BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166P16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 28,681,766 - 28,824,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnd1, Lrrc4
Upstream geneGrm8, 6530409C15Rik, AA407452, LOC100041304, LOC384360, Gcc1, Arf5, Fscn3, Pax4, LOC100041350
Downstream geneLOC100041367, Lep, Rbm28, D330027H18Rik, Impdh1, 2310016C08Rik, AI507611, BC048651, Calu, Opn1sw, 4921511K06Rik, Flnc, Atp6v1f, EG668210, Crim2, Irf5, Tnpo3, Tspan33, Smo, 4631427C17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166P16.bB6Ng01-166P16.g
ACCDH958600DH958601
length1,1471,176
definitionDH958600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166P16, 5' end.DH958601|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,822,856 - 28,824,007)(28,681,766 - 28,682,953)
sequence
gaattcttccaggaagaactgaaaggattaatgtttaatggagtcaatta
aggaggcttccagaaagccagggaaagagaggagaggacaggtaaggcag
gagggtgtgggtggagtctcattagcacaggggcagtttgggggagcaaa
gcagacaggtagggtcatgacactgggtcagagtctgaggaatcttagac
actctccatggagggctttgcccctagggccccagagctggcacagactc
agttccttcaagagggtggtccatggttgtgtcttttggggaggctgacc
tgcccctatctcagaaaagcagtagcccacgataaattccctttttgagt
ctctctagaccctcgttcttcctcagctataggggcctttaaaagccttt
gctgctaagtgtaaaaacttgtattaatttaaatggcttcaagctcgatt
aagcaataaaatgaatgtctaaatacctgggaattctcaaagcctgagct
ggtgccagtggcagagggctaggaggagtgagagtgggcagttgggaagt
acctagtgatgttactccataaagtagacagagatgcctggggaggggca
gcaacaagataatgaatcctcaaagggtcaaaggggcaagaccaggaggc
agggccctgacctcatcctagctttcaccacttaggcccattcctaatcc
tctgaagagaaatggcagtttagattggagtgtggcaaaggggatatgca
gagtccactaacgtctgaggaaaagaatgcagattccagctggctttctg
gttgagttttgcagggatactgagagggaatggtcggatggcagaaccag
ttacccgcaggcagcttgtctttttatgctgcctccagcaggctaagctc
accctctccctgactccatttagcttgtctcaggagcagtccctccttct
gctgagtaatatgccggccctttccagcatccagacttaggacttgtagt
tcttcatcagagctacatgtagtgggagcacccagcagttagtgctgtag
atgctgagcagatcctcttttctctgggtctagcaattagcctagtgaag
agaacagctgtacataaaagttgtatgcctcggatccaccttgcaaa
gaattccttcctgacacatattggatttggaaggtcctgacaacataagc
tgttagcgaggtttctaacttggagaaagccctgtgctctctgtgcactg
ctcagggtgtgtggatgcctcgctcagagacgctcagtcctggttccttg
ctgttggctcatatttacccagtccacagcttagtggtctcatgtaagga
ctttgcctgcattccctctttatcacatcaagagggcaagttcttttttg
agcgctgtctcctccccctcaggaccagtctttctgcccccttttgttta
tgtccccttgcatccagcctgtcctttgatcatgccccctttagcattga
caaatcatattacagtgatcttgtatctgttgataagtaagtaacttttc
aacttgtttagaggtattctccttattagcttctaaatccctaaggggaa
tgaattgcttttatatttatttacagttccttatttagatttgatatgtc
aagtaatgcaccttagggggtaaacttatatttgaaaaaaattaatgctg
gctctgtaagttcagagttactactggttatccaactaggcaggcttgta
aagagatgcacagaagtgtgtgctgtagaatggagtcagtacgggcagca
taggctcttagttcagttcattgaaattcaagtcaggattccattactta
ctactgtgtcaccctgaagaagaagttattaatgtttttgttagctttcc
agtctataaaatgggtgcaatggtggcgcttgctttctttggttgtggag
tagttgttaaaattaatacatacatatattctgaacagttggcagaacaa
gagctaagctgagatcagtggttagtaccttgtgttgattgttactaagt
tgctttgcattctatatagcacacaggaagtcctctgtgagtgacatgtc
atcatctgtatatttctatcaaactccttttccgattccagttcaaaatc
actcctctcaaactcttttaccatgcctatctcctctcttgatgtaatgt
gttcatcctggctttttccccaatgcatttcctcatgtaattcatgaatg
gaacaataacctgtatggtatttgggtagagcttaagggccagatatacg
gttgaaattgaggaattgacagacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_28822856_28824007
seq2: B6Ng01-166P16.b_49_1195 (reverse)

