BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150N18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 4,752,372 - 4,899,781
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040018, Ppp1r9a
Upstream geneLOC100039942, Tfpi2, Gngt1, Gng11, 4930528H21Rik, Bet1, LOC667381, LOC100039965, Col1a2, Casd1, Sgce, Peg10
Downstream genePon1, Pon3, Pon2, Asb4, Pdk4, Dync1i1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150N18.bB6Ng01-150N18.g
ACCDH946830DH946831
length1,1771,146
definitionDH946830|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150N18, 5' end.DH946831|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,898,604 - 4,899,781)(4,752,372 - 4,753,532)
sequence
gaattctacacaggcattaaaagtagtttatggaatataaggtgtttctc
gagcttactaaatagaaataaccagtaaaactaagttgcctggtatatta
gaatttagaaaatcttaccaactttacatgtttgaccaatgcaaatttag
tgttattaactggtaaattcaaatttcctttcaaatgcatcaagcactgt
ttacataacaaaagaaacctattcccacagcacagttttgctataagcac
tgcttactttacttttttgagagatgtttcaccacgtacaaaggctccac
agttctgtaaacctaaacacttgactccctaaacatcttagagatttttc
ccccttatgatttcttaagatgagttttgaatgctgggatttcatatatt
taaaattaagtcatttcactgataaaattctatgaagagacagcatctac
acacatgttcttgtctgagcactcccatttatggttgcattgcctgtgaa
gaaactcccagatggagaaattcaagaacagtgctaaaatgaagtagata
tcatatatagtcttataatgcataattcaatgattcagtggccattcagg
cacccaagacaaagcctagagcaggtagatttcatgcgtttaagtacgta
ctttaagatcacacaggcgggctggtgagatgcttcagtgggtaagagca
cccgactgctcttcggaaggtccggaattcaaatcccagcaaccacatgg
tggctcacaaccatccgtaacgagatctgactctctcttctggagcgtct
gaagacagctacagtgtgcttacaaataataaataaataaatctttaaaa
aaaatcacaaggctttatttctgtgtatttttaatgagagatggcgttgt
tcattacttacccgtggttttagccagacagactacatagaaagtgattc
tactaaaactcaggttttccctgcctttgtgtattaactgtacccgttag
tgggtttactgtggcaagcagaatatagtgctttaatcgagtgaccctcc
caactaaccttctccctctagaaactaagaaaaatggagttcttgtcatt
cctgatgtgcgttagaataggaatagactaagggtcaggtggtcgcacag
agaacccagaactctctctgtgtctaa
gaattcagtgaaggaggcaggaattaaaacaaagaaattaaatactaaat
ttgactcattaaatattaaaagcatttttttaaaaaaattacttactcct
cccaaagatcttgctaacttgataaggccgattaagagccagatgcatga
taagcagtacggctttatgaagaacagggtcccacagtgcagttgacagg
caaaactcaacaagtctgggaaagtgcctaggatttagctagatatctcc
ttgcactcttaaaaattatatgttacaaaattctatctttgatcacagac
aatagaagagatatgaaaagaatgtatgatttcattaagccctaagggag
ttttgataataaacaggaagatgcgtaataattttgagagacaaagaaga
aaaaactcaaaatggaagaccaagggtgccattgacaccttcaggccact
tcttgggcgacatgggaactcctcagacaatagcacttagacacaacatt
atgaacacatgcttagccacccccagtgacttcactgcagttttcctggt
gctgaggatggaacccagagctgtgcacactccagggaggtagtctacca
cccacccattaccttagccctctaattttgatagacagattcatacggtg
ccgaacatcgactcaaagcctcaagctgttttgtaaaatggaaggactgc
ttgcatttgaatatcagaccctaacatcacaatgtcaacttataataagt
acacactcctctggaggcagtcagcagcacgcccctttactccccaggct
tataagctccacatctcttttattaatgctgtgatattcttgtcaaggct
tcaatatggactttgtcactctgtcaattttatttggattacaattcaaa
gtttccccactagtcattttcataagaaaaattgcattgagctttgggga
catgaatatgcattttctcccacctacacatcactgaaaacatgtattga
gaacaatgttgtttgtatgttagatttataaaaagccagaggatcatgct
ggttgggggttggccctaacagatgaagaagagagccgtcaagcttgcca
tctgggtcttctgtgtttattaggaaaatgagtgaaattatgcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_4898604_4899781
seq2: B6Ng01-150N18.b_49_1225 (reverse)

seq1  TTAGACACAGA-AGAGTTTCCTGTGGTTCTCTGTGC-AGCACTGAACTCC  48
      ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||| | |||   || ||
seq2  TTAGACACAGAGAGAGTT--CTG-GGTTCTCTGTGCGACCACCTGAC-CC  46

seq1  TTAGTCCTAATCTGTATCTTAACGCACATCAGGAATGAC-AGAACT-CAT  96
      ||||| ||| ||  |||  |||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TTAGT-CTATTC-CTATTCTAACGCACATCAGGAATGACAAGAACTCCAT  94

