BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162H24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,136,777 - 80,230,554
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC621815, LOC100043392, Lrrtm4
Downstream geneLOC100043390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162H24.bB6Ng01-162H24.g
ACCDH955324DH955325
length1,1731,101
definitionDH955324|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H24, 5' end.DH955325|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,136,777 - 80,137,955)(80,229,443 - 80,230,554)
sequence
gaattctgtgttttctatctgaagccactttgttagcaatctgctcttta
aatctcaacattgagattgccagtgtacaggaaagagttaactgagggag
gaagatttatgcttcctaaatattatcaaagccaacaactgctaagagga
tttgttcttacctgtgagtctgcttgaatgctctttgggactccagtcta
cacagccctattctcctgcccattgttaatagagctgttccttgacttag
tttggctaagcccctaggataaaagcgtctaaactgtgtggttagaatta
ttaatgggatttgtaaaatcaaatgatttgttagagtgcattccactgca
ggtcccttttgaaagattccatttctcattatgttttgatctgtttctca
gatggaaggttgagcctctgagtgcctgctgtgattatttgctctaggaa
tcacattccctaaaaacattgttcttacctgtgaaaggtgtttctactct
ggtcctcctacttccttcccatgcacttttgtttggacatagaagacaaa
aagaaagcactgaaaactgggtggtaaagggtttcttctagtcatctatg
accaatcaaagagtttctctccaagagtctccaggttatgttggaaattc
cactaaacagaagacatttttaggtgatagcaacttgaagtctacaattt
aaatttaagtctgacccttactcacatttcttcataaatctcatgtctcc
tcatgctagtctattctcttccccccgcacccgcaaaaaaacattctcac
aaattcctctcttaacaattctcttttcctttgaaccagaaggagacaaa
aggtggacaacattcaacctaggtcctgttttgcctttgattttctgccc
gctcatcactgaacttcaaattcttcagccactcaatactactctcgtta
atgaacttattaatatctttgtacaaagttatttaatgtccacttaaaat
actaacaaagcagagataagtaattaacatttttggagtttttatagata
taaattacattaaatcttattttaggctaacatatcttcctagcctatgt
taactgtaaaattatcttacatggtgaatatatcaccactttcctggtac
tcccttattgaacttcctatctt
gaattcatgctggtctacatatgctcttcaacagccattgaagactgttt
gctgacctggaggaagacaactccatcacaacatgaggatgaggccatgt
gacccactggatgatggtggaaatgtgtgacaactgaaaaaaggcatggc
agctgtagtgagttcatccactgtcctgatgacccctaacatctcatgat
gattcagcatgtcacaatatgacagaaatccagacaagtcggcccagatc
cctgaacaactgaaaggaaacaagtcttttctttagacaattttgaattt
gtttatgagtaggaaataataaacatttgctatttcaagtaatttagatc
ttttttttctgaatgatgttttatatagctgtacaataaattttacaatt
gtatatactataaatgtatatatgtatatattatctgaacatatatagat
atttagtatacttctaagtgagatcacaaaacactagctatttatctctg
catgtcagacacttttaagttattttaatattgttctctgtgtttggtgc
ttagattttaggagtattttctactctgctgacctgaagtaaatgttgaa
taacaaaactgattttcagctgttacattgtaaatgttcctggaaaagaa
cataaagcaaaaaagggttcttgaatattgatcctttacttatattctga
gccataataaaactcagctcatcaactgtagcaacattgtcttctcaata
tgataaaaagcagaaaggcttgtccttttcaaagtagtggtaaaagttac
atgcatttggtaaaacatgatgatataaattacatatgtaaatttagcat
ttggaagagtagggggaataagcaatatccaagtgaattacagggaggat
aaatccttcctattgcacctgcgcctgacagtatcagaggagcaaacaca
gatctgaagctcagagctgtcttcatatgtcttccaactaacacgtgaaa
ttatctctggggtgggcaggagagtgcacattattgacgccactgagacc
ttttcctgccctgcttgtactagactcaagtgtgcccaaattgctccctg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80136777_80137955
seq2: B6Ng01-162H24.b_45_1217

seq1  GAATTCTGTGTTTTCTATCTGAAGCCACTTTGTTAGCAATCTGCTCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTTTTCTATCTGAAGCCACTTTGTTAGCAATCTGCTCTTTA  50

seq1  AATCTCAACATTGAGATTGCCAGTGTACAGGAAAGAGTTAACTGAGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAACATTGAGATTGCCAGTGTACAGGAAAGAGTTAACTGAGGGAG  100

seq1  GAAGATTTATGCTTCCTAAATATTATCAAAGCCAACAACTGCTAAGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTTATGCTTCCTAAATATTATCAAAGCCAACAACTGCTAAGAGGA  150

seq1  TTTGTTCTTACCTGTGAGTCTGCTTGAATGCTCTTTGGGACTCCAGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTTACCTGTGAGTCTGCTTGAATGCTCTTTGGGACTCCAGTCTA  200

seq1  CACAGCCCTATTCTCCTGCCCATTGTTAATAGAGCTGTTCCTTGACTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCTATTCTCCTGCCCATTGTTAATAGAGCTGTTCCTTGACTTAG  250

seq1  TTTGGCTAAGCCCCTAGGATAAAAGCGTCTAAACTGTGTGGTTAGAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAAGCCCCTAGGATAAAAGCGTCTAAACTGTGTGGTTAGAATTA  300

seq1  TTAATGGGATTTGTAAAATCAAATGATTTGTTAGAGTGCATTCCACTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGGATTTGTAAAATCAAATGATTTGTTAGAGTGCATTCCACTGCA  350

seq1  GGTCCCTTTTGAAAGATTCCATTTCTCATTATGTTTTGATCTGTTTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTTTTGAAAGATTCCATTTCTCATTATGTTTTGATCTGTTTCTCA  400

seq1  GATGGAAGGTTGAGCCTCTGAGTGCCTGCTGTGATTATTTGCTCTAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAGGTTGAGCCTCTGAGTGCCTGCTGTGATTATTTGCTCTAGGAA  450

seq1  TCACATTCCCTAAAAACATTGTTCTTACCTGTGAAAGGTGTTTCTACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCCCTAAAAACATTGTTCTTACCTGTGAAAGGTGTTTCTACTCT  500

seq1  GGTCCTCCTACTTCCTTCCCATGCACTTTTGTTTGGACATAGAAGACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCCTACTTCCTTCCCATGCACTTTTGTTTGGACATAGAAGACAAA  550

seq1  AAGAAAGCACTGAAAACTGGGTGGTAAAGGGTTTCTTCTAGTCATCTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCACTGAAAACTGGGTGGTAAAGGGTTTCTTCTAGTCATCTATG  600

seq1  ACCAATCAAAGAGTTTCTCTCCAAGAGTCTCCAGGTTATGTTGGAAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATCAAAGAGTTTCTCTCCAAGAGTCTCCAGGTTATGTTGGAAATTC  650

seq1  CACTAAACAGAAGACATTTTTAGGTGATAGCAACTTGAAGTCTACAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAACAGAAGACATTTTTAGGTGATAGCAACTTGAAGTCTACAATTT  700

seq1  AAATTTAAGTCTGACCCTTACTCACATTTCTTCATAAATCTCATGTCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAGTCTGACCCTTACTCACATTTCTTCATAAATCTCATGTCTCC  750

seq1  TCATGCTAGTCTATTCTCTTCCCCCCGCACCCGCAAAAAAACATTCTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTAGTCTATTCTCTTCCCCCCGCACCCGCAAAAAAACATTCTCAC  800

seq1  AAATTCCTCTCTTAACAATTCTCTTTTCCTTTGAACCAGAAGGAGACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCTCTCTTAACAATTCTCTTTTCCTTTGAACCAGAAGGAGACAAA  850

seq1  AGGTGGACAACATTCAACCTAGGTCCTGTTTTGCCTTTGATTTTCTGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGACAACATTCAACCTAGGTCCTGTTTTGCCTTTGATTTTCTGCCC  900

seq1  GCTCATCACTGAACTTCAAATTCTTCAGCCACTCAATACTACTCTCGTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCACTGAACTTCAAATTCTTCAGCCACTCAATACTACTCTCGTTA  950

seq1  ATGAACTTATTAATATCTTTGTACAAAG-TATTTAATGT-CACTTAAAAT  998
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  ATGAACTTATTAATATCTTTGTACAAAGTTATTTAATGTCCACTTAAAAT  1000

seq1  ACTAACAAAAGCAGAGATAAGTAATTAACATTTTT-GAGTTTTTATAGAT  1047
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  ACTAAC-AAAGCAGAGATAAGTAATTAACATTTTTGGAGTTTTTATAGA-  1048

seq1  TATAAATTACATTAAAATCTTA-TTTAGGCTTAAACATATCTTCCTAGCC  1096
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TATAAATTACATT-AAATCTTATTTTAGGCT--AACATATCTTCCTAGCC  1095

seq1  TATGTTAACTGTAAAAATTATTCTTTACATTGTG-ATATATCAACCAC-T  1144
      |||||||||||| ||||||||   |||||| ||| ||||||| ||||| |
seq2  TATGTTAACTGT-AAAATTAT--CTTACATGGTGAATATATC-ACCACTT  1141

seq1  TCCTGTTACCTTCCCTTATTGAACTTCCCTATCTT  1179
      ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCTGGTAC--TCCCTTATTGAACTT-CCTATCTT  1173

seq1: chr6_80229443_80230554
seq2: B6Ng01-162H24.g_67_1167 (reverse)