seq1  TTTGCAAGGTGGATCAGA-GCATCAAACTCTTATGTACCAACTGTTCTTC  49
      ||||||||||||||| || ||||  |||| ||||||| || |||||| ||
seq2  TTTGCAAGGTGGATCCGAGGCATACAACTTTTATGTA-CAGCTGTTC-TC  48

seq1  TTCACTA-GCTAATTGCTAGACTCAGAGAAAGGAGAATCCTGCCTCAGCA  98
      ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| || ||| |||||||
seq2  TTCACTAGGCTAATTGCTAGACCCAGAGAAAAGAGGAT-CTG-CTCAGCA  96

seq1  TCTACCAGGCACTAACTGCTGGTTGCTCCCACTACATGTAGCTCTGATGA  148
      |||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAC--AGCACTAACTGCTGGGTGCTCCCACTACATGTAGCTCTGATGA  144

seq1  AGAACTACAGGTCCTAAGTCTGGATGCTGG-AAGGGCCGGCATTATTACC  197
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
seq2  AGAACTACAAGTCCTAAGTCTGGATGCTGGAAAGGGCCGGCA-TATTA-C  192

seq1  TCAGCAGAAGGAGGGACTGCTCCTGAGACAAGCTAAATGGAGTCAGGGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGAAGGAGGGACTGCTCCTGAGACAAGCTAAATGGAGTCAGGGAG  242

seq1  AGGGTGAGCTTAGCCTGCTGGAGGCAGCATAAAAAGACAAGCTGCCTGCG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGAGCTTAGCCTGCTGGAGGCAGCATAAAAAGACAAGCTGCCTGCG  292

seq1  GGTTACTGGTTCTGCCATCCGACCATTCCCTCTCAGTATCCCTGCAAAAC  347
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTGGTTCTGCCATCCGACCATTCCCTCTCAGTATCCCTGCAAAAC  342

seq1  TCAACCAGAAAGCCAGCTGGAATCTGCATTCTTTTCCTCAGACGTTAGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCAGAAAGCCAGCTGGAATCTGCATTCTTTTCCTCAGACGTTAGTG  392

seq1  GACTCTGCATATCCCCTTTGCCACACTCCAATCTAAACTGCCATTTCTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGCATATCCCCTTTGCCACACTCCAATCTAAACTGCCATTTCTCT  442

seq1  TCAGAGGATTAGGAATGGGCCTAAGTGGTGAAAGCTAGGATGAGGTCAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGATTAGGAATGGGCCTAAGTGGTGAAAGCTAGGATGAGGTCAGG  492

seq1  GCCCTGCCTCCTGGTCTTGCCCCTTTGACCCTTTGAGGATTCATTATCTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTCCTGGTCTTGCCCCTTTGACCCTTTGAGGATTCATTATCTT  542

seq1  GTTGCTGCCCCTCCCCAGGCATCTCTGTCTACTTTATGGAGTAACATCAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGCCCCTCCCCAGGCATCTCTGTCTACTTTATGGAGTAACATCAC  592

seq1  TAGGTACTTCCCAACTGCCCACTCTCACTCCTCCTAGCCCTCTGCCACTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACTTCCCAACTGCCCACTCTCACTCCTCCTAGCCCTCTGCCACTG  642

seq1  GCACCAGCTCAGGCTTTGAGAATTCCCAGGTATTTAGACATTCATTTTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGCTCAGGCTTTGAGAATTCCCAGGTATTTAGACATTCATTTTAT  692

seq1  TGCTTAATCGAGCTTGAAGCCATTTAAATTAATACAAGTTTTTACACTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAATCGAGCTTGAAGCCATTTAAATTAATACAAGTTTTTACACTTA  742

seq1  GCAGCAAAGGCTTTTAAAGGCCCCTATAGCTGAGGAAGAACGAGGGTCTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAAAGGCTTTTAAAGGCCCCTATAGCTGAGGAAGAACGAGGGTCTA  792

seq1  GAGAGACTCAAAAAGGGAATTTATCGTGGGCTACTGCTTTTCTGAGATAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACTCAAAAAGGGAATTTATCGTGGGCTACTGCTTTTCTGAGATAG  842

seq1  GGGCAGGTCAGCCTCCCCAAAAGACACAACCATGGACCACCCTCTTGAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGTCAGCCTCCCCAAAAGACACAACCATGGACCACCCTCTTGAAG  892

seq1  GAACTGAGTCTGTGCCAGCTCTGGGGCCCTAGGGGCAAAGCCCTCCATGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAGTCTGTGCCAGCTCTGGGGCCCTAGGGGCAAAGCCCTCCATGG  942

seq1  AGAGTGTCTAAGATTCCTCAGACTCTGACCCAGTGTCATGACCCTACCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCTAAGATTCCTCAGACTCTGACCCAGTGTCATGACCCTACCTG  992

seq1  TCTGCTTTGCTCCCCCAAACTGCCCCTGTGCTAATGAGACTCCACCCACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTGCTCCCCCAAACTGCCCCTGTGCTAATGAGACTCCACCCACA  1042

seq1  CCCTCCTGCCTTACCTGTCCTCTCCTCTCTTTCCCTGGCTTTCTGGAAGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGCCTTACCTGTCCTCTCCTCTCTTTCCCTGGCTTTCTGGAAGC  1092

seq1  CTCCTTAATTGACTCCATTAAACATTAATCCTTTCAGTTCTTCCTGGAAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTAATTGACTCCATTAAACATTAATCCTTTCAGTTCTTCCTGGAAG  1142

seq1  AATTC  1152
      |||||
seq2  AATTC  1147

seq1: chr6_28681766_28682953
seq2: B6Ng01-166P16.g_67_1242

seq1  GAATTCCTTCCTGACACATATTGGATTTGGAAGGTCCTGACAACATAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCCTGACACATATTGGATTTGGAAGGTCCTGACAACATAAGC  50

seq1  TGTTAGCGAGGTTTCTAACTTGGAGAAAGCCCTGTGCTCTCTGTGCACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCGAGGTTTCTAACTTGGAGAAAGCCCTGTGCTCTCTGTGCACTG  100

seq1  CTCAGGGTGTGTGGATGCCTCGCTCAGAGACGCTCAGTCCTGGTTCCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGTGTGTGGATGCCTCGCTCAGAGACGCTCAGTCCTGGTTCCTTG  150

seq1  CTGTTGGCTCATATTTACCCAGTCCACAGCTTAGTGGTCTCATGTAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGCTCATATTTACCCAGTCCACAGCTTAGTGGTCTCATGTAAGGA  200

seq1  CTTTGCCTGCATTCCCTCTTTATCACATCAAGAGGGCAAGTTCTTTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTGCATTCCCTCTTTATCACATCAAGAGGGCAAGTTCTTTTTTG  250

seq1  AGCGCTGTCTCCTCCCCCTCAGGACCAGTCTTTCTGCCCCCTTTTGTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTGTCTCCTCCCCCTCAGGACCAGTCTTTCTGCCCCCTTTTGTTTA  300

seq1  TGTCCCCTTGCATCCAGCCTGTCCTTTGATCATGCCCCCTTTAGCATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTTGCATCCAGCCTGTCCTTTGATCATGCCCCCTTTAGCATTGA  350

