BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163C19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,292,237 - 99,427,951
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm765, LOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163C19.bB6Ng01-163C19.g
ACCDH955827DH955828
length830935
definitionDH955827|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163C19, 5' end.DH955828|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,292,237 - 99,293,016)(99,427,016 - 99,427,951)
sequence
gaattctgtggacaatggccattgactctgcatcccagatcttaagtctg
agggtgcaagccagcatctgtgaactactgcgaatgaggtaaccatgttc
actgcaaattcaatgactatggtgctctaaacattatatataactgatta
ataaagacacactgaatagttgagtaagtagaatgataaaaagaatattg
attctgatttctgtatattagcacatgtttttgcattgactgaaaggtag
ctacatgtcctgttaatccctcattgtgccaactgtgaaggattgaatac
gaatgccccctataggctcatatatttaaatgcgtcatcttcaagaggtg
tgcccttggaagaggaagtatgtcactggggatgagcttggaggtttcaa
aagcctgagccaggcccagtccagctacttctccagcaccatgtctgcct
aaccaacatcacgctgcctgtcaaggtgatcatgaactaacttctataac
tctacccaatatccaaagtaaatgcttgcttgctagcttttctttctccc
ttcctttctttctttcttcctttctttcttcccttcccttcccttccttc
ttcccttcccttccttcttcccttccttcttcccttcccttccttcttcc
cttccttcttcccttcctttcttcccttcccttcccttcccttcccttcc
tttcttcccttccctttcctccttccttttcccttcctttcttccctttc
cttcttccccttcccttccccttcctttcttccctttcccttccccttcc
ctcttcccttcccttcacttccttcttccc
gaattctcttaagttctcatgtgccttatgactgttctctggtggatctg
cagtgtgctcgctaggttcactgcctcccctgcctgttaggtggtagcat
gctgaccctggacccaggctgtcctctctagtgaaatccttcttacctgg
gggttatcttctgaagtcagcatggcaggtgaaaattgtgtcaagttaca
cttctttctgactgtctcggacattaccagtgaatgagaagaggtgctca
gtccttgggcatgtggggacagagacctaagaagggaagagaagggaaca
gcagttttccaggtctgcttgttctggggcctttgatcatagcttcattg
ttagattgtgctcttcccatgcacaaaggctactgttgaaggagtattgt
tggtgtgattgcaccagctaagtttggtcctgtgtgacatcaccaagccc
tgctgtctgctcatcaccatcacccagtttatccccgaggtataaagaag
gatccgactccactcaggtccagtgcatgtcctgggctagctcagtgtgc
atgacggtatctgagagatgctcaggctgttcttgaagggctggagaagg
agggagagggctgtgaaacaaatatgaagatgggctggaaatttaaaaag
tggcagttatgatttgttcccagcatctgtacaattgctatttgttgatt
gttgttgttttgtgcttgttttagagcagtgctgggattgaacccaaggc
ctcagaccctgcagttggtaggtgatgtcaccaagaatgttctaccactg
agtgacaaccccaagcccttgagtagattgtaaaaaggcaggtttatagc
ccctcccacctgcccagcttgattgtagtagtagtgccgagaaattgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgttatatgtggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99292237_99293016
seq2: B6Ng01-163C19.b_42_806

seq1  GAATTCTGTGGACAATGGCCATTGACTCTGCATCCCAGATCTTAAGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGACAATGGCCATTGACTCTGCATCCCAGATCTTAAGTCTG  50

seq1  AGGGTGCAAGCCAGCATCTGTGAACTACTGCGAATGAGGTAACCATGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCAAGCCAGCATCTGTGAACTACTGCGAATGAGGTAACCATGTTC  100

seq1  ACTGCAAATTCAATGACTATGGTGCTCTAAACATTATATATAACTGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAAATTCAATGACTATGGTGCTCTAAACATTATATATAACTGATTA  150

seq1  ATAAAGACACACTGAATAGTTGAGTAAGTAGAATGATAAAAAGAATATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACACACTGAATAGTTGAGTAAGTAGAATGATAAAAAGAATATTG  200

seq1  ATTCTGATTTCTGTATATTAGCACATGTTTTTGCATTGACTGAAAGGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATTTCTGTATATTAGCACATGTTTTTGCATTGACTGAAAGGTAG  250

seq1  CTACATGTCCTGTTAATCCCTCATTGTGCCAACTGTGAAGGATTGAATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGTCCTGTTAATCCCTCATTGTGCCAACTGTGAAGGATTGAATAC  300

seq1  GAATGCCCCCTATAGGCTCATATATTTAAATGCGTCATCTTCAAGAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCCCCTATAGGCTCATATATTTAAATGCGTCATCTTCAAGAGGTG  350

seq1  TGCCCTTGGAAGAGGAAGTATGTCACTGGGGATGAGCTTGGAGGTTTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTGGAAGAGGAAGTATGTCACTGGGGATGAGCTTGGAGGTTTCAA  400

seq1  AAGCCTGAGCCAGGCCCAGTCCAGCTACTTCTCCAGCACCATGTCTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGAGCCAGGCCCAGTCCAGCTACTTCTCCAGCACCATGTCTGCCT  450

seq1  AACCAACATCACGCTGCCTGTCAAGGTGATCATGAACTAACTTCTATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACATCACGCTGCCTGTCAAGGTGATCATGAACTAACTTCTATAAC  500

