BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157L03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 101,158,653 - 101,285,606
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdzrn3
Upstream geneRybp, Shq1, LOC625221, BC049816, Ppp4r2, EG545870, LOC100043321
Downstream geneEG666084, Cntn3, EG666123
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157L03.bB6Ng01-157L03.g
ACCDH951859DH951860
length1,0221,098
definitionDH951859|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157L03, 5' end.DH951860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,284,584 - 101,285,606)(101,158,653 - 101,159,752)
sequence
gaattcttcaggtctttgaaggtcctagactaacctcagaaaactggcat
tctccctcagccaagatttactggaccctaacctgtcttttcaggtctca
gccctccacccctacgctacccctcaaggaatctaaagaaaagggtgtaa
gctgtggtataaggtagaaaaggataggtgatgacttagggacactttag
gggcctcccttttattgggggggggctataaggaatcattgcctcttcac
tttgagtttattgtttttctgttcgtgtctgaagaagtttgatgcaaatc
atatgtaaatgtatccacacaaatatatcctctgtatctaacaggactta
gctactgagcaggcagtgagcctgtgcatgtagaatgggtatggtactgt
actgatagcttggatctgtgggcacattgaggaaaacgttaaggcattcc
tgaggaaatgcagcattaagcctgctgcagacaaatgatgaaggaagatg
tttttctcctgtgtcagtgaggactactctattgataagctggggtaaga
tggaatattaatgcagctctgatttggatttccctgatggcttagcatgc
tgggcatgttttcatatgtttactggccacttgtaccactttttaaaata
aatgtctaaatttgagtaccttgcatattttgattagagcactctgtgtg
tgtgtgtgcacgtgtgtgtgtgtgcacgtgtgctcatgcatccacataca
tgtgtgtgaagttttgagtttcttatatattctagatattaatcttctgc
cagatgcgtaggaaaagattctttgactcttttgctggttgtttgcagct
ctttcggttaaatgctgtccaattgtcctttctcacaagtgtttcctgag
ctattggagtcctttcaagaagtcctagcatatgtttttgaagtgtgtcc
ctgttatataaggtctttggcccattcccataaatcagctttctctcttt
ctcttctctctctctctctttc
gaattccagcctcactctgactttccccacactgtcccaccagctctata
tgtttggcttccagaaccagtttcttgtttttctttctgaaggatgtctg
gaaccttccacgtcaccatccatatgtaaactggcacatcttctcttgcc
tttgcatgctgcagcctgaactccatccttcagcttccacacgtatatta
aagccaactccggtttcatcctcaaaactggtctgaagctccacagtatc
tgcaggtatttgcatcctaccaccttcttgaggccgggccttttaattca
accatttaattcaagtaggcaaagatgaagaagctaagggtttaggacag
aatggcatccggggccagccttaactaggaggagaactttaagttcctga
agtcaaggaccaacacaaggaagaacttgctgagcagagatggtcctaga
gcctccagacatgaggcataggcaaagccctccagaactgtgcacttgaa
ggtggatggaggatgagaaaggagcgatgcttgcggaagagactgattgt
agatgctagggggaaaggttggacagagagaaagggtagggctgtggaga
tggctcagccaacaaaagcttgctatgtaagtatgagagcctgactttga
accctagaatcctgtagaaaagctgggcacagtggcatgttatcctaatc
ccagtgccggtgaggcaaagcaggcaaactcccgagactcactggatatc
tcacctagccaaactagcaagatccgagccagtgagactcagtctcactc
cccaacctccacatcccaacatggcttgtgtcttgaggaatgatactcaa
ggttgctttctgatatcacatccatatgtgcacatgtagagacacacaaa
catacacacatacacacaggcacatagcaaacacatacacagaatggaat
gcactaggttagaggcagagcgagctttaatatgaattttgaactgggca
ccaactggcaaatggctttgtggttttcttcagtggctctcaagatggag
ttagagctcgagtggatatgttgacggcttaccttttgccggatgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_101284584_101285606
seq2: B6Ng01-157L03.b_47_1068 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAG-AGAGAGAGAGAGAGA-CTGATTTATGGGAAAT  48
      || |||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||| |||
seq2  GAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGAAAGAGAGAAAGCTGATTTATGGG-AAT  49

seq1  GGGCCAAAGACCTTAATATAAACAGGGACACACTTCAAAGACATATGCTA  98
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGCCAAAGACCTT-ATAT-AACAGGGACACACTTCAAAAACATATGCTA  97

seq1  GGACTTCTTGGAAAGGACTCCAATAGCTCAGGAAACACTTGTGAGAAAGG  148
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCTT-GAAAGGACTCCAATAGCTCAGGAAACACTTGTGAGAAAGG  146

seq1  ACAAATGGGACAGCATATAACCGAAAG-GCTGCAAACAACCAGCAAAAGA  197
      || ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AATTGGACAGCATTTAACCGAAAGAGCTGCAAACAACCAGCAAAAGA  195

seq1  GTCAAAGAATCTTTTCCTACGCATCTGGCAGAAGATTAATATCTAGAATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGAATCTTTTCCTACGCATCTGGCAGAAGATTAATATCTAGAATA  245

seq1  TATAAGAAACTCAAAACTTCACACACATGTATGTGGATGCATGAGCACAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAAACTCAAAACTTCACACACATGTATGTGGATGCATGAGCACAC  295

seq1  GTGCACACACACACACGTGCACACACACACACAGAGTGCTCTAATCAAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACACACACACACGTGCACACACACACACAGAGTGCTCTAATCAAAA  345

seq1  TATGCAAGGTACTCAAA-TTAGACATTTATTTTAAAAAGTGGTACAAGTG  396
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGGTACTCAAATTTAGACATTTATTTTAAAAAGTGGTACAAGTG  395

seq1  GCCAGTAAACATATGAAAACATGCCCAGCATGCTAAGCCATCAGGGAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAAACATATGAAAACATGCCCAGCATGCTAAGCCATCAGGGAAAT  445

seq1  CCAAATCAGAGCTGCATTAATATTCCATCTTACCCCAGCTTATCAATAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCAGAGCTGCATTAATATTCCATCTTACCCCAGCTTATCAATAGA  495

seq1  GTAGTCCTCACTGACACAGGAGAAAAACATCTTCCTTCATCATTTGTCTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCCTCACTGACACAGGAGAAAAACATCTTCCTTCATCATTTGTCTG  545

seq1  CAGCAGGCTTAATGCTGCATTTCCTCAGGAATGCCTTAACGTTTTCCTCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCTTAATGCTGCATTTCCTCAGGAATGCCTTAACGTTTTCCTCA  595

seq1  ATGTGCCCACAGATCCAAGCTATCAGTACAGTACCATACCCATTCTACAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCCACAGATCCAAGCTATCAGTACAGTACCATACCCATTCTACAT  645

seq1  GCACAGGCTCACTGCCTGCTCAGTAGCTAAGTCCTGTTAGATACAGAGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGCTCACTGCCTGCTCAGTAGCTAAGTCCTGTTAGATACAGAGGA  695

seq1  TATATTTGTGTGGATACATTTACATATGATTTGCATCAAACTTCTTCAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGTGTGGATACATTTACATATGATTTGCATCAAACTTCTTCAGA  745

seq1  CACGAACAGAAAAACAATAAACTCAAAGTGAAGAGGCAATGATTCCTTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAACAGAAAAACAATAAACTCAAAGTGAAGAGGCAATGATTCCTTAT  795

seq1  AGCCCCCCCCCAATAAAAGGGAGGCCCCTAAAGTGTCCCTAAGTCATCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCCCCCAATAAAAGGGAGGCCCCTAAAGTGTCCCTAAGTCATCAC  845

seq1  CTATCCTTTTCTACCTTATACCACAGCTTACACCCTTTTCTTTAGATTCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTTTTCTACCTTATACCACAGCTTACACCCTTTTCTTTAGATTCC  895

seq1  TTGAGGGGTAGCGTAGGGGTGGAGGGCTGAGACCTGAAAAGACAGGTTAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGGTAGCGTAGGGGTGGAGGGCTGAGACCTGAAAAGACAGGTTAG  945

seq1  GGTCCAGTAAATCTTGGCTGAGGGAGAATGCCAGTTTTCTGAGGTTAGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGTAAATCTTGGCTGAGGGAGAATGCCAGTTTTCTGAGGTTAGTC  995

seq1  TAGGACCTTCAAAGACCTGAAGAATTC  1023
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACCTTCAAAGACCTGAAGAATTC  1022

seq1: chr6_101158653_101159752
seq2: B6Ng01-157L03.g_68_1165

seq1  GAATTCCAGCCTCACTCTGACTTTCCCCACACTGTCCCACCAGCTCTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTCACTCTGACTTTCCCCACACTGTCCCACCAGCTCTATA  50

seq1  TGTTTGGCTTCCAGAACCAGTTTCTTGTTTTTCTTTCTGAAGGATGTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGCTTCCAGAACCAGTTTCTTGTTTTTCTTTCTGAAGGATGTCTG  100

