BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141C21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 61,684,229 - 61,812,290
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC130092O11Rik
Upstream geneSnca, ENSMUSG00000064018, Mmrn1, LOC100041756, LOC100041764, LOC100042694
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141C21.bB6Ng01-141C21.g
ACCDH939702DH939703
length1,1591,033
definitionDH939702|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141C21, 5' end.DH939703|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141C21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,684,229 - 61,685,421)(61,811,255 - 61,812,290)
sequence
gaattccactcagcaagggaccaaacattcaaattcatggccctataaaa
gtatcttagggttatattgctgtgaacagacaccatgaccaagggaactt
tataatgacaacatttaattgggactggcttacaggttcaaggttcagtc
cattatcatcaaggcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatggcatcatccaggt
aggcatggtgcaggcagagctgagagttcaacatcttcatctgaaggctg
ctatgaggagactgacttctaggcaactaggatgaggatcttaagccaat
gctcacagtgacacctattccaacaaggtcagaccttctaatagtgttcc
tccctgggccaagcacagataccttcacagatagccactctcattcaaac
cactacagcgatagtgaatatgcctgcctgagtttgtgtgtgtgtgtaca
tgtggtcaggtacctattgaagccataggatattggataccttgagtata
agatagacacgagttacctaaattgagtgctataaatggtccttggtcct
tgacaagcttagtagttattcttaaatgcttagccatttctcttacccat
caagatacttgttaagaccaagagagcccactttttgatatgaaattatc
cacaaagcctggacaacttacagtttaattcaggtctgttaacacaataa
taacatatatgctactagggagattgaagcaggaggattggaagttcagg
gtgagcctaggttatagaatgagccaaaggccagccttgaataagaagag
acctgggaatgttcctttatggaggaactctgccaagcctgtggcctacc
tacctacattttatcccccaggacaaaatatctattttcacttaataaac
ttaaattatgttggtggggtgtttaagctatatataatactatctggagc
attgatgtgtgagcattagtgtagaaataataatactcagtagaatactt
cacttattacatctgtgtaatatgatatgcaatcatgaccacatgctatg
gactagagagactgagaaaactcggaacgacgatgactgatatcgtgctt
catagtcagtgcactatgcactactgtgcatccgtcaaactttcaatggg
aaaactgaa
gaattcccaaggaagatattttctgagttgtttaaggaggaaaaatgctt
tttcagttcctttacttggatatttagaaatatctccacatacatgtatg
tgagaaaaagaaagtatgtctgtctgtttgagtgctttgaagagaaaatg
aagagagaaaagaaagggaggggagggagagcatgaatgtagcaataata
aacattaggaaggcaaaactccaggaacacttatcgccatgtgatttcct
ttactgtccatgttttctgctgtacatcattaaaatatatctgggaagaa
acaagaatatcttcaaataagaagaaatcctatgatgatttaacacatac
ttgatacttgtggaggagaatatcacaaaattcattaggcttttaaaagt
agcttatgactaaatttgattgacaaggaagaagaaaattcagtccataa
tttcctgtaaaggaatcagttgttactaccacctactaagtttttcttta
tttgttacaagaaaatttactcaagtgtcatgtttttgttttaataaaga
aaaaaattatgataactcaaatatgcaccaagagagtttcagaaatttct
atcagtatgtcatactacatgtaacaatgcccaagagagaagctgctatg
tgggatcctagttatatgagcataaaaatttataaatatgatttgacaat
tatactgtaattcccttaatagattcccagaaagattcaagagctctgag
aaacagcaaggatactttactaaatcaaaagccatatggcacatgaaaat
aaataactttcactctgtgtgataccatgggaattggtaaaaatgaatac
aaattcaaagaaaaatataagccacatagctgataaagaactatgatcta
aaacccaaaataaaataaaaataaaatgtatgagaagcctatggtaataa
ccttataccatcctaaatttttacaccatctattttatatggacaaatga
cattggacattttattaatcagagcaaactata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_61684229_61685421
seq2: B6Ng01-141C21.b_46_1204

seq1  GAATTCCACTCAGCAAGGGACCAAACATTCAAATTCATGGCCCTATAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCAGCAAGGGACCAAACATTCAAATTCATGGCCCTATAAAA  50

seq1  GTATCTTAGGGTTATATTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGGAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTAGGGTTATATTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGGAACTT  100

seq1  TATAATGACAACATTTAATTGGGACTGGCTTACAGGTTCAAGGTTCAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGACAACATTTAATTGGGACTGGCTTACAGGTTCAAGGTTCAGTC  150

seq1  CATTATCATCAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGCATCATCCAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCATCAAGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGCATCATCCAGGT  200

