BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141E23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 48,211,450 - 48,407,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo
Upstream geneCntnap2, A930035D04Rik, Cul1, Ezh2, Rn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746
Downstream geneEG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141E23.bB6Ng01-141E23.g
ACCDH939800DH939801
length953767
definitionDH939800|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141E23, 5' end.DH939801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141E23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,211,450 - 48,212,400)(48,406,739 - 48,407,506)
sequence
gaattccatatgctgagaaccactgatggttttctctaatgaaacctagc
ttttataggtttagcaaactcactatacattctcaaaatcctgaagactt
gctaactagaaagacttgagattcatgaacacaagaaccagctgtcacat
gaaggatctgatgagcaataacacagatgtagcatcaatgggttgactct
ccagccatgagtcaagagagaaagtgcatctatactatgaatgtggacag
ttattccaaaatcccatgaaaagggggcacctggatttgaaccagggacc
tcttgatctgcagtcaaatgctctacccctgagctataccccctaatgct
aatagaaggcttaattaatatccttcacttccagagttacacccacatca
cttgtaacctatgtatcatcctttgagaacttccaggatgagtcagagaa
agtacatcactctcctgcataaaaagtcacaggcccctctgaaatggaaa
tgtaagaattgtttggaaaagtggttggatggtgttttgcttgggcaaag
gcatgaaagtggacatagatgtaaaaggctcaggtagactttggaaggaa
catttcacagaagcagacacaggatagaggatgttctgctaaggcaagca
catcaaagaacacatgttgaaggattctttgctaaccataggaatgtatt
ggtccacacattgtgtatttgaactccactgtcaggactccatgaactga
ttgggatgcacatgctgtgggcaaggcagtggaggacacatgatgtttgg
agggaataaatagaactccattgagtgatggaaagagagtttggcttgct
gttacagcctagcttgtgcaacattcatgtttatggatctttactgttct
tcattctctgagaatgggtcagcaaaaacttctcctggcattcctgttga
tcc
gaattcttgagggtccccagggtacaggccactctgcatgtgctgcccca
gccattttaaccccttgtagtgaagaggtatgatggcctggggagtcagg
ggtcacaaggtcatatggtaacaggtgatgggactgagcataccaaatgt
tgcagtcttcctggatggtggcattgggtgggtaccattgcccgttgtgg
cgacagggacaaagatcaggagacacacagtgcttgtcctgcgtgaaggg
taaaagcactgttttgggcatctagggagcagggcaggctccttgtgtag
ggagaggcactttgttgccccatgggtcccttttccagcctcaccagcaa
tacagtgccagggggacagacacagccatcagtgcttccagcccaacagg
aatggttggcacgggggctgtcacaggtgagaaggcaggcaccagggaca
tagatgagctcccgagggcagagagcccactgtcgggggcagtggtgggc
tgtgcagttccagaggcccctctcctggcagatgctgtagaggaaggtaa
ggtggaagagccaggctcagcatgggctcgtctggctatcctatcccctg
gtcagacacaatgaatctcaggaaccgagataccgaggatttctgcaggc
atctggatccactaatactaggacactggtctcagtgctagagactgaaa
cagttctacttccaacacctcagccccttacataagcgggcaagctattc
aggaagccacatgcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_48211450_48212400
seq2: B6Ng01-141E23.b_48_1000

seq1  GAATTCCATATGCTGAGAACCACTGATGGTTTTCTCTAATGAAACCTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATGCTGAGAACCACTGATGGTTTTCTCTAATGAAACCTAGC  50

seq1  TTTTATAGGTTTAGCAAACTCACTATACATTCTCAAAATCCTGAAGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGGTTTAGCAAACTCACTATACATTCTCAAAATCCTGAAGACTT  100

seq1  GCTAACTAGAAAGACTTGAGATTCATGAACACAAGAACCAGCTGTCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTAGAAAGACTTGAGATTCATGAACACAAGAACCAGCTGTCACAT  150

seq1  GAAGGATCTGATGAGCAATAACACAGATGTAGCATCAATGGGTTGACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATCTGATGAGCAATAACACAGATGTAGCATCAATGGGTTGACTCT  200

seq1  CCAGCCATGAGTCAAGAGAGAAAGTGCATCTATACTATGAATGTGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCATGAGTCAAGAGAGAAAGTGCATCTATACTATGAATGTGGACAG  250

seq1  TTATTCCAAAATCCCATGAAAAGGGGGCACCTGGATTTGAACCAGGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCAAAATCCCATGAAAAGGGGGCACCTGGATTTGAACCAGGGACC  300

seq1  TCTTGATCTGCAGTCAAATGCTCTACCCCTGAGCTATACCCCCTAATGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATCTGCAGTCAAATGCTCTACCCCTGAGCTATACCCCCTAATGCT  350

seq1  AATAGAAGGCTTAATTAATATCCTTCACTTCCAGAGTTACACCCACATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAGGCTTAATTAATATCCTTCACTTCCAGAGTTACACCCACATCA  400

seq1  CTTGTAACCTATGTATCATCCTTTGAGAACTTCCAGGATGAGTCAGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACCTATGTATCATCCTTTGAGAACTTCCAGGATGAGTCAGAGAA  450

seq1  AGTACATCACTCTCCTGCATAAAAAGTCACAGGCCCCTCTGAAATGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATCACTCTCCTGCATAAAAAGTCACAGGCCCCTCTGAAATGGAAA  500

seq1  TGTAAGAATTGTTTGGAAAAGTGGTTGGATGGTGTTTTGCTTGGGCAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAATTGTTTGGAAAAGTGGTTGGATGGTGTTTTGCTTGGGCAAAG  550

seq1  GCATGAAAGTGGACATAGATGTAAAAGGCTCAGGTAGACTTTGGAAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAAGTGGACATAGATGTAAAAGGCTCAGGTAGACTTTGGAAGGAA  600

seq1  CATTTCACAGAAGCAGACACAGGATAGAGGATGTTCTGCTAAGGCAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCACAGAAGCAGACACAGGATAGAGGATGTTCTGCTAAGGCAAGCA  650

seq1  CATCAAAGAACACATGTTGAAGGATTCTTTGCTAACCATAGGAATGTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGAACACATGTTGAAGGATTCTTTGCTAACCATAGGAATGTATT  700

seq1  GGTCCACACATTGTGTATTTGAACTCCACTGTCAGGACTCCATGAACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCACACATTGTGTATTTGAACTCCACTGTCAGGACTCCATGAACTGA  750

seq1  TT-GGATGCACATGCTGT-GGCAAGGCAGTGGAGGACACATGATGTTTGG  798
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATGCACATGCTGTGGGCAAGGCAGTGGAGGACACATGATGTTTGG  800

seq1  AGGGTATAAATAGAACTCCATTGAGTGATGGAAAGAGAGTTTGGCTTGCT  848
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATAAATAGAACTCCATTGAGTGATGGAAAGAGAGTTTGGCTTGCT  850

seq1  GTTACAG-CTAGC-TGTGCAACATTCATGTTTATGGATCTTCACTGTTCT  896
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTTACAGCCTAGCTTGTGCAACATTCATGTTTATGGATCTTTACTGTTCT  900

seq1  TCACTTCCCTGAGAATGGCTCAGCCAAGAACTTCTCCTGGCATTCCTGTT  946
      ||| ||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCA-TTCTCTGAGAATGGGTCAG-CAAAAACTTCTCCTGGCATTCCTGTT  948

seq1  GATCC  951
      |||||
seq2  GATCC  953

seq1: chr6_48406739_48407506
seq2: B6Ng01-141E23.g_67_833 (reverse)

seq1  CAGGCATGTGGGCTTCCTGAATAGCTTGCCCGCTTATGCTAGGGGCTGGG  50
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |
seq2  CAGGCATGT-GGCTTCCTGAATAGCTTGCCCGCTTATGTAAGGGGCTGAG  49

seq1  GTGTTGGAAGTAGAACTGTTTCAGTCTCTAGCACTGAGACCAGTGTCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGAAGTAGAACTGTTTCAGTCTCTAGCACTGAGACCAGTGTCCTA  99

seq1  GTATTAGTGGATCCAGATGCCTGCAGAGGTCCTCGGTATCTCGGTTCCTG  150
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGTGGATCCAGATGCCTGCAGAAATCCTCGGTATCTCGGTTCCTG  149

seq1  AGATTCATTGTGTCTGACCAGGGGATAGGATAGCCAGACGAGCCCATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCATTGTGTCTGACCAGGGGATAGGATAGCCAGACGAGCCCATGCT  199

seq1  GAGCCTGGCTCTTCCACCTTACCTTCCTCTACAGCATCTGCCAGGAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGGCTCTTCCACCTTACCTTCCTCTACAGCATCTGCCAGGAGAGG  249

seq1  GGCCTCTGGAACTGCACAGCCCACCACTGCCCCCGACAGTGGGCTCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGGAACTGCACAGCCCACCACTGCCCCCGACAGTGGGCTCTCTG  299

seq1  CCCTCGGGAGCTCATCTATGTCCCTGGTGCCTGCCTTCTCACCTGTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGGAGCTCATCTATGTCCCTGGTGCCTGCCTTCTCACCTGTGACA  349

seq1  GCCCCCGTGCCAACCATTCCTGTTGGGCTGGAAGCACTGATGGCTGTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCGTGCCAACCATTCCTGTTGGGCTGGAAGCACTGATGGCTGTGTC  399

seq1  TGTCCCCCTGGCACTGTATTGCTGGTGAGGCTGGAAAAGGGACCCATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCCTGGCACTGTATTGCTGGTGAGGCTGGAAAAGGGACCCATGGG  449

seq1  GCAACAAAGTGCCTCTCCCTACACAAGGAGCCTGCCCTGCTCCCTAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAAGTGCCTCTCCCTACACAAGGAGCCTGCCCTGCTCCCTAGATG  499

seq1  CCCAAAACAGTGCTTTTACCCTTCACGCAGGACAAGCACTGTGTGTCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAACAGTGCTTTTACCCTTCACGCAGGACAAGCACTGTGTGTCTCC  549

seq1  TGATCTTTGTCCCTGTCGCCACAACGGGCAATGGTACCCACCCAATGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTGTCCCTGTCGCCACAACGGGCAATGGTACCCACCCAATGCCA  599

seq1  CCATCCAGGAAGACTGCAACATTTGGTATGCTCAGTCCCATCACCTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAGGAAGACTGCAACATTTGGTATGCTCAGTCCCATCACCTGTTA  649

seq1  CCATATGACCTTGTGACCCCTGACTCCCCAGGCCATCATACCTCTTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGACCTTGTGACCCCTGACTCCCCAGGCCATCATACCTCTTCACT  699

seq1  ACAAGGGGTTAAAATGGCTGGGGCAGCACATGCAGAGTGGCCTGTACCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGGTTAAAATGGCTGGGGCAGCACATGCAGAGTGGCCTGTACCCT  749

seq1  GGGGACCCTCAAGAATTC  768
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGGACCCTCAAGAATTC  767