BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156D20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,195,008 - 53,295,363
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
Downstream geneCreb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl, LOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156D20.bB6Ng01-156D20.g
ACCDH950797DH950798
length932960
definitionDH950797|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156D20, 5' end.DH950798|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,195,008 - 53,195,939)(53,294,706 - 53,295,363)
sequence
gaattcatagcagtttagagtacataagacctactcaggctcaagttaga
caaattttagcatagaaagcagagatcgacatagattcttatccctagat
aaagagctgttagcaattgacacctgctgggagagagtcagttttcttta
caaatgcagctcttgataggttgattactctccagtgaaggccacacagc
taaaacaaaccctatatgcaacacaaattaaacttgttgggtgagttgaa
aggaactggatgaatgcgggaggagtctgggggagaggaatatgatcaag
aaacactgtaccaagttctataacttttattgactattcatcatggaaaa
tagatacatactcacttcttagggtggaccagagattaaataccttttgc
tgggaggaatgtctgggaaggggaatttattggctaaaccctcagagcct
ctagatacctcagtagcatggagaactctgttctgggctatatgaccaat
gtgggggagtgtgacatgtgttccaggccaggaatctggcagagaagagg
gagatcacatccaccatctcaggtggatgcccgggtgccagggacttaaa
tgtgctctaccttaccaagtttcctggcaaggtccactgtcccacagacc
acattttggggcaagactatgaagtaagttggccaaaaacccctgaaatt
tatgggagagaaagacagccagccagccagccagaaatcacatgcacatg
agcatgcacacatgtacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacaaacgcgcgcgggcgcgcagaggaggaaagggagacacatg
gaggaagaggaaggagagggaaaggtgcaagggagcatgagttggatagg
aggagatctgaaagagttggggggaaggggaa
gaattccttgaaagacatgaactgcccccaaatgatgagaatacgtacca
ccagaataacttatagcaagtagagcttgaattaataacacatatgcaca
tgcacactcatatgcacacatacaaatcacatgtgcaaaacctccatgta
aatatatgcacaaacatacatttatacatacactcatgtatgcacacatt
cacatacatgtacaatcatgtacacacaaacatacttatcatgagtacac
tacacacatacatatacacatacatgaacactcatagaacacacatatgt
gccaccacagagacatgcttatgcacatacaaacacacacatgcacacac
acactcatacaaactacttctcatttagaaaaggtcaggacacatagctt
cactaattaattctaccaaaaatatattcaaaaacaattaacaccaataa
atcagaaacttttcccatcctcccccaaaagaaaacgaccagggagaacg
catttgaacttattgtgcaaaaccattatcctctgataccaaagccaaag
gcatcccgagaaaactgcatataaatatttcttatgaatataaatacaaa
ttctttcaacaaaacactggcaagccaaatccaaccacatataaaaagaa
atatataccatgactaagtggcctctacctcaggaatgcaaggttggttt
aacaataaggttggtcaatcaataagacagtgtggattaatataaaatcc
cgccatagtctccacaggcacatacaaatcactgacaaaatgcgacagct
tttcatgataagatattaaaaaaccaaggaaagtcattttcatgacaaca
gctatctaaacaaaacccagaaccccacaactaacaacatgtttaatagt
aagggactaaatgatttagccagaatcaaatgaaataaatatgtctgctc
tgactactac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_53195008_53195939
seq2: B6Ng01-156D20.b_43_974

seq1  GAATTCATAGCAGTTTAGAGTACATAAGACCTACTCAGGCTCAAGTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCAGTTTAGAGTACATAAGACCTACTCAGGCTCAAGTTAGA  50

seq1  CAAATTTTAGCATAGAAAGCAGAGATCGACATAGATTCTTATCCCTAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTAGCATAGAAAGCAGAGATCGACATAGATTCTTATCCCTAGAT  100

seq1  AAAGAGCTGTTAGCAATTGACACCTGCTGGGAGAGAGTCAGTTTTCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCTGTTAGCAATTGACACCTGCTGGGAGAGAGTCAGTTTTCTTTA  150

seq1  CAAATGCAGCTCTTGATAGGTTGATTACTCTCCAGTGAAGGCCACACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCAGCTCTTGATAGGTTGATTACTCTCCAGTGAAGGCCACACAGC  200

seq1  TAAAACAAACCCTATATGCAACACAAATTAAACTTGTTGGGTGAGTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAACCCTATATGCAACACAAATTAAACTTGTTGGGTGAGTTGAA  250

seq1  AGGAACTGGATGAATGCGGGAGGAGTCTGGGGGAGAGGAATATGATCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTGGATGAATGCGGGAGGAGTCTGGGGGAGAGGAATATGATCAAG  300

seq1  AAACACTGTACCAAGTTCTATAACTTTTATTGACTATTCATCATGGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGTACCAAGTTCTATAACTTTTATTGACTATTCATCATGGAAAA  350

seq1  TAGATACATACTCACTTCTTAGGGTGGACCAGAGATTAAATACCTTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACATACTCACTTCTTAGGGTGGACCAGAGATTAAATACCTTTTGC  400