seq1  AGGCATGGTGCAGGCAGAGCTGAGAGTTCAACATCTTCATCTGAAGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGGTGCAGGCAGAGCTGAGAGTTCAACATCTTCATCTGAAGGCTG  250

seq1  CTATGAGGAGACTGACTTCTAGGCAACTAGGATGAGGATCTTAAGCCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGGAGACTGACTTCTAGGCAACTAGGATGAGGATCTTAAGCCAAT  300

seq1  GCTCACAGTGACACCTATTCCAACAAGGTCAGACCTTCTAATAGTGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGTGACACCTATTCCAACAAGGTCAGACCTTCTAATAGTGTTCC  350

seq1  TCCCTGGGCCAAGCACAGATACCTTCACAGATAGCCACTCTCATTCAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGGCCAAGCACAGATACCTTCACAGATAGCCACTCTCATTCAAAC  400

seq1  CACTACAGCGATAGTGAATATGCCTGCCTGAGTTTGTGTGTGTGTGTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACAGCGATAGTGAATATGCCTGCCTGAGTTTGTGTGTGTGTGTACA  450

seq1  TGTGGTCAGGTACCTATTGAAGCCATAGGATATTGGATACCTTGAGTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCAGGTACCTATTGAAGCCATAGGATATTGGATACCTTGAGTATA  500

seq1  AGATAGACACGAGTTACCTAAATTGAGTGCTATAAATGGTCCTTGGTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGACACGAGTTACCTAAATTGAGTGCTATAAATGGTCCTTGGTCCT  550

seq1  TGACAAGCTTAGTAGTTATTCTTAAATGCTTAGCCATTTCTCTTACCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGCTTAGTAGTTATTCTTAAATGCTTAGCCATTTCTCTTACCCAT  600

seq1  CAAGATACTTGTTAAGACCAAGAGAGCCCACTTTTTGATATGAAATTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATACTTGTTAAGACCAAGAGAGCCCACTTTTTGATATGAAATTATC  650

seq1  CACAAAGCCTGGACAACTTACAGTTTAATTCAGGTCTGTTAACACAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCCTGGACAACTTACAGTTTAATTCAGGTCTGTTAACACAATAA  700

seq1  TAACATATATGCTACTAGGGAGATTGAAGCAGGAGGATTGGAAGTTCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATATATGCTACTAGGGAGATTGAAGCAGGAGGATTGGAAGTTCAGG  750

seq1  GTGAGCCTAGGTTATAGAATGAGCCAAAGGCCAGCC-TGAATAAGAAGAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGAGCCTAGGTTATAGAATGAGCCAAAGGCCAGCCTTGAATAAGAAGAG  800

seq1  ACCTGGGAATGTTCCTTTATGGAGGAACTCTGCCAAGCCTGTGGCCTACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGAATGTTCCTTTATGGAGGAACTCTGCCAAGCCTGTGGCCTACC  850

seq1  TACCTACATTTTATCCCCCAGGACAAAATAATCTATTTTCACTTAATAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACATTTTATCCCCCAGGACAAAAT-ATCTATTTTCACTTAATAAA  899

seq1  ACTTAATTATGTTGGTGGGGTGTTTAAGCTATATATAATACTATCTAAGA  949
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  CTTAAATTATGTTGGTGGGGTGTTTAAGCTATATATAATACTATCT-GGA  948

seq1  GCATTTGATGTGTGAGCAATTAGTGGTAGAAATAAATAATACTTCAGTAA  999
      ||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||| 
seq2  GCA-TTGATGTGTGAGC-ATTAGT-GTAGAAAT-AATAATAC-TCAGTA-  992

seq1  GAAATACTTCACTATATACATCTGTGTATATAATGTATATGCAATCATGC  1049
        |||||||||||   |||||||||||| || ||| ||||||||||||| 
seq2  -GAATACTTCACTTATTACATCTGTGTA-AT-ATG-ATATGCAATCATGA  1038

seq1  ACAAACATGCTTATGAAACTAGGAGAGACTGAGAAACACTCAGAACCAAC  1099
       |  |||||| ||||  |||| |||||||||||||| |||| |||| |  
seq2  CC--ACATGC-TATG-GACTA-GAGAGACTGAGAAA-ACTCGGAACGA--  1080

seq1  AGATGACTGTATTATCCGTTGCTACATAAGTCAGTGCACTTATGCAACTT  1149
       ||||||||   ||||   |||| ||| ||||||||||| ||||||   |
seq2  CGATGACTG--ATATC--GTGCTTCAT-AGTCAGTGCAC-TATGCA--CT  1122

seq1  ACTGTGCATCCTGTCATATCTCTTTCATGATGGAAGAAACTGAA  1193
      ||||||||||| |||| |   ||||||  |||| | ||||||||
seq2  ACTGTGCATCC-GTCAAA---CTTTCA--ATGGGA-AAACTGAA  1159

seq1: chr6_61811255_61812290
seq2: B6Ng01-141C21.g_66_1098 (reverse)

seq1  TATAGTTTGCTCTGATTAATAAAATGTCC-ATGTCATTTGTCCATATAAA  49
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTGCTCTGATTAATAAAATGTCCAATGTCATTTGTCCATATAAA  50

seq1  ATTAGATGGTGTAAAAAATTTAGATGGTATAAGGTTATTACCATAGGCTT  99
      | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TAGATGGTGTAAAAATTTAGGATGGTATAAGGTTATTACCATAGGCTT  99

seq1  CTCATACATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTGGATTTTAGATCATAGTTC  149
      |||||||| |||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCATACA-TTTTATTTTTATTTT--ATTTTGGGTTTTAGATCATAGTTC  146

seq1  TTTATCAGCTATGTGGCTTATATTTTTCTTTGAATTTGTATTCATTTTTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAGCTATGTGGCTTATATTTTTCTTTGAATTTGTATTCATTTTTA  196

seq1  CCAATTCCCATGGTATCACACAGAGTGAAAGTTATTTATTTTCATGTGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCCCATGGTATCACACAGAGTGAAAGTTATTTATTTTCATGTGCC  246

seq1  ATATGGCTTTTGATTTAGTAAAGTATCCTTGCTGTTTCTCAGAGCTCTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCTTTTGATTTAGTAAAGTATCCTTGCTGTTTCTCAGAGCTCTTG  296

seq1  AATCTTTCTGGGAATCTATTAAGGGAATTACAGTATAATTGTCAAATCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTCTGGGAATCTATTAAGGGAATTACAGTATAATTGTCAAATCAT  346

seq1  ATTTATAAATTTTTATGCTCATATAACTAGGATCCCACATAGCAGCTTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAATTTTTATGCTCATATAACTAGGATCCCACATAGCAGCTTCT  396

seq1  CTCTTGGGCATTGTTACATGTAGTATGACATACTGATAGAAATTTCTGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGGCATTGTTACATGTAGTATGACATACTGATAGAAATTTCTGAA  446

seq1  ACTCTCTTGGTGCATATTTGAGTTATCATAATTTTTTTCTTTATTAAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTGGTGCATATTTGAGTTATCATAATTTTTTTCTTTATTAAAAC  496

seq1  AAAAACATGACACTTGAGTAAATTTTCTTGTAACAAATAAAGAAAAACTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACATGACACTTGAGTAAATTTTCTTGTAACAAATAAAGAAAAACTT  546

seq1  AGTAGGTGGTAGTAACAACTGATTCCTTTACAGGAAATTATGGACTGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTGGTAGTAACAACTGATTCCTTTACAGGAAATTATGGACTGAAT  596

seq1  TTTCTTCTTCCTTGTCAATCAAATTTAGTCATAAGCTACTTTTAAAAGCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTCCTTGTCAATCAAATTTAGTCATAAGCTACTTTTAAAAGCC  646

seq1  TAATGAATTTTGTGATATTCTCCTCCACAAGTATCAAGTATGTGTTAAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAATTTTGTGATATTCTCCTCCACAAGTATCAAGTATGTGTTAAAT  696

seq1  CATCATAGGATTTCTTCTTATTTGAAGATATTCTTGTTTCTTCCCAGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATAGGATTTCTTCTTATTTGAAGATATTCTTGTTTCTTCCCAGATA  746

seq1  TATTTTAATGATGTACAGCAGAAAACATGGACAGTAAAGGAAATCACATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAATGATGTACAGCAGAAAACATGGACAGTAAAGGAAATCACATG  796

seq1  GCGATAAGTGTTCCTGGAGTTTTGCCTTCCTAATGTTTATTATTGCTACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATAAGTGTTCCTGGAGTTTTGCCTTCCTAATGTTTATTATTGCTACA  846

seq1  TTCATGCTCTCCCTCCCCTCCCTTTCTTTTCTCTCTTCATTTTCTCTTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTCTCCCTCCCCTCCCTTTCTTTTCTCTCTTCATTTTCTCTTCA  896

seq1  AAGCACTCAAACAGACAGACATACTTTCTTTTTCTCACATACATGTATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTCAAACAGACAGACATACTTTCTTTTTCTCACATACATGTATGT  946

seq1  GGAGATATTTCTAAATATCCAAGTAAAGGAACTGAAAAAGCATTTTTCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATATTTCTAAATATCCAAGTAAAGGAACTGAAAAAGCATTTTTCCT  996

seq1  CCTTAAACAACTCAGAAAATATCTTCCTTGGGAATTC  1036
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAACAACTCAGAAAATATCTTCCTTGGGAATTC  1033