seq1  TTTTC-TAG-TTCTAGAGGGAG-AGGTTAGTTGGGAGGGTCAACTCGATT  143
      ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTTCTTAGTTTCTAGAGGGAGAAGGTTAGTTGGGAGGGTC-ACTCGATT  143

seq1  AAAGCACTATA-TCTGCCTGCCACAGTAAAACCCACTAACGGGTACAGTT  192
      ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACTATATTCTGCTTGCCACAGT-AAACCCACTAACGGGTACAGTT  192

seq1  AATACACAAAGGCAGGGAAAACCCTGAGTTTTAGTAGAATCACTTTCTAT  242
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACAAAGGCAGGGAAAA-CCTGAGTTTTAGTAGAATCACTTTCTAT  241

seq1  GTAGTCTGTCTGGCTAAAACCACGGGTAAGTAATGAACAACGCCATCTCT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCTGTCTGGCTAAAACCACGGGTAAGTAATGAACAACGCCATCTCT  291

seq1  CATTAAAAATACACAGAAATAAAGCCTTGTGATTTTTTTTAAAGATTTAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAATACACAGAAATAAAGCCTTGTGATTTTTTTTAAAGATTTAT  341

seq1  TTATTTATTATTTGTAAGCACACTGTAGCTGTCTTCAGACGCTCCAGAAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTATTTGTAAGCACACTGTAGCTGTCTTCAGACGCTCCAGAAG  391

seq1  AGAGAGTCAGATCTCGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTCAGATCTCGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTG  441

seq1  GGATTTGAATTCCGGACCTTCCGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGAATTCCGGACCTTCCGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACT  491

seq1  GAAGCATCTCACCAGCCCGCCTGTGTGATCTTAAAGTACGTACTTAAACG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATCTCACCAGCCCGCCTGTGTGATCTTAAAGTACGTACTTAAACG  541

seq1  CATGAAATCTACCTGCTCTAGGCTTTGTCTTGGGTGCCTGAATGGCCACT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATCTACCTGCTCTAGGCTTTGTCTTGGGTGCCTGAATGGCCACT  591

seq1  GAATCATTGAATTATGCATTATAAGACTATATATGATATCTACTTCATTT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATTGAATTATGCATTATAAGACTATATATGATATCTACTTCATTT  641

seq1  TAGCACTGTTCTTGAATTTCTCCATCTGGGAGTTTCTTCACAGGCAATGC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTGTTCTTGAATTTCTCCATCTGGGAGTTTCTTCACAGGCAATGC  691

seq1  AACCATAAATGGGAGTGCTCAGACAAGAACATGTGTGTAGATGCTGTCTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAAATGGGAGTGCTCAGACAAGAACATGTGTGTAGATGCTGTCTC  741

seq1  TTCATAGAATTTTATCAGTGAAATGACTTAATTTTAAATATATGAAATCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGAATTTTATCAGTGAAATGACTTAATTTTAAATATATGAAATCC  791

seq1  CAGCATTCAAAACTCATCTTAAGAAATCATAAGGGGGAAAAATCTCTAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTCAAAACTCATCTTAAGAAATCATAAGGGGGAAAAATCTCTAAG  841

seq1  ATGTTTAGGGAGTCAAGTGTTTAGGTTTACAGAACTGTGGAGCCTTTGTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAGGGAGTCAAGTGTTTAGGTTTACAGAACTGTGGAGCCTTTGTA  891

seq1  CGTGGTGAAACATCTCTCAAAAAAGTAAAGTAAGCAGTGCTTATAGCAAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTGAAACATCTCTCAAAAAAGTAAAGTAAGCAGTGCTTATAGCAAA  941

seq1  ACTGTGCTGTGGGAATAGGTTTCTTTTGTTATGTAAACAGTGCTTGATGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCTGTGGGAATAGGTTTCTTTTGTTATGTAAACAGTGCTTGATGC  991

seq1  ATTTGAAAGGAAATTTGAATTTACCAGTTAATAACACTAAATTTGCATTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAAGGAAATTTGAATTTACCAGTTAATAACACTAAATTTGCATTG  1041

seq1  GTCAAACATGTAAAGTTGGTAAGATTTTCTAAATTCTAATATACCAGGCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACATGTAAAGTTGGTAAGATTTTCTAAATTCTAATATACCAGGCA  1091

seq1  ACTTAGTTTTACTGGTTATTTCTATTTAGTAAGCTCGAGAAACACCTTAT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTTTTACTGGTTATTTCTATTTAGTAAGCTCGAGAAACACCTTAT  1141

seq1  ATTCCATAAACTACTTTTAATGCCTGTGTAGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATAAACTACTTTTAATGCCTGTGTAGAATTC  1177

seq1: chr6_4752372_4753532
seq2: B6Ng01-150N18.g_68_1213

seq1  GAATTCAGTGAAGGAGGCAGGAATTAAAACAAAGAAATTAAATACTAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAAGGAGGCAGGAATTAAAACAAAGAAATTAAATACTAAAT  50

seq1  TTGACTCATTAAATATTAAAAGCATTTTTTTAAAAAAATTACTTACTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCATTAAATATTAAAAGCATTTTTTTAAAAAAATTACTTACTCCT  100

seq1  CCCAAAGATCTTGCTAACTTGATAAGGCCGATTAAGAGCCAGATGCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGATCTTGCTAACTTGATAAGGCCGATTAAGAGCCAGATGCATGA  150

seq1  TAAGCAGTACGGCTTTATGAAGAACAGGGTCCCACAGTGCAGTTGACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGTACGGCTTTATGAAGAACAGGGTCCCACAGTGCAGTTGACAGG  200

seq1  CAAAACTCAACAAGTCTGGGAAAGTGCCTAGGATTTAGCTAGATATCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCAACAAGTCTGGGAAAGTGCCTAGGATTTAGCTAGATATCTCC  250

seq1  TTGCACTCTTAAAAATTATATGTTACAAAATTCTATCTTTGATCACAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACTCTTAAAAATTATATGTTACAAAATTCTATCTTTGATCACAGAC  300

seq1  AATAGAAGAGATATGAAAAGAATGTATGATTTCATTAAGCCCTAAGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAGAGATATGAAAAGAATGTATGATTTCATTAAGCCCTAAGGGAG  350

seq1  TTTTGATAATAAACAGGAAGATGCGTAATAATTTTGAGAGACAAAGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATAATAAACAGGAAGATGCGTAATAATTTTGAGAGACAAAGAAGA  400

seq1  AAAAACTCAAAATGGAAGACCAAGGGTGCCATTGACACCTTCAGGCCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTCAAAATGGAAGACCAAGGGTGCCATTGACACCTTCAGGCCACT  450

seq1  TCTTGGGCGACATGGGAACTCCTCAGACAATAGCACTTAGACACAACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGCGACATGGGAACTCCTCAGACAATAGCACTTAGACACAACATT  500

seq1  ATGAACACATGCTTAGCCACCCCCAGTGACTTCACTGCAGTTTTCCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACACATGCTTAGCCACCCCCAGTGACTTCACTGCAGTTTTCCTGGT  550

seq1  GCTGAGGATGGAACCCAGAGCTGTGCACACTCCAGGGAGGTAGTCTACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGATGGAACCCAGAGCTGTGCACACTCCAGGGAGGTAGTCTACCA  600

seq1  CCCACCCATTACCTTAGCCCTCTAATTTTGATAGACAGATTCATACGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCATTACCTTAGCCCTCTAATTTTGATAGACAGATTCATACGGTG  650

seq1  CCGAACATCGACTCAAAGCCTCAAGCTGTTTTGTAAAATGGAAGGACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAACATCGACTCAAAGCCTCAAGCTGTTTTGTAAAATGGAAGGACTGC  700

seq1  TTGCATTTGAATATCAGACCCTAACATCACAATGTCAACTTATAATAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTGAATATCAGACCCTAACATCACAATGTCAACTTATAATAAGT  750

seq1  ACACACTCCTCTGGAGGCAGTCAGCAGCACGCCCCTTTACTCCCCAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCCTCTGGAGGCAGTCAGCAGCACGCCCCTTTACTCCCCAGGCT  800

seq1  TATAAGCTCCACATCTCTTTTATTAATGCTGTGATATTCTTGTCAAGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCTCCACATCTCTTTTATTAATGCTGTGATATTCTTGTCAAGGCT  850

seq1  TCAATATGGACTTTGTCACTCTGTCAATTTTATTTGGATTACAATTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATGGACTTTGTCACTCTGTCAATTTTATTTGGATTACAATTCAAA  900

seq1  GTTTTCCCCACTAGTCATTTTCATAAGAAATATTGCATTGAGCTTTGGGG  950
      | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  G-TTTCCCCACTAGTCATTTTCATAAGAAAAATTGCATTGAGCTTTGGGG  949

seq1  ACATGAATATGCATTTTCTCCCACCTACACATCACTGAAAACAATGTATT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACATGAATATGCATTTTCTCCCACCTACACATCACTGAAAAC-ATGTATT  998

seq1  GAGAAACAAATGTGTTTTGTAATGTTAGATATATTAAAAAAGCCAAGAGG  1050
      |||||   |||||  ||||| ||||||||| |||  |||||||| ||| |
seq2  GAGAA--CAATGTTGTTTGT-ATGTTAGATTTAT--AAAAAGCC-AGA-G  1041

seq1  GATCATGCTGGGGTTGGGGGGTGGGCCCTAGCAGATGAGAGAGAGAGCCG  1100
      |||||||||||   | |||||| ||||||| |||||||   |||||||||
seq2  GATCATGCTGG---TTGGGGGTTGGCCCTAACAGATGAAGAAGAGAGCCG  1088

seq1  TC-AGCTTGCACATTCTGTGTCTTTCTGTGGTTTATTAGG-AGATGAGTG  1148
      || ||||||| || |||| ||| |||||| |||||||||| | |||||||
seq2  TCAAGCTTGC-CA-TCTGGGTC-TTCTGT-GTTTATTAGGAAAATGAGTG  1134

seq1  ATTTAAATGCAGG  1161
      |  |  |||||||
seq2  AAAT-TATGCAGG  1146