seq1  TGGGAGGAATGTCTGGGAAGGGGAATTTATTGGCTAAACCCTCAGAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAATGTCTGGGAAGGGGAATTTATTGGCTAAACCCTCAGAGCCT  450

seq1  CTAGATACCTCAGTAGCATGGAGAACTCTGTTCTGGGCTATATGACCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATACCTCAGTAGCATGGAGAACTCTGTTCTGGGCTATATGACCAAT  500

seq1  GTGGGGGAGTGTGACATGTGTTCCAGGCCAGGAATCTGGCAGAGAAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGAGTGTGACATGTGTTCCAGGCCAGGAATCTGGCAGAGAAGAGG  550

seq1  GAGATCACATCCACCATCTCAGGTGGATGCCCGGGTGCCAGGGACTTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCACATCCACCATCTCAGGTGGATGCCCGGGTGCCAGGGACTTAAA  600

seq1  TGTGCTCTACCTTACCAAGTTTCCTGGCAAGGTCCACTGTCCCACAGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCTACCTTACCAAGTTTCCTGGCAAGGTCCACTGTCCCACAGACC  650

seq1  ACATTTTGGGGCAAGACTATGAAGTAAGTTGGCCAAAAACCCCTGAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGGGGCAAGACTATGAAGTAAGTTGGCCAAAAACCCCTGAAATT  700

seq1  TATGGGAGAGAAAGACAGCCAGCCAGCCAGCCAGAAATCACATGCACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAGAGAAAGACAGCCAGCCAGCCAGCCAGAAATCACATGCACATG  750

seq1  AGCATGCACACATGTACACACACACACACACACACACACACACACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCACACATGTACACACACACACACACACACACACACACACACACA  800

seq1  CACACACACAAACGCGCGCGGGCGCGCAGAGGAGGAAAGGGAGACACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAAACGCGCGCGGGCGCGCAGAGGAGGAAAGGGAGACACATG  850

seq1  GAGGAAGAGGAAGGAGAGGGAAAGGTGCAAGGGAGCATGAAGTTGGATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGAAGAGGAAGGAGAGGGAAAGGTGCAAGGGAGCATG-AGTTGGATAG  899

seq1  GAGGAGATCTGAAAGAGTT-GGGGGAAGGGGAA  932
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGGAGATCTGAAAGAGTTGGGGGGAAGGGGAA  932

seq1: chr6_53294706_53295363
seq2: B6Ng01-156D20.g_68_725 (reverse)

seq1  GTATATATTTCTTTTTATATGTGGTTGGATTTGGCTTGCCAGTGTTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATTTCTTTTTATATGTGGTTGGATTTGGCTTGCCAGTGTTTTGT  50

seq1  TGAAAGAATTTGTATTTATATTCATAAGAAATATTTATATGCAGTTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAATTTGTATTTATATTCATAAGAAATATTTATATGCAGTTTTCT  100

seq1  CGGGATGCCTTTGGCTTTGGTATCAGAGGATAATGGTTTTGCACAATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATGCCTTTGGCTTTGGTATCAGAGGATAATGGTTTTGCACAATAAG  150

seq1  TTCAAATGCGTTCTCCCTGGTCGTTTTCTTTTGGGGGAGGATGGGAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGCGTTCTCCCTGGTCGTTTTCTTTTGGGGGAGGATGGGAAAAG  200

seq1  TTTCTGATTTATTGGTGTTAATTGTTTTTGAATATATTTTTGGTAGAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATTTATTGGTGTTAATTGTTTTTGAATATATTTTTGGTAGAATT  250

seq1  AATTAGTGAAGCTATGTGTCCTGACCTTTTCTAAATGAGAAGTAGTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTGAAGCTATGTGTCCTGACCTTTTCTAAATGAGAAGTAGTTTGT  300

seq1  ATGAGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTTTGTATGTGCATAAGCATGTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGTTTGTATGTGCATAAGCATGTCTCT  350

seq1  GTGGTGGCACATATGTGTGTTCTATGAGTGTTCATGTATGTGTATATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCACATATGTGTGTTCTATGAGTGTTCATGTATGTGTATATGTA  400

seq1  TGTGTGTAGTGTACTCATGATAAGTATGTTTGTGTGTACATGATTGTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAGTGTACTCATGATAAGTATGTTTGTGTGTACATGATTGTACA  450

seq1  TGTATGTGAATGTGTGCATACATGAGTGTATGTATAAATGTATGTTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGAATGTGTGCATACATGAGTGTATGTATAAATGTATGTTTGTG  500

seq1  CATATATTTACATGGAGGTTTTGCACATGTGATTTGTATGTGTGCATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTTACATGGAGGTTTTGCACATGTGATTTGTATGTGTGCATATG  550

seq1  AGTGTGCATGTGCATATGTGTTATTAATTCAAGCTCTACTTGCTATAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCATGTGCATATGTGTTATTAATTCAAGCTCTACTTGCTATAAGT  600

seq1  TATTCTGGTGGTACGTATTCTCATCATTTGGGGGCAGTTCATGTCTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGGTGGTACGTATTCTCATCATTTGGGGGCAGTTCATGTCTTTCA  650

seq1  AGGAATTC  658
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  658