seq1  CAAATCATATTACAGTGATCTTGTATCTGTTGATAAGTAAGTAACTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCATATTACAGTGATCTTGTATCTGTTGATAAGTAAGTAACTTTTC  400

seq1  AACTTGTTTAGAGGTATTCTCCTTATTAGCTTCTAAATCCCTAAGGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTTTAGAGGTATTCTCCTTATTAGCTTCTAAATCCCTAAGGGGAA  450

seq1  TGAATTGCTTTTATATTTATTTACAGTTCCTTATTTAGATTTGATATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGCTTTTATATTTATTTACAGTTCCTTATTTAGATTTGATATGTC  500

seq1  AAGTAATGCACCTTAGGGGGTAAACTTATATTTGAAAAAAATTAATGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATGCACCTTAGGGGGTAAACTTATATTTGAAAAAAATTAATGCTG  550

seq1  GCTCTGTAAGTTCAGAGTTACTACTGGTTATCCAACTAGGCAGGCTTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTAAGTTCAGAGTTACTACTGGTTATCCAACTAGGCAGGCTTGTA  600

seq1  AAGAGATGCACAGAAGTGTGTGCTGTAGAATGGAGTCAGTACGGGCAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGCACAGAAGTGTGTGCTGTAGAATGGAGTCAGTACGGGCAGCA  650

seq1  TAGGCTCTTAGTTCAGTTCATTGAAATTCAAGTCAGGATTCCATTACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCTTAGTTCAGTTCATTGAAATTCAAGTCAGGATTCCATTACTTA  700

seq1  CTACTGTGTCACCCTGAAGAAGAAGTTATTAATGTTTTTGTTAGCTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGTCACCCTGAAGAAGAAGTTATTAATGTTTTTGTTAGCTTTCC  750

seq1  AGTCTATAAAATGGGTGCAATGGTGGCGCTTGCTTTCTTTGGTTGTGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATAAAATGGGTGCAATGGTGGCGCTTGCTTTCTTTGGTTGTGGAG  800

seq1  TAGTTGTTAAAATTAATACATACATATATTCTGAACAGTTGGCAGAACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTTAAAATTAATACATACATATATTCTGAACAGTTGGCAGAACAA  850

seq1  GAGCTAAGCTGAGATCAGTGGTTAGTACCTTGTGTTGATTGTTACTAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAGCTGAGATCAGTGGTTAGTACCTTGTGTTGATTGTTACTAAGT  900

seq1  TGCTTTGCATTCTATATAGCACACAGGAAGTCCTCTGTGAGTGACATGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCATTCTATATAGCACACAGGAAGTCCTCTGTGAGTGACATGTC  950

seq1  ATCATCTGTAATATTTCTATCAAACTCCTTTTCCGATTCCAGTTCAAAAA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCATCTGT-ATATTTCTATCAAACTCCTTTTCCGATTCCAGTTC-AAAA  998

seq1  TCACTCCTCCTCAAACTCTTTTACCATTGCCTTATCT-CTCTCTTGATGT  1049
      |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||
seq2  TCACTCCT-CTCAAACTCTTTTACCA-TGCC-TATCTCCTCTCTTGATGT  1045

seq1  TAAATGTGTTCATCCTGGGCTTTTTCCCCCATGCATTT-CTCATGTAAAA  1098
        |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||  ||
seq2  --AATGTGTTCATCCT-GGCTTTTTCCCCAATGCATTTCCTCATGT--AA  1090

seq1  TCAATGAAT-GAACAATTAAACTGTAT-GTATTTGGTAAGAGCTTTTTAA  1146
      |  |||||| |||||| ||| |||||| ||||||||  |||||   ||||
seq2  TTCATGAATGGAACAA-TAACCTGTATGGTATTTGGGTAGAGC---TTAA  1136

seq1  GTGCCAGATACAGTGCTGGATATTGAGGATTGGACCAGACCA  1188
      | |||||||| |  | | || |||||||| | || |||||||
seq2  GGGCCAGATATA-CGGTTGAAATTGAGGAATTGA-CAGACCA  1176