BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151A17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,163,734 - 112,308,423
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmcd1
Upstream geneGrm7, 1700054K19Rik
Downstream geneD630042P16Rik, LOC619975, Cav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151A17.bB6Ng01-151A17.g
ACCDH946968DH946969
length1,180875
definitionDH946968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151A17, 5' end.DH946969|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,163,734 - 112,164,914)(112,307,549 - 112,308,423)
sequence
gaattctcacaaggaaaaggaattaagaaataagatatacagtggaatag
agaacccagaatctatgagtagcaacaaacgtacctaagctcttcctagc
agccaggtagaaaaaacacactgtaagattcttagtttcatacatagaca
ttcttttaaatttttttctaaatgaaacgttttcaaagaccattttcaat
gaactagaatgtctcctagtgattccaacagaaagatttgatgttttcct
gaagactgtcaggctacttcttctgtttggatggactgcaagccccatga
gatgctagaaagctacatatcatagtcaagtgaaggggacacctcagcag
tgtgctgcgatggatgtggggactcattgtttaggcttcaaacactctga
tagagccatcaccaacatcaacactggtctctgctacacatccccaggag
tggaacaactccagggttgtagatagctttccaggaaaaacagaatggaa
actctccaagacccagaaaaaaaaataagaacaattccttttttggagag
gaagagctacacgcatatgaaacatggagaaatatggactgtgtctcctc
aagagatgatgactccagaggcaatagatggtcccactaccaacacccag
agaagtcacaaagctttccacaagaggatcactgagggggtagaagagga
cacaatggtttttgctacacaaagaggaagacctacgttcaagtcccagc
actcacccaaaaagccaggcatggtagtgtgtatctgtaatcctacccct
ggtagactggaacagatggaatcttggagcttgatgacaagcctatttag
ccaaatgaatgagtcccaggttcaggaagaaaccctgatttaaaagctga
gtggaaagcaatcatgaaagatattccatattaatctcggacttctatac
ttgggctcaggtgtacacacatgctcacacacatatacacacatatacat
gcacacatgatcacaaacttgcatgcacatacatgcatcacacacataca
cacacatgcatacacatattgcatcatatatcatacaatatgcaaagaag
aggggggctgagtcctgtatttaactattcagtgaatccctcactgccct
ggagtgacattaaattgctaaagacatata
gaattctctctatccataagcagaagatgtagaggggtggaggagagtat
gtgtgatcgagagcctcatgcacttggagcatctgaagcagctgccaggg
tgtctacagtgctgcttagagcccctgttgccctccacctaggactattg
attccctcgatctcacatttatttatcatttttctccccagcaaattagt
caggattacttgctgtatcagtgccgcacacttcagctcaagggtgctct
actatgtccttctgctggactatatgcccttagaatttttccttcattca
tttgttcagaattgtctttgctgatgcctacagaataattccaacaggtg
caaggagtttatatgaatcttctgggtggtgggtccatttaaaagacgtt
ggtagacaattgaagtgctgggacatatatacatcctatgtagaatatgc
tggtggcttaaagattatggccttctttccatgggagtaaaaggaaacag
gagggaggcaaattggctaggaatattgaggcccagaggataaacgggaa
agggtatccctggtcattgtctgaactagtgacagaggaggccaacattg
aagagcttgagatccaatgataaacctggctctgctccttatgccacatg
ggcaggtggctggacctctccaaggctgtttcatcatccgtgagatagac
tggatgacataacttctgcctgtgaggtgtccatcaagacaagtggagag
atgctaggcacggcttctgactcatggtgttgggaaaatatgatcaacta
tttggtggtaacagtaatgaaaatataggttgttggtgaagatggtgttg
atagtgagggtgctgatatttgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112163734_112164914
seq2: B6Ng01-151A17.b_47_1226

seq1  GAATTCTCACAAGGAAAAGGAATTAAGAAATAAGATATACAGTGGAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAAGGAAAAGGAATTAAGAAATAAGATATACAGTGGAATAG  50

seq1  AGAACCCAGAATCTATGAGTAGCAACAAACGTACCTAAGCTCTTCCTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCAGAATCTATGAGTAGCAACAAACGTACCTAAGCTCTTCCTAGC  100

seq1  AGCCAGGTAGAAAAAACACACTGTAAGATTCTTAGTTTCATACATAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGTAGAAAAAACACACTGTAAGATTCTTAGTTTCATACATAGACA  150

seq1  TTCTTTTAAATTTTTTTCTAAATGAAACGTTTTCAAAGACCATTTTCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAAATTTTTTTCTAAATGAAACGTTTTCAAAGACCATTTTCAAT  200

seq1  GAACTAGAATGTCTCCTAGTGATTCCAACAGAAAGATTTGATGTTTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGAATGTCTCCTAGTGATTCCAACAGAAAGATTTGATGTTTTCCT  250

seq1  GAAGACTGTCAGGCTACTTCTTCTGTTTGGATGGACTGCAAGCCCCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGTCAGGCTACTTCTTCTGTTTGGATGGACTGCAAGCCCCATGA  300

seq1  GATGCTAGAAAGCTACATATCATAGTCAAGTGAAGGGGACACCTCAGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAGAAAGCTACATATCATAGTCAAGTGAAGGGGACACCTCAGCAG  350

seq1  TGTGCTGCGATGGATGTGGGGACTCATTGTTTAGGCTTCAAACACTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGCGATGGATGTGGGGACTCATTGTTTAGGCTTCAAACACTCTGA  400

seq1  TAGAGCCATCACCAACATCAACACTGGTCTCTGCTACACATCCCCAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCATCACCAACATCAACACTGGTCTCTGCTACACATCCCCAGGAG  450

seq1  TGGAACAACTCCAGGGTTGTAGATAGCTTTCCAGGAAAAACAGAATGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAACTCCAGGGTTGTAGATAGCTTTCCAGGAAAAACAGAATGGAA  500

seq1  ACTCTCCAAGACCCAGAAAAAAAAATAAGAACAATTCCTTTTTTGGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCAAGACCCAGAAAAAAAAATAAGAACAATTCCTTTTTTGGAGAG  550

seq1  GAAGAGCTACACGCATATGAAACATGGAGAAATATGGACTGTGTCTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCTACACGCATATGAAACATGGAGAAATATGGACTGTGTCTCCTC  600

seq1  AAGAGATGATGACTCCAGAGGCAATAGATGGTCCCACTACCAACACCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGATGACTCCAGAGGCAATAGATGGTCCCACTACCAACACCCAG  650

seq1  AGAAGTCACAAAGCTTTCCACAAGAGGATCACTGAGGGGGTAGAAGAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCACAAAGCTTTCCACAAGAGGATCACTGAGGGGGTAGAAGAGGA  700

seq1  CACAATGGTTTTTGCTACACAAAGAGGAAGACCTACGTTCAAGTCCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGGTTTTTGCTACACAAAGAGGAAGACCTACGTTCAAGTCCCAGC  750

seq1  ACTCACCCAAAAAGCCAGGCATGGTAGTGTGTATCTGTAATCCTACCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCCAAAAAGCCAGGCATGGTAGTGTGTATCTGTAATCCTACCCCT  800

seq1  GGTAGACTGGAACAGATGGAATCTTGGAGCTTGATGACAAGCCTATTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACTGGAACAGATGGAATCTTGGAGCTTGATGACAAGCCTATTTAG  850

seq1  CCAAATGAATGAGTCCCAGGTTCAGGAAGAAACCCTGATTTAAAAGCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGAATGAGTCCCAGGTTCAGGAAGAAACCCTGATTTAAAAGCTGA  900

seq1  GGTGGAAAGCAATCATGAAAGATATTCCATATTAATCTCGGACTTCTATA  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GTGGAAAGCAATCATGAAAGATATTCCATATTAATCTCGGACTTCTATA  949

seq1  CTTGGGCTCAGGTGTACACACATGCTCACACACATATACACACATATACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCTCAGGTGTACACACATGCTCACACACATATACACACATATACA  999

seq1  TGCACACATGATCACAAACTTGCATGCACATACATGCATCACACACATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATGATCACAAACTTGCATGCACATACATGCATCACACACATAC  1049

seq1  ACACACATGCATACACATA-TGCATCATATATCATACACATATGCAAAGA  1099
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACACACATGCATACACATATTGCATCATATATCATACA-ATATGCAAAGA  1098

seq1  AGA-GGGGGCTGAGTCTTGTATTTAACTAATTCAGTG-ATCCCCCACTGC  1147
      ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
seq2  AGAGGGGGGCTGAGTCCTGTATTTAACT-ATTCAGTGAATCCCTCACTGC  1147

seq1  C--TGAGTGACAATAAAATTGCCTAAAGACTATATA  1181
      |   ||||||| || |||||| |||||||| |||||
seq2  CCTGGAGTGAC-ATTAAATTG-CTAAAGAC-ATATA  1180

seq1: chr6_112307549_112308423
seq2: B6Ng01-151A17.g_66_940 (reverse)

seq1  TGACAACTATCAGCACCCTCACTATCAACACCATCTTCACCAACAACCTA  50
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATATCAGCACCCTCACTATCAACACCATCTTCACCAACAACCTA  50

seq1  TTATTTTCATTACTGTTACCACC-AATAGTTGATCATATTTTCCCAACAC  99
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TATTTTCATTACTGTTACCACCAAATAGTTGATCATATTTTCCCAACAC  99

seq1  CATGAGTCAGAAGCCGTGCCTAGCATCTCTCCACTTGTCTTGATGGACAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTCAGAAGCCGTGCCTAGCATCTCTCCACTTGTCTTGATGGACAC  149

seq1  CTCACAGGCAGAAGTTATGTCATCCAGTCTATCTCACGGATGATGAAACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGCAGAAGTTATGTCATCCAGTCTATCTCACGGATGATGAAACA  199

seq1  GCCTTGGAGAGGTCCAGCCACCTGCCCATGTGGCATAAGGAGCAGAGCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGAGAGGTCCAGCCACCTGCCCATGTGGCATAAGGAGCAGAGCCA  249

seq1  GGTTTATCATTGGATCTCAAGCTCTTCAATGTTGGCCTCCTCTGTCACTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATCATTGGATCTCAAGCTCTTCAATGTTGGCCTCCTCTGTCACTA  299

seq1  GTTCAGACAATGACCAGGGATACCCTTTCCCGTTTATCCTCTGGGCCTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGACAATGACCAGGGATACCCTTTCCCGTTTATCCTCTGGGCCTCA  349

seq1  ATATTCCTAGCCAATTTGCCTCCCTCCTGTTTCCTTTTACTCCCATGGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTAGCCAATTTGCCTCCCTCCTGTTTCCTTTTACTCCCATGGAA  399

seq1  AGAAGGCCATAATCTTTAAGCCACCAGCATATTCTACATAGGATGTATAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCCATAATCTTTAAGCCACCAGCATATTCTACATAGGATGTATAT  449

seq1  ATGTCCCAGCACTTCAATTGTCTACCAACGTCTTTTAAATGGACCCACCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCAGCACTTCAATTGTCTACCAACGTCTTTTAAATGGACCCACCA  499

seq1  CCCAGAAGATTCATATAAACTCCTTGCACCTGTTGGAATTATTCTGTAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGATTCATATAAACTCCTTGCACCTGTTGGAATTATTCTGTAGG  549

seq1  CATCAGCAAAGACAATTCTGAACAAATGAATGAAGGAAAAATTCTAAGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCAAAGACAATTCTGAACAAATGAATGAAGGAAAAATTCTAAGGG  599

seq1  CATATAGTCCAGCAGAAGGACATAGTAGAGCACCCTTGAGCTGAAGTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGTCCAGCAGAAGGACATAGTAGAGCACCCTTGAGCTGAAGTGTG  649

seq1  CGGCACTGATACAGCAAGTAATCCTGACTAATTTGCTGGGGAGAAAAATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCACTGATACAGCAAGTAATCCTGACTAATTTGCTGGGGAGAAAAATG  699

seq1  ATAAATAAATGTGAGATCGAGGGAATCAATAGTCCTAGGTGGAGGGCAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATGTGAGATCGAGGGAATCAATAGTCCTAGGTGGAGGGCAAC  749

seq1  AGGGGCTCTAAGCAGCACTGTAGACACCCTGGCAGCTGCTTCAGATGCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTCTAAGCAGCACTGTAGACACCCTGGCAGCTGCTTCAGATGCTC  799

seq1  CAAGTGCATGAGGCTCTCGATCACACATACTCTCCTCCACCCCTCTACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCATGAGGCTCTCGATCACACATACTCTCCTCCACCCCTCTACAT  849

seq1  CTTCTGCTTATGGATAGAGAGAATTC  875
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTTATGGATAGAGAGAATTC  875