BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147I10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 81,910,633 - 82,036,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrpl19, Tmem166
Upstream geneLOC100042991, LOC232143, 1700009C05Rik, AW146020
Downstream geneEG622198, Tacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2, EG622318, Sema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147I10.bB6Ng01-147I10.g
ACCDH944383DH944384
length1,1211,041
definitionDH944383|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147I10, 5' end.DH944384|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,035,417 - 82,036,533)(81,910,633 - 81,911,690)
sequence
gaattcaggtcactaaagcaggcaactgactctaactctgctcatgtctt
gggagacttactcccactcactattatatatactactatatatgtagaga
gaatctcttataaacaacacctgccaagaaaaaaagcttatggtcaatga
gctgaggaagaaaataggaggtgggacattgggcagggagagagagaatt
ctgggaaatagtcagaggcaggagagattagagctgtaactctgaggaga
tggagataaaccagaaggtagctggactcaggataaaatgaaggagagat
tcactccaggaactctgaggagacagacataagaagaggagaggaaagca
gccatgtaactgaatccagattagaataaaggggataataagttaagagc
aggccagggaacaagcttaagtgtgtgacctaggtacttattgataaata
attcgtctcagatttgtcattctgggagcagaggctaggaggaaaaatgt
ttttgttttttgtttttacaccctacaaggccatggtcttaggccatgag
ttttgacacactcacattggcaatatgctccaacactgagcggacacagt
gtgagaacttggagaagtccttcactttccaatcccaacacacgtggaat
cactttggacccccttgtagtcttaatgtgaaattatcctccaggctcat
ctcaacagttaggtcccagctggtgttgctctttggaggagttaggaaac
ctttaagaggtggagtccagctgaaggaagtgtgtcacaggatgggtggg
gctgcagatggatagccctgccccatatcctgtgctctctgttctctgat
cgtccacgacgtggcgagtcagccacagattctcaccaccatgaattctg
taccatgataaactttttcccctagaatccgagcccaaacaaatctttcc
tctctcacgttgcttcttaccaggcatttgctcacagcagaagaaaagaa
actaagattacccttttccaacactggaactcaacatgttcacaggcgta
gacaaaaatacatatttgcacaatcagggcaattacactcttcagggatg
ggaagggagggaaagaaggaa
gaattcctcacaagtggcttttgtaaacttgggggaaatgaagccagaat
acaacaactcagattcccacattcttcttaaaactgccatgtagcaaaac
aggacccttttctaccagctaatgagcctgtcaaaactagacatttaaca
atggagagattatcaggtgggttgtgttagctggggtttcattgctgtga
cgagacaccacgactaaggcaactctcataagggacaacattgaattagg
gctggcttaacagtatcagagcttcagtccattaacatcatggaagtgtc
caggcagacacacggctgagagttctgcatcttgatccaactacagctag
gagagtctgacgctgaccacacttgaacatgagaccgcaaagcccacccc
caccgtgacatacttcatccaacacggccacacttcctaacagtaccact
ccatatgggccaagcatattcaaactaccacctgtgtcataagcagctgt
aactccagttccaggcagtctgatacttcctggtctctggaaccatgtac
acacatacaggcctgggtgctaggaactaaacgtagggcctctgcaagag
tagcaagtgctctgaactactgagccacctctacagctcctattcttaca
ttttaacttgcacactgttgtgtgtttatggttttttccctactcctctt
gctcagatcccagttcatcttattctggtgatgctaacttcactggctat
agaaagggaatgactgtcaggtgattgctcttttgagagcaataaactga
catgcagactttatgctaggtaccgaaaagtgaggaatgctcatttaatc
actatgtccttacaaagcaaacttaatggctttcaaaccaaaggagctaa
tacattaaccaaaggcattctcagacaaggcttaaaagaaagatactttt
tttttttttattttatggttgtcagacagggttttctgtatagcctggca
gtctggacctctacttgtagacaggctgctcgaactcagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_82035417_82036533
seq2: B6Ng01-147I10.b_49_1169 (reverse)

seq1  TTCCTTC-TTCCCTCCC-TCCCATCCCTG-AGAGTGTATATG-CCTGATT  46
      ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||
seq2  TTCCTTCTTTCCCTCCCTTCCCATCCCTGAAGAGTGTAATTGCCCTGATT  50

seq1  GTGC-AATATGTATTTTTGTCTACGCCTGTGAACATTGTTTGAG-TCCAG  94
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||
seq2  GTGCAAATATGTATTTTTGTCTACGCCTGTGAACAT--GTTGAGTTCCAG  98

seq1  TGTTGGGAAAAGGTTATCTTAGTTTCTTTTCTTCTGCTGTGAGCAAATGC  144
      |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAAAAGGGTAATCTTAGTTTCTTTTCTTCTGCTGTGAGCAAATGC  148

seq1  CTGGTAAGAAGCAACGTGAGAGAGGAAAGATTTGTTTTGGCTCGGATTCT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGGTAAGAAGCAACGTGAGAGAGGAAAGATTTGTTTGGGCTCGGATTCT  198

seq1  AGGGGATAAAGTTTATCATGGTACAGAATTCATGGTGGTGAGAATCTGTG  244
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAAAGTTTATCATGGTACAGAATTCATGGTGGTGAGAATCTGTG  248

seq1  GCTGACTCGCCACGTCGTGGACGATCAGAGAACAGAGAGCACAGGATATG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTCGCCACGTCGTGGACGATCAGAGAACAGAGAGCACAGGATATG  298

seq1  GGGCAGGGCTATCCATCTGCAGCCCCACCCATCCTGTGACACACTTCCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGCTATCCATCTGCAGCCCCACCCATCCTGTGACACACTTCCTT  348

seq1  CAGCTGGACTCCACCTCTTAAAGGTTTCCTAACTCCTCCAAAGAGCAACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGACTCCACCTCTTAAAGGTTTCCTAACTCCTCCAAAGAGCAACA  398

seq1  CCAGCTGGGACCTAACTGTTGAGATGAGCCTGGAGGATAATTTCACATTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGGGACCTAACTGTTGAGATGAGCCTGGAGGATAATTTCACATTA  448

seq1  AGACTACAAGGGGGTCCAAAGTGATTCCACGTGTGTTGGGATTGGAAAGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTACAAGGGGGTCCAAAGTGATTCCACGTGTGTTGGGATTGGAAAGT  498

seq1  GAAGGACTTCTCCAAGTTCTCACACTGTGTCCGCTCAGTGTTGGAGCATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTTCTCCAAGTTCTCACACTGTGTCCGCTCAGTGTTGGAGCATA  548

seq1  TTGCCAATGTGAGTGTGTCAAAACTCATGGCCTAAGACCATGGCCTTGTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAATGTGAGTGTGTCAAAACTCATGGCCTAAGACCATGGCCTTGTA  598

seq1  GGGTGTAAAAACAAAAAACAAAAACATTTTTCCTCCTAGCCTCTGCTCCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTAAAAACAAAAAACAAAAACATTTTTCCTCCTAGCCTCTGCTCCC  648

seq1  AGAATGACAAATCTGAGACGAATTATTTATCAATAAGTACCTAGGTCACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGACAAATCTGAGACGAATTATTTATCAATAAGTACCTAGGTCACA  698

seq1  CACTTAAGCTTGTTCCCTGGCCTGCTCTTAACTTATTATCCCCTTTATTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAGCTTGTTCCCTGGCCTGCTCTTAACTTATTATCCCCTTTATTC  748

seq1  TAATCTGGATTCAGTTACATGGCTGCTTTCCTCTCCTCTTCTTATGTCTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGGATTCAGTTACATGGCTGCTTTCCTCTCCTCTTCTTATGTCTG  798

seq1  TCTCCTCAGAGTTCCTGGAGTGAATCTCTCCTTCATTTTATCCTGAGTCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCAGAGTTCCTGGAGTGAATCTCTCCTTCATTTTATCCTGAGTCC  848

seq1  AGCTACCTTCTGGTTTATCTCCATCTCCTCAGAGTTACAGCTCTAATCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCTTCTGGTTTATCTCCATCTCCTCAGAGTTACAGCTCTAATCTC  898

seq1  TCCTGCCTCTGACTATTTCCCAGAATTCTCTCTCTCCCTGCCCAATGTCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTCTGACTATTTCCCAGAATTCTCTCTCTCCCTGCCCAATGTCC  948

seq1  CACCTCCTATTTTCTTCCTCAGCTCATTGACCATAAGCTTTTTTTCTTGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTATTTTCTTCCTCAGCTCATTGACCATAAGCTTTTTTTCTTGG  998

seq1  CAGGTGTTGTTTATAAGAGATTCTCTCTACATATATAGTAGTATATATAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTTGTTTATAAGAGATTCTCTCTACATATATAGTAGTATATATAA  1048

seq1  TAGTGAGTGGGAGTAAGTCTCCCAAGACATGAGCAGAGTTAGAGTCAGTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGTGGGAGTAAGTCTCCCAAGACATGAGCAGAGTTAGAGTCAGTT  1098

seq1  GCCTGCTTTAGTGACCTGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTTTAGTGACCTGAATTC  1121

seq1: chr6_81910633_81911690
seq2: B6Ng01-147I10.g_70_1110

seq1  GAATTCCTCACAAGTGGCTTTTGTAAACTTGGGGGAAATGAAGCCAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACAAGTGGCTTTTGTAAACTTGGGGGAAATGAAGCCAGAAT  50

seq1  ACAACAACTCAGATTCCCACATTCTTCTTAAAACTGCCATGTAGCAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACTCAGATTCCCACATTCTTCTTAAAACTGCCATGTAGCAAAAC  100

seq1  AGGACCCTTTTCTACCAGCTAATGAGCCTGTCAAAACTAGACATTTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCTTTTCTACCAGCTAATGAGCCTGTCAAAACTAGACATTTAACA  150

seq1  ATGGAGAGATTATCAGGTGGGTTGTGTTAGCTGGGGTTTCATTGCTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGATTATCAGGTGGGTTGTGTTAGCTGGGGTTTCATTGCTGTGA  200

seq1  CGAGACACCACGACTAAGGCAACTCTCATAAGGGACAACATTGAATTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACACCACGACTAAGGCAACTCTCATAAGGGACAACATTGAATTAGG  250

seq1  GCTGGCTTAACAGTATCAGAGCTTCAGTCCATTAACATCATGGAAGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTAACAGTATCAGAGCTTCAGTCCATTAACATCATGGAAGTGTC  300

seq1  CAGGCAGACACACGGCTGAGAGTTCTGCATCTTGATCCAACTACAGCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGACACACGGCTGAGAGTTCTGCATCTTGATCCAACTACAGCTAG  350

seq1  GAGAGTCTGACGCTGACCACACTTGAACATGAGACCGCAAAGCCCACCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCTGACGCTGACCACACTTGAACATGAGACCGCAAAGCCCACCCC  400

seq1  CACCGTGACATACTTCATCCAACACGGCCACACTTCCTAACAGTACCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGACATACTTCATCCAACACGGCCACACTTCCTAACAGTACCACT  450

seq1  CCATATGGGCCAAGCATATTCAAACTACCACCTGTGTCATAAGCAGCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGGGCCAAGCATATTCAAACTACCACCTGTGTCATAAGCAGCTGT  500

seq1  AACTCCAGTTCCAGGCAGTCTGATACTTCCTGGTCTCTGGAACCATGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAGTTCCAGGCAGTCTGATACTTCCTGGTCTCTGGAACCATGTAC  550

seq1  ACACATACAGGCCTGGGTGCTAGGAACTAAACGTAGGGCCTCTGCAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATACAGGCCTGGGTGCTAGGAACTAAACGTAGGGCCTCTGCAAGAG  600

seq1  TAGCAAGTGCTCTGAACTACTGAGCCACCTCTACAGCTCCTATTCTTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGTGCTCTGAACTACTGAGCCACCTCTACAGCTCCTATTCTTACA  650

seq1  TTTTAACTTGCACACTGTTGTGTGTTTATGGTTTTTTCCCTACTCCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACTTGCACACTGTTGTGTGTTTATGGTTTTTTCCCTACTCCTCTT  700

seq1  GCTCAGATCCCAGTTCATCTTATTCTGGTGATGCTAACTTCACTGGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGATCCCAGTTCATCTTATTCTGGTGATGCTAACTTCACTGGCTAT  750

seq1  AGAAAGGGAATGACTGTCAGGTGATTGCTCTTTTGAGAGCAATAAACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGAATGACTGTCAGGTGATTGCTCTTTTGAGAGCAATAAACTGA  800

seq1  CATGCAGACTTTATGCTAGGTACCGAAAAGTGAGGAATGCTCATTTAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGACTTTATGCTAGGTACCGAAAAGTGAGGAATGCTCATTTAATC  850

seq1  ACTATGTCCTTACAAAGCAAACTTAATGGCTTTCAAACCAAA-GAGCTAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACTATGTCCTTACAAAGCAAACTTAATGGCTTTCAAACCAAAGGAGCTAA  900

seq1  TACATTAACCAAAGGCATTCTCAGAACAAGGGCTTAAAAGAAAGATACTT  949
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACATTAACCAAAGGCATTCTCAG-ACAA-GGCTTAAAAGAAAGATACTT  948

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTGTCAAGACAGGGTTTCTCT  999
      ||||||||||| |||| |         | ||||| ||||||||||| |||
seq2  TTTTTTTTTTTATTTTAT---------GGTTGTC-AGACAGGGTTT-TCT  987

seq1  GTATAGCCCTGGCTGTCCTGGACCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCG  1049
      |||||| |||||| || |||||||||   ||||||| |||||||  ||||
seq2  GTATAG-CCTGGCAGT-CTGGACCTCTACTTGTAGA-CAGGCTG--CTCG  1032

seq1  AACTCAGAA  1058
      |||||||||
seq2  AACTCAGAA  1041