seq1  GAACCTTCCACGTCACCATCCATATGTAAACTGGCACATCTTCTCTTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCCACGTCACCATCCATATGTAAACTGGCACATCTTCTCTTGCC  150

seq1  TTTGCATGCTGCAGCCTGAACTCCATCCTTCAGCTTCCACACGTATATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGCTGCAGCCTGAACTCCATCCTTCAGCTTCCACACGTATATTA  200

seq1  AAGCCAACTCCGGTTTCATCCTCAAAACTGGTCTGAAGCTCCACAGTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAACTCCGGTTTCATCCTCAAAACTGGTCTGAAGCTCCACAGTATC  250

seq1  TGCAGGTATTTGCATCCTACCACCTTCTTGAGGCCGGGCCTTTTAATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTATTTGCATCCTACCACCTTCTTGAGGCCGGGCCTTTTAATTCA  300

seq1  ACCATTTAATTCAAGTAGGCAAAGATGAAGAAGCTAAGGGTTTAGGACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTAATTCAAGTAGGCAAAGATGAAGAAGCTAAGGGTTTAGGACAG  350

seq1  AATGGCATCCGGGGCCAGCCTTAACTAGGAGGAGAACTTTAAGTTCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCATCCGGGGCCAGCCTTAACTAGGAGGAGAACTTTAAGTTCCTGA  400

seq1  AGTCAAGGACCAACACAAGGAAGAACTTGCTGAGCAGAGATGGTCCTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGGACCAACACAAGGAAGAACTTGCTGAGCAGAGATGGTCCTAGA  450

seq1  GCCTCCAGACATGAGGCATAGGCAAAGCCCTCCAGAACTGTGCACTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAGACATGAGGCATAGGCAAAGCCCTCCAGAACTGTGCACTTGAA  500

seq1  GGTGGATGGAGGATGAGAAAGGAGCGATGCTTGCGGAAGAGACTGATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATGGAGGATGAGAAAGGAGCGATGCTTGCGGAAGAGACTGATTGT  550

seq1  AGATGCTAGGGGGAAAGGTTGGACAGAGAGAAAGGGTAGGGCTGTGGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTAGGGGGAAAGGTTGGACAGAGAGAAAGGGTAGGGCTGTGGAGA  600

seq1  TGGCTCAGCCAACAAAAGCTTGCTATGTAAGTATGAGAGCCTGACTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGCCAACAAAAGCTTGCTATGTAAGTATGAGAGCCTGACTTTGA  650

seq1  ACCCTAGAATCCTGTAGAAAAGCTGGGCACAGTGGCATGTTATCCTAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGAATCCTGTAGAAAAGCTGGGCACAGTGGCATGTTATCCTAATC  700

seq1  CCAGTGCCGGTGAGGCAAAGCAGGCAAACTCCCGAGACTCACTGGATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCGGTGAGGCAAAGCAGGCAAACTCCCGAGACTCACTGGATATC  750

seq1  TCACCTAGCCAAACTAGCAAGATCCGAGCCAGTGAGACTCAGTCTCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAGCCAAACTAGCAAGATCCGAGCCAGTGAGACTCAGTCTCACTC  800

seq1  CCCAACCTCCACATCCCAACATGGCTTGTGTCTTGAGGAATGATACTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCTCCACATCCCAACATGGCTTGTGTCTTGAGGAATGATACTCAA  850

seq1  GGTTGCTTTCTGATATCACATCCATATGTGCACATGTAGAGACACACAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTTCTGATATCACATCCATATGTGCACATGTAGAGACACACAAA  900

seq1  CATACACACATACACACAGGCACATAAGCAAACACATACACAGAATGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACACATACACACAGGCACAT-AGCAAACACATACACAGAATGGAA  949

seq1  TGCACTAGGTTAGAGGCAGAGCGAGCTTAAATATGAATTTTGAACTGGGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAGGTTAGAGGCAGAGCGAGCTTTAATATGAATTTTGAACTGGGC  999

seq1  ACCCAACTGGCAAATGGCTTTGT-GTTTTCTTCAGTGGCTCTC-AGATGG  1048
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-CCAACTGGCAAATGGCTTTGTGGTTTTCTTCAGTGGCTCTCAAGATGG  1048

seq1  AGTCAGAGCTCCAGTGGATATGTTGACAGCTTTCCCCTTTGGCCGGATGC  1098
      ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||   ||||| |||||||||
seq2  AGTTAGAGCTCGAGTGGATATGTTGACGGCTT--ACCTTTTGCCGGATGC  1096

seq1  TG  1100
      ||
seq2  TG  1098