BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156N12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 97,723,503 - 97,864,722
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043692
Upstream geneC130034I18Rik, A130022J15Rik, Tmf1, Ube1c, Arl6ip5, Lmod3, Frmd4b, LOC641241
Downstream geneMitf, Gm765, LOC666019, LOC665963, LOC665979
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156N12.bB6Ng01-156N12.g
ACCDH951242DH951243
length1,1651,107
definitionDH951242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156N12, 5' end.DH951243|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156N12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,863,531 - 97,864,722)(97,723,503 - 97,724,619)
sequence
gaattcactcaaagccttttccaaaaaggttcttgttatctacccaagct
ggacaagagtggaaagatacaaaaccacagcacggtacagaacccatcga
tactgggacccacacatggcaatgccaccagagtatggattaatattacc
gtcatgtcttagtttggatttctgttgctgcagtgaaactctgtgaccag
aaagcaagctggggaggaaagggtttctctggcatatacttccatattgc
tgttcatcactgaagaaagtcaagacaggacctcaaacagggcagttacc
tggaggcaggaactgatgcagaggccatggaggggtgctacatattatag
tggcttgttccctggcttgcccagcctgatttactatagaacccagaaat
aggaatagcaccacaaaccatgggctgggccctccctcattgttcactaa
ttaagaaagtgctttacaactagatcttctggaggcattttctcaattaa
ggctccctcctttcagatagctctagttgctgtgtgactaggtgaattca
tttacatacagatgaacaaaatagttcacatgtggaagtacagactgcat
gatctgattgttatagttaaataaaacttgggctaacctttgatttacat
agttaaataaaacttagacaagcattaaaatgttgttagaagtcagcaca
tgagaacctgagttcacatctccagcacacacataaaaaagctgggcaca
gacaatatggaccttcatctatagcacccagagacatagggcagacagaa
gtagatttttggagcccagtcaagccaaatcaatgagctccaggtttact
gagcgatcctgtctcaagaaataaagtagggaacattaaggaagacacct
gacatgcacctacacacatgtgtatacctcatccatatgaacatgtaata
cacacacacccccccctcccccatacacacactcacttctcatacacaca
ccccacagaaatgaggagagtgtagtattagaagtaggagtatgaggtac
aacggtgcatctattctctgttctccaagttgggcactgataacttgctg
gaatttattagaggtgaatcaaattgaatacttgttaatcaatgctcagc
taggatggctcagta
gaattcaacagttgttcggttcatgagaaaggatgtctctgagttccaag
ctgaacagatgtcctagaggaatcctggaaagctggtgattgtcagttta
tgttggaatcctgaagaagtaggttctaatgcagataaggaaatgcttta
ggaacagaatagatcgacttggacagtgagagtgaatgcccctacgataa
acccttgcaaatacagggatgtattggaagaactaggaggtgtggagaga
atggaaatctccacctccagacaactgggaaagagcctagagcttggtta
aaaaaaaggaccttgaacaggatggtgtggtacacctataattcctgcac
tgagctacatagcaagtacaaggacagcctgtgatcttggaaagagagag
gaagaaggcgagacgtggaacgacaagacactgaggaggaaatgagacct
tctgctggtctcttgatctcataggcacaagcagagatgtactgcagggg
tcctaaaatagggcatggtagcagttccctgaaacacacaactaaaccag
gaccaattaaatattcaacagatgcatcttgtgtttttgtttttcaagac
aaagttctctgtgtagccttggttgtcctgaaacttactctgtagaccag
gctggctttgaactcataaagatctgcctgcctctgtttccaagtgctgg
gattaaaggtgtgaaccatgcgccacaactggtgcatcttgtaatgagcc
agatctatggcccctgagaacatccaactttatcatctaattgtagattt
ctctacttataatgcatttccattagcccgaggtcttgagaatcttgtta
aacatcatggccttgcctgctttcattttgtgttaactgtgtcccctgac
ttaaagtgagtgatttgctgagaagtaatacaacactgaagtctgtccct
gatggttcttgggtcacatgtcaagtggaccacatatttttatttttaat
ttattctccattttttccaggatgaaatgaagacactacaaaccaataat
caacatagacacttcatttaaaggacacactgcccagatggatggaaatt
taaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_97863531_97864722
seq2: B6Ng01-156N12.b_46_1210 (reverse)

seq1  TACTGAGCCATCCCTTCAGCCTGAACCATAGTATCTTACAAAGTAATCAA  50
      |||||||||||||    || ||| | ||| |    |||  ||||| ||| 
seq2  TACTGAGCCATCC---TAG-CTG-AGCATTG---ATTAACAAGTATTCA-  41

seq1  ATATTGTATTCACTTCCTGATAAATTTTCAGCAAGTTATCAGTGCCC-AC  99
        |||  |||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||| ||
seq2  --ATTTGATTCACCT-CTAATAAA-TTCCAGCAAGTTATCAGTGCCCAAC  87

seq1  TCTGAG-ACAGAGGATAGATTGGCACCCTTTTGTAACCCTTCATTACTCC  148
      |  ||| |||||| ||||||  |||||   |||||   | ||| ||||||
seq2  TTGGAGAACAGAGAATAGAT--GCACC--GTTGTA---CCTCA-TACTCC  129

seq1  TTACTCTAAATACCTACACTCTCCTCATTTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTG  198
       ||||   |||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||
seq2  -TACTTCTAATA-CTACACTCTCCTCATTTC-TGTG-GGGTGTGTGTATG  175

