BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157E18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 100,770,096 - 100,885,125
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp4r2
Upstream geneLOC626503, LOC100043703, Rybp, Shq1, LOC625221, BC049816
Downstream geneEG545870, LOC100043321, Pdzrn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157E18.bB6Ng01-157E18.g
ACCDH951571DH951572
length933651
definitionDH951571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157E18, 5' end.DH951572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,884,190 - 100,885,125)(100,770,096 - 100,770,746)
sequence
gaattcacatcttcatacagtgggtattataacctatcttcttttcttaa
ctattttaatttccattttgttttttgtgtatgggtgttagacttacatg
tatgtctgtgcactgcatgagtgcctggtacccttggatgtcagaagagg
gtgttggatacactggaacttaagtcacaggtggttatgagccagcacgt
aagtgccaggaagcagacctggccctctgaaagagcatgtgatgctctta
acctctgagccatctcccaatccctatatcctgccttcctgtgggaagtt
gttggggaaaaaagaccagactcataagcatgttaggactccaaactggc
aaataggccaaagtaaagtcattaccatagtgttgatgacctgccacttg
cccacacagccatcacaatagagctggtattggttacacaaagcagctca
tgggtgtcatggcagtcgcaaggtatacagggctggtattcacttccaag
agcgtcctcgtggatggtgcaacaggaagcaagcgccagctcatcccgct
ttaactctatggctaatttgttactcccatttaaaaacagataaattata
cccacaactggggaaatagttcacttggtaaagtgtttgctctgcaagca
taagaactgtgttcaatcccagaatctatgaaaaaaaaaaaaaaacagcc
attatgggatatacttgtaatcccagtgatggagaggtcagcataagtgg
atgcctgggacccactggccaggcagcctaacccactcagtgagttccaa
gccaacgagggaccctgtctcagaaaccaagatgaatagcatgacaggcc
aagattgacttctggcctccacgtgcttgcatgcatatcacatacagacg
tgtcgagagagacgacgagactgagagagagac
gaattcactgtgtcaaccaggttggccttgaactcacagaaatccattgc
ctctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgcaccatcactgcccagc
aagatttggatcctttttgaaatattcattcttatctgtgtgtaacacac
gtgtgcacacgcgcgcgcgcgcacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacgcatgtaacttttactctcctgctccgcttgttc
tcttggaggcttattgcctctatctgccagcctaggcctagcttctagcc
gcctccgtacagtcttatctagacctagaatgttttagcctctgatactt
actgctgaataagctcaccctttcttgttcttttgcatctccaactggct
ggtcaactcagctgttttggctcaaacttctctccaaactgactgattca
atctggcttttctctcctggcctctcctgcaatggagtcatactgaagtg
ccagaaaagggttagtgattctcccccccccccaaaaaaaaacccagaca
gaagctgatccaatgcaactcacatcagggtctttattctattcaagcta
gcttggggggtgggggagccctatcatgccttcacccaggatggttttgg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_100884190_100885125
seq2: B6Ng01-157E18.b_47_979 (reverse)

seq1  GTCTCTCTCTCTGTCTCTGTCTGTCTCTCTCTGTACACGTCTGTATGTGA  50
      ||||||||||| ||||| ||| |||||||||   ||||||||||||||| 
seq2  GTCTCTCTCTCAGTCTC-GTC-GTCTCTCTC--GACACGTCTGTATGTG-  45

seq1  ATATGCATGCAAGCACGTGGAGGCCAGAAGTCAATCTTGG-CTGTCATGC  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATATGCATGCAAGCACGTGGAGGCCAGAAGTCAATCTTGGCCTGTCATGC  95

seq1  TATTCATCTTGGTTTCTGAGACAGGGTCCCTCGTTGGCTTGGAACTCACT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCTTGGTTTCTGAGACAGGGTCCCTCGTTGGCTTGGAACTCACT  145

seq1  GAGTGGGTTAGGCTGCCTGGCCAGTGGGTCCCAGGCATCCACTTATGCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGTTAGGCTGCCTGGCCAGTGGGTCCCAGGCATCCACTTATGCTG  195

seq1  ACCTCTCCATCACTGGGATTACAAGTATATCCCATAATGGCTG-TTTTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACCTCTCCATCACTGGGATTACAAGTATATCCCATAATGGCTGTTTTTTT  245

seq1  TTTTTTTTCATAGATTCTGGGATTGAACACAGTTCTTATGCTTGCAGAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCATAGATTCTGGGATTGAACACAGTTCTTATGCTTGCAGAGC  295

seq1  AAACACTTTACCAAGTGAACTATTTCCCCAGTTGTGGGTATAATTTATCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTTTACCAAGTGAACTATTTCCCCAGTTGTGGGTATAATTTATCT  345

seq1  GTTTTTAAATGGGAGTAACAAATTAGCCATAGAGTTAAAGCGGGATGAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAAATGGGAGTAACAAATTAGCCATAGAGTTAAAGCGGGATGAGC  395

seq1  TGGCGCTTGCTTCCTGTTGCACCATCCACGAGGACGCTCTTGGAAGTGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGCTTGCTTCCTGTTGCACCATCCACGAGGACGCTCTTGGAAGTGAA  445

seq1  TACCAGCCCTGTATACCTTGCGACTGCCATGACACCCATGAGCTGCTTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCCCTGTATACCTTGCGACTGCCATGACACCCATGAGCTGCTTTG  495

seq1  TGTAACCAATACCAGCTCTATTGTGATGGCTGTGTGGGCAAGTGGCAGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCAATACCAGCTCTATTGTGATGGCTGTGTGGGCAAGTGGCAGGT  545

seq1  CATCAACACTATGGTAATGACTTTACTTTGGCCTATTTGCCAGTTTGGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACACTATGGTAATGACTTTACTTTGGCCTATTTGCCAGTTTGGAG  595

seq1  TCCTAACATGCTTATGAGTCTGGTCTTTTTTCCCCAACAACTTCCCACAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACATGCTTATGAGTCTGGTCTTTTTTCCCCAACAACTTCCCACAG  645

seq1  GAAGGCAGGATATAGGGATTGGGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCATCAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGGATATAGGGATTGGGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCATCAC  695

seq1  ATGCTCTTTCAGAGGGCCAGGTCTGCTTCCTGGCACTTACGTGCTGGCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTTTCAGAGGGCCAGGTCTGCTTCCTGGCACTTACGTGCTGGCTC  745

seq1  ATAACCACCTGTGACTTAAGTTCCAGTGTATCCAACACCCTCTTCTGACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCACCTGTGACTTAAGTTCCAGTGTATCCAACACCCTCTTCTGACA  795

seq1  TCCAAGGGTACCAGGCACTCATGCAGTGCACAGACATACATGTAAGTCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGGTACCAGGCACTCATGCAGTGCACAGACATACATGTAAGTCTA  845

seq1  ACACCCATACACAAAAAACAAAATGGAAATTAAAATAGTTAAGAAAAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATACACAAAAAACAAAATGGAAATTAAAATAGTTAAGAAAAGAA  895

seq1  GATAGGTTATAATACCCACTGTATGAAGATGTGAATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTTATAATACCCACTGTATGAAGATGTGAATTC  933

seq1: chr6_100770096_100770746
seq2: B6Ng01-157E18.g_66_716

seq1  GAATTCACTGTGTCAACCAGGTTGGCCTTGAACTCACAGAAATCCATTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGTCAACCAGGTTGGCCTTGAACTCACAGAAATCCATTGC  50

seq1  CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCATCACTGCCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCATCACTGCCCAGC  100

seq1  AAGATTTGGATCCTTTTTGAAATATTCATTCTTATCTGTGTGTAACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTGGATCCTTTTTGAAATATTCATTCTTATCTGTGTGTAACACAC  150

seq1  GTGTGCACACGCGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACACGCGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACAC  200

seq1  ACACACACACACACACGCATGTAACTTTTACTCTCCTGCTCCGCTTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACGCATGTAACTTTTACTCTCCTGCTCCGCTTGTTC  250

seq1  TCTTGGAGGCTTATTGCCTCTATCTGCCAGCCTAGGCCTAGCTTCTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGGCTTATTGCCTCTATCTGCCAGCCTAGGCCTAGCTTCTAGCC  300

seq1  GCCTCCGTACAGTCTTATCTAGACCTAGAATGTTTTAGCCTCTGATACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCGTACAGTCTTATCTAGACCTAGAATGTTTTAGCCTCTGATACTT  350

seq1  ACTGCTGAATAAGCTCACCCTTTCTTGTTCTTTTGCATCTCCAACTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAATAAGCTCACCCTTTCTTGTTCTTTTGCATCTCCAACTGGCT  400

seq1  GGTCAACTCAGCTGTTTTGGCTCAAACTTCTCTCCAAACTGACTGATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAACTCAGCTGTTTTGGCTCAAACTTCTCTCCAAACTGACTGATTCA  450

seq1  ATCTGGCTTTTCTCTCCTGGCCTCTCCTGCAATGGAGTCATACTGAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCTTTTCTCTCCTGGCCTCTCCTGCAATGGAGTCATACTGAAGTG  500

seq1  CCAGAAAAGGGTTAGTGATTCTCCCCCCCCCCCAAAAAAAAACCCAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAAGGGTTAGTGATTCTCCCCCCCCCCCAAAAAAAAACCCAGACA  550

seq1  GAAGCTGATCCAATGCAACTCACATCAGGGTCTTTATTCTATTCAAGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGATCCAATGCAACTCACATCAGGGTCTTTATTCTATTCAAGCTA  600

seq1  GCTTGGGGGGTGGGGGAGCCCTATCATGCCTTCACCCAGGATGGTTTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGGGGTGGGGGAGCCCTATCATGCCTTCACCCAGGATGGTTTTGG  650

seq1  T  651
      |
seq2  T  651