seq1  CCAGGGAGCAATTTGGGGCACACTTGAGTCTAGTTACAAGCAGGGCAGGA  50
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAGCAATTT-GGGCACACTTGAGTCTAG-TACAAGCAGGGCAGGA  48

seq1  AAAGTGTCTCAGTGGCGTCCATTAATGTGCACTCTCCTGCCCACTCAAGA  100
      |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | |||
seq2  AAAG-GTCTCAGTGGCGT-CAATAATGTGCACTCTCCTGCCCACCCCAGA  96

seq1  GATAAATTTCACGTTGTTAGGTTGGAAGACATATGGAAGACAGGCTCTGA  150
      ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GAT-AATTTCACG-TGTTA-GTTGGAAGACATAT-GAAGACA-GCTCTGA  141

seq1  GCTTCAGATCTGTGTTTGCTCCTCTGATACCTTGTCAGGCGCAGGTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |
seq2  GCTTCAGATCTGTGTTTGCTCCTCTGATAC--TGTCAGGCGCAGGTGC-A  188

seq1  ATAGGAAGGATTTATCCTCCCTGTAATTCACTTGGATATTGCTTATTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAGGATTTATCCTCCCTGTAATTCACTTGGATATTGCTTATTCCC  238

seq1  CCTACTCTTCCAAATGCTAAATTTACATATGTAATTTATATCATCATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCTTCCAAATGCTAAATTTACATATGTAATTTATATCATCATGTT  288

seq1  TTACCAAATGCATGTAACTTTTACCACTACTTTGAAAAGGACAAGCC-TT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTACCAAATGCATGTAACTTTTACCACTACTTTGAAAAGGACAAGCCTTT  338

seq1  CTGCTTTTTATCATATTGAGAAGACAATGTTGCTACAGTTGATGAGCTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTTATCATATTGAGAAGACAATGTTGCTACAGTTGATGAGCTGA  388

seq1  GTTTTATTATGGCTCAGAATATAAGTAAAGGATCAATATTCAAGAACCCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTATGGCTCAGAATATAAGTAAAGGATCAATATTCAAGAACCCT  438

seq1  TTTTTGCTTTATGTTCTTTTCCAGGAACATTTACAATGTAACAGCTGAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTTTATGTTCTTTTCCAGGAACATTTACAATGTAACAGCTGAAA  488

seq1  ATCAGTTTTGTTATTCAACATTTACTTCAGGTCAGCAGAGTAGAAAATAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTTTGTTATTCAACATTTACTTCAGGTCAGCAGAGTAGAAAATAC  538

seq1  TCCTAAAATCTAAGCACCAAACACAGAGAACAATATTAAAATAACTTAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAATCTAAGCACCAAACACAGAGAACAATATTAAAATAACTTAAA  588

seq1  AGTGTCTGACATGCAGAGATAAATAGCTAGTGTTTTGTGATCTCACTTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTGACATGCAGAGATAAATAGCTAGTGTTTTGTGATCTCACTTAG  638

seq1  AAGTATACTAAATATCTATATATGTTCAGATAATATATACATATATACAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATACTAAATATCTATATATGTTCAGATAATATATACATATATACAT  688

seq1  TTATAGTATATACAATTGTAAAATTTATTGTACAGCTATATAAAACATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTATATACAATTGTAAAATTTATTGTACAGCTATATAAAACATCA  738

seq1  TTCAGAAAAAAAAGATCTAAATTACTTGAAATAGCAAATGTTTATTATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAAAAAAGATCTAAATTACTTGAAATAGCAAATGTTTATTATTT  788

seq1  CCTACTCATAAACAAATTCAAAATTGTCTAAAGAAAAGACTTGTTTCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCATAAACAAATTCAAAATTGTCTAAAGAAAAGACTTGTTTCCTT  838

seq1  TCAGTTGTTCAGGGATCTGGGCCGACTTGTCTGGATTTCTGTCATATTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTTCAGGGATCTGGGCCGACTTGTCTGGATTTCTGTCATATTGT  888

seq1  GACATGCTGAATCATCATGAGATGTTAGGGGTCATCAGGACAGTGGATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCTGAATCATCATGAGATGTTAGGGGTCATCAGGACAGTGGATGA  938

seq1  ACTCACTACAGCTGCCATGCCTTTTTTCAGTTGTCACACATTTCCACCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTACAGCTGCCATGCCTTTTTTCAGTTGTCACACATTTCCACCAT  988

seq1  CATCCAGTGGGTCACATGGCCTCATCCTCATGTTGTGATGGAGTTGTCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGTGGGTCACATGGCCTCATCCTCATGTTGTGATGGAGTTGTCTT  1038

seq1  CCTCCAGGTCAGCAAACAGTCTTCAATGGCTGTTGAAGAGCATATGTAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGTCAGCAAACAGTCTTCAATGGCTGTTGAAGAGCATATGTAGA  1088

seq1  CCAGCATGAATTC  1112
      |||||||||||||
seq2  CCAGCATGAATTC  1101