BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145I24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 70,249,648 - 70,340,597
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgk, Igk-V8-21, EG667840, Igk-V19-20, Igk-V8-19, Igk-V8-18, LOC667863, Igk-V19-17, Igk-V8-16
Upstream geneGm1419, Igkv12-67, Igkv12-66, Igkv4-65, Igkv13-64, EG628571, Igkv13-62-1, EG636752, Igkv13-61-1, Igkv4-61, EG667683, Igkv4-60, Gm1077, Igkv13-57-2, Gm1418, Igkv13-57-1, Gm189, Igkv13-56-1, Igkv4-56, Igkv13-55-1, Gm1524, Igkv13-54-1, Igkv4-54, Gm1420, Igkv4-51, Gm1069, Igkv12-49, Igkv5-48, ENSMUSG00000029975, Igkv12-46, Igkv5-45, Igkv12-44, Igkv5-43, Igkv12-42, Igkv12-41, Igkv5-40-1, Igkv12-40, Gm1409, Igkv12-38, Gm1410, Igkv18-36, Igkv1-35, Igkv8-34, U29423, ENSMUSG00000053690, Igkv8-31, Igkv8-30, LOC545852, Igkv6-29, Igkv8-28, Igkv8-27, Igkv8-26, LOC667812, Igkv6-25, Igkv8-24, Igkv8-23-1, Igkv6-23, LOC667829, Igkv8-22
Downstream geneIgk-V19-15, LOC667872, LOC620497, Igk-V19-14, LOC667889, Igk-V19-13, LOC667902, Igkv3-12-1, Igk-V21-12, Igk-V21-11, Igk-V21-10, Igk-V21-9, Igk-V21-8, Igk-V21-7, Igk-V21-6, Igk-V21-5, Igk-V21-4, Igk-V21-3, Igk-V21-2, Igk-V21-1, Igk-J1, Igk-J2, Igk-J3, Igk-J4, Igk-J5, Igk-C, Rpia, Eif2ak3, 1700011F03Rik, LOC232077, LOC619547, Thnsl2, Fabp1, Smyd1, Krcc1, Gm1070, Cd8b1, LOC100042853, Cd8a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145I24.bB6Ng01-145I24.g
ACCDH942935DH942936
length8331,097
definitionDH942935|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145I24, 5' end.DH942936|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145I24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,339,769 - 70,340,597)(70,249,648 - 70,250,744)
sequence
gaattcacttcaggtgtcacaaagcaaagtataaagtttagtgaagatct
agagcaactgacatcttgttagacactgatgggttagttactcatgtgtt
atagtttagtgtttaagtttgtaaactactattgtttattaactaattaa
ttcaatttatatcccaatccagcccccaacttctactagtctcctcctga
cacagtttctttgcccataatcccctcctcttcttctctgagaaagggga
gccccacccaccatcccaggtaccaacatgctatggcacatcaaggtact
gcaggacttggctcatgttctctcactgctagacaaggcagcccagttag
gacaacatggtccagtcagttaaaagagtcaaggatcattcttgctccag
ttatttgtggactcacatgaataccaagctgcacaactgctacttatgtg
caggagttgggtgggagggggctagatctagccaataaatgctgtttggt
tgactgttcagactctgggagcccctcccccacccaagtgcagaggttag
ctgactgtgctgatcttgtggattcctgatcccctctgggtccctctacc
cttcccccaactctttcacatgacttcttgaacttttaatgtttggctct
tggtctctgcacctgttttggtcagctgctgggtggagtctctcagagga
ctgttatgctaggctcccctccaccccctattactcttttccaccccctg
cctgccgggttcttcagaatgcccagcctcactgaggtctaacttttccc
tgcctgtgggtccatcttcaggtccacacagac
gaattcctccctaaattgctaaaacatgattacatgatagacaacagtat
ggtggtcacttgatagtttttgtccattttcccctctcaccactgggacc
ccatctagtttagacctgtgctggacctgtatatactgccacatctctgt
gagttcatatgtgcatcagtcctgttgcatctgtaaaacactgcttcctg
atgtcatccatcatctctggctctcaaagtctttctgccaccttatccac
atagatcctgagctctctgaggagggctttgatgaagctacttcatttag
gactgcatgcaccaagatctctcactctttccactttctctacttttaag
tctctatatttgttcccatttacggcgggaagaagcttctctgatgatgg
ctgagcaaaatgtgacctatggttataacagaatgtaattggaagccatt
tcattgtggtcctttagcagaactattggtttcctcaaggagcatggcct
ttctagtctcatcttcttggccacatgagcagagtctgtcgtgggttcca
tatcatgtagtggaccttaattccagttagaaagaagttctttactgcca
aaaacattccaaattacaggatttataattgggttggtaattacctctca
cctctgatagaatgcaggatgtttttcagcactatgaacactagtcagta
ggcttggaggctctagttaggcatcagtacaacttctcaatgtggtgagg
caagaggaaagtaagagagagaatacagggagagatacctagcattaaag
ggtcatttgaaggcccatatagaacctacttcagtagatgttgattaaca
tatatgcatatatgaaagtaatctaaatggaaacaaataacaaaggagga
aaaacctcagctagacatctctcgccaccaaatgaaacctccagtgccat
caatggttacatatgagttgttgggcagagaagtaccatgggaatcccca
tacactctggctattggttgcctcttactaattgatagtaaatccctatt
gctgaagagaactacatcttgttttctggttatttcagactgagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_70339769_70340597
seq2: B6Ng01-145I24.b_49_881 (reverse)

seq1  GTCTGTGTGGACCTGAAGATGGA-CCACA-GCAGGGAAAAGTTAGACCTC  48
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTGGACCTGAAGATGGACCCACAGGCAGGGAAAAGTTAGACCTC  50

seq1  AGTGAGGCTGGGCATTCTGAAGAACCCGGCAGGCAGGGGGTGG-AAAGAG  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTGAGGCTGGGCATTCTGAAGAACCCGGCAGGCAGGGGGTGGAAAAGAG  100

seq1  TAATAGGGGGTGGAGGGGAGCCTAGCATAACAGTCCTCTGAGAGACTCCA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGGGGTGGAGGGGAGCCTAGCATAACAGTCCTCTGAGAGACTCCA  150

seq1  CCCAGCAGCTGACCAAAACAGGTGCAGAGACCAAGAGCCAAACATT-AAA  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCCAGCAGCTGACCAAAACAGGTGCAGAGACCAAGAGCCAAACATTAAAA  200

seq1  GTTCAAGAAGTCATGTGAAAGAGTTGGGGGAAGGGTAGAGGGACCCAGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGAAGTCATGTGAAAGAGTTGGGGGAAGGGTAGAGGGACCCAGAG  250

seq1  GGGATCAGGAATCCACAAGATCAGCACAGTCAGCTAACCTCTGCACTTGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAGGAATCCACAAGATCAGCACAGTCAGCTAACCTCTGCACTTGG  300

seq1  GTGGGGGAGGGGCTCCCAGAGTCTGAACAGTCAACCAAACAGCATTTATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGAGGGGCTCCCAGAGTCTGAACAGTCAACCAAACAGCATTTATT  350

seq1  GGCTAGATCTAGCCCCCTCCCACCCAACTCCTGCACATAAGTAGCAGTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGATCTAGCCCCCTCCCACCCAACTCCTGCACATAAGTAGCAGTTG  400

seq1  TGCAGCTTGGTATTCATGTGAGTCCACAAATAACTGGAGCAAGAATGATC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTGGTATTCATGTGAGTCCACAAATAACTGGAGCAAGAATGATC  450

seq1  CTTGACTCTTTTAACTGACTGGACCATGTTGTCCTAACTGGGCTGCCTTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTCTTTTAACTGACTGGACCATGTTGTCCTAACTGGGCTGCCTTG  500

seq1  TCTAGCAGTGAGAGAACATGAGCCAAGTCCTGCAGTACCTTGATGTGCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCAGTGAGAGAACATGAGCCAAGTCCTGCAGTACCTTGATGTGCCA  550

seq1  TAGCATGTTGGTACCTGGGATGGTGGGTGGGGCTCCCCTTTCTCAGAGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGTTGGTACCTGGGATGGTGGGTGGGGCTCCCCTTTCTCAGAGAA  600

seq1  GAAGAGGAGGGGATTATGGGCAAAGAAACTGTGTCAGGAGGAGACTAGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAGGGGATTATGGGCAAAGAAACTGTGTCAGGAGGAGACTAGTA  650

seq1  GAAGTTGGGGGCTGGATTGGGATATAAATTGAATTAATTAGTTAATAAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGGGGCTGGATTGGGATATAAATTGAATTAATTAGTTAATAAAC  700

seq1  AATAGTAGTTTACAAACTTAAACACTAAACTATAACACATGAGTAACTAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTAGTTTACAAACTTAAACACTAAACTATAACACATGAGTAACTAA  750

seq1  CCCATCAGTGTCTAACAAGATGTCAGTTGCTCTAGATCTTCACTAAACTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAGTGTCTAACAAGATGTCAGTTGCTCTAGATCTTCACTAAACTT  800

seq1  TATACTTTGCTTTGTGACACCTGAAGTGAATTC  829
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTGCTTTGTGACACCTGAAGTGAATTC  833

seq1: chr6_70249648_70250744
seq2: B6Ng01-145I24.g_68_1164

seq1  GAATTCCTCCCTAAATTGCTAAAACATGATTACATGATAGACAACAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCCTAAATTGCTAAAACATGATTACATGATAGACAACAGTAT  50

