tgtcacatgtcatcagatagagcaggatagagtaggtcatacttgctgct
tttctctttctctttttatcatctggcctcccaccaatgagaggacacag
gctcaaaatggacttcctgaaggacctacagtactattgaagtg
gaattctttcttgtttttatcccaggagtagaaaggattgtttccatata
tttgtaaaacaatatttactcccacaactctttccttctcggcagtttta
ttcccacattttctattttatttcaagactttgttaaatcatttctgtag
aaccatccacaagaaaaggtggtgagcaatacaacatatccagtggatgt
cattctcaattcgaggtgttcattcctcaagagatttgaggattttttcc
ctgacaaaaatatttattagggggatttttctttacttttctgcttactc
ttatattatgggcttatactctataattttaggaaaaggtttaaagaata
cagaacactctagtttatttttgaattggaatggaggtactcttatatac
atcacctgcactggtcactcttggctcaggcccaatgcccagtgctgagt
catggagtattagacactacttatttttgtccagctgtattcaacagatg
actgccagaggtcaaagcatctggaatgaggcgacagagagaatgaggtg
acaaagaggaaagcaaacaaggaaaaatgcaccccaaagctcaactgtgt
atctgttaagaaaagagagtcaagaaattagtcctaaaatgagggcattt
atgaattgtggagcatctccaagagctactgtttttcatattagcacatt
aacacccacagatctacaaaacgaggaagtgtgctcaatgtagaggatgt
tcaaattctccctcagtgctatttattcaactttattatttatatctcta
ccacaaaggactggagtggaggaaatcactgccagtaaccacagagctgt
atgacttctcctcagtgcatgggggagagcaatgactaacagtgtctgct
gcagcgggtctaaattctttgctctatcgtcgctagacagttttatatgg
ggagattccctatctcctcttcagctgatcaaattgcaaactcactgagt
gggatctgtatgtcttgcatgtgagcaggtagactatagtagctagtgag
aaaggtaatattctaggacatcaagctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_21363336_21364510
seq2: B6Ng01-140L07.b_47_1190

seq1  GAATTCTACAAGAAAGAAAAAGCCAACATCTTGCCTTATTTTTGTTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAAGAAAGAAAAAGCCAACATCTTGCCTTATTTTTGTTTTAC  50

seq1  TCTCTTGTGTTGTGAATGGGTGTGGGCTCTCAAGAAAATAGATCTTTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGTGTTGTGAATGGGTGTGGGCTCTCAAGAAAATAGATCTTTGGA  100

seq1  AGAACTGCTCTGTGTAAAGATTATAAATTACAGTCAATTTTATGACATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGCTCTGTGTAAAGATTATAAATTACAGTCAATTTTATGACATCA  150

seq1  TTTTGTGCTGCTGAATCGGGAAAACAGCCAAACTTTGTAGCTTTGTTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGCTGCTGAATCGGGAAAACAGCCAAACTTTGTAGCTTTGTTATG  200

seq1  TCCTTGTAAATAATAAATATAAGGAGTAATTACAACCATGAAATAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAAATAATAAATATAAGGAGTAATTACAACCATGAAATAAATAT  250

seq1  ATATTACAGGTCATGAACTGTACTATACATCATATAATTACAATATCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACAGGTCATGAACTGTACTATACATCATATAATTACAATATCAAT  300

seq1  ATCCCAAACAAAGTCAGACTACAAATGAACTTCTATTATCACTATATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAACAAAGTCAGACTACAAATGAACTTCTATTATCACTATATGAG  350

seq1  CAGTATACATGAGTCAAGTGGGTAACAGAGTTATTTTTAACTAACACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATACATGAGTCAAGTGGGTAACAGAGTTATTTTTAACTAACACATG  400

seq1  GTTCAGGTAGTGTCACCTTTCCTTGTATGACCATTTCAGACTTGGTAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTAGTGTCACCTTTCCTTGTATGACCATTTCAGACTTGGTAATA  450

seq1  AATTATGGCACAGTCACAATGTCTCATGATCTAAAGCGATGAAATCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGCACAGTCACAATGTCTCATGATCTAAAGCGATGAAATCACTT  500

seq1  CCTCTTCCCGAGCTTATGCAGCCCCAGACCAGAGTTAATGAATTAAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCCCGAGCTTATGCAGCCCCAGACCAGAGTTAATGAATTAAACTC  550

seq1  AAGTGCTATAAAACAACAGCAACAACAATAACAAAATTCTTGCAATCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTATAAAACAACAGCAACAACAATAACAAAATTCTTGCAATCTCA  600

seq1  ACAGCTTTAAAGAGTTTCCCACATGTCAAGTGTAGGCTAACCCACCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTTAAAGAGTTTCCCACATGTCAAGTGTAGGCTAACCCACCATAA  650

seq1  AGTAATCAAATCCCAGAATCCTTAAGCCTTTCCCTGTTTTTGAGTTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCAAATCCCAGAATCCTTAAGCCTTTCCCTGTTTTTGAGTTAAGA  700

seq1  GTACCGAGAGTGCTAAAATATTTCATTTTTAAACTAAACCTGCTTACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCGAGAGTGCTAAAATATTTCATTTTTAAACTAAACCTGCTTACAAG  750

seq1  ATCACTTTATCGACATTGAGAGACAATGAAGATGTCCAGACCAGATCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTTATCGACATTGAGAGACAATGAAGATGTCCAGACCAGATCACA  800

seq1  ACGTTCCATGTTTGCTAGATTTCAGTGACAAACTTGAAGAGGCTCCAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCCATGTTTGCTAGATTTCAGTGACAAACTTGAAGAGGCTCCAAGC  850

seq1  ATAATGAGTTAAAGCATAGACTTTGACTCTGGATTCAAGTTCTGGCTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAGTTAAAGCATAGACTTTGACTCTGGATTCAAGTTCTGGCTCTG  900

seq1  GGGTTGTTTTTTGTGCAAGCCTAGAGTTTCCACACTCTGAGTTCTTCCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTTTTTTGTGCAAGCCTAGAGTTTCCACACTCTGAGTTCTTCCAG  950

seq1  AGTTAGAGTTAATTGGTGTTGCTTACCACATCAGTTGGTGGGTATAGGTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGTTAGAGTTAATTGGTGTTGCTTACCACATCAG-TGGTGGGTATA-GTG  998

seq1  TTTGTTCACATGTCATCAGATAAGGAAGCAGGGATAAGAGTAGGTCATTA  1050
      |||| |||||||||||||||||    |||| |||| ||||||||||| ||
seq2  TTTG-TCACATGTCATCAGATA---GAGCA-GGAT-AGAGTAGGTCA-TA  1041

seq1  CTTGCCTGGCTTTTTCTCCTTTCTTCTTTTTTATTCATCCTGGCCTCCCA  1100
      |||| |||   |||||| ||||| |||||||   |||| |||||||||||
seq2  CTTG-CTG--CTTTTCT-CTTTC-TCTTTTT--ATCAT-CTGGCCTCCCA  1083

seq1  ACCCAATGATGTAGGATCACCAAGGCTCAAAATGGGACTCCCTGAAAAGG  1150
        |||||||   |||| |||  ||||||||||| ||||| ||||  ||||
seq2  --CCAATGA--GAGGA-CAC--AGGCTCAAAAT-GGACTTCCTG--AAGG  1123

seq1  ACCTTACCAGGTACCTATTGAAGTG  1175
      ||| |||   ||| |||||||||||
seq2  ACC-TAC--AGTA-CTATTGAAGTG  1144

seq1: chr6_21532538_21533638
seq2: B6Ng01-140L07.g_68_1146 (reverse)

seq1  TGAGCTATGATGTCCCTTAGAATATATAACCCTTTCTCACTTAGCTAATT  50
      |||||| ||||||||  |||||||| ||  |||||||||| ||||||   
seq2  TGAGCT-TGATGTCC--TAGAATAT-TA--CCTTTCTCAC-TAGCTA--C  41

seq1  TATAGTTCTACCTGCTCACATGCAAGACCAATACAGAATCCCACTCAGTG  100
      ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||
seq2  TATAG-TCTACCTGCTCACATGCAAGAC--ATACAG-ATCCCACTCAGTG  87

seq1  AGTTTTTGCAATTTGATCAGCTTGAAGAGGAGGATAAGGGAAATCTCCCC  150
      ||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  || |||||||||
seq2  AG--TTTGCAATTTGATCAGC-TGAAGAGGA-GATA--GGGAATCTCCCC  131

seq1  ATATAAAACTGTCTAGCGACGATAAGAGCAAAGAATTTAGGACCCGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATATAAAACTGTCTAGCGACGAT-AGAGCAAAGAATTTA-GACCCGCTGC  179

seq1  AGCAGACACTGTTAGTCATTGCTCTCCCCCATGCACTGAGGAGAAGTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACACTGTTAGTCATTGCTCTCCCCCATGCACTGAGGAGAAGTCAT  229

seq1  ACAGCTCTGTGGTTACTGGCAGTGATTTCCTCCACTCCAGTCCTTTGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCTGTGGTTACTGGCAGTGATTTCCTCCACTCCAGTCCTTTGTGG  279

seq1  TAGAGATATAAATAATAAAGTTGAATAAATAGCACTGAGGGAGAATTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATATAAATAATAAAGTTGAATAAATAGCACTGAGGGAGAATTTGA  329

seq1  ACATCCTCTACATTGAGCACACTTCCTCGTTTTGTAGATCTGTGGGTGTT  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACATCCTCTACATTGAGCACACTTCCTCGTTTTGTAGATCTGTGGGTG-T  378

seq1  TAATGTGCTAATATGAAAAACAGTAGCTCTTGGAGATGCTCCACAATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGCTAATATGAAAAACAGTAGCTCTTGGAGATGCTCCACAATTCA  428

seq1  TAAATGCCCTCATTTTAGGACTAATTTCTTGACTCTCTTTTCTTAACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCCTCATTTTAGGACTAATTTCTTGACTCTCTTTTCTTAACAGA  478

seq1  TACACAGTTGAGCTTTGGGGTGCATTTTTCCTTGTTTGCTTTCCTCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGTTGAGCTTTGGGGTGCATTTTTCCTTGTTTGCTTTCCTCTTTG  528

seq1  TCACCTCATTCTCTCTGTCGCCTCATTCCAGATGCTTTGACCTCTGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCATTCTCTCTGTCGCCTCATTCCAGATGCTTTGACCTCTGGCAG  578

seq1  TCATCTGTTGAATACAGCTGGACAAAAATAAGTAGTGTCTAATACTCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTTGAATACAGCTGGACAAAAATAAGTAGTGTCTAATACTCCAT  628

seq1  GACTCAGCACTGGGCATTGGGCCTGAGCCAAGAGTGACCAGTGCAGGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGCACTGGGCATTGGGCCTGAGCCAAGAGTGACCAGTGCAGGTGA  678

seq1  TGTATATAAGAGTACCTCCATTCCAATTCAAAAATAAACTAGAGTGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAAGAGTACCTCCATTCCAATTCAAAAATAAACTAGAGTGTTCT  728

seq1  GTATTCTTTAAACCTTTTCCTAAAATTATAGAGTATAAGCCCATAATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTTTAAACCTTTTCCTAAAATTATAGAGTATAAGCCCATAATATA  778

seq1  AGAGTAAGCAGAAAAGTAAAGAAAAATCCCCCTAATAAATATTTTTGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAGCAGAAAAGTAAAGAAAAATCCCCCTAATAAATATTTTTGTCA  828

seq1  GGGAAAAAATCCTCAAATCTCTTGAGGAATGAACACCTCGAATTGAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAATCCTCAAATCTCTTGAGGAATGAACACCTCGAATTGAGAAT  878

seq1  GACATCCACTGGATATGTTGTATTGCTCACCACCTTTTCTTGTGGATGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCCACTGGATATGTTGTATTGCTCACCACCTTTTCTTGTGGATGGT  928

seq1  TCTACAGAAATGATTTAACAAAGTCTTGAAATAAAATAGAAAATGTGGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGAAATGATTTAACAAAGTCTTGAAATAAAATAGAAAATGTGGGA  978

seq1  ATAAAACTGCCGAGAAGGAAAGAGTTGTGGGAGTAAATATTGTTTTACAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTGCCGAGAAGGAAAGAGTTGTGGGAGTAAATATTGTTTTACAA  1028

seq1  ATATATGGAAACAATCCTTTCTACTCCTGGGATAAAAACAAGAAAGAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGGAAACAATCCTTTCTACTCCTGGGATAAAAACAAGAAAGAATT  1078

seq1  C  1101
      |
seq2  C  1079