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATTTAC  248
       |   ||| ||||||||||| | | | | | | ||||||| |||| ||||
seq2  AG-AAGTGAGTGTGTGTATGGGGGAG-GGGGGGGTGTGTG-TGTA-TTAC  221

seq1  ATGTTCATATGGATG-GGTATACACATGTGTGTAGGTGCATGTCAGGTGT  297
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCATATGGATGAGGTATACACATGTGTGTAGGTGCATGTCAGGTGT  271

seq1  CTTCCTTAATTGTTCCCTACTTTATTTCTTGAGACAGGATCGCTCAGTAA  347
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTAA-TGTTCCCTACTTTATTTCTTGAGACAGGATCGCTCAGTAA  320

seq1  ACCTGGAGCTCATTGATTTGGCTTGACTGGGCTCCAAAAATCTACTTCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAGCTCATTGATTTGGCTTGACTGGGCTCCAAAAATCTACTTCTG  370

seq1  TCTGCCCTATGTCTCTGGGTGCTATAGATGAAGGTCCATATTGTCTGTGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTATGTCTCTGGGTGCTATAGATGAAGGTCCATATTGTCTGTGC  420

seq1  CCAGCTTTTTTATGTGTGTGCTGGAGATGTGAACTCAGGTTCTCATGTGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTTTTATGTGTGTGCTGGAGATGTGAACTCAGGTTCTCATGTGC  470

seq1  TGACTTCTAACAACATTTTAATGCTTGTCTAAGTTTTATTTAACTATGTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTAACAACATTTTAATGCTTGTCTAAGTTTTATTTAACTATGTA  520

seq1  AATCAAAGGTTAGCCCAAGTTTTATTTAACTATAACAATCAGATCATGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAGGTTAGCCCAAGTTTTATTTAACTATAACAATCAGATCATGCA  570

seq1  GTCTGTACTTCCACATGTGAACTATTTTGTTCATCTGTATGTAAATGAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTACTTCCACATGTGAACTATTTTGTTCATCTGTATGTAAATGAAT  620

seq1  TCACCTAGTCACACAGCAACTAGAGCTATCTGAAAGGAGGGAGCCTTAAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAGTCACACAGCAACTAGAGCTATCTGAAAGGAGGGAGCCTTAAT  670

seq1  TGAGAAAATGCCTCCAGAAGATCTAGTTGTAAAGCACTTTCTTAATTAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAATGCCTCCAGAAGATCTAGTTGTAAAGCACTTTCTTAATTAGT  720

seq1  GAACAATGAGGGAGGGCCCAGCCCATGGTTTGTGGTGCTATTCCTATTTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGAGGGAGGGCCCAGCCCATGGTTTGTGGTGCTATTCCTATTTC  770

seq1  TGGGTTCTATAGTAAATCAGGCTGGGCAAGCCAGGGAACAAGCCACTATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTATAGTAAATCAGGCTGGGCAAGCCAGGGAACAAGCCACTATA  820

seq1  ATATGTAGCACCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGTTCCTGCCTCCAGGTAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGCACCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGTTCCTGCCTCCAGGTAA  870

seq1  CTGCCCTGTTTGAGGTCCTGTCTTGACTTTCTTCAGTGATGAACAGCAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTGTTTGAGGTCCTGTCTTGACTTTCTTCAGTGATGAACAGCAAT  920

seq1  ATGGAAGTATATGCCAGAGAAACCCTTTCCTCCCCAGCTTGCTTTCTGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGTATATGCCAGAGAAACCCTTTCCTCCCCAGCTTGCTTTCTGGT  970

seq1  CACAGAGTTTCACTGCAGCAACAGAAATCCAAACTAAGACATGACGGTAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGTTTCACTGCAGCAACAGAAATCCAAACTAAGACATGACGGTAA  1020

seq1  TATTAATCCATACTCTGGTGGCATTGCCATGTGTGGGTCCCAGTATCGAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATCCATACTCTGGTGGCATTGCCATGTGTGGGTCCCAGTATCGAT  1070

seq1  GGGTTCTGTACCGTGCTGTGGTTTTGTATCTTTCCACTCTTGTCCAGCTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTGTACCGTGCTGTGGTTTTGTATCTTTCCACTCTTGTCCAGCTT  1120

seq1  GGGTAGATAACAAGAACCTTTTTGGAAAAGGCTTTGAGTGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGATAACAAGAACCTTTTTGGAAAAGGCTTTGAGTGAATTC  1165

seq1: chr6_97723503_97724619
seq2: B6Ng01-156N12.g_67_1173

seq1  GAATTCAACAGTTGTTCGGTTCATGAGAAAGGATGTCTCTGAGTTCCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGTTGTTCGGTTCATGAGAAAGGATGTCTCTGAGTTCCAAG  50