seq1  GGTGGTCACTTGATAGTTTTTGTCCATTTTCCCCTCTCACCACTGGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTCACTTGATAGTTTTTGTCCATTTTCCCCTCTCACCACTGGGACC  100

seq1  CCATCTAGTTTAGACCTGTGCTGGACCTGTATATACTGCCACATCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTAGTTTAGACCTGTGCTGGACCTGTATATACTGCCACATCTCTGT  150

seq1  GAGTTCATATGTGCATCAGTCCTGTTGCATCTGTAAAACACTGCTTCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCATATGTGCATCAGTCCTGTTGCATCTGTAAAACACTGCTTCCTG  200

seq1  ATGTCATCCATCATCTCTGGCTCTCAAAGTCTTTCTGCCACCTTATCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATCCATCATCTCTGGCTCTCAAAGTCTTTCTGCCACCTTATCCAC  250

seq1  ATAGATCCTGAGCTCTCTGAGGAGGGCTTTGATGAAGCTACTTCATTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCCTGAGCTCTCTGAGGAGGGCTTTGATGAAGCTACTTCATTTAG  300

seq1  GACTGCATGCACCAAGATCTCTCACTCTTTCCACTTTCTCTACTTTTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCATGCACCAAGATCTCTCACTCTTTCCACTTTCTCTACTTTTAAG  350

seq1  TCTCTATATTTGTTCCCATTTACGGCGGGAAGAAGCTTCTCTGATGATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATATTTGTTCCCATTTACGGCGGGAAGAAGCTTCTCTGATGATGG  400

seq1  CTGAGCAAAATGTGACCTATGGTTATAACAGAATGTAATTGGAAGCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAAAATGTGACCTATGGTTATAACAGAATGTAATTGGAAGCCATT  450

seq1  TCATTGTGGTCCTTTAGCAGAACTATTGGTTTCCTCAAGGAGCATGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGGTCCTTTAGCAGAACTATTGGTTTCCTCAAGGAGCATGGCCT  500

seq1  TTCTAGTCTCATCTTCTTGGCCACATGAGCAGAGTCTGTCGTGGGTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTCTCATCTTCTTGGCCACATGAGCAGAGTCTGTCGTGGGTTCCA  550

seq1  TATCATGTAGTGGACCTTAATTCCAGTTAGAAAGAAGTTCTTTACTGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGTAGTGGACCTTAATTCCAGTTAGAAAGAAGTTCTTTACTGCCA  600

seq1  AAAACATTCCAAATTACAGGATTTATAATTGGGTTGGTAATTACCTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTCCAAATTACAGGATTTATAATTGGGTTGGTAATTACCTCTCA  650

seq1  CCTCTGATAGAATGCAGGATGTTTTTCAGCACTATGAACACTAGTCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGATAGAATGCAGGATGTTTTTCAGCACTATGAACACTAGTCAGTA  700

seq1  GGCTTGGAGGCTCTAGTTAGGCATCAGTACAACTTCTCAATGTGGTGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGAGGCTCTAGTTAGGCATCAGTACAACTTCTCAATGTGGTGAGG  750

seq1  CAAGAGGAAAGTAAGAGAGAGAATACAGGGAGAGATACCTAGCATT-AAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAAGAGGAAAGTAAGAGAGAGAATACAGGGAGAGATACCTAGCATTAAAG  800

seq1  GGTCATTTGAAGGCCCATATAGAACCTACTTCAGTAGATGTTGATTAACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTTGAAGGCCCATATAGAACCTACTTCAGTAGATGTTGATTAACA  850

seq1  TATATGCATATATGAAAGTAATCTAAATGGAAACAAATAACAAAGGAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCATATATGAAAGTAATCTAAATGGAAACAAATAACAAAGGAGGA  900

seq1  AAAACCTCAGCTAGACATCTCTCGCCACCAAATGAAACCTCCAGTGCCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTCAGCTAGACATCTCTCGCCACCAAATGAAACCTCCAGTGCCAT  950

seq1  CAATGGGTTACATATGAGTTGTTGGGCAGAG-AGTACCCATGGGAATCCC  998
      |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CAAT-GGTTACATATGAGTTGTTGGGCAGAGAAGTA-CCATGGGAATCCC  998

seq1  CATACAACTCTGGCTATTGGTTGCTCTTTACTAATTGATAGTAAATCCCT  1048
      ||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  CATAC-ACTCTGGCTATTGGTTGCCTCTTACTAATTGATAGTAAATCCCT  1047

seq1  ATTGCTGAAGAGACTTACATCTTG-TTTCTGGTTATTTCAGACTGAGGGG  1097
      |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGAAGAGAACTACATCTTGTTTTCTGGTTATTTCAGACTGAGGGG  1097