BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155L03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 50,086,614 - 50,223,805
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMpp6, Dfna5h, LOC100041681
Upstream geneIgf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210, Npy, LOC100041653, LOC624524
Downstream geneOsbpl3, Cycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf, LOC100040877
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155L03.bB6Ng01-155L03.g
ACCDH950406DH950407
length1,0191,150
definitionDH950406|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155L03, 5' end.DH950407|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,086,614 - 50,087,631)(50,222,659 - 50,223,805)
sequence
gaattcagtactcaacagtgtcggttttattttgaaggcaattttttccc
tgaggattttccattgggtagcttcagcatggttgattatagggaactaa
gaccacaaataaagaggaatgctgttgtaagtgatgaaagccatactttc
tctttgtccgtgcaggtattttttatttaaaacagttggggaaataggaa
ctccatttcagaatatggattcggtttggaccatggcttcatttaataat
cactattctggactaaatatgactctacagctacccaaacgtgatagttt
aaggaaataagccctagggtatggggcttcatgggtaggatcaatgcctt
tatgaaggtgaccccagatagctctcagcctcgttgtacactatgagagc
aatgaaaagtcagcagactgcaacttcaaaaagatgccaccactaaatca
cactggtacctttatgtcatcactccaccacgtaactgtaggaaacaaac
aaaaggctgtggtatgggatctcccttttatcagcagttgtatattctgt
ggtttcagttacttgggatcaattgccatctgaaaacaatagcatactcc
agtgacagaccatattttattgttataattgttgtattattaatcactct
caatttgttactgtgcctaatttataagctgcatcatagatgtgtgtttg
tagaatttatagatctcagtactgtctgttttgagcatatgctaagcatc
ttgtaatgtacaccctatggacaagggggcttctgtactttagctgttta
agctggggaaacaatttttatagtagacttttttgagttatgtacagcta
cctgtgagttggggtggttttagtgcatgctaggaaggcattataaagga
acacaaaaacctattacttgctgctgaaagtagtgaatttgctgggaaat
acagagaaagcctactgttttgttagcttaaaggttaaagactgttgtgt
gtgtgtgtgtgttgtgtga
gaattcactgtgtagaccagactggcctcaaattctcagagatctacctg
gcttcttttcattttgaatgctggaattaaaggcatgtcctacatccgat
ctttccagccttctttgcagttactaggagctgtgagcctggctgttggc
ctctgaaaacaatgaatgtgccaacctcatagtaagctctcatgggggtg
ggagccaacagctactctcttgctgctcattgcaggttagccaggtttct
attgctgcagtgagacaccatgtccaaaaaaaccaggttggggaagaaag
ggattattcatcttatacttccacattgctgttcatccccaaaggaagtc
aggacagacactcacacaggacagggacctggaggcaggggctttggagg
agtgctacttactggcttgcttgggccttttcaacctgcttgggcccgat
tgcatatatagcacttccattggctaatagactgataactctggcttgtg
tcaggttgacacagaaccagcctgtatactgtgtcagagccttccttcac
cagcccagttcccaaagagcctatcccccacaactcccaactccctctgc
ctgcacctggaacccccttagatggaagtcactgagcaaatcaccagcta
tcatgcactggagtctttatgctgcaggggtttattctgtgttaccatac
cagaatttactttttagtgagtggttacttttatccatctactatgctac
acaccacaacctgcagtttccccaccactgcccctccatcccctctgctt
ctgctagctttataagaaagctacaaagctctgtggacatggagggccag
aaaatggtttagtaggtggggatgcttgttgttcaagcatgaaggacttg
agtttgaactcaagcatccacacagaaagacagctgtggctcttgtgagg
gtataaaccagcatcatgggacagagttgatcagattccaagaacttgcc
agcagccagccagccgccagcccaaggcattgagcttcttggctcagtga
gaagattcgactcaaattaacgaggtagggaagtggatagaggaagaacc
acaaagttcctgttctggttcatggtttcaatgtgacatctgtaccctca

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_50086614_50087631
seq2: B6Ng01-155L03.b_47_1065

seq1  GAATTCAGTACTCAACAGTGTCGGTTTTATTTTGAAGGCAATTTTTTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACTCAACAGTGTCGGTTTTATTTTGAAGGCAATTTTTTCCC  50

seq1  TGAGGATTTTCCATTGGGTAGCTTCAGCATGGTTGATTATAGGGAACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATTTTCCATTGGGTAGCTTCAGCATGGTTGATTATAGGGAACTAA  100

seq1  GACCACAAATAAAGAGGAATGCTGTTGTAAGTGATGAAAGCCATACTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAAATAAAGAGGAATGCTGTTGTAAGTGATGAAAGCCATACTTTC  150

seq1  TCTTTGTCCGTGCAGGTATTTTTTATTTAAAACAGTTGGGGAAATAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCCGTGCAGGTATTTTTTATTTAAAACAGTTGGGGAAATAGGAA  200

seq1  CTCCATTTCAGAATATGGATTCGGTTTGGACCATGGCTTCATTTAATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTCAGAATATGGATTCGGTTTGGACCATGGCTTCATTTAATAAT  250

seq1  CACTATTCTGGACTAAATATGACTCTACAGCTACCCAAACGTGATAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTCTGGACTAAATATGACTCTACAGCTACCCAAACGTGATAGTTT  300

seq1  AAGGAAATAAGCCCTAGGGTATGGGGCTTCATGGGTAGGATCAATGCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATAAGCCCTAGGGTATGGGGCTTCATGGGTAGGATCAATGCCTT  350

seq1  TATGAAGGTGACCCCAGATAGCTCTCAGCCTCGTTGTACACTATGAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGGTGACCCCAGATAGCTCTCAGCCTCGTTGTACACTATGAGAGC  400

seq1  AATGAAAAGTCAGCAGACTGCAACTTCAAAAAGATGCCACCACTAAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAAGTCAGCAGACTGCAACTTCAAAAAGATGCCACCACTAAATCA  450

seq1  CACTGGTACCTTTATGTCATCACTCCACCACGTAACTGTAGGAAACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTACCTTTATGTCATCACTCCACCACGTAACTGTAGGAAACAAAC  500

seq1  AAAAGGCTGTGGTATGGGATCTCCCTTTTATCAGCAGTTGTATATTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCTGTGGTATGGGATCTCCCTTTTATCAGCAGTTGTATATTCTGT  550

seq1  GGTTTCAGTTACTTGGGATCAATTGCCATCTGAAAACAATAGCATACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAGTTACTTGGGATCAATTGCCATCTGAAAACAATAGCATACTCC  600

seq1  AGTGACAGACCATATTTTATTGTTATAATTGTTGTATTATTAATCACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGACCATATTTTATTGTTATAATTGTTGTATTATTAATCACTCT  650

seq1  CAATTTGTTACTGTGCCTAATTTATAAGCTGCATCATAGATGTGTGTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGTTACTGTGCCTAATTTATAAGCTGCATCATAGATGTGTGTTTG  700

seq1  TAGAATTTATAGATCTCAGTACTGTCTGTTTTGAGCATATGCTAAGCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTATAGATCTCAGTACTGTCTGTTTTGAGCATATGCTAAGCATC  750

seq1  TTGTAATGTACACCCTATGGACAAGGGGGCTTCTGTACTTTAGCTGTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATGTACACCCTATGGACAAGGGGGCTTCTGTACTTTAGCTGTTTA  800

seq1  AGCTGGGGAAACAATTTTTATAGTAGACTTTTTTGAGTTATGTACAGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGAAACAATTTTTATAGTAGACTTTTTTGAGTTATGTACAGCTA  850

seq1  CCTGTGAGTTGGGGTGGTTTTAGTGCATGCTAGGAAGGCATTAT-AAGGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTGTGAGTTGGGGTGGTTTTAGTGCATGCTAGGAAGGCATTATAAAGGA  900

seq1  ACACAAAAACCTATTACTTTGCTGCTGAAAGTAGTGAATTTGCTGGGAAA  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAAACCTATTAC-TTGCTGCTGAAAGTAGTGAATTTGCTGGGAAA  949

seq1  TACAGAGAAAGCCTACTGTTTTGTTAGCTT-AAGGTTAAAGACTGTTGGT  998
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TACAGAGAAAGCCTACTGTTTTGTTAGCTTAAAGGTTAAAGACTGTT-GT  998

seq1  GTGTGTGTGTGTG-TGTGTGA  1018
      ||||||||||||| |||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTTGTGTGA  1019

seq1: chr6_50222659_50223805
seq2: B6Ng01-155L03.g_69_1218 (reverse)

seq1  TGAAGGTACAGATGTTCACATGGAAA-CATGAAACCAGAACAGG-ACATG  48
      ||| |||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||| || | 
seq2  TGAGGGTACAGATG-TCACATTGAAACCATG-AACCAGAACAGGAACTTT  48

seq1  CTGTGTCTTCCTCTAT-CAC-TCCCTACCTCGTTATTTTGAGTCGGAATC  96
       ||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GTGGTTCTTCCTCTATCCACTTCCCTACCTCGTTAATTTGAGTC-GAATC  97

seq1  -TCTCACTGAGCCAAGAAGCTCAATGCCTT-GGCTGGCTGGCTGGCTGGC  144
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TTCTCACTGAGCCAAGAAGCTCAATGCCTTGGGCTGGC-GGCTGGCTGGC  146

seq1  TGGCTGGCAAGTTCCTGGGATCTGTTCATCTCTGTCCCCTGATGCTGGTT  194
      | |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||
seq2  T-GCTGGCAAGTTCTTGGAATCTGATCAACTCTGTCCCATGATGCTGGTT  195

seq1  TATACCCTCAC-AGAGCCACAGCTGTCTTTCTGTGTGGATGCTTGAGTTC  243
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCCTCACAAGAGCCACAGCTGTCTTTCTGTGTGGATGCTTGAGTTC  245

seq1  AAACTCAGGTCC-TCATGCTTGAACAACAAGCATCCCCACCTACTAAACC  292
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAAGTCCTTCATGCTTGAACAACAAGCATCCCCACCTACTAAACC  295

seq1  ATTTTCTGGCCCTCCATGTCCACAGAGCTTTGTAGCTTTCCTATAAAGCT  342
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTTTCTGGCCCTCCATGTCCACAGAGCTTTGTAGCTTTCTTATAAAGCT  345

seq1  AGCAGAAGCAGAGGGGATGGAGGGGCAGTGGTGGGGAAACTGCAGGTTGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGCAGAGGGGATGGAGGGGCAGTGGTGGGGAAACTGCAGGTTGT  395

seq1  GGTGTGTAGCATAGTAGATGGATAAAAGTAACCACTCACTAAAAAGTAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTAGCATAGTAGATGGATAAAAGTAACCACTCACTAAAAAGTAAA  445

seq1  TTCTGGTATGGTAACACAGAATAAACCCCTGCAGCATAAAGACTCCAGTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTATGGTAACACAGAATAAACCCCTGCAGCATAAAGACTCCAGTG  495

seq1  CATGATAGCTGGTGATTTGCTCAGTGACTTCCATCTAAGGGGGTTCCAGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAGCTGGTGATTTGCTCAGTGACTTCCATCTAAGGGGGTTCCAGG  545

seq1  TGCAGGCAGAGGGAGTTGGGAGTTGTGGGGGATAGGCTCTTTGGGAACTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCAGAGGGAGTTGGGAGTTGTGGGGGATAGGCTCTTTGGGAACTG  595

seq1  GGCTGGTGAAGGAAGGCTCTGACACAGTATACAGGCTGGTTCTGTGTCAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGTGAAGGAAGGCTCTGACACAGTATACAGGCTGGTTCTGTGTCAA  645

seq1  CCTGACACAAGCCAGAGTTATCAGTCTATTAGCCAATGGAAGTGCTATAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACACAAGCCAGAGTTATCAGTCTATTAGCCAATGGAAGTGCTATAT  695

seq1  ATGCAATCGGGCCCAAGCAGGTTGAAAAGGCCCAAGCAAGCCAGTAAGTA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATCGGGCCCAAGCAGGTTGAAAAGGCCCAAGCAAGCCAGTAAGTA  745

seq1  GCACTCCTCCAAAGCCCCTGCCTCCAGGTCCCTGTCCTGTGTGAGTGTCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCTCCAAAGCCCCTGCCTCCAGGTCCCTGTCCTGTGTGAGTGTCT  795

seq1  GTCCTGACTTCCTTTGGGGATGAACAGCAATGTGGAAGTATAAGATGAAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACTTCCTTTGGGGATGAACAGCAATGTGGAAGTATAAGATGAAT  845

seq1  AATCCCTTTCTTCCCCAACCTGGTTTTTTTGGACATGGTGTCTCACTGCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTTTCTTCCCCAACCTGGTTTTTTTGGACATGGTGTCTCACTGCA  895

seq1  GCAATAGAAACCTGGCTAACCTGCAATGAGCAGCAAGAGAGTAGCTGTTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGAAACCTGGCTAACCTGCAATGAGCAGCAAGAGAGTAGCTGTTG  945

seq1  GCTCCCACCCCCATGAGAGCTTACTATGAGGTTGGCACATTCATTGTTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCACCCCCATGAGAGCTTACTATGAGGTTGGCACATTCATTGTTTT  995

seq1  CAGAGGCCAACAGCCAGGCTCACAGCTCCTAGTAACTGCAAAGAAGGCTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCAACAGCCAGGCTCACAGCTCCTAGTAACTGCAAAGAAGGCTG  1045

seq1  GAAAGATCGGATGTAGGACATGCCTTTAATTCCAGCATTCAAAATGAAAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATCGGATGTAGGACATGCCTTTAATTCCAGCATTCAAAATGAAAA  1095

seq1  GAAGCCAGGTAGATCTCTGAGAATTTGAGGCCAGTCTGGTCTACACAGTG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGGTAGATCTCTGAGAATTTGAGGCCAGTCTGGTCTACACAGTG  1145

seq1  AATTC  1147
      |||||
seq2  AATTC  1150