BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144F05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 135,327,195 - 135,460,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEmp1
Upstream geneBcl2l14, Lrp6, Mansc1, Loh12cr1, LOC100043884, Dusp16, Crebl2, Gpr19, Cdkn1b, 1190002F15Rik, Apold1, Ddx47, Gprc5a, Gprc5d, LOC100043668, Hebp1, 8430419L09Rik, Gsg1, Pbp2, LOC100043890
Downstream geneGrin2b, EG668137, LOC545887, E330021D16Rik, EG627022, LOC100043893
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144F05.bB6Ng01-144F05.g
ACCDH942033DH942034
length1,1511,013
definitionDH942033|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144F05, 5' end.DH942034|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,459,615 - 135,460,786)(135,327,195 - 135,328,209)
sequence
gaattctatatgtcaggaccaccatgttacttgaacaagatatgtagaga
atgttggggaatcttttagagctgacccaatggcatcctttatagtacat
caaccttcttttgtgctttgtcacttataacttccctgctcaagcattag
caaatctcctcacttatggcatcctccaaggctgattatcaggatgcagt
gtgcctggtaccctgagcttctgtccctcacacatctcattgtgatgctt
gattttctgcctatctcactagactgagatgttcaaagcacagtaagtag
acaatggctatgactttaaaagtgcctgttgagtaagtgaatgaatgaat
gaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgacatgaagacagcttct
gctgtctttgcataccatctcatcatctgggtgacagcaaggcctttcag
taagacatgagaaagtggagagatgtagtagatgtgttttctgatggtca
tagcttcactgcagaggcatggtaatgggaagagtactggagcaggtgtt
accaaccttggcagcaccatctgctctcccccctctttgcttgaggtctc
aagtaagtcatttaacctctcggtcccagttgttgggaggtttccaatga
gataatgatcatagttcatagactaccagctatggaaaggactcatgggt
actttccagcttattgtactctgagtcagctaggcaatggtgggactggg
aattaagaaatagagcccaaatctcctaaagcccagcttggaattttaat
actatgagtaaagaaatatgaagatcagcactattttggatgtaattttt
aaatgttaaagaaatggtatctattgcttcatacagcttcatacagattt
catacagtttaaccaccccattcctgttggaatatggaacagaggtgaga
tggctatgagggggcactcagcctacaacatttctgttttattcactggc
tatgtcctgacacatcaaagcctggtacatttctgtcaagcagctagcct
ctgagcagctgcattaagcataattttttaaagctataatgattggtagc
tatggtctgtaattccttaggcatttcaatctgtaacctctaagtacttt
g
gaattctctactcagaagtcaccaaaaagccaagatgttggtgctactgg
ctggtctctttgtggtccacattgccactgccattatgctgtttgtctcc
accattgccaacgtgagtcccagccccctgtttcctcatcccaggaagga
tcttaggaatagtttggtaaaaggttaaaaaacaaacaaacaaaaacggg
agctgggagtgttaaatcacagagcagagaacttcttgaatagctgtgag
gggaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacacatactcat
agatcgggaagaaataaccaaagtgtaaaaggcgagagtccacaagtgat
tcctctaggggtgttgggaggttcagctttgagaagaatcctctccacgg
gaggtggacactgaggtgcgtttggaggatgggcgtgtctcctctagagg
aggaagtagaagaaaatagaagtgcagttcaggcagaagggcaaagacgc
cctcgtgggacagactctccctgtgctcaggttaacaatatctgctcatg
cgctagatcgcagattcctgatagatagatagacatcagagaataaggac
actgctttggttatgaggttgacaaattcaagttttgtgtggaaataggt
gtgtgaaatggaatttggtaggattaacttggtgtcccgtgaatcaaata
aaacgatcttctacggagatcgctagtctgtctttgctctcggaacccgg
ggctactctgacccctagtggtcatttttagcacccactttgtattgtct
tagacaaaatgagccagtttcttgaacttagaagtcaaggcagccagcta
gcccattgtgatggtagatttgcatgaagaaagcagatgccaagagagag
gaccatgagtttgaggccagcccgaagctacccattttgcccgggtgtgt
ggcttccgcctttagaccacttgggaggcagtgataaaggtcagcctgtc
tatgtagcaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_135459615_135460786
seq2: B6Ng01-144F05.b_45_1195 (reverse)

seq1  CAAAGTACTTAGATGTTACAGGATGGGGACTTGCCCTAGGGAATACAGGA  50
      ||||||||||||| |||||||  |   ||  ||||  ||| | |||| ||
seq2  CAAAGTACTTAGAGGTTACAGATT---GAAATGCCTAAGGAATTACA-GA  46

seq1  CCAATATGCTTACCCAATCATTTATAGCTTAAAAAAATTATATGCCCTTA  100
      || ||| |||   ||||||| ||||||||| ||||||||||     ||||
seq2  CC-ATA-GCT--ACCAATCA-TTATAGCTTTAAAAAATTAT----GCTTA  87

seq1  ATGCCAGCTGCTCAGAGGCTAGCTGCTTGGCAGAAATGTAACCAGGCTTT  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  ATG-CAGCTGCTCAGAGGCTAGCTGCTTGACAGAAATGT-ACCAGGCTTT  135

seq1  TGGTTGTGTCAGGACATTAGCCAGTGAATAAAACAGGAATGTGTGTAGGC  200
        | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  --GATGTGTCAGGACA-TAGCCAGTGAATAAAACAGAAATGT-TGTAGGC  181

seq1  TGAGTGGCCCCCTCATAGCCCTTCTCACCTCTGTTCCATATTCCAACAGG  250
      ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGT-GCCCCCTCATAG-CCATCTCACCTCTGTTCCATATTCCAACAGG  229

seq1  AATGGGGTGGTTAAACTGTATGAAATCTGTATGAAGCTGTATGGAGCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATGGGGTGGTTAAACTGTATGAAATCTGTATGAAGCTGTATGAAGCAAT  279

seq1  AGATACCATTTCTTTAACATTTAAAAATTACATCCAAAATAGTGCTGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCATTTCTTTAACATTTAAAAATTACATCCAAAATAGTGCTGATC  329

seq1  TTCATATTTCTTTACTCATAGTATTAAAATTCCAAGCTGGGCTTTAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTTCTTTACTCATAGTATTAAAATTCCAAGCTGGGCTTTAGGAG  379

seq1  ATTTGGGCTCTATTTCTTAATTCCCAGTCCCACCATTGCCTAGCTGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGCTCTATTTCTTAATTCCCAGTCCCACCATTGCCTAGCTGACTC  429

seq1  AGAGTACAATAAGCTGGAAAGTACCCATGAGTCCTTTCCATAGCTGGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTACAATAAGCTGGAAAGTACCCATGAGTCCTTTCCATAGCTGGTAG  479

seq1  TCTATGAACTATGATCATTATCTCATTGGAAACCTCCCAACAACTGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAACTATGATCATTATCTCATTGGAAACCTCCCAACAACTGGGAC  529

seq1  CGAGAGGTTAAATGACTTACTTGAGACCTCAAGCAAAGAGGGGGGAGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGGTTAAATGACTTACTTGAGACCTCAAGCAAAGAGGGGGGAGAGC  579

seq1  AGATGGTGCTGCCAAGGTTGGTAACACCTGCTCCAGTACTCTTCCCATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTGCTGCCAAGGTTGGTAACACCTGCTCCAGTACTCTTCCCATTA  629

seq1  CCATGCCTCTGCAGTGAAGCTATGACCATCAGAAAACACATCTACTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCTCTGCAGTGAAGCTATGACCATCAGAAAACACATCTACTACAT  679

seq1  CTCTCCACTTTCTCATGTCTTACTGAAAGGCCTTGCTGTCACCCAGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCACTTTCTCATGTCTTACTGAAAGGCCTTGCTGTCACCCAGATGA  729

seq1  TGAGATGGTATGCAAAGACAGCAGAAGCTGTCTTCATGTCATTCATTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGTATGCAAAGACAGCAGAAGCTGTCTTCATGTCATTCATTCAT  779

seq1  TCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCACTTACTCAACAGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCACTTACTCAACAGGCA  829

seq1  CTTTTAAAGTCATAGCCATTGTCTACTTACTGTGCTTTGAACATCTCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAGTCATAGCCATTGTCTACTTACTGTGCTTTGAACATCTCAGT  879

seq1  CTAGTGAGATAGGCAGAAAATCAAGCATCACAATGAGATGTGTGAGGGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGAGATAGGCAGAAAATCAAGCATCACAATGAGATGTGTGAGGGAC  929

seq1  AGAAGCTCAGGGTACCAGGCACACTGCATCCTGATAATCAGCCTTGGAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTCAGGGTACCAGGCACACTGCATCCTGATAATCAGCCTTGGAGG  979

seq1  ATGCCATAAGTGAGGAGATTTGCTAATGCTTGAGCAGGGAAGTTATAAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATAAGTGAGGAGATTTGCTAATGCTTGAGCAGGGAAGTTATAAGT  1029

seq1  GACAAAGCACAAAAGAAGGTTGATGTACTATAAAGGATGCCATTGGGTCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGCACAAAAGAAGGTTGATGTACTATAAAGGATGCCATTGGGTCA  1079

seq1  GCTCTAAAAGATTCCCCAACATTCTCTACATATCTTGTTCAAGTAACATG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAAAAGATTCCCCAACATTCTCTACATATCTTGTTCAAGTAACATG  1129

seq1  GTGGTCCTGACATATAGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCTGACATATAGAATTC  1151

seq1: chr6_135327195_135328209
seq2: B6Ng01-144F05.g_69_1081

seq1  GAATTCTCTACTCAGAAGTCACCAAAAAGCCAAGATGTTGGTGCTACTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACTCAGAAGTCACCAAAAAGCCAAGATGTTGGTGCTACTGG  50

seq1  CTGGTCTCTTTGTGGTCCACATTGCCACTGCCATTATGCTGTTTGTCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCTTTGTGGTCCACATTGCCACTGCCATTATGCTGTTTGTCTCC  100

seq1  ACCATTGCCAACGTGAGTCCCAGCCCCCTGTTTCCTCATCCCAGGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGCCAACGTGAGTCCCAGCCCCCTGTTTCCTCATCCCAGGAAGGA  150

seq1  TCTTAGGAATAGTTTGGTAAAAGGTTAAAAAACAAACAAACAAAAACGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAATAGTTTGGTAAAAGGTTAAAAAACAAACAAACAAAAACGGG  200

seq1  AGCTGGGAGTGTTAAATCACAGAGCAGAGAACTTCTTGAATAGCTGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGAGTGTTAAATCACAGAGCAGAGAACTTCTTGAATAGCTGTGAG  250

seq1  GGGAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACACATACTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACACATACTCAT  300

seq1  AGATCGGGAAGAAATAACCAAAGTGTAAAAGGCGAGAGTCCACAAGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGGGAAGAAATAACCAAAGTGTAAAAGGCGAGAGTCCACAAGTGAT  350

seq1  TCCTCTAGGGGTGTTGGGAGGTTCAGCTTTGAGAAGAATCCTCTCCACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGGGGTGTTGGGAGGTTCAGCTTTGAGAAGAATCCTCTCCACGG  400

seq1  GAGGTGGACACTGAGGTGCGTTTGGAGGATGGGCGTGTCTCCTCTAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGACACTGAGGTGCGTTTGGAGGATGGGCGTGTCTCCTCTAGAGG  450

seq1  AGGAAGTAGAAGAAAATAGAAGTGCAGTTCAGGCAGAAGGGCAAAGACGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTAGAAGAAAATAGAAGTGCAGTTCAGGCAGAAGGGCAAAGACGC  500

seq1  CCTCGTGGGACAGACTCTCCCTGTGCTCAGGTTAACAATATCTGCTCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGTGGGACAGACTCTCCCTGTGCTCAGGTTAACAATATCTGCTCATG  550

seq1  CGCTAGATCGCAGATTCCTGATAGATAGATAGACATCAGAGAATAAGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAGATCGCAGATTCCTGATAGATAGATAGACATCAGAGAATAAGGAC  600

seq1  ACTGCTTTGGTTATGAGGTTGACAAATTCAAGTTTTGTGTGGAAATAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTGGTTATGAGGTTGACAAATTCAAGTTTTGTGTGGAAATAGGT  650

seq1  GTGTGAAATGGAATTTGGTAGGATTAACTTGGTGTCCCGTGAATCAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAATGGAATTTGGTAGGATTAACTTGGTGTCCCGTGAATCAAATA  700

seq1  AAACGATCTTCTACGGAGATCGCTAGTCTGTCTTTGCTCTCGGAACCCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGATCTTCTACGGAGATCGCTAGTCTGTCTTTGCTCTCGGAACCCGG  750

seq1  GGCTACTCTGACCCCTAGTGGTCATTTTTAGCACCCACTTTGTATTGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTCTGACCCCTAGTGGTCATTTTTAGCACCCACTTTGTATTGTCT  800

seq1  TAGACAAAATGAGCCAGTTTCTTGAACTTAGAAGTCAAGGCAGCCAGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAAATGAGCCAGTTTCTTGAACTTAGAAGTCAAGGCAGCCAGCTA  850

seq1  GCCCATTGTGATGGTAGGATTTGCATGAAGAAGGCAGA-GGCAAGAGAGA  899
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||
seq2  GCCCATTGTGATGGTA-GATTTGCATGAAGAAAGCAGATGCCAAGAGAGA  899

seq1  GGACCATGAGTTTGAGGCCAGCCAG-AGCTACACATTTTG-CCGGGTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||
seq2  GGACCATGAGTTTGAGGCCAGCCCGAAGCTACCCATTTTGCCCGGGTGTG  949

seq1  TTGGCTTCCGCCTTTAGTACCACTTGGGAGGCAGTGAGTAAAGGTCAGCC  997
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -TGGCTTCCGCCTTTAG-ACCACTTGGGAGGCAGTGA-TAAAGGTCAGCC  996

seq1  GGGTCTATGTAGCAAGTT  1015
        ||||||||||||||||
seq2  -TGTCTATGTAGCAAGTT  1013