seq1  TCTACCCAATATCCAAAGTAAATGCTTGCTTGCTAGCTTTTCTTTCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCAATATCCAAAGTAAATGCTTGCTTGCTAGCTTTTCTTTCTCCC  550

seq1  TTCCTTTCTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCTTC  600

seq1  TTCCCTTCCCTTCCTTCTTCCCTTCCTTCTTCCCTTCCCTTCCTTCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCCCTTCCTTCTTCCCTTCCTTCTTCCCTTCCCTTCCTTCTTCC  650

seq1  CTTCCTTCTTCCCTTCC-TTCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCC  699
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCTTCCCTTCCTTTCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCCCTTCC  700

seq1  -TTCTTCCCTTCCC-TTCCTCCTTCC-TTTCCCTTCC-TTCTTCCC-TTC  744
       ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||
seq2  TTTCTTCCCTTCCCTTTCCTCCTTCCTTTTCCCTTCCTTTCTTCCCTTTC  750

seq1  CTTCTT-CCCTTCCCTTCCCTTCCTTCTTCCCTTCCC  780
      |||||| ||||||||                      
seq2  CTTCTTCCCCTTCCC----------------------  765

seq1: chr6_99427016_99427951
seq2: B6Ng01-163C19.g_68_1002 (reverse)

seq1  CTCCACATATAACATACACACACACACACACACACACACAATTTCTCGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATATAACATACACACACACACACACACACACACAATTTCTCGGC  50

seq1  ACTACTACTACAATCAGGCTGGGCAGGTGGGGAGGGGCTATAAACCTGCC  100
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTACTACAATCAAGCTGGGCAGGT-GGGAGGGGCTATAAACCTGCC  99

seq1  TTTTTACAATCTACTCAAGGGCTTGGGGTTGTCACTCAGTGGTAGAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACAATCTACTCAAGGGCTTGGGGTTGTCACTCAGTGGTAGAACAT  149

seq1  TCTTGGTGACATCACCTACCAACTGCAGGGTCTGAGGCCTTGGGTTCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTGACATCACCTACCAACTGCAGGGTCTGAGGCCTTGGGTTCAAT  199

seq1  CCCAGCACTGCTCTAAAACAAGCACAAAACAACAACAATCAACAAATAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTGCTCTAAAACAAGCACAAAACAACAACAATCAACAAATAGC  249

seq1  AATTGTACAGATGCTGGGAACAAATCATAACTGCCACTTTTTAAATTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTACAGATGCTGGGAACAAATCATAACTGCCACTTTTTAAATTTCC  299

seq1  AGCCCATCTTCATATTTGTTTCACAGCCCTCTCCCTCCTTCTCCAGCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATCTTCATATTTGTTTCACAGCCCTCTCCCTCCTTCTCCAGCCCT  349

seq1  TCAAGAACAGCCTGAGCATCTCTCAGATACCGTCATGCACACTGAGCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACAGCCTGAGCATCTCTCAGATACCGTCATGCACACTGAGCTAG  399

seq1  CCCAGGACATGCACTGGACCTGAGTGGAGTCGGATCCTTCTTTATACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGACATGCACTGGACCTGAGTGGAGTCGGATCCTTCTTTATACCTC  449

seq1  GGGGATAAACTGGGTGATGGTGATGAGCAGACAGCAGGGCTTGGTGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAAACTGGGTGATGGTGATGAGCAGACAGCAGGGCTTGGTGATGT  499

seq1  CACACAGGACCAAACTTAGCTGGTGCAATCACACCAACAATACTCCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGACCAAACTTAGCTGGTGCAATCACACCAACAATACTCCTTCA  549

seq1  ACAGTAGCCTTTGTGCATGGGAAGAGCACAATCTAACAATGAAGCTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGCCTTTGTGCATGGGAAGAGCACAATCTAACAATGAAGCTATGA  599

seq1  TCAAAGGCCCCAGAACAAGCAGACCTGGAAAACTGCTGTTCCCTTCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGCCCCAGAACAAGCAGACCTGGAAAACTGCTGTTCCCTTCTCTT  649

seq1  CCCTTCTTAGGTCTCTGTCCCCACATGCCCAAGGACTGAGCACCTCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTAGGTCTCTGTCCCCACATGCCCAAGGACTGAGCACCTCTTCT  699

seq1  CATTCACTGGTAATGTCCGAGACAGTCAGAAAGAAGTGTAACTTGACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTGGTAATGTCCGAGACAGTCAGAAAGAAGTGTAACTTGACACA  749

seq1  ATTTTCACCTGCCATGCTGACTTCAGAAGATAACCCCCAGGTAAGAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCACCTGCCATGCTGACTTCAGAAGATAACCCCCAGGTAAGAAGGA  799

seq1  TTTCACTAGAGAGGACAGCCTGGGTCCAGGGTCAGCATGCTACCACCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTAGAGAGGACAGCCTGGGTCCAGGGTCAGCATGCTACCACCTAA  849

seq1  CAGGCAGGGGAGGCAGTGAACCTAGCGAGCACACTGCAGATCCACCAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGGGAGGCAGTGAACCTAGCGAGCACACTGCAGATCCACCAGAG  899

seq1  AACAGTCATAAGGCACATGAGAACTTAAGAGAATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCATAAGGCACATGAGAACTTAAGAGAATTC  935