seq1  CTGAACAGATGTCCTAGAGGAATCCTGGAAAGCTGGTGATTGTCAGTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGATGTCCTAGAGGAATCCTGGAAAGCTGGTGATTGTCAGTTTA  100

seq1  TGTTGGAATCCTGAAGAAGTAGGTTCTAATGCAGATAAGGAAATGCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAATCCTGAAGAAGTAGGTTCTAATGCAGATAAGGAAATGCTTTA  150

seq1  GGAACAGAATAGATCGACTTGGACAGTGAGAGTGAATGCCCCTACGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGAATAGATCGACTTGGACAGTGAGAGTGAATGCCCCTACGATAA  200

seq1  ACCCTTGCAAATACAGGGATGTATTGGAAGAACTAGGAGGTGTGGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGCAAATACAGGGATGTATTGGAAGAACTAGGAGGTGTGGAGAGA  250

seq1  ATGGAAATCTCCACCTCCAGACAACTGGGAAAGAGCCTAGAGCTTGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATCTCCACCTCCAGACAACTGGGAAAGAGCCTAGAGCTTGGTTA  300

seq1  AAAAAAAGGACCTTGAACAGGATGGTGTGGTACACCTATAATTCCTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGGACCTTGAACAGGATGGTGTGGTACACCTATAATTCCTGCAC  350

seq1  TGAGCTACATAGCAAGTACAAGGACAGCCTGTGATCTTGGAAAGAGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTACATAGCAAGTACAAGGACAGCCTGTGATCTTGGAAAGAGAGAG  400

seq1  GAAGAAGGCGAGACGTGGAACGACAAGACACTGAGGAGGAAATGAGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGCGAGACGTGGAACGACAAGACACTGAGGAGGAAATGAGACCT  450

seq1  TCTGCTGGTCTCTTGATCTCATAGGCACAAGCAGAGATGTACTGCAGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGGTCTCTTGATCTCATAGGCACAAGCAGAGATGTACTGCAGGGG  500

seq1  TCCTAAAATAGGGCATGGTAGCAGTTCCCTGAAACACACAACTAAACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAATAGGGCATGGTAGCAGTTCCCTGAAACACACAACTAAACCAG  550

seq1  GACCAATTAAATATTCAACAGATGCATCTTGTGTTTTTGTTTTTCAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATTAAATATTCAACAGATGCATCTTGTGTTTTTGTTTTTCAAGAC  600

seq1  AAAGTTCTCTGTGTAGCCTTGGTTGTCCTGAAACTTACTCTGTAGACCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCTCTGTGTAGCCTTGGTTGTCCTGAAACTTACTCTGTAGACCAG  650

seq1  GCTGGCTTTGAACTCATAAAGATCTGCCTGCCTCTGTTTCCAAGTGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTTGAACTCATAAAGATCTGCCTGCCTCTGTTTCCAAGTGCTGG  700

seq1  GATTAAAGGTGTGAACCATGCGCCACAACTGGTGCATCTTGTAATGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGGTGTGAACCATGCGCCACAACTGGTGCATCTTGTAATGAGCC  750

seq1  AGATCTATGGCCCCTGAGAACATCCAACTTTATCATCTAATTGTAGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTATGGCCCCTGAGAACATCCAACTTTATCATCTAATTGTAGATTT  800

seq1  CTCTACTTATAATGCATTTCCATTAGCCCGAGGTCTTGAGAATCTTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTATAATGCATTTCCATTAGCCCGAGGTCTTGAGAATCTTGTTA  850

seq1  AACATCATGGCCTTGCCTGCTTTCATTTTGTGTTAACTGTGTCCCCTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATGGCCTTGCCTGCTTTCATTTTGTGTTAACTGTGTCCCCTGAC  900

seq1  TTAAAGTGAGTGATTTGCTGAGAAGTAATACAACACTGAAGTCTGTCCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTGAGTGATTTGCTGAGAAGTAATACAACACTGAAGTCTGTCCCT  950

seq1  GATGGTTCTTGGGTCACATGTCAGGTAGACCACATATTTTTATTTTATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||
seq2  GATGGTTCTTGGGTCACATGTCAAGTGGACCACATATTTTTATTTTTAAT  1000

seq1  TTATTCTCCAATTTTTTCCAGGATGGAAATGAAGAACACTACAAAACAAA  1050
      ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  TTATTCTCC-ATTTTTTCCAGGAT-GAAATGAAG-ACACTAC-AAACCAA  1046

seq1  TAAACAAACAAATAGACAACTCCACATTAAAGGACACAACTGCCCAGAAT  1100
      ||| ||   | |||||| ||| ||  ||||||||||| ||||||||||  
seq2  TAATCA---ACATAGAC-ACTTCA-TTTAAAGGACAC-ACTGCCCAGATG  1090

seq1  GAATGAAATTTAAATGC  1117
      ||  |||||||||||||
seq2  GATGGAAATTTAAATGC  1107